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DÉTECTION ÉPIDÉMIOLOGIQUE D'AGENTS INFECTIEUX > COURS 4: MYCOLOGIE 🍄 > Flashcards

COURS 4: MYCOLOGIE 🍄 Flashcards

1
Q

avec quel organisme les eucaryotes ont longtemps été classifiés?

A

les plantes

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2
Q

qu’est-ce qui distingue les eucaryotes (règne fungi) et les plantes? (2)

A

PAROI (sucres spéciaux genre chitine, manants, glucans) et MEMBRANE (ergostérol)

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3
Q

nommer les 3 grands groupes taxonomiques du règne fungi

A

ascomycètes, mucormycètes et basidiomycètes

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4
Q

type de classification du règne fungi

A

morphologique/taxonomique

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5
Q

quel est sont les 2 groupes taxonomiques des levures?

A

ascocymètes et basidiomycètes

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6
Q

3 caractéristiques de levures

A

unicellulaires (bourgeonnent)
lisses
crémeux

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7
Q

quel est sont les 3 groupes taxonomiques des champignons filamenteux?

A

ascocymètes et basidiomycètes

ET mucormycètes

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8
Q

3 caractéristiques des champignons filamenteux

A

multicellulaires

filamenteux (croissance hyphes)

poudreux et colorés (production de spores + conidies)

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9
Q

quel sont les 2 groupes taxonomiques des champignons macroscopiques?

A

ascocymètes et basidiomycètes

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10
Q

3 caractéristiques des champignons macroscopiques

A

croissance dans le sol

gros organes de fructification (visibles)

pas pathogènes en général

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11
Q

VRAI OU FAUX

les Fungi sont présents dans toutes les niches écologiques?

A

VRAI, surtout dans le sol

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12
Q

VRAI OU FAUX

les Fungi ne sont pas des grands recycleurs?

A

FAUX, ils digèrent n’importe quelle matière organique

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13
Q

décrire la caractéristique « saprophyte » des Fungi

A

décompose matière organique morte (surtout végétale) avec plein d’enzymes spécialisées et composés chimiques

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14
Q

nommer des utilisations des Fungi

A

production alimentaire, chimique et pharmaceutique (antibiotiques/médicaments)

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15
Q

nommer les 3 étapes du cycle vital des champignons filamenteux

A

germination (=thalle végétatif, mycélium + hyphes)

maturation ( différenciation de mycélium et hyphes = organes de fructification reproduction)

dispersion des spores et conidies (vents, éclaboussures)

cycle 🔄

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16
Q

comment s’effectue le cycle des levures?

A

bourgeonnement et fission

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17
Q

VRAI OU FAUX

certaines levures font partie de notre microbiote?

A

VRAI

intestin, peau, muqueuses
ex: candida, malassezia (acide gras, sébum, peau)

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18
Q

VRAI OU FAUX

la majorité des champignons sont pathogènes chez humain/animaux?

A

FAUX

moins de 0,5% sur 150 000 sp

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19
Q

pourquoi les champignons ne sont pas aussi pathogènes que les bactéries/virus?

décrire leur pathogénicité

A

obstacles à l’invasion des tissus:

croissance lente, température élevée du corps, humain ont bons mécanismes de défenses cellulaires

rarement contagieux: humain➡️humain

plupart sont opportunistes!

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20
Q

nommer des cas où une éclosion causée par des champignons pourrait avoir lieu

A

exposition à de fortes concentrations de spores (vrais champignons pathogènes du GR3)

équipement médical ou médicaments injectables contaminés, patient immunité réduite

catastrophes naturelles

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21
Q

qu’est-ce que CAM?

A

COVID associated mucormycosis

une infection pulmonaire ou sino-orbital nécrosante

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22
Q

quels sont les facteurs de risque associés à CAM?

