examen 1, micropip et spectro Flashcards
nommer les 2 types de spectrophotomètre utilisé
biophotometer; pour mesurer les bactéries et les acides nucléiques
nanodrop one; pour mesurer les acides nucléiques
à quoi sert le monochromateur ajustable du spectrophotomètre
il laisse passer une seule longueur d’onde;
programmable pour ajuster la bande passante, en fonction des propriétés de la matière utilisée
sur quoi est basée la spectrophotométrie UV-visible
sur la mesure de l’interaction entre une matière qu’on veut étudier et la lumière qui la frappe
comment sont mesurés les acides nucléiques
par leur propriété d’absorption des photons de 260 nm
comment l’absorbance d’une solution d’ADN ou d’ARN varie
elle varie selon sa concentration;
plus sa concentration est élevée, plus son absorbance à 260nm est élevée
sur quelle propriété se base-t-on pour mesurer les bactéries en suspension dans un échantillon
elles sont mesurées en tenant compte de leur propriété de faire dévier les photons d’une longueur d’onde précise (600nm)
on mesure la réduction de la transmittance causée par la déviance des photons (donc la densité optique à 600nm)
comment la quantité de lumière atteignant le détecteur d’une suspension de bactéries varie
plus la densité bactérienne de la solution est élevée, moins de lumière atteindra le détecteur
en quoi se spécialise le nano-drop
en l’analyse de petits volumes d’échantillons;
il peut analyse aussi peu que 1,5 ul de préparation d’ADN ou d’ARN
qcq le zero/blanc/blank du nanodrop
l’appareil, avant de faire la mesure d’acides nucléiques dans l’échantillon, mesure la DO du liquide dans lequel sont resuspendus les acides nucléiques pour les échantillons inconnus, avant des les analyser
que va afficher le nanodrop one
comment calcule-t-il cela
il va afficher la concentration nette en acides nucléiques (en ng/ul)
la machine le calcule à partir de la DO à 260nm et après avoir soustrait la valeur du blanc, appliquant la loi de Beer-lambert
le nanodrop, en plus de la concentration nette, va aussi afficher les ratios de pureté
quels sont ces ratios
260/280 et 260/230
le biophotometer est jugé versatile comme spectrophotomètre
pourquoi
pcq il permet de mesurer les acides nucléiques d’un échantillon autant que la densité de suspensions bactériennes
à la fin de la lecture du biophotometer visant l’évaluation des acides nucléiques, que va afficher l’appareil
il va afficher la DO à 260 nm et la DO à 230 nm et la DO à 280 nm
comment trouve-t-on la concentration d’acides nucléiques à l’aide du biophotometer
il affiche slmt la DO, donc il faut utiliser cette mesure et appliquer la loi de beer-lambert afin de trouver la concentration d’acides nucléiques à laquelle cette DO correspond
pk le biophotometer affiche la DO à 230 nm également
il veut évaluer la proportion de composés organiques dans l’échantillon
comme:
phénol,
EDTA
isothiocyanate de guanidine
alcools
glycoprotéines
protéoglycans
pk le biophotometer affiche la DO à 280 nm également
pour évaluer la proportion de protéines dans l’échantillon
comment l’absorbance à 260 nm varie selon la loi de beer-lambert
elle varie de facon proportionnelle à la concentration d’acide nucléique
nommer la loi de beer-lambert ainsi que chacun de ses composants
A = e c l
A= absorbance à 260nm
e= coefficient d’extinction
c= concentration (ng/ml)
l= trajet optique en cm
quel est le coefficient d’extinction pour l’ADN double brin
e = 0.020 (ng-1/ml-1)*cm-1
quel est le coefficient d’extinction pour l’ARN
e = 0.025 (ng-1/ml-1)*cm-1
quel est le coefficient d’extinction pour l’ADN simple brin (comme ADNc)
e = 0.027 (ng-1/ml-1)*cm-1
comment évalue-t-on la proportion de:
matière organique par rapport aux acides nucléiques
dans un échantillon d’ADN
on calcule le ratio DO 260/DO 230
pour que l’échantillon soit considéré pur et libre de molécules organiques et que l’ADN soit utilisable pour des procédures de biomol, le ratio doit être entre 2,0 et 2,2
comment évalue-t-on la proportion de:
