UA 2 Flashcards
Que veut dire le terme « Microbiote »?
Le microbiote humain sont les micro-organismes (surtout bactéries et parfois les levures) qui peuvent être présents normalement au niveau d’un site anatomique sans causer de maladie chez l’humain en bonne santé. Le microbiome réfère à la notion d’ensemble génétique des micro-organismes. Les deux termes sont souvent utilisés de façon interchangeable.
Caractérisez la relation biologique entre le microbiome et l’hôte
Le microbiome humain ne cause pas de détriment à l’hôte. Il peut y avoir une relation « neutre » où le microorganisme profite de l’environnement sans toutefois bénéficier l’hôte. Ce sont des microorganismes commensaux. Il peut y avoir une relation en symbiose où le micro-organisme profite à l’hôte.
Est-ce que les souches bactériennes du microbiome d’une personne peuvent changer dans un court laps de temps (< 1 an)?
Oui. Les micro-organismes peuvent être en transition ou des résidents permanents
Est-ce que le microbiome change de nature au cours d’une vie d’une personne?
Oui elle change. L’environnement d’une personne change au fil des années. Certains micro-organismes sont mieux adaptés à l’environnement de l’enfance que chez les adultes.
Associez les bactéries et levures suivantes avec le site anatomique et indiquez la relation (pathogène ou microbiome à faible virulence)
a) Voies respiratoires supérieures
*Peptostreptococcus spp. (fait partie du microbiome à faible virulence),
*Staphylococcus aureus (fait partie du microbiome potentiellement pathogène),
*Streptococcus spp. (fait partie du microbiome ou pathogène si S. pneumoniae ou streptocoques du groupe A),
*Candida spp. (pathogène),
*Pseudomonas spp. (pathogène rarement faisant partie du microbiome)
Associez les bactéries et levures suivantes avec le site anatomique et indiquez la relation (pathogène ou microbiome à faible virulence) b) Tractus gastro-intestinal
*Enterococcus spp.(mirobiome),
*Peptostreptococcus spp. (microbiome),
*Streptococcus spp.(microbiome),
*Pseudomonas spp. (pathogène),
*E. coli (pathogène),
*Clostridium sp.(pathogène).
La nombre et la diversité des micro-organismes dans le tractus gastro-intestinale augmente à mesure que l’on s’approche du colon
Associez les bactéries et levures suivantes avec le site anatomique et indiquez la relation (pathogène ou microbiome à faible virulence) sang
Toutes les bactéries sont immédiatement soupçonnées comme pathogéniques si retrouvées dans le sang. On retrouve plus fréquemment les suivants : Staphylococcus aureus, Candida spp., Pseudomonas spp., Enterococcus spp.
Associez les bactéries et levures suivantes avec le site anatomique et indiquez la relation (pathogène ou microbiome à faible virulence) Tractus génito-urinaire
Site généralement stérile. La présence de croissance n’indique pas nécessairement une infection. Candida spp. (pathogène ou colonisateur), Enterococcus spp. (considéré généralement comme contamination), Staphylococcus aureus (pathogène),
Associez les bactéries et levures suivantes avec le site anatomique et indiquez la relation (pathogène ou microbiome à faible virulence) peau
*Staphylococcus aureus (pathogène),
*Streptococcus spp. (pathogène),
*Candida spp. (pathogène)
Est-ce que les micro-organismes du microbiome peuvent causer la maladie?
Oui. La translocation du micro-organisme à partir d’un site normalement colonisé à un autre site peut mener à une infection. La translocation à travers la barrière peut se faire de différentes façons (trauma et pénétration, atteinte de la barrière naturelle, progression de la colonisation, etc.)
Nommez les effets positifs du microbiome humain.
Développement de la compétence immunologique, protection contre l’envahissement pathogène de micro-organismes par compétition au site, digestion et production d’éléments nutritionnels. Chez l’homme, la production de vitamine K par les bactéries au niveau gastro-intestinale est une source significative. Ceci sera un enjeu important pour l’interaction entre les antibiotiques et la warfarine (un antagoniste de la vitamine K).
Énumérez les étapes pour qu’une infection se produise
a) Transition de l’environnement extérieur à un environnement favorable à l’infection. Passage à travers les barrières et mécanismes de protection de l’hôte. Évasion du système immunitaire.
b) Processus d’envahissement, de destruction tissulaire, et de réplication au site d’infection.
c) Transmission du premier hôte à un autre hôte
d) Processus de résolution de l’infection pour le premier hôte
Définissez le mot « pathogène » et ses caractéristiques « commensal, opportuniste, primaire ».
Pathogène : Habileté de causer la maladie. Les pathogènes peuvent être différenciés selon leur comportement. Le micro-organisme commensal pathogène cause la maladie seulement si une ou des barrières à l’invasion sont atteintes. Le meilleur exemple est l’introduction du S. aureus, normalement colonisateur, à travers les barrières de la peau ou des muqueuses pour atteindre un site stérile et causer une infection. Lorsqu’il cause une infection, on le nomme pathogène opportuniste. Le pathogène primaire (« principal pathogen ») à quant à lui des caractéristiques qui lui permettent de surmonter les barrières et causer la maladie chez une personne saine
Différencier le mot « pathogène » du mot « virulence ».
