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DÉTECTION ÉPIDÉMIOLOGIQUE D'AGENTS INFECTIEUX > COURS 1: ÉPIDÉMIOLOGIE MOLÉCULAIRE > Flashcards

COURS 1: ÉPIDÉMIOLOGIE MOLÉCULAIRE Flashcards

1
Q

définir un isolat

A

culture pure d’une bactérie obtenues par sous-culture d’une colonie (gélose primaire + présumée de provenir d’un seul organisme)

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2
Q

définir une souche

A

isolats pouvant être différenciés d’autres isolats du même genre et espèce par des caractéristiques phénotypiques et génotypiques

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3
Q

une souche est une subdivision descriptive qui dépend de …?

A

la méthode de typage moléculaire utilisée

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4
Q

V/F
un même groupe d’isolat peut-il être classé en souches différentes?

A

Vrai, car cela dépend de la méthode de typage utilisée

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5
Q

décrire des isolats reliés épidémiologiquement

A

isolats cultivés de spécimens de patients ou de l’environnement durant PÉRIODE + ENDROIT SPÉCIFIQUE, durant une INVESTIGATION épidémiologique

isolats auraient une source commune

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6
Q

décrire des isolats reliés génétiquement

A

isolats qui ne peuvent être distingués l’un de l’autre par des test génétiques

ou isolats tellement similaires qu’ON PRÉSUME qu’il ont un précurseur commun

ont le même profil génétique

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7
Q

un résultat de typage « non différenciable » indique?

A

2 isolats qui donnent le même résultat par une méthode de typage donnée (=une souche dans le système)

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8
Q

un résultat de typage « différent » indique?

A

2 isolats qui donnent des résultats très différents par une méthode de typage donnée

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9
Q

un résultat de typage « similaire » indique?

A

isolats dont les résultats de typage ne rencontre pas la définition « non différenciable » ou « différent »

zone grise entre ces 2 catégories

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10
Q

définir une éclosion ou épidémie

A

augmentation de l’incidence d’une maladie infectieuse dans un endroit spécifique durant une période donnée

qui est supérieur au niveau de base de cet endroit et de cette période

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11
Q

définir une souche épidémique

A

isolat de la même espèce qui sont reliés génétiquement et épidémiologiquement (temps, endroit et source commune)

écolsion implique que le groupe d’isolats à un précurseur commun

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12
Q

quel est le rôle du typage moléculaire

A

démontrer en labo que des isolats reliés épidémiologiquement sont aussi reliés génétiquement et donc qu’ils représentent la même souche

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13
Q

VRAI OU FAUX

le typage moléculaire remplace l’investigation épidémiologique?

A

FAUX!!

Il le complète! Important d’intégrer les données cliniques, épidémiologiques et moléculaires pour tirer des conclusion valides

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14
Q

nommer 3 applications du typage moléculaire en épidémiologie

A

épisodes d’infection chez un patient individuel

éclosions ou épidémies

surveillance épidémiologique

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15
Q

nommer 2 applications du typage moléculaire en génétique bactérienne

A

évolution et structures des populations

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16
Q

quel type de séquence est utile pour classer et identifier les espèces bactériennes et pourquoi?

A

séquences ribosomales, car évoluent vraiment lentement

définissent divergence initiale

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17
Q

pourquoi on utilise le typage moléculaire (indices: inverse de séquences ribosomales)

A

montre les variation sur une échelle de temps beaucoup plus courte

par exemple changement en nombre de séquences d’éléments répétitifs, mutations ponctuelles qui mènent à un polymorphisme des fragments de restriction

définissent la divergence des branches les plus périphériques de l’arbre; divergence récente

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18
Q

sur l’EGCP, 4 profils de bandes identiques indiquent?

A

4 fois la même souche (même clone partagé entre des patients = éclosion)

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19
Q

nommer des critères d’évaluation des méthodes de typage (7)

A

résultats non ambigus pour chaque isolat, reproductibilité, discrimination, facile à interpréter, facile comme technique, étendue de l’utilisation et coûts

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20
Q

VRAI OU FAUX

aucune méthode de typage ne remplit tous les critères d’évaluation?

