FISH, caryotype et cytogénétique

Question 1

Nommer 2 types de FISH

Answer 1

FISH interphasique = hybridation sur noyaux

FISH métaphasique = hybridation sur préparation chromosomique (après culture)

Question 2

Nommer différents types de sondes pour mettre en évidence différents types d’anomalies génomiques

Answer 2

• Sondes locus spécifique (LSI Locus Specific Identifier )

différentes stratégies de sondes

LSI (Break Apart, Simple fusion avec Extra Signal, Double fusion, Sonde type délétion)

• Sondes centromériques (CEP Chromosome Enumeration Probe) - Sondes subtélomériques
• Peintures chromosomiques (WCP Whole Chromosome Paint)
• mFISH

Question 3

Expliquer le mécanisme des sondes Break apart, délétion et double fusion

Answer 3

Question 4

Expliquer le principe de la technique de FISH

Answer 4

Technique basée sur les propriétés des molécules d’acides nucléiques

• complémentarité des bases
• dénaturation/renaturation thermo-dépendante

Hybridation d’une « sonde » (= morceau d’ADN) marquée par un fluorochrome sur la séquence spécifique complémentaire du spécimen que l’on veut étudier

Question 5

Comment se nomme le contrecolorant bleu du noyau?

Answer 5

DAPI

Question 6

Quelle est la meilleure technique à utiliser si on veut détecter une translocation d’un gène qui possède de muliples partenaires?

Answer 6

FISH, Break apart

Question 7

Nommer les 3 différentes techniques utilisées en cytogénétiques onco-hématologiques

Answer 7

1) La cytogénétique conventionnelle = le caryotype

Technique d’étude pangénomique
De faible résolution (Mb)
Analyses de cellules avec un potentiel de division après une étape de culture cellulaire

2) La cytogénétique moléculaire = la FISH

Technique d’étude ciblée
Résolution moyenne (Kb)
Pas de nécessité d’étape de culture cellulaire

3) Puces à ADN (CGH-A, SNP-A)

Technologie a cheval entre la cytogénétique et la biologie moléculaire (extraction d’ADN) Technique d’étude pangénomique
Très haute résolution
Pas de nécessité d’étape de culture cellulaire

Détection des altérations du nombre de copie, des pertes d’hétérozygotie Ne détecte pas les anomalies équilibrées

Question 8

Sur quels spécimens peut-on faire un FISH?

Answer 8

Culot cytogénétique

Frottis
Lames empreintes

Lames paraffinées

Question 9

Énumérer les options et les questions à se poser pour détecter une délétion

Answer 9

Questions à se poser

• taille de la délétion? Chaque technique a ses limites en terme de résolution
• analyse ciblée ou recherche de plusieurs anomalies?

Cytogénétique

• caryotype
• FISH
• Micro-arrays

Biologie moléculaire
Techniques de screening :
- PCR avec analyse de fragments (HRM, électrophorèse capillaire)

• qPCR avec courbes de dénaturation

Question 10

Chaque technique a ses limites en terme de résolution pour la détection de délétion, quelles sont les longueurs pour chaque technique?

Answer 10

Caryotype 5-10Mb

FISH 200Kb

Microarray 500pb

PCR <500pb