COURS 4: MYCOLOGIE 🍄 Flashcards
avec quel organisme les eucaryotes ont longtemps été classifiés?
les plantes
qu’est-ce qui distingue les eucaryotes (règne fungi) et les plantes? (2)
PAROI (sucres spéciaux genre chitine, manants, glucans) et MEMBRANE (ergostérol)
nommer les 3 grands groupes taxonomiques du règne fungi
ascomycètes, mucormycètes et basidiomycètes
type de classification du règne fungi
morphologique/taxonomique
quel est sont les 2 groupes taxonomiques des levures?
ascocymètes et basidiomycètes
3 caractéristiques de levures
unicellulaires (bourgeonnent)
lisses
crémeux
quel est sont les 3 groupes taxonomiques des champignons filamenteux?
ascocymètes et basidiomycètes
ET mucormycètes
3 caractéristiques des champignons filamenteux
multicellulaires
filamenteux (croissance hyphes)
poudreux et colorés (production de spores + conidies)
quel sont les 2 groupes taxonomiques des champignons macroscopiques?
ascocymètes et basidiomycètes
3 caractéristiques des champignons macroscopiques
croissance dans le sol
gros organes de fructification (visibles)
pas pathogènes en général
VRAI OU FAUX
les Fungi sont présents dans toutes les niches écologiques?
VRAI, surtout dans le sol
VRAI OU FAUX
les Fungi ne sont pas des grands recycleurs?
FAUX, ils digèrent n’importe quelle matière organique
décrire la caractéristique « saprophyte » des Fungi
décompose matière organique morte (surtout végétale) avec plein d’enzymes spécialisées et composés chimiques
nommer des utilisations des Fungi
production alimentaire, chimique et pharmaceutique (antibiotiques/médicaments)
nommer les 3 étapes du cycle vital des champignons filamenteux
germination (=thalle végétatif, mycélium + hyphes)
maturation ( différenciation de mycélium et hyphes = organes de fructification reproduction)
dispersion des spores et conidies (vents, éclaboussures)
cycle 🔄
comment s’effectue le cycle des levures?
bourgeonnement et fission
VRAI OU FAUX
certaines levures font partie de notre microbiote?
VRAI
intestin, peau, muqueuses
ex: candida, malassezia (acide gras, sébum, peau)
VRAI OU FAUX
la majorité des champignons sont pathogènes chez humain/animaux?
FAUX
moins de 0,5% sur 150 000 sp
pourquoi les champignons ne sont pas aussi pathogènes que les bactéries/virus?
décrire leur pathogénicité
obstacles à l’invasion des tissus:
croissance lente, température élevée du corps, humain ont bons mécanismes de défenses cellulaires
rarement contagieux: humain➡️humain
plupart sont opportunistes!
nommer des cas où une éclosion causée par des champignons pourrait avoir lieu
exposition à de fortes concentrations de spores (vrais champignons pathogènes du GR3)
équipement médical ou médicaments injectables contaminés, patient immunité réduite
catastrophes naturelles
qu’est-ce que CAM?
COVID associated mucormycosis
une infection pulmonaire ou sino-orbital nécrosante
quels sont les facteurs de risque associés à CAM?
diabète (mucormycose)
inflammation
corticostéroïdes
ventilation assistée
immunosupression
VRAI OU FAUX
les infections fongiques invasives (IFI) causent beaucoup de mort, même plus que celles associées au VIH + Tuberculose?
