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BIO CELLULAIRE > Technologie de l'ADN > Flashcards

Technologie de l'ADN Flashcards

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1
Q

où coupe l’enzyme nucléase

A

lien phosphodiester entre 2 nucléotides

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Q

V ou F

pour qu’une exonucléase puisse agir, elle doit s’associer à la molécule d’ARN ou ADN à son extrémité 5’ exclusivement

A

F

doit être à une extrémité msis peut aller de 3@5 aussi

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3
Q

endonucléase clive où

A

milieu de la chaîne: produit fragments

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4
Q

action des endonucléase de restriction

A

clive aux sites de restrictions (séquences nucléotides spécifiques) de l’ADN double brin

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5
Q

V ou F

les bactéries possèdent des enzymes de restrictions

A

V

pour se défendre contre virus

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6
Q

type de la séquence ci-dessous:
5’GAATTC3’
3’CTTAAG5’

A

séquence palindromique (se lit pareil ds 2 directions)

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7
Q

séquences de restrictions en majorité reconnues des enzymes de restrictions

A

séquences palindromiques

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8
Q

2 types de résultats qui suivent le clivage d’une enzyme de restriction

A
  • bouts france (chop en 2 en une coupure droite)

- bouts collants (chop après le 1er nucléotide de chaque brin)

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9
Q

premier outil al caractériser les gènes et ADN dans les années 70

A

enzymes de restrictions (Restriction mapping dans les organismes et virus)

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10
Q

comment on sépare les fragments d’ADN selon leur taille après digestion

A

électrophorèse sur gel d’agarose:
plus lourds restent près du pôle - car plus lent et plus léger contraire migrent rapidement vers pôle + (ADN est chargé négativement)

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11
Q

on utilise quoi pour visualiser les plaques de gel d’agarose où ont migré plusieurs séquences ADN

A

Bromure d’ethidium (molécule fluo) s’intercale dans la double hélice et est visible qd on projette lumière UV

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12
Q

processus de ligation

A

on peut joindre 2 fragments d’ADN grâce à une ligase et ATP à partir des bouts cohésifs compatibles (on rematch les bouts collants ou francs)

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13
Q

V ou F

la ligation des bouts collants est moins efficace que celle des bouts francs

A

F, francs plus difficile pcq aléatoire; pour qu’ils entrent en contact ils doivent entrer en collision.
Bouts collants s’apparient, stabilisent les interactions donc 100x plus efficace

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14
Q

ADN recombinant

A

ADN qui résulte de la ligation de 2 séquences coupées par enzyme de restriction

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15
Q

clonage d’ADN (cloning)

A

on met l’ADN recombinant (ligation de 2 bouts ayant été clivés par enzyme de restriction) dans un vecteur d’ADN qui pourra faire des réplications autonomes:
on perpétue l’ADN recombinant

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16
Q

plasmide

A

cercle d’adn double brin qui se réplique par lui-même, façon autonome

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17
Q

Vecteur

A

plasmide (adn double brin qui se réplique autonome) qui contient des séquences ADN pour

  1. l’origine de réplication de la bactérie
  2. un gène de sélection (résistance antibiotiques) pour sélectionner juste les bactéries porteuses du vecteur
  3. site multiclonage
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18
Q

Processus de transformation

A

insertion d’un plasmide dans souche de bactérie ou levure

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19
Q

comment on sait quelle cellule a reçu le plasmide dans un peocessuse de transformation et sélection

A

on leur ajoute un marqueur de sélection qui code pour antibiotique (comme ampicilline) et après,
on les met dans un antibiotique => si résiste: on sait que c’est le plasmide qui contient l’antibiotique

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20
Q

est-ce que la transformation d’un plasmide (insertion dans bactérie ou levure) est efficace

A

non, 1/2000

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21
Q

pourquoi on amplifie l’ADN (par transformation dans une bactérie et clonage dans plasmide)

A
  1. séquencer ADN (prep bcp d’inserts)
  2. faire d’autres copies du plasmide (un autre clonage)
  3. produire protéines recombinantes
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22
Q

insuline humaine, hormone de croissance humaine, facteurs de coagulation, immunogènes dans les vaccins et lactase sont tous produits grâce à quelle méthode de technologie d’adn

A

amplification ADN qui fait des protéines recombinantes

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23
Q

comment on produit des protéine recombinantes à des fins de soins médicaux

A

on choisit d’abord un vecteur d’expression qui porte un promoteur (séquence où la transcription commence)

  1. endonucléase de restriction coupe le vecteur avant le promoteur
  2. insertion d’une séquence ADN codante pour prot par ligation
  3. clonage
  4. transformation plasmide dans une bactérie
  5. prot exprimée en grande qté; surexpression
  6. purification de la protéine
24
Q

on utilise quoi comme ammorce pour l’ADN polymérase pour une polymérisation in vitro

A

oligonucléotide ADN ou ARN à l’extrémité 3’ du brin d’ADN en polymérisation

25
Q

différente entre la matrice utilisée pour la polymérisation in vivo VS in vitro

A

in vivo: simple brin de l’hélice qui a été ouverte par l’hélicase
in vitro: simple brin d’ADN est synthétique/phagique par la dénaturation thermique

26
Q

que se passe-t-il avec une séquence d’ADN exposée à un milieu où la température ou le pH augmente

A

double hélice devient hélice simple => absorbance augmente et peut être mesurée en lab