A

VRAI

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21
Q

définir une méthode de typage phénotypique

A

détecte les caractéristiques exprimées par les MO en réponse à un substrat, aux antibiotiques ou à d’autres inhibiteurs (ex: produit d’une enzyme, protéines à leur surface cellulaire)

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22
Q

nommer 4 méthodes de typage phénotypique

A

biotypage (profil de réactions biochimiques produites par un isolat)

antibiogramme

typage des phages (lysotypie)

sérotypage

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23
Q

nommer des inconvénients du biotypage et de l’antibiogramme
(pense aux 7 critères)

A

peu discriminant entre les souches d’une même espèce

faible reproductibilité: profil de sensibilité peuvent changer vite (mutation, perte/acquisition plasmide, non expression d’un gène)

servent surtout de test de dépistage

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24
Q

nommer des inconvénients du typage de phage et du sérotypage

A

peu discriminant

y’a bcp de souches non typables

problème de conservation des stocks de phages/antisérum

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25
Q

nommer les 2 principaux groupes de méthodes génotypiques

A

méthode basée sur des patrons de bandes d’ADN

méthodes basée sur le séquençage de l’ADN

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26
Q

définir l’EGCP

A

technique de caractérisation moléculaire qui compare le matériel génétique (ADN chromo et plasmique) d’une même espèce

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27
Q

quel est le but de l’EGCP?
(pense à l’exemple des 4 isolats pareils sur le gel)

A

confirmer ou infirmer une éclosion potentielle (régionale, provinciale ou nationale

COMPLÈTE INVESTIGATION ÉPIDÉMIO

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28
Q

décrire en bref les étapes de l’EGCP

A

mettre bactérie dans carotte agarose

lyse bactérienne

lavage avec tampons

digestion ADN

EGCP

coloration du gel + photo en lumière UV

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29
Q

l’EGCP est basée sur quel principe?

A

digestion de l’ADN bactérien avec une enzyme de restriction qui coupe peu fréquemment

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30
Q

VRAI OU FAUX
dans l’EGCP le courant reste dans la même direction?

A

FAUX change périodiquement de direction et/ou d’intensité

31
Q

quelle est la seule technique pour laquelle il y a des critère d’interprétation standardisés?

A

EGCP

32
Q

quelles sont les 2 possibilités pour analyser des résultats d’EGCP?

A

analyse visuelle des profils de bandes

entrée de la photo dans base de donnée

33
Q

quel est le rôle d”une souche de reproductinbilité?

A

assure que le procédure (incluant lyse cellulaire, lavages digestion, gel, conditions électrophorèse) est approprié

permet optimisation et tolérance

34
Q

décrire les étapes de l’analyse visuelle par EGCP

A

1) examen du profil des bandes le plus fréquent chez les isolat (qui est présumé être le profil de la souche épidémique)

2) comparer la taille et le nombre de bandes du profil épidémique avec les bandes des autres isolats

3) classifier chaque isolat selon sa relation avec le profil épidémique, SELON CRITÈRES TENOVER

35
Q

les critères de Tenover sont souvent utilisés dans un contexte?

A

nosocomial

indistinguable = isolat fait parti de l’éclosion

closely- isolat en fait probablement parti

possibly: isolat fait partie possiblement de l’éclosion

différent: l’inverse

36
Q

selon Tenover la souche type A correspond à?

les sous-types à?

les types B, C, D,…

A

souche épidémique

profil possiblement reliés à la souche épidémique (insdistinguable, closely et possibly selon analyses cliniques et moléculaire)

profils totalement différents

37
Q

VRAI OU FAUX

la nomenclature avec les numéros implique un lien épidémiologique?

A

FAUX

ex: E.coli O157 H7

38
Q

nommer des avantages de l’EGCP

A

très discriminant

pleins de protocoles standardisés

39
Q

nommer des inconvénients de l’EGCP

A

nécessite culture pure

couteuse + équipement spécialisé

comparaison entre labo est difficile

40
Q

la méthode MLVA (Multiple-Locus VNTR Analysis) est-elle basée sur des patrons d’ADN?

A

OUI

41
Q

dans MLVA, que représentent les VNTR?

A

des courtes séquences d’ADN répétées dans le génome des bactéries

42
Q

MLVA est une méthode basée sur quoi?

A

l’amplification des régions répétitives

43
Q

décrire les « étapes de MLVA »

A

on a un nombre inconnu de séquences répétées dans le génome mais on connait le nombre de pb dans chaque séquences répétées (motifs)

on amplifie par PCR et donc on obtient un fragment ayant une longueur de pb connue

on divise le nombre de pb du long fragment par le nombre de pb de chaque motif et ça donne le nombre de motifs répétés

regarder dans base de données

44
Q

nommer des avantages de MLVA

A

rapide, coûts faibles, non ambigu, base de données internationale, très discriminant

45
Q

nommer des inconvénients de MLVA

A

pas applicable pour l’épidémiologique à long terme (mutations)

produits non déduits à partir du génome entier

46
Q

décrire la méthode MLST (multi locus sequence typing)

A

elle est basée sur les gènes métaboliques, housekeeping gènes, gènes de ménage (7)

47
Q

quelle est la méthode de référence pour l’analyse des populations bactériennes?

A

MLST

48
Q

MLST étudie la variation…?

