UA 1 Flashcards
1
Q
nommez trois (3) développements du 20ième siècle qui ont modifié le cours de l’histoire des maladies infectieuses
A
Hygiène environnemental (égouts, eau propre)
Conditions sanitaires (salubrité)
Arsenal pharmacothérapeutique (vaccins, antimicrobiens)
2
Q
antimicrobien vs antibiotique
A
Le terme « antimicrobiens » comprend les agents qui agissent contre les bactéries, virus, champignons et parasites. Les antibactériens agissent contre les bactéries. Le terme « antibiotique » est un terme commun utilisé dans les deux situations et porte donc à confusion. Au sens spécifique, il est synonyme d’antibactérien.
3
Q
Maladie infectieuse historique et épidémiologie
A
Le traitement et la prévention pharmacologique des maladies infectieuses a suivi une progression phénoménale au cours du 20e siècle. Le nombre de décès reliés aux maladies infectieuses a diminué de façon drastique. Au début du 20e siècle, les maladies infectieuses ont été la cause de près de la moitié des décès en Amérique du Nord reliés en grande majorité à l’influenza et la pneumonie (25% des cas infectieux) et la tuberculose (25% des cas infectieux).1 Maintenant, elles sont impliquées dans moins de 5% des causes de décès. Cette diminution a été associée au développement de l’arsenal pharmacothérapeutique, de l’hygiène environnemental, et des conditions sanitaires (salubrité). Les changements importants coïncide avec l’introduction de l’usage clinique des antibiotiques (sulfonamides en 1935, pénicilline en 1941, et streptomycine en 1943), et des antimycobactériens (streptomycine, acide para-aminosalicylique en 1944, et isoniazide en 1952
4
Q
Décrivez la situation actuelle de la pharmacothérapie des maladies infectieuses selon la perspective historique et mondiale
A
a. Perspective historique, avant le 20e siècle, la maladie infectieuse était une des premières causes de mortalité.
b. Avec les développements décrits à la question 1, la maladie infectieuse n’a plus été qu’un simple désagrément dans la grande majorité des cas pour les pays industrialisés. Une démarcation remarquable est observée avec les pays en développement qui n’ont pas accès ou les moyens à leur disposition pour lutter contre les maladies infectieuses.
c. L’histoire se développe encore maintenant avec les résistances bactériennes qui évoluent et menacent la population d’un retour à l’ère pré-antimicrobienne.
5
Q
Quel est le rôle existentiel principal des microorganismes (en réflexion sur l’environnement microbiologique)?
A
Le microorganisme joue comme rôle principal la dégradation, la transformation, et le recyclage du matériel organique dans l’environnement. La grande majorité des microorganismes ont un rôle bénin. Une faible proportion du monde microbiologique cause la maladie chez l’Homme. Voir capsule vidéo ‘micorbiote’.
6
Q
Classez en ordre de complexité croissante les groupes de microorganismes suivants : parasites, bactéries, virus, champignons.
A
Virus, bactéries, champignons (fongi), parasites.
7
Q
Nommez les principales différences entre une cellule procaryote et une cellule eucaryote
A
Le noyau de la cellule procaryote n’a pas de membrane, le chromosome étant unique et circulaire. Le noyau de la cellule eucaryote est composé d’une membrane et peut contenir un (1) à plusieurs chromosomes. Les autres éléments sont aussi pertinents (fonction de la membrane cytoplasmique, présence d’une paroi cellulaire (cell wall)).
8
Q
Utilité en pharmacie de différence cellule procaryote des eucaryotes
A
Les éléments distinctifs des cellules procaryotes sont des cibles intéressantes pour les agents antimicrobiens. Puisque ces sites n’existent pas chez les humains, les agents n’auront pas d’effets sur les cellules humaines et minimiser ainsi les effets secondaires. Pour les cellules eucaryote, les cibles sont parfois très semblables à des structures des cellules humaines. Pour cette raison des effets pharmacologiques (effets secondaires) sont plus fréquemment observés.
9
Q
Quels microorganismes sont procaryotes et lesquels sont eucaryotes?
A
Procaryote : bactéries
Eucaryote : champignons, parasites
10
Q
Nommez un aspect particulier propre à chacune des classes de microorganismes Virus :
A
ex: parasite intracellulaire stricte. Utilise les éléments cellulaires de l’hôte pour se répliquer. Composé d’ADN ou d’ARN (pas les deux dans le même virus). La classification se fait selon le matériel génétique et selon certaines composantes de la structure du virus.
11
Q
Nommez un aspect particulier propre à chacune des classes de microorganismes Bactéries :
A
ex: Le plus petit organisme vivant. Élément génétique unique (pas de noyau) dans un cytoplasme sans organelles, entouré d’une membrane cytoplasmique et d’une paroi cellulaire (cell wall). La croissance d’une colonie bactérienne est phénoménale! (nécessitant une seule journée pour produire une croissance significative)
12
Q
Nommez un aspect particulier propre à chacune des classes de microorganismes Champignons :
A
ex: cellule eucaryote entouré d’une paroi cellulaire. Existe sous deux formes : levures (yeast) et moisissures (mold). Les levures se retrouvent surtout sous forme unicellulaire tandis que les moisissures vont exister sous forme multicellulaire avec différentes structures de spécialisation.
13
Q
Nommez un aspect particulier propre à chacune des classes de microorganismes parasite
A
Cellule eucaryote à la base mais la classification englobe une grande variété d’organisations unicellulaire et multicellulaire.
14
Q
Microbiologie definition
A
Faisant initialement référence au monde observable à l’aide du microscope, la microbiologie est l’étude de mircoorganismes unicellulaire. La parasitologie est considérée par certains experts comme une classe indépendante vue la taille de certaines espèces.
