Secuenciación masiva de genomas

Question 1

qué es la secuenciación?

Answer 1

metodología basada en métodos bioquímicos para determinar el orden de las bases nitrogenadas en la cadena de ADN

Question 2

quién hizo la primera metodología de secuenciación en 1977?

Answer 2

Frederick Sanger

Question 3

en qué se basó la metodología de Sanger?

Answer 3

radiografía de electroforesis
adición de ddNTPs

Question 4

qué identificaba la metodología de Sanger?

Answer 4

orden de bases N gracias a que le ponía radioactividad

Question 5

cómo se replica la molécula de ADN en el método Sanger?

Answer 5

con ayuda de la ADN polimerasa

Question 6

que hacen los ddNTPs en el método Sanger?

Answer 6

terminadores, porque no cuentan con el OH en 3’ de la ribosa
terminación aleatoria de cadena

Question 7

como tiene que ser la cadena de DNA para Sanger?

Answer 7

sencilla

Question 8

con qué se amplifica un fragmento de DNA en Sanger?

Answer 8

DNA polimerasa

Question 9

cuántos fragmentos de nucleótidos se pueden leer una vez amplificado el fragmento de DNA?

Answer 9

50-300 NTDs

Question 10

qué pasa cuando ya tienes nucleótidos específicos?

Answer 10

puedes separar cadenas de diferentes tamaños

Question 11

qué se necesita para Sanger?

Answer 11

ddNTPs
dNTPs
polimerasa
primers
MgCl2

Question 12

qué se usa en vez de la radioactividad en la actualidad?

Answer 12

fluorescencia

Question 13

cómo funciona la fluorescencia?

Answer 13

por medio de un láser el color, se manda al software para verlo en computadora

Question 14

cuántas muestras permite amplificar el método de fluorescencia?

Answer 14

96 en una sola corrida

Question 15

cuántos fragmentos se pueden ampliar por muestra con la técnica de fluorescencia?

Answer 15

30-60k

Question 16

cuáles son los 3 pasos de la secuenciación automatizada?

Answer 16

1. PCR con fluorescencia (cadena terminada con ddNTPs)
2. separación de tamaños con gel de electroforesis
3. excitación con láser y detección por maquina de secuenciación

Question 17

a qué se refieren con next generation sequencing (NGS)?

Answer 17

técnicas de secuenciación posteriores a la de Sanger.

Secuenciación masiva y paralela de fragmentos de DNA

Question 18

qué es cobertura?

Answer 18

la cantidad de veces que se ha leído un nucleótido específico durante un proyecto de secuenciación del ADN

Question 19

qué es la profundidad?

Answer 19

cuántas veces se evalúa un fragmento y que esté correcto en cada fragmento.
“ver si es A toda la fila que debe ser A”

Question 20

tipos de secuenciación

Answer 20

por hibridación

secuenciación de una molécula en tiempo real

Question 21

tipos de secuenciación por hibridación

Answer 21

454 Pirosecuenciación SOLID (Roche)
Solexa (Illumina)

Question 22

la pirosecuenciación usa gel de acrilamida?

Answer 22

no

Question 23

cuántos fragmentos secuencia la pirosecuenciación?

Answer 23

200-400pb

Question 24

en la pirosecuenciación, al adicionar el NTP a la cadena de ADN, qué se libera?

Answer 24

Pi

Question 25

por qué se degradan los dNTPs que no se unan a la cadena de ADN en la pirosecuenciación?

Answer 25

apirasa

Question 26

cómo se detecta la luz en la pirosecuenciación?

Answer 26

reacciones enzimáticas secuenciales
Ppi—ATP—luz visible

Question 27

para qué es la pirosecuenciación más moderna?

Answer 27

para secuencias más cortas

Question 28

qué es Illumina (SOLEXA)?

Answer 28

amplificación “en puente” o cluster PCR

Question 29

qué pasa en Illumina?

Answer 29

1. se pliegan por tener fragmentos que son afines
2. polimerasa duplica puente

Question 30

qué es la librería de ADN?

Answer 30

clonación de fragmentos de DNA insertados en un vector

Question 31

cómo se ven los nucleótidos en la PCR por emulsión Ion Torrent?

Answer 31

por pH, porque al unirse los nucleótidos se libera un H+