Régulation de l'expression de gènes 1 Flashcards
Quel le dogme central de biologie moléculaire proposé par Crick ?
Que l’ADN composé de gènes qui vont être transcrits et peut être aussi traduits
Quel système a été mis en place et décrit par l’opéron lactose ?
Le système inductible
Qu’a montré l’opéron d’Escherichia coli ?
Qu’elle s’adapte à son environnement
Expliquez le temps de plateau observé
La bactérie a besoins d’un temps d’adaptation
Quels sont les types de contrôle selon l’étape de la synthèse de protéine ?
Sur quoi agit le contrôle transcriptionnel ?
Sur quoi agit le contrôle post transcriptionnel ?
Sur quoi agit le contrôle traductionnel ?
Qu’est-ce qu’un contrôle épigénétique ?
C’est un contrôle de l’expression des gènes par des modifications des histones ou encore des méthylations de l’ADN
Que nous montre l’expérience de la sensibilité à la DNAse ?
Que les gènes actifs donc associés avec des histones forment une sous-unité dont la conformation rend l’ADN sensible à la digestion par la DNAse
De quoi relève la question sur ce qui protège l’ADN ?
Cela relève de la structure de la chromatine
Que permet la structure de la chromatine composée d’histones, d’ADN et d’autres protéines ?
De protéger l’ADN des nucléases en le compactant
Quelles sont les différentes conformations de l’ADN ?
- l’hétérochromatine : conformation fermée
- l’euchromatine : conformation ouverte
Qu’avons-nous observé au niveau de zones de régulation des gènes ?
Ils ne sont pas sensibles à la DNAse
Pourquoi cela ?
Parce que la fixation de facteurs de transcription protège l’ADN de la coupure par la DNAse I
Quelles modifications sont possibles au niveau des queues des histones ?
Que va induire l’acétylation des lysines ?
Cela va neutraliser la charge des lysines qui était initialement positive, attachées à l’ADN chargée négativement par liaison ionique
Que va donc permettre l’acétylation des lysines ?
- réduit la force entre l’interaction entre histone et ADN
- favorise l’accès à d’autres protéines
- favorise la liaison de complexes de remodelage de la chromatine et de facteurs de transcription via des bromodomaines
Que va induire la méthylation des lysines et des arginines ?
Elle va neutraliser la charge et l’interaction histone ADN
De quoi dépend le recrutement par ces modifications ?
Du site en question, de protéines activatrices (H3Lys4) ou de protéines inhibitrices (H3Lys9)
Quelle est la caractéristique de la demi vie de la méthylation des lysines et des arginines ?
Elle est longue
Quelles sont les caractéristiques communes des modifications post-traductionnelles des histones ?
- ce sont des modifications réversibles
- avec une certaine spécificité des sites d’action
- et des interactions et régulations entre elles
Citez les interactions et régulations entre les modifications post-traductionnelles
- exclusion mutuelle
- apparition simultanée
- apparition séquentielle
Par quoi sont caractérisés les différents états de la chromatine ?
Par des marques épigénétiques spécifiques qu’on regroupe sous le nom de “codes Histones”
Par quels marques épigénétiques sont caractérisées les hétérochromatines ?
- la méthylation de la lysine 9
- la méthylation de la lysine 27
Par quels marques épigénétiques sont caractérisées les euchromatines ?
- la méthylation de la lysine 4
(( l’acétylation de la lysine 9 ))
Quelles sont les fonctions du recrutement de protéines ?
La transcription, la réparation et la réplication
Quels types de code histones existent-ils ?
Des codes activateurs et inhibiteurs
Comment se fait le remodelage de la chromatine permettant la décompaction de la chromatine ?
Le remodelage de la chromatine est possible grâce à un complexe composé de l’enzyme SWI (switching) ATP dépendante
Que permet ce complexe ?
Il permet l’accessibilité de la chromatine aux facteurs activateurs et au complexe d’initiation de la transcription
Quelles sont les caractéristiques de la méthylation de l’ADN ?
Elle se fait au nveau des doublets CG, sur la cytosine et modifie les interactions avec les protéines de liaison à l’ADN
Pour l’ADN qui ne contient pas de gènes, qu’est-ce qui assure leur compactage ?
C’est la méthylation qui est donc un mécanisme de non transcription de cet ADN
Quel est le pourcentage de CpG méthylés ?
80%
Donner des exemples
En quoi consiste le traitement au Bisulfite ?
1) Dénaturation : fragmentation de l’ADN
2) Conversion : déamination des cytosine par incubation avec du sodium de bisulfite et un pH acide
3) Desulphonation : désulfatation par pH plus basique et génération d’un uracile
Comment se lie la TBP à l’ADN ?
Elles se lie au niveau du petit sillon, de la TATA Box, l’ADN lie la surface concave de TBP dans une conformation fortement recourbée
Avec qui ces facteurs de transcription agissent-ils ?
Seuls ou en association avec des co-activateurs ou co-répresseurs (ne liant pas directement l’ADN)
Quels sont les différents types de facteurs de transcription ?
Quelles sont les structures des principaux types de facteurs de transcription chez les facteurs ?
Quels sont les différents types d’interactions entre l’ADN et le facteur de transcription ?
Sous quelle forme la plupart des activateurs sont actifs ?
Sous forme de dimères
Que pouvons-nous observer ici ?
Que les éléments de réponses qui contrôlent la β-globine ne sont pas les mêmes que ceux qui contrôlent la γ-globine
Comment les répresseurs diminuent l’activité transcriptionnelle induite par un activateur ?
Quoi comprendre d’un RNA-Seq (RNA Sequencing)
Plus c haut, plus la région exonique était importante et donc que la quantité d’ARN est importante
Comment mettre en évidence des sites impliquées dans la régulation de la transcription vis-à-vis de la DNase I ?
Grâce à un Southern blot avec incubation en présence d’une très faible concentration de DNase I qui avec le temps va pouvoir couper le site d’intérêt
Qu’est-ce que la méthode du gène rapporteur ?
C’est une méthode couplée à une luciférase qui va produire une quantité de lumière proportionnelle à l’activité promotrice du gène
Comment se fait l’interprétation de l’expérience ?
- si FT non fixé, la migration des fragments d’ADN n’est pas freinée
- si FT fixé, il y a ralentissement de la migration ou “shift”, un marquage est possible par un anticorps dirigé contre la protéine fixée => migration encore plus ralentie ou “super shift”