VRAI!
mortalité très élevée quand invasif
pourquoi il y a beaucoup de décès par les infections fongiques invasives?
diagnostic et traitements prennent du temps dans les pays en voie de développement
ces deux facteurs sont critiques dans les infections invasives!
nommer 3 types d’infection et les mycoses qui y sont associées
superficielles, cutanées: dermathophytose
sous- cutannées: sporotrichose, chromoblastomycose
profondes ou invasives: GR3 pathogènes (ex: histoplasmose) ET GR3 opportunistes (ex: candidose et aspergillose)
nommer les étapes de la procédure de diagnostic en laboratoire clinique (lorsqu’une mycose est suspectée)
1) prélèvement spécimen:
liquide ou biopsie
OPTION 1: si on voit des champignons, levures, hyphes on fait examen direct )KOH-Calcofluor)
OPTION 2: sinon mise en culture permet identification, typage, test de sensibilité (résistance)
OPTION 3: autres techniques, sérodiagnostic, histopathologie, PCR de détection
quel est le rôle du KOH dans les examens direct? rôle du Calcofluor?
KOH: digère les cellules humaines = on voit mieux les champignons
Calcofluor: agent de blanchiment
VRAI OU FAUX
il existe beaucoup de classes d’antifongiques?
FAUX
que 3 classes principales pour IFI 😮
sachant que les levures appartiennent aux ascomycètes et aux basidiomycètes (taxons), qu’est-ce qui différencie ces 2 taxons?
ascomycètes (levures classique) = fermentation MAIS uréase -
basidiomycètes = pas de fermentation MAIS sont uréase +
nommer 2 façons d’identifier les champignons filamenteux qui sont vraiment utilisées
microscopie (bleu de coton)
aspect de la culture sur un milieu (sporulation, conidies, identifier selon struct reproduction quoi)
manière d’identifier les champignons filamenteux qui est peu utilisée
MALDI-TOF
VRAI OU FAUX
travailler avec des champignons filamenteux ne nécessite pas toujours l’ESB?
FAUX, toujours sous ESB
la confirmation du champignon filamenteux se fait par le ?
LSPQ, séquençage
quelles sont les deux types de couleurs de colonies pour les champignons filamenteux?
champignons dématiés: produisent mélanine = brun-noir hyphes et conidies
champignons hyalins: non pigmenté, incolore
décrire vite fait les 3 techniques de détection de champignons filamenteux
- examen microscopique de fragment de colonies: montage d’un fragment de colonie avec lame+lamelle et après coloration ex:bleu de coton
- ruban gommé: culture en pétri et après on «prélève» avec scotch et colore
- culture sur lame: pétri, innoculum grandi et touche lamelle au dessus, retirer lamelle et bleu de coton
nommer avantages (2) et un inconvénient de l’examen microscopique
rapide, sécuritaire (GR3) vu que pas d’aérosol
résolution faible
nommer avantages (2) et inconvénients (2) de la technique du ruban gommé
rapide, bonne résolution de certaines structures
requiert culture en pétri, artefacts du ruban gommé
nommer un avantage et inconvénients (2) de la technique de culture sur lame
meilleure résolution possible, idéal pour photos
demande plus de temps et de dextérité, moins sécuritaire pour GR3
MÉTHODE IDENTIFICATION MOLÉCULAIRE 1:
décrire le principe de spectrométrie de masse par MALDI-TOF
plaque maldi à mélange échantillon + matrice
matrice absorbe UV du laser
vaporisation/ionisation échantillon
nommer 2 raisons pour lesquelles on aime MALDI
rapide
fonctionne bien avec mélange brut de protéine, pas besoin de purifier!
4 phases de MALDI
ionisation par pulsation, accélérateur, champ électrostatique, détecteur de charges
VRAI OU FAUX
la charge des ions est proportionnelle à leur temps de vol?
FAUX, la masse est proportionnelle au temps de vol
ions légers voyagent vite
MALDI permet d’obtenir quoi?
profil (masse/charge)
spectre de masse des protéines!
VRAI OU FAUX
chaque MO produit un spectre de masse distinct?
VRAI, ce qui permet l’identification
MALDI
avec quoi on compare les spectres obtenus?
banque de données de spectres connus
MALDI permet d’identifier des levures, décrire le principe
1) CULTURE FRAICHE PURE
(24H-72H), si pas pure=spectre mélangés
2) étalement sur lame, pas trop étaler sinon bruit de fond?
