NGS

Question 1

Quels sont les différents Tx sur l’ADN génomique pour sa fragmentation avant un NGS?

Answer 1

Fragmentation enzymatique

Fragmentation par nébulisation

Fragmentation par ultrason

Question 2

Quelles sont les applications principales du NGS?

Answer 2

1- Etudes génomiques

2- Etudes transcriptomiques

3- Etudes épigénétiques

Question 3

Décrire les applications du NGS en étude génomique

Answer 3

DNA-Seq : Séquençage de fragments d’ADN

Analyses de génomes, comparaison de souches bactériennes ou virales, comparaison de régions ciblées au sein d’une espèce DNA

Exome-Seq : Séquençage de fragments d’ADN de régions exoniques choisies -> détection et identification de variations de séquence

Métagénomique: Séquençage de petits génomes Analyses du contenu génétique d’échantillons provenant d’un milieu complex (intestin, peau, sol, océan)

Question 4

Décrire les applications du NGS en étude transcriptomique

Answer 4

RNA-Seq : Séquençage de fragments transcrits transcriptome (comparaison de l’expression des gènes entre conditions biologiques/échantillons), découverte de nouveaux transcrits, identification de sites d’initiation de la transcription

Question 5

Décrire les applications du NGS en étude épigénétique

Answer 5

CHIP-Seq (Chromatin immunoprecipitation)

Séquençage de fragments d’ADN en interaction avec une protéine d’intérêt

Question 6

Quelle amorce universelle avons nous besoin pour la génération d’ADNc par la reverse transcriptase?

Answer 6

Oligo dT

Question 7

Quelles sont les limites du séquençage à haut débit?

Answer 7

Quantité de données recueillies (traitement et stockage des données, recours à un bio-informaticien)

Problèmes au niveau insertions/délétions

Ethique

Question 8

Quelles sont les avantages du séquençage à haut débit?

Answer 8

Très grande sensibilité de détection (1 copie par cellule) Lecture de plus en plus longue en un temps de plus en plus court

Question 9

Quel est le plus grand défi du NGS?

Answer 9

Le défi des projets utilisant des données de nouvelle génération réside dans la gestion, l’analyse et l’interprétation des données Il existe des centaines de programmes destinés à l’analyse de données de nouvelle génération

Question 10

Jusqu’à combien de fois il faut s’assurer qu’un génome soit couvert (lu) pour s’assurer qu’il n’y a pas d’erreur?

Answer 10

30X et jusqu’à 100X si recherche d’un gène muté

Couverture moyenne désirée selon projet:

Génome humain 30X

Exode humain 100X

Transcriptome 50 à 200 Millions de lectures!

Question 11

Quels sont les défis de la bioinformatique?

Answer 11

Décoder l’information contenue dans les séquences d’ADN

• Trouver les gènes
• Prédire la séquence d’acides aminés produite par un gène
• Identifier les régions régulatrice du génome
• Étudier l’évolution des gènes ou du génome

Études structurales

• Prédire les structures 2D et 3D des protéines et des ARN

Génomique fonctionnelle

• Étudier la régulation des gènes
• Mesurer le niveau de transcription des gènes
• Définir les réseaux d’interactions entre les gènes

Question 12

Quelles sont les applications de la génomique?

Answer 12

Question 13

Comment fait-on pour analyser une séquence?

Answer 13

1- Alignement avec un génome de référence déjà connu et séquencé

2- Assemblage

Question 14

Comment assemble-t-on de des séquences?

Answer 14

Un assemblage est une structure de données de séquences hiérarchisées en une reconstruction possible d’un génome

Défi : mettre en ordre des dizaines/centaines de millions de courtes séquences d’ADN issues de la fragmentation d’un génome

Véritable casse-tête

NGS: 500 000 000 à 2 000 000 000 de pièces et 20-30 copies de chaque pièce