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DÉTECTION ÉPIDÉMIOLOGIQUE D'AGENTS INFECTIEUX > COURS 9: VIRUS RESPIRATOIRES > Flashcards

COURS 9: VIRUS RESPIRATOIRES Flashcards

1
Q

décrire les coronavirus vite fait:
env, génome, protéine, récepteurs

A

ils sont enveloppés
ARN +
27-32 kb
couronne (Corona)

protusions = protéine S (spike) qui permet entrée virus dans les cellules

récepteur varie selon le coronavirus (imp. pour tropisme virus):
-ACE2: NL63,…
-DPP4: MERS
-Acide salique: OC43, HKU1

il existe d’autres récepteurs important pour l’internalisation (tropisme aussi)

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2
Q

quelles sont les 4 sous-familles de coronavirus?

A

Alphacoronavirus, Beta, Delta et Gamma

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3
Q

parmi les 4 sous-types de coronavirus, lesquels sont associés aux oiseaux et autres mammifères?

lesquels sont associés aux humains?

A

oiseaux et autres mammifères: delta et gamma

humains: alpha et bêta

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4
Q

quelle est la sous-famille de coronavirus de SRAS-CoV-2/1, MERS-CoV

A

Betacoronavirus

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5
Q

quels sont les deux mécanismes qui contribuent à la variabilité des coronavirus?

A

1) mutations aléatoires

2) recombinaison homologue

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6
Q

VRAI OU FAUX
les recombinaisons homologies sont toujours avantageuses pour les virus?

A

FAUX, peut causer un décalage cadre de lecture, frame shift

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7
Q

que permettent les deux mécanismes de variabilité des coronavirus (3)?

A

augmenter la virulence, saut d’une espèce à l’autre, augmentation du fitness (pression de sélection, souche la plus avantageuse sort de l’hôte)

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8
Q

nommer les 4 souches ayant causées des épidémies/pandémies qui circulent encore actuellement

A

CoV-229E, CoV-OC43, CoV-NL63, CoV-HKU1

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9
Q

réservoirs CONNUS des coronavirus et hôtes intermédiaires

A

réservoirs: chauve-souris, rongeurs

hôtes intermédiaires: dromadaires, pangolins, vache, etc

permettent fitness, adaptation; on test avant de passer à l’humain

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10
Q

SRAS-CoV-1

A
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11
Q

localisation des premiers cas/année

A

Chine, 2002

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12
Q

nommer 3 raisons qui on favorisé la propagation du virus

A

1) population dense

2) beaucoup de marchés d’animaux vivants

3) retard dans la transmission de l’info à L’OMS + difficile de communiquer car mélanges de langues (anglais/mandarin)

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13
Q

quand a été détecté le patient 0?

A

21 février 2003, dr qui voyagait pour le mariage de son neveu et hop transmission à l’hôtel Métropole et le personnel a transmis le virus à leur famille, ….

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14
Q

comment le patient 0 a transmis le virus?

A

CONTACTS DIRECTS/ASCENSEURS, l’a transmis aux chambres près de lui

je crois pas énormément via la ventilation

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15
Q

qui a communiqué le premier diagnostic de SRAS-CoV-1 à l’OMS en février?

A

Dr. Carlos Urbani

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16
Q

pourquoi le virus s’est propagé rapidement dans le monde entier?

A

beaucoup associé aux voyages de la Chine vers d’autres pays

(au Canada, beaucoup de cas à Toronto)

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17
Q

qui a été le premier à isoler le virus? comment il l’a fait?

A

Malik Peiris

  • voit couronne en MET et fait en //:

isolement du virus à partir d’une biopsie de poumon d’un patient et d’un échantillon nasopharyngé

extraction d’ARN des cultures ➡️ RT-PCR avec hexamètres et amorces aléatoires ➡️ séquencage

a vu que les séquences avaient une forte homologie avec les Coronaviridae
(plus forte homologie entre bovins et souris)

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18
Q

quels types d’échantillons ont été analysés par Malik Peiris et son équipe?