15
Q
definition Pathogène :
A
Microorganisme qui peut causer la maladie chez un autre être vivant (plantes, poissons, humains, et même les bactéries peuvent être infectés par des virus)
16
Q
definition Pathogénèse
A
Décrit les éléments et les mécanismes qu’un pathogène cause une maladie. Pour causer une maladie, le microorganisme doit s’infiltrer dans l’hôte, persister au niveau du site et modifier la fonction normale. En l’absence de changements de la fonction normale on observe un état de colonisation
17
Q
definition Épidémiologie :
A
Terme qui réfère à l’étude de la santé et des maladies des populations, il est utilisé au sens large pour l’étude de l’incidence et autres caractéristiques descriptifs d’un pathogène infectieux au sein du population.
En maladies infectieuses, l’épidémiologie d’un pathogène peut évoluer très rapidement. Connaître ces éléments est nécessaire afin de modifier la pratique en conséquence
18
Q
Quelles sont les deux modalités importantes au niveau immunitaire qui vont protéger l’humain contre les infections microbiologiques?
A
Immunité cellulaire et immunité humorale. Le notions importantes on été présentés dans le cours d’immunologie. Ces concepts vont s’appliquer de façon importante dans ce cours d’infectiologie et seront identifiés clairement.
19
Q
definition virulence
A
Puissance d’un microorganisme à causer la maladie. (page 13, premier paragraphe) Il faut distinguer la virulence de potentiel (ou pouvoir) infectieux. Ainsi, la virulence mesure le degré d’agressivité, une mesure quantitative. Les facteurs de virulence sont les éléments du microorganisme qui vont en modifier la virulence. Le « pouvoir pathogène » indique la possibilité de causer une infection, une mesure qualitative.
Exemple : le virus de l’influenza est un pathogène. Certaines souches peuvent être plus virulents que d’autres. Ainsi, le virus de l’influenza sous-type H5N1 est associé à un taux de mortalité de 50% chez les adultes tandis que la souche saisonnière (sous-type H3N2) est associée à un taux de mortalité de 1-2% chez les adultes. La pandémie d’influenza (H1N1) est associée à un taux de mortalité relativement faible (1% et à confirmer selon les études à effectuer). Le pouvoir infectieux de l’influenza H5N1 est demeuré faible, heureusement! Le pouvoir infectieux de l’influenza H1N1 est élevé, raison pourquoi une pandémie s’est développée.
20
Q
processus de soins en maladies infectieuses selon votre lecture de la section résumé
A
1.Manifestations cliniques
2.Diagnostic
3.Traitement
4.Prévention
21
Q
processus de soins en maladies infectieuses étape 1
A
- Manifestations cliniques : Les manifestations cliniques reflètent l’organe atteint. (ceci sera expliqué plus en profondeur dans les quatres cours d’infectiologie pour chacune des pathologies). Aussi : L’évaluation des signes et symptômes et à la base du processus diagnostique. Une erreur à cette étape entraîne nécessairement des erreurs des les étapes suivantes.
22
Q
processus de soins en maladies infectieuses étape 2
A
- Le diagnostic repose sur les éléments cliniques identifiés à l’étape un (1). Le diagnostic peut être confirmé ou réfuté par les investigations effectuées principalement au niveau du laboratoire de microbiologie et par la radiologie.
23
Q
processus de soins en maladies infectieuses étape 3
A
- Le succès thérapeutique sera atteint par l’usage adéquat des antibiotiques. C’est-à-dire, en optimisant la thérapie pour l’individu concerné afin d’obtenir l’efficacité désiré et en minimisant les effets secondaires. Vous réussirez le cours si vous appliquez ce principe!
24
Q
processus de soins en maladies infectieuses étape 4
A
- Sous la responsabilité de la Santé publique, les efforts concertés sont nécessaires pour protéger les communautés. Une perspective individualisée pour le patient est un élément essentiel de chaque clinicien. Ainsi, la Santé publique effectue des recommandations sur de multiples aspects de la vie quotidienne dont la vaccination. Cette pratique englobe toutefois beaucoup plus incluant par exemple la gestion de l’élimination des déchets et la gestion de l’approvisionnement de l’eau. De plus, c’est au clinicien qui prend les soins d’un patient en charge d’évaluer les recommandations de la Santé publique et de les appliquer selon les caractéristiques propre au patient en question.
25
Un de vos copains en chimie veut filtrer une solution pour injecter dans un animal. Il vous demande quelle est la taille des pores d’un filtre nécessaire pour enlever tout microorganisme vivant de sa solution?
0,2 µm (les filtres pour préparation stérile sont de 0,22 µm). La taille des pores doit est assez petite pour prévenir le passage du plus petit être vivant pathogène. Les bactéries sont la cible car les virus ne survivent que pour un très court laps de temps en dehors d’un être vivant. Les champignons et les parasites sont plus gros que les bactéries. Ainsi, les bactéries en forme de bâtonnet présente la plus petite surface vue de l’extrémité qui est de 0,2 µm de largeur.
26
Étymologie des noms des formes
. La morphologie est souvent utilisée comme caractéristique de classification des bactéries (surtout les bacilles et les coccis). Les arrangements cellulaires ou agrégations sont aussi utilisés pour décrire les bactéries. Les termes dérivés du latin « diplo », « strepto » et « staphylo » sont utilisés couramment pour décrire les bactéries qui se présentent en pairs, chaines et amas respectivement
27
Nommez les 3 principales structures générales d’une bactérie.
L’enveloppe (et les appendices qui s’y rattachent), le cytosol, le nucleus
28
Quel est l’avantage naturel de la petite taille et de la simplicité d’une bactérie (ou cellule procaryote) en comparaison avec une cellule eucaryote.
La petite taille et la simplicité de la bactérie comparée à une cellule eucaryote offre l’avantage d’une reproduction beaucoup plus rapide. Il faut toutefois se rappeler que la simplicité de structure d’une bactérie est en contraste avec la complexité d’une bactérie au niveau moléculaire qui peut varier énormément d’une espèce à une autre. Plus précisément, c’est au niveau de la paroi que réside toute la complexité de structure des bactéries. Voici donc un deuxième élément de la classification des bactéries : la description de l’enveloppe bactérienne.