La virulence fait plutôt référence à une mesure quantitative du dégrée de l’infection
Comment détermine-t-on qu’un micro-organisme est pathogène.
La détermination de pathogène se fait au niveau moléculaire et génétique. Comme apprentissage, il faut seulement réaliser que ce sont les caractéristiques génétiques du micro-organisme qui sont utilisées pour déterminer les propriétés de développer la maladie. En pratique clinique, il faut associer les symptômes du patient avec le résultat de culture.
Énumérez les attributs de la pathogénèse microbienne.
Entrée (passage des barrières), adhérence (au site de survie, s’établir), survie (acquérir des nutriments, éviter le système immunitaire), multiplication, dissémination (au sein de l’hôte, et d’un hôte à un autre)
Énumérez des barrières naturelles de l’humain qui empêchent l’entrée de micro-organismes.
Barrière mécanique, épithélium cilié, compétition du microbiome humain, mucus, sécrétion d’IgA, follicules lymphoïde, l’évacuation de fluides, péristaltisme, etc.
Est-ce que les micro-organismes peuvent se lier aux surfaces des appareils médicaux?
Oui. Les micro-organismes peuvent adhérer aux surfaces sur les appareils médicaux. Ces propriétés leur permettent de produire des infections persistantes difficiles à traiter.
Quels micro-organismes vont se cacher dans les cellules eucaryotes?
Les virus et certaines bactéries vont entrer dans les cellules eucaryotes pour ‘éviter’ le système immunitaire. Certaines bactéries sont des bactéries « intracellulaire obligatoire » (donc ont besoin de la cellule hôte pour se développer). D’autres peuvent survivre à l’extérieur et à l’intérieur des cellules : Salmonella, Shigella, Legionella, Mycobacterium. Les médicaments doivent se distribuer dans les cellules eucaryotes pour être actif contre ces bactéries. Les conditions environnementales dans la cellule eucaryote sont différentes de l’environnement extracellulaire. Par exemple, l’environnement dans les vésicules bactériennes peut être acide. Ainsi, il faut un antibiotique qui conserve sont activité en milieu acide pour être actif contre ces bactéries.
Quels sont les signes et symptômes de l’inflammation?
Œdème, rougeur, chaleur, douleur.
Nommez les deux médiateurs principaux de la fièvre.
Interleukine 1 (IL-1) et facteur de nécrose tumorale alpha (TNF-α)
Est-ce que le processus inflammatoire peut endommager les tissus?
Oui. Les cellules polymorphonucléaires peuvent endommager les tissus par le relâchement d’enzymes (collagenase, elastase).
Que ce passe-t-il lorsqu’un micro-organisme réussi à surmonter (résister) le processus d’inflammation?
La résistance au système inflammatoire mène à l’accumulation des cellules inflammatoires et d’une progression du processus. Ultimement, ce mène à la formation d’un granulome. Notez que ce phénomène de granulome ne s’applique pas aux micro-organismes qui « évitent» les défenses inflammatoires. Ces dernières ne stimulent pas le système inflammatoire et donc la résultante de granulome n’apparait pas.
Définissez le mot exotoxine?
Une exotoxine est une toxine produite par un micro-organisme et secrété dans l’environnement pour causer la destruction tissulaire.
Nommez trois méthodes que les micro-organismes ont développées pour éviter le système immunitaire.
Résistance au processus du complément, activité anti-phagocytaire, altération de la fonction phagocytaire, variation antigénique.
Comment est-ce que le système immunitaire de l’hôte endommage les tissus?
Le système immunitaire, stimulé par la présence des bactéries, mène à la destruction des tissus par différents mécanismes. Il faut reconnaitre cette entité pathologique car dans certaines circonstances, l’ajout de corticostéroïdes peut améliorer le résultat clinique. De plus, l’amélioration de l’état immunologique d’un patient peut révéler une infection latente et même mener à des complications importantes (ex. syndrome de reconstitution d’un patient atteint du virus de l’immunodéficience humaine)
Un patient souffre d’une bronchite.
Commentez les résultats des cultures des secrétions respiratoires obtenues par expectoration:
a) Hemophilus influenzae
Hemophilus influenzae est considéré comme un pathogène lorsqu’associée à des symptômes respiratoires. Dans ce cas-ci, la patient se présente avec des symptômes. La « clinique » concorde avec les résultats de culture. Le choix de l’antibiothérapie sera donc dirigé vers cette bactérie
Un patient souffre d’une bronchite.
Commentez les résultats des cultures des secrétions respiratoires obtenues par expectoration:
Streptococcus pneumoniae, Hemophilus influenzae
Streptococcus pneumoniae, tout comme Hemophilus influenzae est considéré comme pathogène. Ici, les deux micro-organismes isolés sont considérés pathogéniques. Il est rare d’observer des infections poly-microbiennes au niveau respiratoire. Tout de même, la pratique serait de choisir un antibiotique efficace contre les deux bactéries.