A

respiratoire, fécal, urine et sérum
a vu que au début on détecte bien le virus et après y’a une ⬇️

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19
Q

phénomène observé chez SRAS-CoV-1

A

le virus se promène il ne reste pas uniquement dans le tractus respiratoire

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20
Q

situation actuelle de SRAS-CoV-1

A

ne circulent pas vraiment, mais il y a eu des cas de contamination en laboratoire: mauvaises pratiques de labo😮😬

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21
Q

MERS

A
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22
Q

quels sont les deux populations ayant 99% d’homologie dans leur séquence MERS-CoV?

A

chameaux et humains

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23
Q

-récepteur de MERS-Cov, localisation

-source principale du virus

-transmission du virus aux humain par? (attention….)

A

-DPP4, il y en a beaucoup dans les voies respiratoires = sévérité

-chameaux

-mode de transmission inconnu

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24
Q

où a été détecté MERS-CoV pour la première fois?

A

2012, Arabie saoudite, Jeddah

dans les poumons d’un patient

25
Q

caractéristiques de l’infection par MERS-Cov du premier patient infecté

A

⬆️ de globules blancs, neutrophiles, créatinine, azote uréique dans le sang

⬇️ plaquettes, saturation O2 (dommages poumons)

– lymphocytes ?? revoir

26
Q

le premier patient infecté par MERS a permis d’identifier le virus, méthode?

A

isolation du virus par culture cellulaire

PCR pan-coronavirus pour séquencage après

27
Q

comment on diagnostic une infection au MERS-Cov en «2 étapes»?

A

IDÉALEMENT: échantillons pris du tractus respiratoire inférieur (lavage broncho-alvéolaire, sputum, aspirats de trachée)

si tractus supérieur, faut inclure le nasopharynx (moins de virus d’où on préfère tractus inférieur)

DÉTECTION DU VIRUS: détecte acides nucléiques en RT-PCR ou détecter anticorps SI PAS CAP DE DÉTECTER ACIDES NUCLÉIQUES

28
Q

COVID-19, SRAS-Cov-2

A
29
Q

quel sont les 2 virus le plus proches de COVID-19? suggèrent quoi?

A

«RaTG13» à 96.1% et les différent virus «BANAL» (le vrai nom): 95%

suggère ancêtre commun avec chauve-souris 😮 du coup on doute du pangolin maintenant

30
Q

récepteur cellulaire de COVID-19

A

ACE2

31
Q

bien que les pangolins puissent être des hôtes intermédiaires entre les humains et les chauve-souris, il y a un doute. pourquoi?

A

en les capturant dans la nature on voit qu’ils n’ont pas le virus, les études précédentes se basaient sur des pangolins issus de la lutte contre le braconnage et ils avaient le virus!

Mais pas ceux dans la nature 😮

32
Q

dans quelle région il y a eu les premiers cas de SRAS-Cov-2?

2 observations effectuées?

A

Wuhan, Chine

plusieurs foyers de patients avec des pneumonies + étaient tous allés dans un grand marché!

33
Q

comment on a isolé SRAS-Cov-2 (3)?

A

à partir de lavage broncho-alvéolaires

-séquençage

-RT-qPCR sur région commune au bêta-coronavirus

-culture cellulaire (on vu apparence classique des coronavirus)

34
Q

VRAI OU FAUX

SRAS-Cov-2 s’est propagé rapidement à l’extérieur de la Chine?

A

VRAI, mais le taux de transmission n’était pas extraordinaire, soit 2-3

(si on compare à la rougeole qui a un taux de 6)

35
Q

fin de l’état d’urgence de SRAS-CoV-2

A

5 mai 2023, par l’OMS

36
Q

où a été identifier le premier cas de COVID-19 au Canada?

quand est-ce qu’il y a eu le premier cas au QC, provenance?