29
Quels sont les 2 éléments de structure qui se retrouve au niveau de l’enveloppe bactérienne
Paroi (wall) et membrane. À noter que certaines bactéries vont produire une capsule qui se retrouve à la face externe de la bactérie (englobant donc la paroi et membrane cellulaire).
30
Description d'une capsule
A) Le matériel à la surface de l’enveloppe bactérienne se nomme « capsule » et est composé de polysaccharides ou de polypeptides.
0 B) La capsule est considéré comme un facteur de virulence lorsqu’elle protège la bactérie du système immunitaire (ex : phagocytose). Elle permet aussi entre autres d’adhérer aux surfaces.
C) La capsule peut aussi diminuer ou empêche la pénétration des antibiotiques (et donc mener à un échec thérapeutique.
E) La capsule peut être antigénique. Demeure un aspect important dans la pratique puisque certains vaccins peuvent cibler la capsule. La variabilité dans la capsule dans la population de bactéries infectieuses fait varier les composantes du vaccin.
F) La capsule n’est pas essentielle à la viabilité de la bactérie.
31
la paroi cellulaire (« cell wall ») est un élément essentiel pour la survie de la bactérie Vrai / Faux
Faux. Certaines bactéries peuvent survivre sans paroi cellulaire. On les nomme « mycoplasmes ». Ce type de bactérie peut résider à l’intérieure d’une cellule humaine. Les antibactériens devront donc pénétrer dans la cellule humaine pour atteindre les bactéries. Certains antibactériens possèdent cette caractéristique pharmacocinétique. Notez que la réponse ‘vrai’ pourrait être acceptable car les mycoplasmes ne peuvent survivre à l’extérieure d’une cellule.
32
la paroi cellulaire est propre aux cellules procaryote Vrai / Faux
Vrai. Toutefois, une structure semblable (mais de composition chimique différente) et nommé paroi cellulaire existe chez les champignons aussi. Il éviter de confondre les deux éléments
33
La coloration Gram permet de distinguer entre deux types de membranes cellulaires Vrai / Faux
Vrai. Cette coloration est très largement utilisée en pratique clinique
34
Les bactéries à « Gram positif » apparaissent de couleur violette au microscope suivant la coloration Gram. Vrai / Faux
vrai
35
Entre les bactéries à gram positif et les bactéries à gram négatif, il y a des différences significatives au niveau de la membrane. Lequel des deux groupes a un espace entre deux membranes?
Les bactéries à gram négatif. Notez l’espace à la figure 21-4 et 21-7 nommé « periplasmic space». L’espace est absent pour la bactérie Gram positif. Cet espace joue un rôle important dans la résistance bactérienne. Les béta-lactamases secrétées par les bactéries Gram négatif vont se concentrer dans cette zone et inactiver de façon très efficace les antibiotiques. Cet espace est relativement absent chez la bactérie Gram positif. Cette dernière secrète les béta-lactamases dans l’environnement adjacent. Les enzymes sont donc dilués dans l’espace et sont ainsi moins efficace comme mécanisme de résistance contre les antibactériens
36
« periplasmic space»: utilité pharmacologique
L’espace fermé pour les bactéries à gram négatif a un impact au niveau de la résistance aux antibiotiques. Les bactéries peuvent concentrer dans cet espace les enzymes (les béta-lactamases) qui détruisent les antibiotiques. Sans cet espace fermé, les enzymes se perdent une fois secrétés par les bactéries. Ce mécanisme de protection est donc beaucoup plus efficace pour les bactéries gram négatif que pour les bactéries gram positif.
37
Quelle est la couleur retenue par les bactéries gram négatif lors du processus de coloration Gram?
rouge
38
Nommez quelques limites d’identification des bactéries par la coloration Gram.
Certaines bactéries ne vont pas lier le colorant (ex. Treponema pallidum, les mycobactéries) pour différentes raisons. De plus, les propriétés des bactéries peuvent changer la réponse à la procédure de coloration dans certaines conditions de culture. Ceci peut mener à une mauvaise interprétation de la lecture suite à la coloration. Les microbiologistes et techniciens de laboratoire sont vigilants face à ces phénomènes.
39
Décrivez en vos propres termes la structure de la paroi cellulaire de la bactérie Gram positif.
La compréhension de la structure de la paroi cellulaire est importante car certains antibiotiques agissent au niveau de cette cible. Les éléments importants à retenir sont : le peptidoglycan et l’acide teichoïque De plus, il faut comprendre l’agencement physique des peptidoglycans (chaines de sucre parallèles, auxquels se rattachent de courtes chaînes de protéines; des liens entre les chaînes de protéines pour stabiliser les longues chaînes de sucres). Il faut comprendre le rôle de l’acide teichoïque: servir d’ancrage entre la paroi et la membrane. Joue un rôle de déterminant antigénique
40
Comment nomme-t-on une bactérie soumise à un processus (lysozymes) où la paroi cellulaire est enlevée dans un environnement isotonique?
protoplaste
41
Décrivez en vos propres termes la structure de la paroi cellulaire de la bactérie Gram négatif.
Les éléments importants à reconnaître sont l’espace périplasmique, la mince couche de peptidoglycans au sein de l’espace périplasmique, la membrane externe et les lipopolysaccharrides de la membrane externe. Il faut faire attention car certains termes portent à confusion.