27
Q

V ou F
dénaturation d’un ADN avec beaucoup de séquences A-T a lieu a une température plus élevée qu’un ADN avec bcp de séquences GC

A

F

moins de température pcq liaisons moins fortes

28
Q

V ou F

la dénaturation d’un double brin d’ADN est irréversible

A

F

les simples brins peuvent se renaturer en se ré-hybridant en ADN double brin quand on revient aux conditions initiales

29
Q

hybridation résulte de quoi

A

dénaturation: hélice 2 brins split, renaturation: 2 brins se re-apparie mais peuvent originer de 2 hélices initiales différentes

30
Q

quel est le brin complémentaire (amorce) et la matrice dans la synthèse de l’ADN in vitro

A 
amorce = oligonucléotide
matrice = ADN simple brin
31
Q

méthode pour détecter une mutation dans un gène

A

méthode de Sanger

32
Q

qu’est-ce qui permet normalement l’extension à l’extrémité 3’ d’un nucléotide

A

groupement OH => désoxyribonucléotide dNTP normal

si pas de OH => mutation: didéoxyribonucléotide ddNTP (terminaison, pas d’extension à 3’ possible)

33
Q

comment on détermine la séquence d’un fragment d’ADN

A
  1. sépare les brins
  2. ajout d’amorces & désoxyribonucléotides dNTP dans 4 tubes différents (dA, dC, dG, dT)
  3. on marque un des dNTP pour détecter un ddNTP (terminaison) par tube
  4. ajout de l’ADN polymérase
  5. polymérisation
  6. séparation sur gel agarose
  7. on détecte les brins synthétisés par nos amorces qui on subit une extension et on peut lire la séquence sur le gel
34
Q

PCR

A

polymerase chain rxn

35
Q

cycle de PCR

A
  1. séparation des brins à haute température (95˚C)
  2. hybridation des amorces à 55˚C
  3. synthèse par ADN polymérase soit E coli (37˚C) ou Termus aquaticus Taql (72˚C)
36
Q

V ou F

la spécificité d’une amorce est indépendante de sa longueur

A

F

+ longue = + spécifique à la matrice, moins de chance qu’elle reconnaisse plusieurs endroits dans le génome tout confus

37
Q

quels types de séquences sont utilisés dans le DNA fingerprinting en médecine légale

A

short et long tandem repeats
STR = 2-6 nucléotides
VNTR = 10-100 nucléotides

On amplifie l’ADN à partir de cheveux/sang/cellules de peau

38
Q

c’est quoi le polymorphisme dans les STR et VNTR (séquences junk répétées en tandem)

A

nombre de séquences répétées vraiment variable chez chaque individu => propre à chacun

39
Q

qu’est-ce qui compose la majorité des variations génétiques humaines (90%)

A

polymorphisme d’un seul nucléotide SNP

40
Q

V ou F

la séquence ADN de 2 personnes différentes est 90% différente

A 
F
majoritairement similaire (99.9%)

tout se joue dans le 0.1% restant => variations individuelles qui affectent les risques de maladie chez un individu

=> on parle de séquences de polymorphisme de nucléotides simples

41
Q

qu’est-ce qui créé le motif ADN unique à chaque personne

A

SNP (snip) => variation génétique transmise héréditairement

42
Q

variation de base d’ADN chez moins qu’un % d’une population précise

A

mutation

43
Q

si plus d’un % d’une population est doté d’une variation de base d’ADN, on parle de quoi

A

SNP => c’est pas une variation aléatoire mais toute la pop est affectée

44
Q

quel gène, lorsque porteur de variation, est responsable d’un cancer du sein

A

BRCA-1

augmente risque de cancer du sein x7

45
Q

dans quel cas on peut être atteint de fibrose kystique

A

homozygote pour un allèle où il manque 3 nucléotides CTT dans un site spécifique (s’il manque cette séquence dans les 2 chromosomes)

46
Q

traits génétiques influencés par les SNP

A 
couleur yeux/ cheveux 
perfo musculaire
comportement social 
hérédité maladies
réponse médicaments
47
Q

SNP qui cause un trait génétique

A

SNP causatifs

48
Q

qu’est-ce que les SNP des régions codantes affectent

A

séquence + fonction protéines

49
Q

qu’est-ce que les SNP des régions non-codantes affectent

A

épissage pré-ARNm
régulation gène
niveau expression

50
Q

SNP à proximité d’un gène qui cause un trait génétique précis qui agissent comme marqueur et ne sont pas à l’origine (cause) du trait

A

SNP liés

51
Q

SNP codants et non-codants sont des types de SNP ___

A

causatifs

52
Q

haplotype

A

bloc de variations d’ADN héritées ensemble , combinaison d’allèles ou ensemble de SNPs sur le même chromosome

*séquence qui revient chez plusieurs individus

53
Q

Projet HapMap

A

on veut trouver les régions du gène qui affecte un phénotype comme une maladie/ réponse à un traitement sans avoir à examiner tous les SNPs d’un individu (diminuer le nb analysé de moitié)
MÉDECINE PERSONNALISÉE

54
Q

que permet le HapMap

A
  • prédire si un individu va développer une maladie par test génétique
  • prédire susceptibilité des maladies dans une population en notant les différences génétiques entre pop
  • traitements personnaliser prévention ou délai de maladie
55
Q

que permet la médecine personnalisée et comment

A

analyse moléculaire pour choisir un médicament spécifique pour un patient + efficace pour son contexte génétique et environnemental

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