A

diabète (mucormycose)

inflammation

corticostéroïdes

ventilation assistée

immunosupression

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23
Q

VRAI OU FAUX

les infections fongiques invasives (IFI) causent beaucoup de mort, même plus que celles associées au VIH + Tuberculose?

A

VRAI!

mortalité très élevée quand invasif

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24
Q

pourquoi il y a beaucoup de décès par les infections fongiques invasives?

A

diagnostic et traitements prennent du temps dans les pays en voie de développement

ces deux facteurs sont critiques dans les infections invasives!

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25
Q

nommer 3 types d’infection et les mycoses qui y sont associées

A

superficielles, cutanées: dermathophytose

sous- cutannées: sporotrichose, chromoblastomycose

profondes ou invasives: GR3 pathogènes (ex: histoplasmose) ET GR3 opportunistes (ex: candidose et aspergillose)

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26
Q

nommer les étapes de la procédure de diagnostic en laboratoire clinique (lorsqu’une mycose est suspectée)

A

1) prélèvement spécimen:
liquide ou biopsie

OPTION 1: si on voit des champignons, levures, hyphes on fait examen direct )KOH-Calcofluor)

OPTION 2: sinon mise en culture permet identification, typage, test de sensibilité (résistance)

OPTION 3: autres techniques, sérodiagnostic, histopathologie, PCR de détection

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27
Q

quel est le rôle du KOH dans les examens direct? rôle du Calcofluor?

A

KOH: digère les cellules humaines = on voit mieux les champignons

Calcofluor: agent de blanchiment

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28
Q

VRAI OU FAUX

il existe beaucoup de classes d’antifongiques?

A

FAUX
que 3 classes principales pour IFI 😮

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29
Q

sachant que les levures appartiennent aux ascomycètes et aux basidiomycètes (taxons), qu’est-ce qui différencie ces 2 taxons?

A

ascomycètes (levures classique) = fermentation MAIS uréase -

basidiomycètes = pas de fermentation MAIS sont uréase +

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30
Q

nommer 2 façons d’identifier les champignons filamenteux qui sont vraiment utilisées

A

microscopie (bleu de coton)

aspect de la culture sur un milieu (sporulation, conidies, identifier selon struct reproduction quoi)

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31
Q

manière d’identifier les champignons filamenteux qui est peu utilisée

A

MALDI-TOF

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32
Q

VRAI OU FAUX
travailler avec des champignons filamenteux ne nécessite pas toujours l’ESB?

A

FAUX, toujours sous ESB

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33
Q

la confirmation du champignon filamenteux se fait par le ?

A

LSPQ, séquençage

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34
Q

quelles sont les deux types de couleurs de colonies pour les champignons filamenteux?

A

champignons dématiés: produisent mélanine = brun-noir hyphes et conidies

champignons hyalins: non pigmenté, incolore

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35
Q

décrire vite fait les 3 techniques de détection de champignons filamenteux

A
  • examen microscopique de fragment de colonies: montage d’un fragment de colonie avec lame+lamelle et après coloration ex:bleu de coton
  • ruban gommé: culture en pétri et après on «prélève» avec scotch et colore
  • culture sur lame: pétri, innoculum grandi et touche lamelle au dessus, retirer lamelle et bleu de coton
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36
Q

nommer avantages (2) et un inconvénient de l’examen microscopique

A

rapide, sécuritaire (GR3) vu que pas d’aérosol

résolution faible

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37
Q

nommer avantages (2) et inconvénients (2) de la technique du ruban gommé

A

rapide, bonne résolution de certaines structures

requiert culture en pétri, artefacts du ruban gommé

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38
Q

nommer un avantage et inconvénients (2) de la technique de culture sur lame

A

meilleure résolution possible, idéal pour photos

demande plus de temps et de dextérité, moins sécuritaire pour GR3

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39
Q

MÉTHODE IDENTIFICATION MOLÉCULAIRE 1:

décrire le principe de spectrométrie de masse par MALDI-TOF

A

plaque maldi à mélange échantillon + matrice

matrice absorbe UV du laser

vaporisation/ionisation échantillon

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40
Q

nommer 2 raisons pour lesquelles on aime MALDI

A

rapide
fonctionne bien avec mélange brut de protéine, pas besoin de purifier!

