Junk RNA Flashcards by flavie brunelle

V ou F

ARN non-codant porte sa fonction lui-même sans passer par la traduction d’une protéien qui accomplira la fonction

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V ou F

seulement 2% du gènome humain est transcrit

F
70%
(mais juste 30k ARN / 180k codent pour protéines donc 150k = long non-coding RNA lncRNA)

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que régulent les ARN non-codants (ncRNA)

transcription et post-transcription, épissage pré-ARNm

- formation hétérochromatine (méthylation, modif histone et gene silencing)

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nb de nucléotides qui détermine si le non-coding RNA est long or short

200 nucléotides

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miRNA et siRNA sont-ils

a) lncRNA
b) sncRNA

b) sncRNA ( - de 200 nucléotides)

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nb de nucléotides dans un miRNA

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V ou F

on trouve des miRNA dans les bactéries

animaux, plantes et certains virus

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quand les miRNA fonctionnent-ils (quelle phase régulent-ils)

post-transcription (ADN => ARN)

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V ou F

les miRNA fonctionnent par l’appariement de bases avec les séquences complémentaires au sein de molécules d’ARNt

au sein de molécules d’ARNm

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comment le miRNA ( qui sont des small interference RNA) affectent-t-ils l’expression des gènes en protéines

réduction de l’ARNm disponible donc moins de protéines et moins de fonctions accomplient => silencing des gènes

clivage ARNm en 2
raccourcissement queue poly-A ARNm (destabilisé)
- efficacité de traduction

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on trouve 40% des gènes de miRNA dans quoi

introns ou exons d’autres gènes

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rôle des ARN interference

défense contre séquences nucléotidiques parasites, virus et transposons en empêchant l’expression/traduction des gènes en neutralisant les molécules d’ARNm

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majorité des gènes des miRNA sont transcrit par quoi

ARN polymérase II

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transcrit primaire des miRNA qui en contient plusieurs et a subit un processus de coiffe, de polyadenylation et d’épissage

pri-miRNA

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quels miRNA sont transcrit par ARN polymérase III

ceux portant des séquences Alu en amont des ARNt

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étapes pour passer de pri-miRNA à pré-miRNA

Pasha (invertébrés) /DGCR8 (vertébrés) reconnait la double hélice tige-boucle (hairpin) de la pri-miARN
Drosha (prot) s’associe à Pasha
Pasha + Drosha = complexe enzyme microprocesseur
Drosha chop la base tige-boucle (hairpin) de pri-miRNA
clivage libère les pré-miRNA compris à l’intérieur
résultat = pré-miRNA avec 2 nucléotides libres à 3’

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combien de précurseurs contiennent les pri-miRNA

1-6

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V ou F

les pré-miRNA ont tous une structure en tige-boucle (hairpin) de 70-80 nucléotides

comment peut-on former un pré-miRNA sans complexe de microprocesseurs

à partir d’introns:

Debranching enzyme clive le branching point des introns du gène hôte

comment appelle-t-on les pré-miRNA qui n’impliquent pas de complexe de microprocesseurs

mirtrons, épissés directement à partir d’introns

quels groupements se trouvent aux extrémités 3’ et 5’ des pré-miRNA

3' = OH 
5' = phosphate

comment se fait l’export des pré-miRNA vers le cytoplasme

exportine-5 reconnaissent nucléotides non-appariés à 3’

*transport grâce à l’énergie de Ran-GTP

quelle enzyme ribonucléase est responsable de la maturation du pré-miRNA dans le cytoplasme? comment procède-t-elle?

Dicer

Coupe la tête/boucle qui relie les bras de la tige boucle (hairpin)

qu’est-ce qui résulte du clivage de la boucle de l’épingle à cheveux pré-miRNA par Dicer

Duplex mi-RNA/mi-RNA*
2 brins;
brin guide => qui fera parti du complexe de gene silencing, le RISC aka micro-RNP
*brin passager => qui va être éliminé

vrai ou faux | un ou l'autre des brins formés par Dicer (passager et guide) peut être fonctionnel comme mi-RNA

synonyme du RISC (RNA-Induced Silencing Complex)

mi-RNA ribonucléoprotéine => mi-RNP

composantes catalytiques du RISC à l'origine du silencing

protéines Argonautes (Ago) => lient les mi-RNA matures qui viennent de passer par Dicer pour les mener à interagir avec un ARNm qu'ils silenceront Argonautes + autres protéines = répression traduction

on parle de quoi quand on parle de Slicing

quand mi-RNA est parfaitement apparié avec ARNm => ARNm est clivé et dégradé

quel type d'argonaute a le pouvoir de cliver directement les ARNm cibles

Ago2

comment le mi-RNA réussit à induire le silencing de l'ARNm si son appariement avec elle est imparfait; "pas extensif"

utilisation de P-bodies: On capture les ARNm dans des Processing bodies dans lesquelles on trouve des enzymes de dégradation, les Dcp1 (decaping enzymes)

comment les miARN empêche l'ARNm d'être traduit autre que par p-bodies et par splicing

1. bloque l'inititaion de la transcription 2. accélère la dé-adénylation => dégradation ARNm 3. modifie histone + méthylation de l'ADN des sites promoteurs: formation hétrochromatine: expression des gènes moins possible

v ou f | tous les mi-RNA sont intracellulaire

F majorité oui mais il en existe de l'extracellulaire (miRNA circulants ou extracellulaires) => dans fluides biologiques

V ou F les miRNA dérivent des régions longues d'ARN double brins (dsRNA) tandis que les siRNA dérivent des régions de transcrits qui se replient sur eux-même pour former de courte épingles à cheveux

F contraire siRNA = viennent de longues régions d'ARN double brins

de quel type de junk-RNA parle-t-on: - exprimée plus faiblement que les gènes codants pour les protéines - expression spécifique au tissu - enrichis dans le noyau - faible conservation de séquence en majorité - processus de transcription/maturation similaire à celui de l'ARNm codant pour des protéines - ne code pas pour protéine

long non-coding RNA (lncRNA)

V ou F | les lncRNA ne sont traduits mais pas en protéines

``` F pas traduits (mais transcrit et maturés) ```

quel type de lncRNA trouve-t-on dans une zone non annoté du génome et qui sont transcrits dans le même sens que le gène codant près de lui

intergénique

comment s'organise la transcription et le positionnement d'un lncRNA antisens

transcription dans le sens opposé du gène codant | séquence chevauche partiellement ou totalement le gène codant

différence entre un lncRNA antisens et divergents

divergent = transcrit dans le sens opposé du sens du promoteur du gène codant mais ne chevauche pas les gènes codants au contraire d'antisens

quel type de lncRNA trouve-t-on dans l'intron d'un gène codant

intronique

types de lncRNA dépendemment de leur position relative aux gènes codants qui sont à proximité

- antisens - divergent - intergénique - intronique

on dit que les lncRNA ont une action en trans lorsqu'ils agissent sur des gènes de façon (locale ou indépendante de la distance)

indépendante de la distance => distale | contrôlent les gènes cibles peu importe où ils se situent

comment appelle-t-on l'action des lncRNA sur des gènes codants voisins

en cis, locale

c'est quoi la fonction éponge des lncRNA

compétition avec miRNA pour protéger les ARNm de leur dégradation

rôles des lncRNA

1. dirigent les modificateurs de chromatines vers gènes spécifiques 2. empêche action des miRNA (protège ARNm) 3. déplacent les activateurs/répresseurs de l'expression 4. modulent épissage, bloque la traduction et dégrade l'ARNm 5. promeuvent initiation transcription par l'asso de séquences amplificatrices et promotrices