A

variation génétique neutre de multiples loci chromosomiques

en général 7 gènes

49
Q

la méthode MLST permet de regrouper les souches bactériennes en ?

A

complexes clonaux où chaque souche appartenant à ce complexe est dérivée d’un ancêtre commun

50
Q

MLST est une méthode appropriée pour du long terme et pour des population bactérienne avec de hauts taux de recombinaison?

A

OUI

ex: seule métho qui regroupe les isolats de camphylobacter en poches écologiques tel que le poulet, bovin, eau etc

51
Q

décrire en gros le fonctionnement de MLST

A

1) séquençage de portion de 7 gènes métaboliques dans les 2 sens

2) comparaison de chaque portion de gènes avec des allèles connus

3) assigner un allèle aux 7 loci pour obtenir un profil allélique

4) comparer le profil allélique avec d’autres souches d’une base de données

52
Q

en bref décrire le fonctionnement de MLST (genre les ST= chiffre)

A

identifier complexes coloniaux, identifier génotype central, ajouter des ST qui diffère à un locus, dans 2 loci ou 3 au MAXIMUM)

chaque complexe clonal est nommé selon le ST central

53
Q

est-ce que MLST pourrait être utilisée sur du court terme, éclosion?

A

NON, car méthode sur du long terme et en plus on regarde que 7 gènes donc ce n’est pas assez

54
Q

un clone de camphylobacter est-il retrouvé chez l’humain selon MLST?

A

non, que chez poulet, bovin, eau etc

55
Q

nommer des avantages de MLST

A

reproductible, résultat facilement interchangeables, discrimination à une base près! matériel facilement transportable

56
Q

nommer trois inconvénients de MLST

A

ne détectent pas la variabilité à court terme + coûteux + long

57
Q

définir le génome

A

totalité de l’info génétique d’un organisme incluant les gènes codant et non codant sur chromosomes et plasmides

58
Q

but du séquençage d’un génome

A

déterminer l’ordre des nucléotides qui constituent l’ADN d’un organisme

59
Q

comment séquencer un génome?

A

isoler l’ADN, le casser en fragment, séquencer les fragments et les remettre ensemble dans le bon ordre

60
Q

comment on nomme les séquences obtenues avant assemblage?

A

reads

61
Q

qu’est-ce qu’un contig?

A

assemblage de reads

62
Q

nommer deux manières d’assembler des séquences

A

selon génome de référence ou de novo (sans référence)

63
Q

nommer une première méthode retenue par PulseNet pour le séquençage complet du génome

A

SNVphyl

64
Q

que mesure la méthode SNVPhyl (single nucleotide variation)?

A

variations nucléotidiques par rapport à une séquence de référence

65
Q

est-ce que la méthode SNVPhyl prend en compte les insertions et délétions?

A

NON

66
Q

la parenté génétique est estimée selon l’analyse phylogénétique de SNV qui sont hérités de manière verticale et communs à TOUS LES ISOLATS?

A

VRAI

67
Q

la matrice SNV permet de déterminer le nombre de SNV différents entre les isolats et est convertie en?

A

arbre phylogénétique

68
Q

décrire en bref la méthode SNV

A

1) map avec la référence et identifier les potentiels SNV

2) filtrer et donc garder que les SNV de haute qualité qui sont dans le core du génome ( hq-SNV ✅ VS SNV❌)

3) construire un arbre phylogénétique avec les SNV (hq i guess)

69
Q

décrire la méthode wgMLST (2e méthode pour typer un génome entier)

notions de gène, locus, allèle

A

basée sur MLST 7 gènes

mais ici ont capture et intègre tous les loci d’intérêt - identifier variations nucléotidiques gènes par gènes

pour chaque isolat, si le locus est présent, l’allèle est déterminé

on met le tout dans bionumerics

70
Q

en gros dans wgMLST on fait quoi?

A

les allèles de chaque loci sont comparés et un arbre phylogénétique est construit

71
Q

VRAI OU FAUX

wgMLST et hqSNV ne nécessite pas d’être soutenue par l’enquête épidémiologique?

A

FAUX il faut toujours l’enquête épidémiologique

72
Q

nommer des avantages du séquençage de génome complet

A

hautement discriminant par rapport aux méthodes conventionnelles

mieux identifier sources toxi-infection

améliorer les connaissances sur la source

séquencer le génome donne info sur l’espèce, sérotype, gènes de virulence, résistance, autre marqueur génétique

73
Q

au final quels sont les 2 critères importants pour le génotypage moléculaire?

A

discriminant et reproductible

74
Q

CONCLUSION

A

génotypage moléculaire est un complément à l’enquête épidémiologique

DÉTECTION ÉPIDÉMIOLOGIQUE D'AGENTS INFECTIEUX (7 decks)

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