Proyecto ENDCODE Flashcards
en qué año se creó el proyecto ENDCODE?
2003
qué cataloga el proyecto ENDCODE?
elementos funcionales del genoma humano
qué investiga ENCODE?
regulación de la expresión génica y la salud
qué regiones quería identificar el proyecto ENDCODE?
- genes codificantes y no codificantes para proteínas
- elementos reguladores de la transcripción
- secuencias que median la estructura y dinámica cromosómica
qué se quería evaluar en la fase piloto de ENDCODE?
estrategias para la identificación de regiones en el genoma
cuál era el objetivo de la fase de desarrollo tecnológico del proyecto ENDCODE?
identificar o crear estrategias computacionales/laboratorio para caracterizar secuencias previamente identificadas y descubrir nuevas regiones
cuántas regiones se eligieron para la fase piloto de ENDCODE?
44 (30Mb; 1% del genoma)
ENDCODE quería identificar regiones de __ que transcriban a __ en la fase piloto
DNA
RNA
cuáles fueron los elementos funcionales analizados en ENDCODE project?
Long-range regulatory elements
Cis-regulatory elements
Sitios de replicación del DNA
Modificaciones epigenéticas
Sitios hipersensibles
cuáles son los long-range regulatory elements?
enhancers
represores/silenciadores
insulatora
cuáles son los cis-regulatory elements?
promotores
sitios de unión del FT
qué técnicas utilizaron para la metodología utilizada en ENDCODE?
hibridación ChIP-chip
inmunoprecipitación de cromatina
qué permitió identificar la hibridación ChIP-chip y la inmunoprecipitación de cromatina en ENDCODE?
sitios de unión de las proteínas que se unen al DNA
- FT
- Histonas
- reguladores de la cromatina
cómo funciona la inmunoprecipitación de cromatina y la hibridación ChIP-chip?
- TF + acs
- Cortar gen con lísis para aislar la secuencia que tenga el TF
- Inmunoprecipitación de secuencia con FT
- Eliminas FT con proteínas (proteinasa K) para que te quede el fragmento de DNA aislados
- Secuencias el fragmento de DNA (secuenciación por hibridación con fluorescencia)
FT —> activa polimerasa (se une a promotor), __ va ayudar a saber en que secuencia y base exacta se une el FT con __
ChIP-chip
inmunoprecipitación
qué significa región ortóloga?
provienen del mismo ancestro
para qué se utilizan las herramientas computacionales que comparan secuencias para inferir funciones biológicas?
árbol filogenético
cuánto duró la fase 1 de ENDCODE?
2003-2007
cuánto duró la fase 2 de ENDCODE?
2008-2012
cuál es la diferencia entre la fase 1 y 2 de ENDCODE?
1 —> Fase piloto con 1% del genoma
2 —> >1% del genoma
qué se buscó en la segunda etapa de ENDCODE?
- Motivos de los factores de transcripción
- Estudio en los patrones de sitios de unión de FT
- Caracterización de regiones intergénicas y definciión de un gen
- RNAs y patrones de modificaciones de cromatina alrededor de regiones promotoras
- Regulación epigenética del procesamiento del RNA
- Caracterización de RNAs no codificantes
- Metilación de DNA
- Descubrimiento y caracterización de enhacers
- Conexiones 3D a lo largo del genoma
- Caracterización de la red topológica
- Machine learning genomics
- Entendiendo la variaicón con base en el impacto de la información funcional
- Impacto de la selección evolutiva en regiones funcionales
cuántas regiones se mapearon para observar la unión de proteínas al DNA en la fase 2?
119
en cuántos tipos de células se encontraron componentes de RNA polimerasas?
72
__ del genoma tienen regiones de DNA con unión a __
8.1%
proteínas
qué es el FACTORBOOK?
catálogo de sitios de unión a FT
qué ayudan a explorar los sitios de unión a FT?
propiedades de la cromatina
qué se evalúa en la unión de H3K27me3?
modificación epigenética en la histona H3, trimetilación de la lisina 27
qué se realizó para explorar la interacción entre modificaciones de histonas y promotores?
modelos de predicción
qué promotores se encontraron en la búsqueda de la regulación epigenética del procesamiento del RNA?
Islas C-G < caja TATA
qué técnica se utilizó para identificar los sitios de inicio de la transcripción en la fase 2?
CAGE-seq
qué nos permite identificar CAGE-seq?
caperuzas para ver sitios de inicio de la transcripción