3) spectre de masse
avec MALDI, quelle type de molécules on voit le plus?
protéines ribosomales pcq les plus présentes dans la cellule
avec MALDI on utilise un contrôle qui est?
E. coli, comme ça on s’assure que tout fonctionne
pourquoi l’utilisation de MALDI-TOF pour extraire les champignons filamenteux est complexe?
paroi rigide
et profil de spectre de masse différents selon l’âge et le milieu de culture (sporulation)
MALDI-TOF pour extraire les champignons filamenteux nécessite l’extraction complète des protéines en tube avec?
EtOH et acide formique
MALDI-TOF levures vs MALDI-TOF filamenteux
levures= très performante comme méthode, couts moindres, superbe identification
filamenteux= prometteuse, protocole d’extraction en tube est complexe, moins implantées, identification correcte
MÉTHODE IDENTIFICATION MOLÉCULAIRE 2:
séquençage de l’ADN, nommer des avantages de l’identification des mycètes/séquençage de régions cibles (méthode de référence gold standard)
efficace, accessible
amorces universelles
identification précise de l’agent pathogène
nommer d’autres approches d’amplification d’ADN
PCR de détection sur culture (amorces spécifiques)
PCR de détection sur spécimen clinique (pas besoin de culture!!)
typage moléculaire
séquençage génome complet donne le plus d’infos possible!
nommer une région (entre gènes sous-u ribosomales grande et petite) vraiment utilisée en séquençage (CODE BARRE UNIVERSEL DES CHAMPIGNONS)
ITS: internal transcribed spacer
ITS 1 ET ITS2
quel est le problème de la taxonomie en mycologie?
taxonomie double!
exemple une même espèce qui se reproduit de façon sexuée ou asexuée aura 2 noms différents!
quelle candida est la plus prévalente en laboratoire au QC, Canada et dans le monde??
Candida albicans
qu’est-ce qui distingue c. albicans et glabrata des autres types de candida?
ces deux là sont des saprophytes obligatoires des animaux! colonisent peau, muqueuses, tube digestif
les autres candida sont saprophyte facultatives et donc plus présentes dans l’environnement
VRAI OU FAUX
C. albicans fait partie du microbiote d’une personne en santé?
VRAI
elle est opportuniste
nommer des facteurs de risque de c. albicans
neutropénie (immunodéficit)
antibio. large spectre
chirurgie abdominale
soins intensif
cathéters
VRAI OU FAUX
c. albicans (candidémie) est une cause d’infection nosocomiale et d’infection du sang?
VRAI
VRAI OU FAUX
Candida résiste aux antifongiques?
VRAI!
- suite à explosion avec antifongique
-résistance aux azoles = plus fréquente
-résistance aux fluconazole
-résistance croisée
-multirésistance
expliquer comment c. auris est responsable de grandes éclosions en milieu de soins
patients fortement colonisés (tropisme cutané, vrm excrétée sur la peau)
excrétion = patients et enviro
VRAI OU FAUX
c. auris concerne la population générale?
FAUX
touche que les personnes vraiment malades et ces dernières se la transmette entre elles
à retenir pour c. auris vs c. classiques
contrairement aux candida classiques
auris= acquisition en milieu nosocomial, transmission fréquente entre patients, résistance à désinfection élevée, dev résistance rapide, multirésistance = fréquente
fort tropisme CUTANNÉ
qui sont cryptococcus neoformans et gattii?
levures basidiomycètes (mucoide)
la capsule de cryptococcus neoformans et gattii est…?
épaisse de sucre
que cause cryptococcus neoformans et gattii?
infection pulmonaire et du SNC (méningite)
distribution de cryptococcus neoformans
mondiale
surtout sol, souvent sol contaminé par fiente d’oiseaux
cryptococcus neoformans infecte quelles personnes?
immunocompromise (VIH)
distribution de cryptococcus gattii
zones endémie, surtout régions tropicales/sous-tropicales
cryptococcus gattii est associé aux…?
arbres
quels sont les deux génotypes de cryptococcus gattii les plus virulents?