A

Toronto, 25 janvier 2020

Premier cas au Québec, un mois plus tard (femme qui revenait de l’Iran)

37
Q

VRAI OU FAUX

les protocoles de détection de SRAS-CoV-1 par électrophorèse n’ont pas été utilisés pour SRAS-Cov-2?

A

FAUX, ils ont limite été copiés, grandes utilité!

38
Q

quels autres tests de détection on suivi les électrophorèses?

A

protocole RT qPCR avec RdRp comme cible, et d’autres tests cibles (genre gène M)

39
Q

nommer 5 défis auxquelles on a du faire face durant la pandémie COVID-19.

A
  • Manque de réactifs et de consommables pour les tests PCR (exemple tips pipette)

-Manque de matériel pour les prélèvements: peur de pénurie écouvillons

-Manque d’équipement de protection: exemple les masques

-Manque d’appareils pour l’extraction, l’amplification et la détection en gros volume.

-Standardisation des méthodes entre labo

40
Q

nombre de vagues de COVID-19 au QC? décrire un peu

A

6

1- mars-juin 2020 hôpitaux/CHSLD vrm touchés

2-moins pire (sept-février)

3-variant delta et gamma: mars 2021-juin (assez calme)

4-delta, septembre 2021 passeport vaccinal

5-PIC INTENSE: OMICRON JANVIER 2022

6-levée mesures, mai 2022

41
Q

variant actuel qui domine au QC?

A

KP.3.1.1. (sous ligne du variant JN.1 qui est un descendant de OMICRON)

ces mutations = virus échappe au SI et est plus vite transmis

42
Q

PROGRAMMES DE SURVEILLANCE

A
43
Q

nommer quelques pathogènes respiratoires les plus fréquents

A
  • Virus de l’influenza A et B
  • Virus respiratoire syncytial A et B
    (ENFANTS)
  • Métapneumovirus humain
  • Virus parainfluenza 1 à 4
  • Coronavirus (OC43, HKU1, 229E, NL63, SRAS-1 et -2)
  • Rhinovirus/Entérovirus (300 serotypes et 12 espèces) et Paréchovirus
  • Adénovirus (7 sous-groupes, 50
    sérotypes)

note les 4 premiers coronavirus sont dans la pollution en ce moment

44
Q

décrire le réseau de vigie (5) afin de suivre les infections respiratoires au QC, quelle méthode aide vraiment à prévoir de potentielle éclosion?

A

vigie des virus respiratoires par les labo clinique et hop on envoie au LSPQ

approche par sondage

vigie des virus respiratoires dans les cliniques médicales

surveillance des pathogènes dans les eaux usées et aéroports (AIDE À PRÉDIRE/PRÉVENIR)

vigie hospitalière des virus respiratoire

45
Q

qu’observe-t-on dans le suivi hebdomadaire des virus respiratoires au QC?

A

beaucoup de cas de rhinovirus

covid est en baisse

influenza augmente petit à petit

46
Q

VRAI OU FAUX

les virus sont assez saisonniers, ce qui permet de prédire les éclosion sauf dans le cas de la COVID-19?

A

VRAI, pattern pas très clair

47
Q

nommer trois avantages de la surveillance des eaux usées

un inconvénient

A

détection précoce

suivi des tendances

couverture large

INCONVÉNIENT: dépendant de la fréquence d’échantillonnage (en ce moment on fit 1x/semaine ce qui est pas assez)

48
Q

qu’a t-on détecté dans les eaux usées au Texas avant l’apparition d’un premier cas?

