kinetika encimsko kataliziranih reakcij

Question 1

specifičnost encima

Answer 1

-ujemanje s substratom po obliki

-inducirano ujemanje
ko se substrat približa pride do konformacijskih sprememb encima

Question 2

stanje dinamičnega ravnotežja

Answer 2

E + S ⇔ ES ⇔ P + E

v začetku reakcije kompleks ES šele nastaja
hkrati z nastajanjem začne tudi razpadati
po določenem času se hitrost nastanka in razpada kompleksa izenačita → stanje dinamičnega ravnotežja

hitrost nastanka ES = hitrost razpada ES

Question 3

Michaelis-Mentenova konstanta

Answer 3

koncentracije prostega encima E in kompleksa ES ne moremo meriti
zato izpeljemo [E] celotna = [E0] + [ES]

Michaelis-Mentenova konstanta

Km = (k-1 + k+2 ) / (k+1)
ima enoto koncentracije !!!

Km je tista konc. substrata pri kateri je v0 = vmax/2

nizka vrednost Km pomeni visoko afiniteta encima do substrata !!!!!
je neodvisna od koncentracije encima ali substrata

Question 4

maksimalna hitrost in Michaelis-Mentenina enačba

Answer 4

maksimalna hitrost
dosežemo jo pri visokih koncentracijah substrata
velja [ES] = [E cel] ves encim je nasičen s substratom
v max = k+2 [ES]

Michaelis-Mentenina enačba

v0 = (vmax [S]) / (Km + [S])

Question 5

pretvorbeno števil

Answer 5

pretvorbeno število = katalizna konstanta št. molekul substrata, ki jih ena molekula encima v enoti časa pretvori v produkt
kcat = k+2

Question 6

prinscip določanja Km

Answer 6

pripravimo si raztopine substrata pri različnih koncentracijah
posamezno razt. damo v kiveto
dodamo encim
takoj začnemo z merjenjem absorbance
izračunamo reakcijsko hitrost (naraščanje absorbance z časom= naklon tangente)
dobimo v0 za različne [S]

Mishaeis-Mentenov graf
x os: [S]
y os. v0

Question 7

metode linearizacije

Answer 7

-Lineweaver-Burkova metoda (najmanj točna)
samo obrnemo Michaelis-mentenino enačbo

-Eddie-Hofsteejeva metoda
-Hanesova metoda

Question 8

Eadie-Hofsteejeva metoda in diagram

Answer 8

V0 = vmax - Km vo/[S]

x os: v0/[S]
y os: v0

kjer seka y os = vmax
neklon = negativna vrednost Km

Question 9

tripsin

Answer 9

-zunajcelična razgradnja proteinov (prebava)
-serinska peptidaza
-cepi predvsem za bazičnimi ak ostanki (arginin, lizin, lahko tudi histidin)

uporaba v biokemiji:
-cepitev proteinov na peptide
-odstranitev pritrjenih celic

Question 10

substrat BAPNA

Answer 10

ima argininski ak ostanek
amidna vez, ki jo cepi tripsin

izbermo ker nastane produkt ki absorbira
navadna: S ne absorbira, P absorbira

A410