VGI ET VGII
cryptococcus gattii est retrouvé fréquemment chez quel type de patient?
immunocompétents
nommer la particularité de cryptococcus gattii
pathogène primaire, peut infecter des hôtes en bonne santé!
VRAI OU FAUX
même s’il est rare en Amérique du Nord, cryptococcus gattii s’est adapté au climat nordique et a causé une éclosion aux USA à un moment?
VRAI
quel est l’agent principal de l’aspergillose?
aspergillus fumigatus
nommer 3 caractéristiques d’aspergillus fumigatus
espèce la plus opportuniste/la plus pathogène
commune dans l’environnement
thermotolérante
caractéristique de la tête de aspergillus fumigatus microscopie/stéréoscope
microscopie: tête aspergillaire et conidies
stéréoscope: tête aspergillaire
nommer les 3 grands types d’aspergillose
allergique
chronique (cavitaire, aspergillome)
invasive (multi-organes-mortalité 30-70%)
VRAI OU FAUX
l’aspergillose est l’infection fongique invasive la plus fréquente chez les gravement immunocompromis?
VRAI
comment traiter l’aspergillose?
traitements avec azoles
d’où provient la résistance à aspergillus fumigatus
utilisation de fongicides azolés en agriculture
résistance, car mutation ne sont pas les mêmes que patients sous traitements prolongés
trichophyton indotineae est une …?
dermatophyte (champignons qui se nourrissent de la kératine)
trichophyton indotineae cause quoi?
teigne étendue récalcitrante au traitement en Inde et ailleurs dans le monde
d’où provient la résistance de trichophyton indotineae?
usage abusif de cocktails antifongiques et mutation dans le gène squalene epoxidase
particularité des champignons dimorphes?
dimorphisme thermique donc peuvent être soit des filamenteux (30 deg), soit des levures (si on les fait pousser à 37 deg)
les champignons dimorphes appartiennent à quel groupe de risque?
3
champignon dimorphe le plus virulent, À TRÈS HAUT RISQUE?
coccidioide sp.
coccidiose est classé comme?
agent de bioterrorisme
blastomyces dermatitidis est un champignon dimorphe à … risque?
haut risque
vs coccidioides (très au risque)
coccidioidomycose est associée à quelle infection fongique?
valley fever
endémique aux régions désertiques, sol, inhalation d’arthroconidies, infection pulmonaire (forte grippe) infection sévère = - de 1%
150000 cas/an USA
1-2 cas/an au QC
décrire brièvement le cycle d’infection de la coccidioidomycose
arthroconidies se logent dans poumons et deviennent des sphérules (contiennent des endoconidies)
pourquoi il y a beaucoup de cas de coccidioidomycose aux USA?
pcq effort de diagnostique
aussi catastrophes naturelles = conidies dans l’air
VRAI OU FAUX
blastomycose est l’infection dimorphe la plus fréquente?
VRAI
comment s’attrape une infection à blastomycose?
inhalation de conidies dans l’enviro
type d’infection de la blastomycose
infection primaire pulmonaire/pneumonie aigue
mortalité si non traitée: se disséminent dans organes/détresse respiratoire
décrire brièvement le cycle de blastomycose
inhaler conidies et elles se transforment en levures
levures se dispersent
zone endémique touchée par blastomycose
EST de l’Amérique du NORD, sol humide (près des cours d’eau) contenu élevé en matière organique
VRAI OU FAUX
au QC il y a une augmentation de cas de blastomycose depuis 2005?
VRAI
nommer les causes de l’augmentation des cas de blastomycoses au QC (2)
réchauffement climatique et population à risque augmente
région du QC où l’incidence par blastomycose est la plus élevée
Estrie (0.76)
dans la population qui sont les plus touchés par blastomycose (77%) et histoplasmose (81%)?
hommes, 40-60 ans (se roulent dans la boue? mdr 😂)