A

H5N1, montre que si on échantillonne plus souvent on peut prédire et se on prépare

49
Q

décrire le réseau de diffusion des données

A

DE HAUT VERS LE BAS:

Labo de mcb qui participent au réseau suivi du

➡️LSPQ-INSPQ (comm aussi avec le haut) suivi de

➡️MSSS OU Agence santé publique Canada qui elle est suivi de ➡️ OMS

et autres provinces/territoires font la même chose (envoie au LSPQ aussi i guess)

50
Q

décrire la saisonnalité des virus respiratoires

A

pré-pandémie: principalement influenza et RSV

2020-2021: SRAS-Cov-2 = ⭐️ (bye les autres)

2021-2022: ENCORE SRAS-Cov-2 MAIS réapparition d’autres virus respiratoires (mais encore peu d’influenza)

2022-2023: ⬇️ SRAS-CoV-2 parce que immunité + mesures et réapparition influenza ET PLUS DE DIVERSITÉ DANS LES VIRUS RESPIRATOIRES

51
Q

la saisonnalité des virus permet de prédire quoi?

A

le moment où il faut se vacciner selon l’arrivée du virus

52
Q

ÉPREUVES DIAGNOSTIQUES POUR LA DÉTECTION DES INFECTIONS RESPIRATOIRES VIRALES

A
53
Q

nommer les deux types d’échantillons prélevés

A

échantillons repistaroires (écouvillon nasal, sécrétions nasopharyngées, écouvillon gorge, etc) ET sérum (plasma)

54
Q

lequel des deux types d’échantillons on préfère, en majorité?

A

échantillons respiratoires, car la majorité des virus reste au niveau du tractus (supp?????)

on reçoit moins de sérum car pas pertinent si le patient est en phase aigue

55
Q

quelles sont les deux type de techniques de diagnostic?

A

directes: culture virale, détection antigènes (immunofluo et tests rapides), détection acides nucléiques

indirectes: sérodiagnostique

56
Q

quelle méthode est le gold standard en virologie? décrire les avantages et inconvénients (3 chaque)

A

culture virale, réponse en 2-15 jours

AVANTAGES:
-isolement pour caractérisation antigénique
-permet d’évaluer les caractéristiques du virus
-permet de quantifier la charge virale

INCONVÉNIENTS:
-long temps de culture
-requiert l’infrastructure et de l’expertise
-NC3 pour les virus émergents

57
Q

comment détecter un antigène par immunofluorescence? avantages/inconvénients (4 vs 2)

A

Détection d’antigène du virus à l’intérieur de cellules dans l’échantillon respiratoire, réponse: 2-4 heures

AVANTAGES:
-RAPIDE (JUSTE STAINNING, FIXER ET AC)
-permet d’évaluer la qualité du spécimen
-permet de voir quel type de cellules est infecté
multiplexage

INCONVÉNIENTS:
-moins sensible que culture
-necessite des outils (anticorps) soient déjà disponibles

58
Q

comment détecter un antigène par tests rapides? avantages/inconvénients (4 vs 3)

A

Détection de la présence d’antigène viral dans un lysat préparé à partir d’un échantillon clinique, réponse: 20-30 minutes d’incub.

AVANTAGES:
* Très rapide.
* Simple d’utilisation.
* Peu coûteux.
* Accessible.

INCONVÉNIENTS:
* Sensibilité pas toujours bonne.
* Spécificité pas toujours bonne.
- > donne taux faux+ plus élevé
MAIS quand éclosion on préfère avoir des plus de faux +
* Souvent peu efficaces lorsque la charge virale se met à diminuer

59
Q

comment détecter un antigène par TAAN? avantages/inconvénients (4 vs 3)

A

réponse: 1-5 h

AVANTAGES:
* Rapide
* Très sensible et très spécifique (Déterminer le genre exemple).
* Permet l’identification de sous-types.
* Permet de quantifier la charge virale.

INCONVÉNIENTS:
* Moins sensible que la culture.
* Nécessite que des outils (anticorps)
soient déjà disponibles.

DÉTECTION ÉPIDÉMIOLOGIQUE D'AGENTS INFECTIEUX (13 decks)

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