De plus, certains termes sont utilisés de façon différente selon les experts. Dans ce cas-ci et pour le cours, la membrane externe (ressemblant grossièrement à la membrane interne) est une composante de la paroi cellulaire. Le sphéroplaste est le nom attribué à la bactérie Gram négatif comparé au protoplaste de la bactérie Gram positif. Les lipopolysaccharides peuvent engendrer une toxicité importante voire létale chez l’homme. Notez que l’usage des certains antibiotiques pour traiter certaines infections particulières peut précipiter et donc aggraver la condition du patient par la libération massive des endotoxines suite au décès des bactéries
42
Au niveau de la membrane cellulaire, une composante particulière est retrouvée dans la membrane cellulaire animale et est absente au niveau de la membrane cellulaire bactérienne. Quelle est cette composante?
stérols
43
Décrivez les effets du lipopolysaccharide chez l’homme.
La lipopolysaccharide (LPS) situé dans la paroi cellulaire de la bactérie gram négatif est toxique et peut entrainer des conséquences néfastes chez l’homme.
44
Différenciez le rôle du pili (fimbriae) de celui du flagelle.
Le flagelle est généralement un élément de locomotion. Le pili sert d’adhésion. Il y a aussi le pili sexuel qui permet le transfert d’éléments génétiques d’une bactérie à une autre.
45
Définissez le terme « plasmide ».
Le plasmide est un élément génétique dans le cytosol, généralement circulaire et indépendant du corps nucléaire. Cet élément génétique peut contenir des éléments déterminants de la résistance aux antibiotiques, et peut être transmis d’une bactérie à une autre
46
Nommez une caractéristique intéressante de la spore.
Il y en a plusieurs : est un élément de survie qui prend forme en présence d’un environnement hostile non favorable à la forme végétative. Ce n’est pas une structure de reproduction. Les spores peuvent survivre pendant de longues périodes de temps (50 ans pour l’anthrax!). Le Clostridium difficile peut former des spores et pour cette raison persiste dans les hôpitaux malgré tous les efforts pour le contrôler.
47
Pourquoi le procaryote est simplifiée?
La cellule procaryote est « simplifiée » afin de favoriser une multiplication rapide. Puisque le chromosome se retrouve « exposé » dans le cytosol, les échanges et la réplication du matériel sont plus faciles. L’évolution d’une maladie infectieuse en pratique est fonction de la vitesse de production des enzymes et toxines et de la vitesse de réplication cellulaire. Le saisi de la perception de cette vitesse vous permettra de connaître ou « estimer » le temps de réponse au traitement. Ainsi, pour les infections bactériennes, l’évolution clinique peut être très rapide (< 24 heures) vu la vitesse de production des toxines
48
Les multiples réactions du métabolisme bactérien peuvent être classifiées en 4 fonctions. Quelles sont ces fonctions?
énergétique, biosynthèse, assemblage, polymerisation
49
Le transport transmembranaire peut se faire par différents mécanismes. Lequel est le plus fréquent pour les bactéries anaérobies et qui nécessite de l'énergie?
transport actif
50
Deux enzymes sont nécessaires pour tolérer l'oxygène. Quels sont-ils?
superoxide dismutase et peroxidases
51
La croissance cellulaire bactérienne est fonction de 3 processus métaboliques. Lesquelles?
division cellulaire, métabolisme, régulation
52
Je suis le processus métabolique qui transforme le sucre en alcool et autres acides organiques afin de générer de l'ATP.
fermentation
53
Je suis le moyen de transport le plus commun en l'absence d'oxygène.
translocation
54
Comment caractérise-t-on la vitesse de croissance cellulaire bactérienne comparé à celle d'une cellule eucaryote?
rapide
55
Avec la classification des bactéries selon leur réponse à l'oxygène, on peut classifier les bactéries en combien de catégories?
5
56
Je suis un composant particulier secrété par les bactéries afin de capter le fer.
Siderophores
57
Quels sont les deux noms officiels des formes dormantes des bactéries (à l’opposé de la forme végétative)?
Endospore (certaines bactéries Gram positif) et la cellule en phase stationnaire. Lorsque les bactéries sont sous cette forme leur comportement et réponse vis-à-vis les antimicrobiens est différente que lorsque sous forme végétative.
58
Identifiez des éléments que vous aimeriez cibler dans la bactérie pour la détruire.
Quelques cibles utilisées : protéines liantes au niveau de la membrane cytoplasmique, la chaine de peptidoglycan, la synthèse des protéines au niveau de l’ARN, la réplication de l’ADN. Ces éléments seront vus précisément dans les cours de pharmacologie.
59
Identifiez les 4 phases de croissance d’une colonie bactérienne
En attente, exponentielle, stationnaire, décès. La figure 21-23 est extrêmement importante. Ce modèle servira de base afin de comprendre l’interprétation des tests de sensibilité.
60
Décrivez le comportement d’une culture bactérienne en phase de croissance exponentielle
Les cultures sont en mode de réplication active. La vitesse de croissance de la culture est à son maximum et est constante. La croissance est décrite par une courbe logarithme. Le temps de génération est constant. Il faut aussi être en mesure de décrire les évènements des 3 autres phases de croissance.
61
Un plasmide peut être transféré entre bactéries d’une même espèce V/F
V
62
Un plasmide peut être transféré entre 2 bactéries d’espèces différentes. Vrai / Faux
V
63
Un plasmide peut porter les éléments génétiques pour la résistance à plusieurs antibiotiques. Vrai / Faux
V
64
Un plasmide confère la résistance surtout par altération de la cible d’un antibiotique. Vrai / Faux
faux : la résistance conféré par un plasmide se situe surtout au niveau de la perméabilité membranaire ou par production d’enzymes.
65
Quels éléments peuvent être utilisés pour classifier les bactéries selon le genre? Et selon l’espèce?
a) Genre : forme, formation de spores, réaction Gram, croissance selon la présence d’oxygène, température favorable à la croissance
b) espèce : métabolisme particulier, production d’enzymes particuliers ou toxines, composition antigénique
66
Parmi les bactéries Gram positif aérobique, trois genres sont particulièrement important à retenir :
Staphyloccocus sp., Streptococcus sp. et Enterococcus sp
67
Quel espèce de Staphylcoccus est particulièrement paghogénique chez l’homme?