protéines par rapport aux acides nucléiques
dans un échantillon d’ADN
on calcule le ratio DO 260/DO 280
pour que l’échantillon soit considéré pur et libre de protéines et que l’ADN soit utilisable pour des procédures de biomol, le ratio doit être entre 1,75 et 2,1
à quelle longueur d’onde évalue-t-on les suspensions bactériennes
à 600 nm
nommer les étapes d’évaluation de densité de suspension bactérienne à l’aide de sa DO600
-on fait d’abord le zéro-blanc-blank en remplissant le fond d’une cuvette de milieu de culture utilisé pour l’ensemencement bactérien (1mL pour que le faisceau de photons y passe bien à l’intérieur)
-on allume le spectrophotomètre et l’ouvre à D0600
-on fait la lecture de la cuvette du milieu en indiquant de faire la lecture blanc/blank; l’appareil se calibra pour que la valeur mesurée soit soustraitre de la valeur de chaque suspension suivante
-on mélange la 1ere suspension bactérienne à analyser et on prélève l’aliquot qu’on met dans une cuvette propre; 1 mL
-sans attendre que les bactéries sédimentent vers le fond de la cuvette, on fait la lecture DO600 de l’aliquot, en indiquant à l’appareil que c’est un inconnu
-l’appareil affichera la valeur nette de DO600 des bactéries en suspension, après avoir soustrait le blanc
quelles sont les valeurs de DO d’un aliquot bactérien qui constituent des bactéries de la culture bactérienne liquide EN PHASE LOGARITHMIQUE DE CROISSANCE
DO600 située entre 0.3 à 0.8 (0,9 passable)
qcq cela signifie si la DO600 de l’aliquot bactérien est inférieure à 0,3
la densité de culture bactérienne liquide est INSUFFISANTE pour permettre le rendement minimal requis pour les applications
on remet la culture bactérienne liquide dans l’incubateur avec agitation pour qu’elle poursuive sa croissance, afin d’ensuite prélever un aliquot à DO600 de la valeur voulue
qcq cela signifie si la DO600 de l’aliquot bactérien est supérieure à 0,8-0,9
la suspension bactérienne peut être adéquate pour des applications telles que les extractions d’ADN plasmidique, mais trop dense pour de la transfo bactérienne
on doit donc diluer la préparation bactérienne liquide d’un facteur minimale de 2, après on remet la culture dans l’incubateur avec agitation et on remet l’aliquot à mesurer jusqu’à atteinte de la valeur voulue
quelle est la capacité d’une micropipette p-20
20 uL
quelle est la capacité d’une micropipette p-200
capacité de 200 uL
quelle est la capacité d’une micropipette p-1000
capacité de 1000 uL
nommer les 4 formats de micropipettes
0,5 - 5mL
0,25 - 2,5 mL
p1000: 100 - 1000 uL
p200: 20-100 uL
p2,5: 0,1-2,5 uL
p20: 2-20 uL
si le mm volume peut être mesuré par 2 micropipettes différentes, laquelle est plus judicieuse
celle qui aura le volume plus au centre de sa plage de volumes
cela sera plus exact
quelle est la plage d’exactitude des micropipettes bien calibrées
elles sont exactes entre 10% et 100% de leur maximum
que signifie des résultats exacts de volume
le volume correct est délivré
que signifie des résultats précis de volume
il y a une variation minimale entre les volumes livrés successivement pour un mm réglage
quels embouts utilise la p2.5
les embouts incolores
quels embouts utilise les p20 et p200
les embouts de couleurs jaunes
quels embouts utilise la p1000
les embouts bleus
comment appuyer sur le piston pour remplir
on appuie jusquau premier arrêt
comment appuyer sur le piston pour expulser
on appuie jusqu’au deuxieme arret
à quel point faut-il enfoncer l’embout
d’une profondeur de quelques millimètres dans la solution à transférer
que faire pour avoir des transferts d’exactitude et de précision optimal
maintenir la micropipette à moins de 20 degrés de l’axe vertical pdnt tt son utilisation
donc rester droit lors des manips
que faut-il faire avant de relacher le piston après expulsion
il faut retirer la pipette et l’embout du tube
à quoi sert l’écart-type
il sert à calculer une mesure de la répartition de l’ensemble des données dans les mm unités que les données
