Molekylärbiologiska metoder inom bakteriologin

Question 1

Vad är molekylärbiologi för något?

Answer 1

Hanterar och beskriver grundläggande molekyler i en enskild cell.

beskriver:

• interaktioner
• genetisk info

Question 2

Vad menas med molekylärbiologiska metoder?

Answer 2

Question 3

När används genotypiska metoder inom bakteriologin?

Answer 3

Question 4

Traditionella metoder?

Answer 4

Question 5

Vad är och används PCR och qPCR till?

Answer 5

Question 6

Hur sker ampilifieringen i PCR?

Answer 6

Question 7

Vad kan användas vid realtid PCR- qPCR/RT-PCR?

Answer 7

Question 8

Konventionell PCR innebär?

Answer 8

Question 9

Artidentifiering med molekylära metoder

• När görs PCR?
• Exempel på bakterier, sjukdomar, toxiner

Answer 9

Question 10

Nämn 4 stycken atypiska luftvägsbakterier.

Hur smittar dessa och hur ser sjukdomsförloppet ut?

Answer 10

Question 11

Nämn 5 könssjukdomar.

• Hur många prov per år?
• När är PCR lämpligt?

Answer 11

Question 12

Neoerlichia mikurensis

• Spridning?
• Symptom

Answer 12

Question 13

Berätta om resistens & toxin-identifiering med PCR.

Vad står förkorinting för och vilka är dess resistensgener?

• MRSA
• VRE
• ESBL-Carba
• Clostridium difficile
• EHEC
• ETEC

Answer 13

Question 14

MRSA – Meticillin resistenta S. aureus

Berätta om:

• Dag 0
• Dag 1
• Dag 2

Answer 14

Question 15

berätta om PCR + sekvensering för art-identifiering.

• recA
• hsp65
• hsp60
• dnaj
• rpoB/groEL

Answer 15

Question 16

Berätta om ribosomen

Answer 16

Question 17

16S rRNA genen?

Answer 17

Question 18

Vad är skillnaden på sanger sekvensering och pcr vad gäller primer?

Answer 18

Question 19

Berätta om sanger sekvensering.

Answer 19

PCR sekvensering -> kapillärelekrofores

Sekvenserings pcr

Blandning av dNTP > flouroscerande ddNTP. Reaktion avstannar då ddNTP binder in.

1. Denaturering 95 grader
2. Anneling 50 grader
3. Extension 60 grader.

Kapillärelektrofores

1. Reaktionslösning
   
   • DNA-templat, primers
   • DNA-polymeras
   • ddNTP med flourochromer
   • dNTP`s (dCTP,dGTP,dATP, dTTP)
2. Primer och elongination med chain terminators
3. Gel kapillär elektrofores och separation av DNA-fragment

-> RipSeq : hanterar blandade DNA-sekvenser

Question 20

Vad kan du få reda på utifrån artidentifiering med PCR resp sangersekvensering?

Answer 20

Question 21

Nya och framtida sekvenseringsmetoder?

Answer 21

Question 22

Sekvenseringsmetoder?

* beskriv dem KORT

Answer 22

Question 23

Helgenomsekvensering med NGS Klinisk Mikrobiologi?

Answer 23

Question 24

Amplikonsekvensering med NGS Klinisk Mikrobiologi?

Answer 24

Question 25

NGS på Klinisk Mikrobiologi ge exempel på när man använder: * Helgenomsekvensering * Amplikonbaserad sekvensering

Answer 25

Question 26

Epedmiologisk typing. När används stamtyping?

Answer 26

* Vilka stammar är vanliga på sjukhus/ i samhället? * Vissa stammar är mer invasiva/resistenta/toxiska * Vid smittspårning * Vid utbrottsutredning

Question 27

Epidemiologisk Typning. Ge exempel på: * sekvensbaserade metoder * Icke sekvenserande metoder

Answer 27

Question 28

vad är SLST spa-typning? * Vilken bakterie? * Hur ser processen ut? * hur fås SPA-typ? * Negativ och positivt?

Answer 28

Question 29

MLST, multi locus sequence typing?

Answer 29

Question 30

cgMLST/wgMLST?

Answer 30

Question 31

SNP=Single Nucleotide Polymorphism?

Answer 31

Question 32

MLVA VNTR = Multi Locus Variable Number of Tandems Repeats Analysis? * hur fås nummerserie? * för vilken sjukdom är de vanligt att denna metod används

Answer 32

Question 33

PFGE = Pulsed Field Gel Electrophoresis

Answer 33

Används fortfarande för P. aeruginosa (CF-patienter). Också påväg mot NGS och helgenomsekvensering.