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41
Q

4 phases de MALDI

A

ionisation par pulsation, accélérateur, champ électrostatique, détecteur de charges

42
Q

VRAI OU FAUX
la charge des ions est proportionnelle à leur temps de vol?

A

FAUX, la masse est proportionnelle au temps de vol

ions légers voyagent vite

43
Q

MALDI permet d’obtenir quoi?

A

profil (masse/charge)
spectre de masse des protéines!

44
Q

VRAI OU FAUX

chaque MO produit un spectre de masse distinct?

A

VRAI, ce qui permet l’identification

45
Q

MALDI
avec quoi on compare les spectres obtenus?

A

banque de données de spectres connus

46
Q

MALDI permet d’identifier des levures, décrire le principe

A

1) CULTURE FRAICHE PURE
(24H-72H), si pas pure=spectre mélangés

2) étalement sur lame, pas trop étaler sinon bruit de fond?

3) spectre de masse

47
Q

avec MALDI, quelle type de molécules on voit le plus?

A

protéines ribosomales pcq les plus présentes dans la cellule

48
Q

avec MALDI on utilise un contrôle qui est?

A

E. coli, comme ça on s’assure que tout fonctionne

49
Q

pourquoi l’utilisation de MALDI-TOF pour extraire les champignons filamenteux est complexe?

A

paroi rigide

et profil de spectre de masse différents selon l’âge et le milieu de culture (sporulation)

50
Q

MALDI-TOF pour extraire les champignons filamenteux nécessite l’extraction complète des protéines en tube avec?

A

EtOH et acide formique

51
Q

MALDI-TOF levures vs MALDI-TOF filamenteux

A

levures= très performante comme méthode, couts moindres, superbe identification

filamenteux= prometteuse, protocole d’extraction en tube est complexe, moins implantées, identification correcte

52
Q

MÉTHODE IDENTIFICATION MOLÉCULAIRE 2:

séquençage de l’ADN, nommer des avantages de l’identification des mycètes/séquençage de régions cibles (méthode de référence gold standard)

A

efficace, accessible

amorces universelles

identification précise de l’agent pathogène

53
Q

nommer d’autres approches d’amplification d’ADN

A

PCR de détection sur culture (amorces spécifiques)

PCR de détection sur spécimen clinique (pas besoin de culture!!)

typage moléculaire

séquençage génome complet donne le plus d’infos possible!

54
Q

nommer une région (entre gènes sous-u ribosomales grande et petite) vraiment utilisée en séquençage (CODE BARRE UNIVERSEL DES CHAMPIGNONS)

A

ITS: internal transcribed spacer

ITS 1 ET ITS2

55
Q

quel est le problème de la taxonomie en mycologie?

A

taxonomie double!

exemple une même espèce qui se reproduit de façon sexuée ou asexuée aura 2 noms différents!

56
Q

quelle candida est la plus prévalente en laboratoire au QC, Canada et dans le monde??

A

Candida albicans

57
Q

qu’est-ce qui distingue c. albicans et glabrata des autres types de candida?

A

ces deux là sont des saprophytes obligatoires des animaux! colonisent peau, muqueuses, tube digestif

les autres candida sont saprophyte facultatives et donc plus présentes dans l’environnement

58
Q

VRAI OU FAUX

C. albicans fait partie du microbiote d’une personne en santé?

A

VRAI

elle est opportuniste

59
Q

nommer des facteurs de risque de c. albicans

A

neutropénie (immunodéficit)
antibio. large spectre
chirurgie abdominale
soins intensif
cathéters

60
Q

VRAI OU FAUX
c. albicans (candidémie) est une cause d’infection nosocomiale et d’infection du sang?