Staphylococcus aureus
68
Quel est le test majeur utilisé pour différencier les espèces de Staphylcoccus sp.?
La coagulase. Test pour différencier le S. aureus des autres staphylocoques. Le Staphylococcus sp. est catalase positif. Il existe un test de dépistage rapide du Staphylococcus sp. Puisque le Staphylococcus sp. peut causer des infections fulgurantes (à progression très rapide), il faut être capable de l’identifier rapidement afin d’instaurer le traitement approprié rapidement.
69
Décrivez la classification des streptocoques.
La classification des streptocoques est relativement compliquée. Le meilleur moyen de retenir les différents streptocoques et de reconnaître leurs noms. Préférablement, il suffit de classifier les streptocoques en trois groupes : les streptocoques pyogéniques, le pneumocoque, et les streptocoques viridans.
La classification de Lancefield est parfois utilisée dans les rapports de microbiologie. La caractéristique hémolytique (alpha, béta, ou absence d’activité hémolytique) est aussi utilisée. Ces deux caractéristiques (Lancefield et béta-hémolytique) sont valables seulement pour les streptocoques pyogéniques.
70
Listez les bactéries intra-cellulaires
Chlamydia spp., Mycoplasma spp., Legionella pneumophilia, Listeria monocytogenes, Mycobacterium tuberculosis.
Il faut reconnaître les situations où ces bactéries intra-cellulaires sont la cause de l’infection. Certains antibiotiques (quinolones, macrolides) se concentrent dans les cellules humaines d’où leur efficacité contre ces bactéries
71
bactéries à Gram négatif
HENPECKS : Un acronyme utilisé pour retenir les bactéries aérobies gram négatif pathogéniques chez l’humain.
Ainsi
H : Heamophilus influenzae
E : Enterobacter spp.
N : Neisseria meningitids (et N. gonorrhea)
P : Proteus mirabilis (et Pseudomonas aeruginosa)
E : Escherichia coli
C : Citrobacter spp.
K : Klebsiella spp.
S : Serratia spp.
72
les toxines du E. coli
Il n’est pas nécessaire de retenir l’ensemble des notions des toxines. Il faut seulement reconnaitre l’existence de ses différentes toxines et les différents tableaux cliniques associés.
Toxine alpha-hémolysine,
Toxine type Shiga (aussi appelé Shiga Toxine E. coli ou STEC),
Toxine thermo-labile
Toxine thermo-stable
73
Quel est la particularité principale du Chlamydia sp. comparée aux deux bactéries précédentes?
Le Chlamydia sp. est intracellulaire obligatoire vu l’absence d’une paroi cellulaire rigide. Comme mentionné un peu plus tôt, les antibiotiques doivent posséder la caractéristique pharmacocinétique particulière de pénétrer dans les cellules humaines infectées afin d’être actifs contre ce type de bactéries.
74
Infections associées Staphylococcus aureus
Très large inventaire! Infections de la peau, tissus mous, méningite, endocardite, pneumonie, bactériémie et sepsis, ostéomyélite, arthrite septique, …)
75
Infections associées Staphylococcus epidermidis
Infections des cathéters et septicémie surtout
76
Infections associées Streptococcus pneumoniae
Infections des voies respiratoires (otite, sinusite, bronchite)
77
Infections associées Chlamydia trachomatis
Infections transmises sexuellement et par le sang (ITSS), conjonctivite
78
Infections associées Enterobacter cloacae
Infections nosocomiales (surtout pneumonie)
79
Infections associées Escherichia coli
Infections urinaires (et nosocomiales, intra-abdominales)
80
Infections associées Hemophilus influenzae
Infections des voies respiratoires
81
Infections associées Klebsiella pneumoniae
Infections des voies respiratoires (nosocomiales)(pneumonie lobaire)
82
Infections associées Legionella pneumophila
Infections des voies respiratoires
83
Infections associées Mycobacterium tuberculosis
Infections des voies respiratoires (population indigène)
84
Infections associées Mycoplasma pneumoniae
Infections des voies respiratoires (bronchite)
85
Par quels mécanismes les micro-organismes développent-ils de la résistance? Décrivez brièvement chacun d’eux en vos propres mots.
a) Inhibition enzymatique = production d’une enzyme qui inactive ou détruit l’antibiotique. La dégradation ou la modification enzymatique d’un antibiotique constitue le mécanisme de résistance le plus répandu.
b) Altération des sites de liaison (ciblés par l’antibiotique): L’altération d’un site de liaison entraîne une baisse de l’affinité de l’antibiotique pour son foyer d’action. Il s’agit d’une modification du site d’action pour empêcher l’action de l’antibiotique
c) Réduction de la perméabilité cellulaire : Les changements de perméabilité de la paroi ou de la membrane bactériennes empêchent le médicament d’atteindre sa cible. Une altération des protéines caniculaires (porines) dans la paroi des bactéries à Gram négatif peut réduire ou bloquer la pénétration de l’antibiotique jusqu’à son foyer d’action.
d) Pompes à efflux : Ces pompes éjectent l’antibiotique hors de la cellule par transport actif et empêchent l’accessibilité au site d’action.
e) Changements des voies métaboliques : certains antibiotiques s’attaquent aux processus métaboliques. Des changements dans le processus sont la cause de résistance aux antibiotiques dans quelques cas. Ce types de changements ne s’appliquent que dans des situations bien précises (et donc on ne compte pas ce 5e mécanisme)
86
Expliquez le terme susceptible et le terme résistance en fonction de la CMI et des concentrations du médicament dans l’humain?
Le terme susceptible implique que la concentration de l’antibiotique administré à une dose standard chez l’humain est supérieure à la CMI de la bactérie pour cet antibiotique. Le terme résistance est attribué à un antibiotique lorsque la concentration sanguine qui peut être atteinte à des doses standards est inférieure à la CMI.