Un patient souffre d’une bronchite.
Commentez les résultats des cultures des secrétions respiratoires obtenues par expectoration:
Peptostreptococcus sp., flore normale respiratoire normale
Peptostreptococcus est rarement considéré pathogénique. Lorsque cette bactérie est isolée au niveau respiratoire, il faut soupçonner soit une colonisation soit un mauvais échantillonnage des secrétions pulmonaires. La technique de prélèvement a pu être problématique. Dans ce contexte, les résultats sont considérés comme colonisés et l’antibiothérapie demeure empirique plutôt qui dirigé vers un pathogène particulier. La présence du microbiome respiratoire est aussi un résultat de culture qui mène à la conclusion de colonisation de l’échantillon. Les résultats combinés de Peptostreptococcus et flore normale ne modifient pas la conclusion.
Un patient souffre d’une bronchite.
Commentez les résultats des cultures des secrétions respiratoires obtenues par expectoration: Pseudomonas aeruginosa
Pseudomonas aeruginosa. Ce pathogène est plutôt retrouvé dans les infections nosocomiales. Il est très rarement observé dans le contexte d’infections communautaires. Il faut considérer le résultat comme significatif et traiter le patient avec un antibiotique actif contre le Pseudomonas aeruginosa. Toutefois, le P. aeruginosa se trouvant surtout dans le contexte d’infection nosocomiale, il faut réévaluer le patient pour des facteurs de risque pour ce pathogène (immunosuppression, hospitalisation récente, usage de corticostéroïdes, etc.).
Un patient souffre d’une bronchite.
Commentez les résultats des cultures des secrétions respiratoires obtenues par expectoration: aucune croissance
L’absence de croissance présente plusieurs possibilités : qu’il y ait réellement absence de bactéries, que l’échantillonnage a été mal effectué, que la croissance en laboratoire a été problématique, etc. Dans cette situation, seulement les indicateurs du patient (la clinique) sont disponibles pour guider le traitement. L’absence de croissance dans ce contexte amène peu d’information et ne modifie pas le choix de l’antibiothérapie empirique. Sachez que l’absence de croissance sur des échantillons ou prélèvements de sites stériles sont confirmatoires de l’absence de bactéries. Ainsi, cultures du sang, de liquide céphalo-rachidien, ou autres sites stériles sont déterminants pour la présence et l’absence de croissance bactérienne.
Un patient souffre d’une bronchite.
Commentez les résultats des cultures des secrétions respiratoires obtenues par expectoration: Staphylococcus epidermidis
Staphylococcus epidermidis est plutôt un agent colonisateur au niveau de la peau. Il peut parfois être considéré comme pathogène de faible virulence. Toutefois, une infection respiratoire est très rarement causée (voire jamais) par Staphylococcus epidermidis. Cette bactérie n’est pas non plus colonisatrice des voies aériennes. Dans cette situation, on considère que l’échantillon est contaminé. Ce résultat est si inattendu que l’on pourrait soupçonner une erreur de transcription sur les spécimens (donc des résultats d’un échantillon provenant d’un autre patient)
Le diagnostic direct consiste en quoi
Le diagnostic direct consiste à mettre en évidence l’agent causal lui-même (parasite, bactérie..) ou un constituant caractéristique (gène par PCR..).
Le diagnostic indirect consiste en quoi
Le test de diagnostic indirect consiste à mettre en évidence des réactions caractéristiques de l’infection, en particulier la réponse immune spécifique. La technique la plus couramment utilisée est la sérologie. Elle est en particulier utilisée pour mesurer la réponse à un vaccin. Exemple : sérologie contre le virus de l’hépatite B suite à une vaccination.
L’élaboration d’un diagnostic comprend quoi
l’évaluation de l’histoire du patient, l’évaluation du patient, et l’investigation clinique (laboratoires, examens). Le laboratoire joue un rôle essentiel puisque seule l’identification de l’agent en cause dans une maladie infectieuse permet de proposer un traitement adéquat. Plus cette étape est précoce, plus le traitement sera efficace.
Type de coloration permettant de différencier les bactéries à gram positif et à gram négatif
Gram
Présence de micro-organismes au niveau d’un site corporel, mais ne causant pas d’infection
colonisation
Échantillon prélevé d’un site corporel pour analyse ou culture
specimen
Technique de biologie moléculaire d’amplification génique
pcr
Introduction de micro-organismes exogènes durant la collecte du spécimen ou suite à manipulations
contamination
Concentration minimale inhibitrice
CMI
Test de diffusion sur agar pour déterminer la sensibilité des micro-organismes
antibiogramme
Avec ce dernier, l’inhibition de la croissance bactérienne se traduit par une ellipse d’inhibition dont les points d’intersection avec la bandelette définissent la CMI
etest
bactéries caractérisées par leur aspect morphologique arrondi et sphérique
cocci
Technique effectuée sur le sérum pour déterminer la présence d’antigènes ou d’anticorps dirigés contre un micro-organisme
serologie
