Reglering av proteiners aktivitet

Question 1

Nämn 4 mekanismer för reglering av proteiners aktivitet.

Answer 1

1) Ny-syntes
2) Allostera interaktioner (vanligt) (jon-, vätebindningar)
3) Kovalenta modifieringar
4) Proteolys (nedbrytning av proteiner).

Question 2

Vad innebär kovalenta modifieringar?

Answer 2

Påminner om allostera interaktioner. Skillnaden är att här är kovalenta bindningar på utsidan- påverkar formen –> aktiverar/inhiberar.

Question 3

Ge 6 exempel på kovalenta modifieringar

Answer 3

• fosfatgrupp (fosforylering) vanlig!
• Myristoyl - fettsyra
• ADP ribos
• Farnesyl -fettsyra
• Ubiquitin

Question 4

Vad innebär fosforylering?

Answer 4

Insättandet av en fosfatgrupp från ATP som insätts på sidokedjan på en Serin, treonin eller tyrosin. Detta sker mha enzymet kinas . För en fosfatgrupp till ett protein. kolhydrat.

Question 5

Vad innebär defosforylering?

Answer 5

Ta bort fosfatgrupp med hjälp av enzymet fosfatas.

Question 6

Proteiner som ska brytas ner i proteasomen märks ut med …..?

Answer 6

ubiquitin

Question 7

Vad kallas reglerad nedbrytning av proteiner?

Answer 7

Proteolys

Question 8

Beskriv processen för ubiquitinering.

Answer 8

Ubiquitin =ett litet kompakt protein (76 aminosyror). De 4 C-terminala aminosyrorna sticker ut i en svans. Den har en lysin på ytan.
Ub kopplas via sin C-terminala aminosyra till NH-gruppen på sidokedjan hos en Lysin i proteinet, skapas en isopeptidbindning.
Sedan kopplas ytterligare en ubiquitin på och vi får ett pärlband av minst 4 ubiquitin. När den har 4 st ub gör det att proteinet känns igen av proteasomen.
Detta görs mha:
E1: Ub activating enzyme
E2: Ub conjugating enzyme
E3: Ub protein ligas

Question 9

Hur är proteasomen uppbyggd?

Answer 9

Cylinderformad organell, central katalytisk del omgiven av två “cap´s” (täcker/tar in).
Har ingen riktning- symmetrisk.
- Det aktiva centret består av ringar som består av identiska subenheter alfa, beta, beta, alfa.
- Proteinet tar sig in i Cap delen –> denatureras –> polypeptidkedja –> hålrummet i centrat, proteolysiska enzymer –> kortar ner peptidkedjor, frigör Ub.
- Peptidkedjor kan brytas ner i cytoplasman –> fria aminosyror som kan återanvändas för att bygga nya proteiner eller utsöndras.

Question 10

Vad bestämmer vilka proteiner som känns igen av E3- märks med Ubiquitin?

Answer 10

Ej helt klarlagt. Men teorier är:

1) N-terminala regeln
2) PEST-sekvens
3) Cyklindestruction box
4) Hydrofoba aminosyror på proteinets utsida.