87
Expliquez pourquoi des échecs cliniques peuvent être observés même si on administre un antibiotique déterminé sensible pour la bactérie en cause de l’infection.
Trois types de paramètres sont importants à considérer dans les infections. Les paramètres du médicament, du micro-organisme, et du patient sont à évaluer. Les échecs peuvent être observés pour différentes raisons catégorisées dans ces trois types de paramètres. Comme exemples, la distribution du médicament au site infecté est possiblement non optimale, la virulence de la bactérie est telle que des abcès se développent, la fonction cardiaque du patient est tellement compromise qu’il ne peut survenir à une augmentation de la demande en oxygène en situation infectieuse, etc.
88
Expliquez la différence entre la résistance bactérienne intrinsèque et la résistance acquise.
Une espèce bactérienne à une résistance intrinsèque à un antibiotique lorsque la bactérie a des mécanismes de résistance à l’antibiotique dans son matériel génétique à l’état naturel (sauvage) sans en avoir fait l’acquisition. La résistance est dite acquise lorsque la bactérie, dans l’environnement naturel est habituellement sensible à l’antibiotique mais développe une résistance suite à l’acquisition de matériel génétique.
89
Nommez les mécanismes d’acquisition de matériel génétique de résistance.
Conjugaison, transduction, transformation, transposition
90
Est-ce que le niveau de résistance d’une bactérie est en relation avec la virulence?
Non. Sachez que la résistance n’a pas de relation avec la virulence bactérienne. Ces caractéristiques sont génétiquement indépendantes.
91
Comparez et décrivez les différences entre les béta-lactamases de bactéries Gram positif de celles de bactéries Gram négatif.
Les béta-lactamases de bactéries Gram positif sont des exoenzymes qui ont une activité contre certaines pénicillines (aminopenicillines) mais pas tous et peut d’activité contre les céphalosporines. Ces béta-lactamases sont souvent inhibés (par liaison irréversible) par les inhibiteurs de beta-lactamases (acide clavulanique, tazobactam, cilastatin). Les béta-lactamases de bactéries Gram négatif se concentrent au niveau du périplasme membranaire, ont une activité contre plusieurs agents de la classe des pénicillines et de la classe des céphalosporines, et ne sont pas nécessairement inhibé par les inhibiteurs de béta-lactamases. Ces béta-lactamases sont inductibles : c’est-à-dire qu’ils sont produits en faible quantité à l’état « naturelle » et sont produits en quantité plus importante suivant l’exposition à un antibiotique.
92
Que signifie « résistance intrinsèque »?
Synonyme : résistance chromosomique.
La résistance intrinsèque réfère à une espèce bactérienne qui est n’est pas affecté par un antibiotique. L’absence d’activité est dû à différentes raisons (ex : absence de la cible, perméabilité réduite). Cette espèce bactérienne n’a pas besoin d’acquérir ou de développer de matériel génétique supplémentaire pour être résistant. L’ensemble de l’espèce est naturellement résistant. Un bon exemple est avec la vancomycine. Elle s’attaque à la paroi cellulaire, et très efficace contre les bactéries Gram positif. Les bactéries Gram négatif sont intrinsèquement résistant car la vancomycine ne pénètre pas à travers la membre externe pour atteindre la cible.
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Quel est la conséquence clinique des caractéristiques suivantes de l’acquisition (ou développement) de la résistance par mutation?
Les mutations prennent place régulièrement, permettant la bactérie de s’adapter son environnement par sélection génétique. Cet aspect s’applique à l’usage des antibiotiques. Un principe général est : plus l’antibiotique est utilisé, plus il y aura de la résistance. L’usage optimal des antibiotiques est de mise.
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Les plasmides qui confèrent la résistance ont des caractéristiques particulières qui permettent le transfert de l’information génétique d’une bactérie à une autre. Nommez deux caractéristiques particulières qui favorisent le transfert de plasmides.
Le nombre de bactéries présentes dans une infection peut avoir un impact sur la sélection de la résistance. En général, plus il y a de bactéries présentes dans une infection, plus il y a de chances de présence d’un clone ayant une mutation génétique qui code pour la résistance. En traitement, il est important d’éliminer l’ensemble des bactéries si possible. Si des bactéries demeurent à la fin du traitement, ce sont les bactéries qui sont résistants à l’antibiotique. Il faut éliminer le plus de bactéries possible afin de permettre au système immunitaire d’éliminer les bactéries résistantes qui persistent suivant le traitement antibiotique. Ce principe est à la base du traitement complet d’une infection (et donc la nécessité de l’adhérence au traitement).
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Comment expliquez-vous cette résistance ?
Elle a terminé, il y a 2 mois, un traitement avec la ceftriaxone pour une pneumonie. Elle présente maintenant des symptômes de diverticulite et est admise à l’hôpital pour une détérioration de sa condition.
On tente de stabiliser la patiente avec une réhydratation et un traitement de ciprofloxacin plus métronidazole (pour couvrir les bactéries aérobes à gram négatif et les bactéries anaérobes provenant de la flore intestinale et susceptibles d’être à la source de cette infection), mais il n’y a pas d’amélioration significative. L’antibiogramme nous révèle que les souches d’E. coli dans les hémocultures sont résistantes à la ciprofloxacine et aux céphalosporines de 3e génération.
Le comportement de la mutation génétique est très complexe. La régulation peut permettre des changements très rapides. Ainsi, il peut y avoir une émergence de résistance en quelques jours suite à l’exposition d’un antibiotique – et donc en cours de traitement. Ainsi, un patient qui répond initialement à une thérapie mais sans résolution complète en quelques jours peu progresser vers une infection résistante.
