Enzymer 2 Flashcards
Vilka 3 typer av inhibition finns?
- Kompetetiv inhibition: utesluter substrat (konkurrerar)
- Nonkompetetiv inhibition: tillåter substrat
- Unkompetetiv inhibition: måste ha substrat
Kompetetiv inhibition: Hur påverkas Vmax och Km?
(Denna inhibitor binder till E men inte ES).
I kompetetiv inhibition ökar Km app men Vmax är oförändrat.
Nonkompetetiv inhibitor: Hur påverkas Vmax och Km?
(inhibitorn binder både E och ES).
Nonkompetitiv inhibering: Vmax app sjunker men Km oförändrat.
Inhibitorn är effektiv även vid höga [S].
Unkompetitiv inhibitor: Hur påverkas Vmax och Km?
(inhibitorn binder ES med ej E)
Unkompetitiv inhibering: Vmax app sjunker och även Km app sjunker.
Inhibitorn effektiv även vid höga [S].
Kompetetiva inhibitorer och transition-state-analoger; kan användas som läkemedel. Vad är det/funktion?
Aktiva sitet binder övergångstillståndet bättre än substratet.
En förening som ser ut som övergångstillståndet men inte kan reagera (transition state analoger) kan blockera enzymet. Man kan tillverka läkemedel.
Vilken är den mest effektiva inhibitorn?
Den non-kompetetiva inhibitorn- mindre känslig för [S].
Ge ex på en medicinsk inhibitor och kort hur den funkar.
Penicillin.
Irreversibel inhibition av enzymet, glykopeptidtranspeptidas, som bygger upp bakteriens cellvägg. Det ser ut som substratet för enzymet och kommer att binda kovalent till det aktiva centret i enzymet.
Vad är proteolys och vad heter det enzym som är aktuellt för denna process?
Proteolys= hydrolys av peptidbindning
- termodynamiskt gynnsam reaktion.
- Jättelångsam reaktion egentligen - helveringstid 10 - 1000 år /proteiner är stabila.
- Nedbrytning av proteiner i cellen kräver proteolys på ms tidsskala.
- Enzymer som katalyserar proteolys är proteaser.
Beskriv kort vad ett chymotrypsin är och dess specificitet.
Chymotrypsin är ett serinproteas.
Substrat: Peptidbindningar efter Phe eller Met. (deras C-terminal, stora opolära).
Det finns flera serinproteas, ett ex är chymotrypsin. Hur verkar de?
Serinproteas kännetecknas av att de har ett reaktivt serin i det katalytiska sitet, som tillsammans med de två andra aminosyrorna utgör den katalytiska triaden. Tillsammans binder de alkoxidjonen.
För att jonen ska bildas måste serin lämna ifrån sig H+.
Histidin är vätebindningsacceptor (fri N).
En tredje aminosyra Asp sitter och stabiliserar detta genom att binda N-H i andra sidan av His så att den inte kan rotera (vätebindning O-H).
Reaktionen har 2 steg:
1:
- Serinet attackerar karbonylkolet (substrat) man får då en ostabil övergångsfas som kollapsar.
- Bindningarna mellan C och N i peptidbindningen bryts.
- N-terminal peptidkedja frias.
2:
- En vattenmolekyl kommer och bildar oxyanionjon som bryter bindningen O-C-terminal och friar den andra peptidbindningen.
Chymotrypsin, beskriv de två stegen i processen
Reaktion 1:
Alkoxidjonen bildas fram och tillbaka. Substratet kommer och alkoxidjonen attackerar det elektrofila kolet. Kolets elektron dras till syret C=O och jonens elektron attackerar kolet, binder kovalent bindning.
Det bildas en instabil intermediär. Det stabiliseras av en struktur i det aktiva sitet som kallas oxyanionhålet. –> ökar sannolikheten för att vi får en reaktion.
–> bindningen mellan N-C i peptidkedjan bryts.
- N-terminal får en väteatom från His och frias.
Reaktion 2:
En vattenmolekyl kommer och attackerar. En H+ ges till His. Det bildas C-O-H.
Oxyanionjon attackerar C-terminal-aktiva sites bindning. Det ostabila läget stabiliseras av oxyanionhålet. Det sker en reaktion. C-O bindning reduceras. Det aktiva sitet får sitt ursprungliga utseende. C-terminal frias
Vad är Oxyanionhålet?
Finns i chymotrypsin: Stabiliserar övergångstillståndet genom att binda vätebindningar till syret i gly. (Gly-Ser)
Hur får chymotrypsin sin substratspecificitet?
Hydrofob ficka ger substratspecificitet.
Kanal in till det aktiva sitet täcks av hydrofoba aminosyror (gly, ser, met).
De hydrofoba sidokedjorna passar in (phe, met) och bromsas upp –> ökad chans för reaktion.
Vad är oxidation?
En typ av redoxreaktion. Ett ämne som oxideras avger en elektron.
Vad är reduktion?
Ett ämne som tar upp en elektron reduceras.
