Proteinsyntes Flashcards
Hur verkar antibiotika?
inhibition av proteinsyntes.
Nämn 7 kännetecken för tRNA.
1) Enkelsträngat RNA 73-93 nt.
2) Den tredimensionella strukturen är L-formad.
3) tRNA innehåller ovanliga kvävebaser som inosine eller modifierade baser.
4) Tvådimensionellt tRNA har klöverbladsmönster. aminosyra-accepterande stam innehåller 3´CCA terminal. Många nukleotider involveras i vätebindningar som bildar stam och loopar.
5) 5´ändan är fosforylerad
6) Aminosyran binder till hydroxylgruppen på adenosin i CCA regionen (acceptor stam).
7) Antikodon sitter i en loop nära sekvensmitten.
Antikodon och kodon basparning
- Antikodon skrivs 5´- 3´(motsatt riktning som kodonet).
- Vissa tRNA kan baspara med mer än ett kodon. Basparning med den tredje basen i kodonet och antikodonet är mindre specifik = wobble.
- Kodon som skiljer sig dem två första nt måste ha olika RNA.
- Första basen i antikodon bestämmer graden av wobble. Om första basen är inosine kan antikodon binda till tre kodon.
non-standard baspar Guanosin - uridin Inosin- uridin Inosin- cytosin Inosin- adenin.
Hur ser ribosomens struktur ut för eukaryoter respektive prokaryoter?
Prokaryotisk ribosom: 70S
50S (34 proteiner) + 30S (21 proteiner)
Eukaryot ribosom: 80S
60S ( ca 46 proteiner) + 40S (33 proteiner)
Ribosomen har 3 st tRNA- binding sites. Vilka?
A-site = aminoacylsäte som binder tRNA P-site= peptidylsäte som binder tRNA till peptidkedja. E-site= Binder den tomma tRNA innan den lämnar.
Jämför prokaryota och eukaryota mRNA. Vad är skillnaden och vad för det för konsekvens?
prokaryota mRNA:
- multiple translation start sites
eukaryota mRNA:
- single translation start site.
–> ribosomerna i prokaryoter och eukaryoter måste initiera translation på olika sätt.
Beskriv kort vad som krävs av mRNA i prokaryoter resp eukaryoter för initiering av translation.
Prokaryoter: Shine Delgarno sekvensen.
shine delgarno sekvensen basparar med 16S rRNA. Formyl-methionine är den första aminosyran i alla sådana peptidkedjor.
Eukaryoter:
Krävs 5´Cap, samt startkodon AUG.
Startkodonet basparar med initiator tRNA.
Vilka är de tre translationsfaserna?
Initiering: ribosomen binder till mRNA i start-kodonet.
Elongering: polypeptidkedjan växer.
Terminering: Vid stoppkodonet lossnar proteinet och ribosomdelarna.
Beskriv hur initiering av translation i bakterier går till.
30S ribosomenheten får på sig IF 1 &3. IF2 kommer bunden till GTP och formyl methionin med sitt tRNA och mRNA. Alla sitter i ett komplex. IF 1 & 3 lämnar. Sedan kommer 50S enheten och binder till komplexet IF2 med GDP och en fri fosfatgrupp. Nu har vi 70S initiationkomplex.
Beskriv hur initiering av translation i eukaryoter går till.
Först kommer 40S enheten tillsammans med eIF1/IAI3 eIF2 + GTP + tRNA + methionin + eIfg, bildar preinitieringskomplex. eIfg-gruppen hämtar mRNA och bildar ett komplex. Ribosomen börjar scanna mRNA och det kräver ATP. När ribosomen kommer fram till startkodonet lämnar eIfg-gruppen och60S enheten kommer. mRNA i eukaryota celler är böjda–> eIf-4 säkerställer att m7g och AAA finns.
Beskriv hur elongering hos eukaryoter går till.
Den andra tRNA kommer tillsammans med eEF1alfa + GTP eller EF-Tu.
Sedan binder det till A-site i ribosomen. GTP + Ef lämnar. Det bildas peptidbindning mellan första och andra aminosyran. Ribosomen ska då röra sig framåt, translation med hjäpl av EF-G, eEf2 + GTP. tRNA flyttar från A- till P-site.
Hur sker terminering av translation i eukaryoter?
I P-site har vi tRNA bundet till ett färdigt protein. I A-site landar en release faktor som hydrolyserar peptidbindningen mellan tRNA och polypeptidkedjan.
Proteinet lossnar. Sedan lossnar tRNA och ribosomenheterna.
Vad är polysomer?
Ett antal ribosomer som jobbar samtidigt på samma mRNA 5´–>3´.
Proteinsyntes är mer komplex hos eukaryoter än hos prokaryoter. Beskriv 6 skillnader.
1) Ribosomen i eukaryoter är större
2) Proteinsyntes börjar med metionin i eukaryoter istället för formylmethionin. En speciell initiator tRNA (mettRNA).
3) Startkodonet är alltid första AUG från 5´ändan (i eukaryoter), flera protein initiator faktorer behövs.
4) mRNA är cirkulär pga bindningen mellan proteiner som binder 5´cap och de som binder polyA-svansen.
5) Elongation och termination hos bakterier och eukaryoter är lika fast bakterier har 2 releasfaktorer medan eukaryoter har en.
6) Hos eukaryoters proteinsyntes sker den i cytoplasman men RNA-syntes sker i kärnan. Proteinsyntesen är organiserad i stora komplex bundna till cytoskelett.
I prokaryoter sker transkription och translation på samma ställe (i kärnan/cytosolen).