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Pour quelle raison le processus/ métabolisme des bactérie est partiellement intracellulaire
puisque procaryote: pas de noyau, adn dans cytoplasme, tous les processus se passe dans les membranes. O2 dégrade dans l'adn: donc on veut pas que ce soit en contact
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Morphologie des cocci
coque: seul
streptocoque: en chaine
staphylocoque: en grappe
tous cerculaire
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morphologie bacilli
On ne fait pas vraiment les distinction, en batonnets
99
Commentaire sur les ribosome bactérie
ribosome: différent qu'eucaryote, donc humain, donc cible thérapeutique
100
Capside bactérie
Pas présente dans toutes les bactéries
101
plasmide
matériel génétique extrachromosomique: qui peut se déplacer d'un bactérie à l'autre
102
Flagelle ou cil: role
adhérence et partage adn
103
Lieu de grand nombre d'activité
membrane cellulaire
104
Rôles des protéines sur la surface de la bactérie
adhérence, échange (rentre et sort des élément)
105
Utilité endospore
endospore de survie: processus de survie (pas reprod)
106
comment on classe bactérie (général)
1: on classe aorobe ou anaerobe
2: gram = ou -
3: on classe par la morphologie
107
Fonctionnement de la paroi gram+
Une couche épaisse de peptidoglycan puis l'espace periplasmatique puis une double membrane de PGL
Acide lipotechoic (fonctionne come le squelette)
peptidoglycan: la brique
108
Fonctionnement de la paroi gram-
bicouche PGL, paroi (peptoglycan), bicouche PGL
très petite de peptidoglycan juste là pour garder la forme
109
Caractéristique Gram +
Coloration bleue
Paroi cellulaire faite de peptidoglycan et liens d’acide techoïque
Absence de paroi: protoplastes
Pas de lipopolysaccharides
110
Caractéristique Gram -
Coloration rouge
Double membrane et mince couche de peptidoglycan si présent
En l’absence de paroi: sphéroblaste (ou décès)
Présence de lipopolysaccharides (c'est ca qui fait partir l'inflammation)
111
Étapes coloration gram
étape 0: culture (monoculture (on prend une colonie puis on spread sur petri, culture 48h, on prend 1 colonie, mets sur la vitre, on cuit (pour que ça se fixe sur le verre))
1-fixation sur une plaque de verre
2-violet de gentiane
3-mordançage au lugol
4-décoloration
5-recoloration à la fuchsine ou à la safranine
Étape 1 Coloration au violet de gentiane et lugol
Étape 2 Imperméabilité à l’alcool (GRAM +)
Décoloration: paroi bactérienne
perméable à l’alcool (GRAM-)
Étape 3 Recoloration par la fuchsine
112
Explication coloration gram
puis on colore: violet, colore
mordanàge: rend isoluble dans certain circonstance (pcq a passé la paroi et c'est une grosse molécule)
gram +: grosse paroie, peux plus sortir
gram-: passe membrane, mais peut ressortir
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Résultat coloration gram
Bactérie Gram + apparaît bleu
Bactérie Gram – apparaît rouge
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Application clinique: étapes de traitement/ décision antibio
1- identifier qu'un patient a besoin d'un antibiotique
2- antibio choix empirique (le meilleur guess avec
3- la culture coloration Gram arrive en général 48h, lorsque prise sanguine, parfois tu peux faire le test immédiatement------ donc on peut choisir plus facilement puisqu'on sait gram
identification de la bactérie peut prendre quelques jours à même 2 mois
115
les bactéries pour faire ATP utilise:
fermentation ou oxygénation
116
fermentation:
usage hydrocarbure, lent, faible rendement énergie, production alcool, infrastructure faible (petite protéines)
117
oxygénation
infrastructure (protéines qui gère o2 et détox), rendement élevé, rapide
118
Pourquoi détoxyfication
pcq o2 corosif (exemple fer, etc),
si trop O2 corrosion
119
Processus bactérien: usage de l’oxygène (5 types)
1.Aérobie obligatoire
2. Anaérobie obligatoire
3. Aérobie facultative
4. Microaérophile
5. Anaérobie aérotolérante
120
caractéristique bactérie Aérobie obligatoire
en haut de l'éprouvette, vers le ménisque et l'air
o2 obligatoire, pas de fermentation
121
caractéristique bactérie Anaérobie obligatoire
fermentation oui
O2 est toxique
en bas de l'éprouvette, forme un culot
122
caractéristique bactérie Aérobie facultative
Une partie est proche du hot et une partie dispersée dans l'éprouvette
peuvent faire les 2, surface: multiplication rapide pcq o2
bas: fermentation donc reprod plus lent
123
caractéristique bactérie Microaérophile
Se situe un peu en dessous du haut, mais plus proche du haut
doivent avoir de o2, mais pas trop: détoxyfication sont basse/ mauvais
pas de fermentation
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caractéristique bactérie Anaérobie aérotolérante
font juste fermentation, mais savent faire détoxyfication o2 (mais peuvent pas faire oxygénation)
sont dispersée dans le liquide
125
Comment distinguer infection anaérobe et aérobe d'un patient
anaérobe: très odorant (ca pue), ex: c difficile (gram +)
126
Éléments fonctionnels (processus): 4 phases de croissance
1- temps pour que les bactéries s'adapte à l'environnement
2-phase exponentielle (phase que la plus part du temps on trouve durant une infection dans l'humain)
3-phase stationnaire: les bactéries détecte manque nutrition, donc ne se divise plus (les abcès sont en phase stationnaire, pour les traiter, il faut souvent besoin d'une phase mécanique (on enlève les bactéries) puis là il y a des nutriment, phase expo: antibio fonctionne)
ATTENTION LIRE la lecture microbiologie 1 fois (2 questions)
127
Type de reproduction bactérie
Fission binaire: matériel génétique identique, croissance logarithmique exposant 2 puisque binaire
Donc: on assume que lorsqu'on prend 1 colonie, toutes cellules sont les même
128
Quand est-ce qu'on retrouve les bactéries en phase stationnaire lors d'une infection?
les abcès: c'est un processus de protection de l'être humain (on restricte l'apport, mais il y a quand même un peu de nutriment dons très rare que résolve tout seul
stationnaire: les bactérie se fixe sur une protèse et se crée un biofilm: se crée sur des structures stables comme endoprotèse, valves, protèse, etc. (la pression mécanique ne les enlèves plus de la surface)
129
Application clinique: les biofilms
* La présence de biofilms engendre un environnement non- favorable à
l’efficacité des antibiotiques
* La présence de biofilms est observée surtout avec le matériel prosthétique
et les cathéters
▫ Recours à une combinaison d’antibiotiques
▫ Recours à des alternatives de traitement (chirurgie, retrait des appareils)
130
Adaptation des bactéries type de test (très général) pour savoir si résistance
on a des test phénotypiques (faut que bactéries sécrète la protéines) (c'est le test qu'on fait souvent pour voir les résistances)
test génotypique (regarde ADN) (on les faits pas vrm
parfois phénot: semble être sensible
géno: avait le gène, mais non sécrété, donne l'antibio, échec puisque commence à le sécrété
131
Virulence bactérienne
degré de rapidité de multiplication au sein de l’hôte (mesure quantitative)
progression rapide: urgence
progression lente: parfois on peut le prendre en charge en communautaire
132
facteur jouant sur la virulence
Adhérence, évasion du système de protection, toxines, nutrition, survie
133
Pathogène:
pouvoir de créer la maladie
binaire (peut ou pas faire l'infection)
svt quand n'est pas dans ton environnement ex: COVID en 2020
pathogène primaire: pathogène est transmit d'une personne à l'autre.
134
Application: virulence
les aspects de virulence doivent être évalués en pratique afin de déterminer le niveau d’intervention
* Ex: Infection dans l’articulation du genou avec Staphylococcus aureus
▫ L’histoire de l’évolution de la maladie chez le patient peut indiquer le niv. d’intervention
135
Génétique bactérienne
Les bactéries changent et mutent
elles peuvent se partager de l'information en transmettant des plasmide d'une bactérie à une autre (interespèce)
136
Classification bactérienne
* Structures (gram +, gram - )
* Usage (ou réponse) à l’oxygène (anaérobe, aérobe)
* Observation microscopique (batonnets, cocci, etc.)
* Processus infectieux (intracellulaire, extracellulaire)
* Tests biochimiques (fermentation du lactose, etc.)
137
Gram positif aérobie
*Staphylococcus aureus,
* Streptocoques (S. pyogenes, S. pneumoniae)
* Entérococcus faecalis, feacium
138
Gram négatif aérobie hospitalier vs communautaire
§ H: Heamophilus influenzae
§ E: Enterobacter spp.
§ N: Neisseria spp.
§ P: Proteus mirabilis (Pseudomonas aeruginosa)
§ E: Escherichia coli
§ C: Citrobacter spp.
§ K: Klebsiella spp.
§ S: Serratia spp.
Commu: PKNH et ecoli
Hospit: Enterobacter, C, S, pseudomonase
139
Anaérobie
Bacillus sp. (gram -)
Clostridioides difficile (gram +)
140
Étapes du développement de
résistance:
1. Sélection d’organismes résistant
2. Élimination de la flore normale sensible au médicament
par développement de MO résistants et colonisation avec
des MO résistants
3. Contact d’une personne à l’autre et transmission dans
l’environnement
4. Transmission globale
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Lien utilisation antibio et résistance
PLUS ON UTILISE LES ANTIOBIO, PLUS IL Y A DE LA RÉSISTANCE
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Quelques causes de la résistance
aux antibiotiques
** L’utilisation inadéquate et excessive des antibiotiques **
* Techniques invasives en milieu hospitalier
* Failles dans le système de contrôle des infections
* Usage extensif des antibiotiques en agriculture et pour l’élevage animal
* Usage extensif des antibactériens pour usage domestique (détergents, pastilles,…)
* Facilité de transport d’un pays à l’autre
* Plusieurs antibiotiques disponibles sans ordonnance dans d’autres pays
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Fonctionnement INESSS et choix de antibio
Les guides de INESSS: on sacrifie une molécule de première ligne (pcq si on l'utilise tous le temps, lentement et surement, création d'une résistence population)
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Fonctionnement transmission résistance
soit d'une personne à l'autre, contact direct, ou réservoir alimentation ou eau
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Particularité Sélection de la résistance chez le patient
Lorsqu'on donne des antibio, on tue toutes les bactéries qui sont sensibles, on donc laisse juste survive ceux qui sont résistants: SOUVENT, si on a une autre inf, elle sera résistence
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Émergence de résistance dans une population: comment général
Si on donne un antibio en première ligne, même une personne qui n'a pas avant pris cet antibio, elle est résistante
on choisi 1 qui fonctionne bien, mais si il y a une résistance dans la population, on doit changer pcq résistance
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Conséquences de la résistance
* Échecs thérapeutiques
* Taux accrus de morbidité et de mortalité (en particulier dans les unités de soins critiques) l'antibio ne fonctionne pas (donc c'est juste le système immunitaire qui fight)
bactériémie, dissémination de l'infection (pcq est aller dans le sang), dans le cœur, cerveau, os, etc.
ou abcès.... puis au final: perd ou fragilise des fonction de la zone affectée
* Augmentation des coûts des soins de santé
o Hospitalisations plus longues
o Nécessité d’utiliser des médicaments plus coûteux et souvent plus toxiques
$$$: on doit faire les culture, rayon x, etc, honoraire des professionnel pcq reconsultation
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Mécanismes de résistance
§ Diminution de la perméabilité (ou
transport membranaire)
§ Altération enzymatique (on essaye de tuer les molécules qui essaye de nous tuer, exemple beta-lactamase)
§ Modification des sites d’activité
§ Expulsion par transport membranaire (pompe à efflux)
§ Altération des voies métaboliques