A

VRAI

61
Q

VRAI OU FAUX

Candida résiste aux antifongiques?

A

VRAI!

  • suite à explosion avec antifongique
    -résistance aux azoles = plus fréquente
    -résistance aux fluconazole
    -résistance croisée
    -multirésistance
62
Q

expliquer comment c. auris est responsable de grandes éclosions en milieu de soins

A

patients fortement colonisés (tropisme cutané, vrm excrétée sur la peau)

excrétion = patients et enviro

63
Q

VRAI OU FAUX

c. auris concerne la population générale?

A

FAUX

touche que les personnes vraiment malades et ces dernières se la transmette entre elles

64
Q

à retenir pour c. auris vs c. classiques

A

contrairement aux candida classiques

auris= acquisition en milieu nosocomial, transmission fréquente entre patients, résistance à désinfection élevée, dev résistance rapide, multirésistance = fréquente

fort tropisme CUTANNÉ

65
Q

qui sont cryptococcus neoformans et gattii?

A

levures basidiomycètes (mucoide)

66
Q

la capsule de cryptococcus neoformans et gattii est…?

A

épaisse de sucre

67
Q

que cause cryptococcus neoformans et gattii?

A

infection pulmonaire et du SNC (méningite)

68
Q

distribution de cryptococcus neoformans

A

mondiale

surtout sol, souvent sol contaminé par fiente d’oiseaux

69
Q

cryptococcus neoformans infecte quelles personnes?

A

immunocompromise (VIH)

70
Q

distribution de cryptococcus gattii

A

zones endémie, surtout régions tropicales/sous-tropicales

71
Q

cryptococcus gattii est associé aux…?

A

arbres

72
Q

quels sont les deux génotypes de cryptococcus gattii les plus virulents?

A

VGI ET VGII

73
Q

cryptococcus gattii est retrouvé fréquemment chez quel type de patient?

A

immunocompétents

74
Q

nommer la particularité de cryptococcus gattii

A

pathogène primaire, peut infecter des hôtes en bonne santé!

75
Q

VRAI OU FAUX

même s’il est rare en Amérique du Nord, cryptococcus gattii s’est adapté au climat nordique et a causé une éclosion aux USA à un moment?

A

VRAI

76
Q

quel est l’agent principal de l’aspergillose?

A

aspergillus fumigatus

77
Q

nommer 3 caractéristiques d’aspergillus fumigatus

A

espèce la plus opportuniste/la plus pathogène

commune dans l’environnement

thermotolérante

78
Q

caractéristique de la tête de aspergillus fumigatus microscopie/stéréoscope

A

microscopie: tête aspergillaire et conidies

stéréoscope: tête aspergillaire

79
Q

nommer les 3 grands types d’aspergillose

A

allergique

chronique (cavitaire, aspergillome)

invasive (multi-organes-mortalité 30-70%)

80
Q

VRAI OU FAUX

l’aspergillose est l’infection fongique invasive la plus fréquente chez les gravement immunocompromis?

A

VRAI

81
Q

comment traiter l’aspergillose?

A

traitements avec azoles

82
Q

d’où provient la résistance à aspergillus fumigatus

A

utilisation de fongicides azolés en agriculture

résistance, car mutation ne sont pas les mêmes que patients sous traitements prolongés

83
Q

trichophyton indotineae est une …?

A

dermatophyte (champignons qui se nourrissent de la kératine)

84
Q

trichophyton indotineae cause quoi?

A

teigne étendue récalcitrante au traitement en Inde et ailleurs dans le monde

85
Q

d’où provient la résistance de trichophyton indotineae?

A

usage abusif de cocktails antifongiques et mutation dans le gène squalene epoxidase

86
Q

particularité des champignons dimorphes?

A

dimorphisme thermique donc peuvent être soit des filamenteux (30 deg), soit des levures (si on les fait pousser à 37 deg)

87
Q

les champignons dimorphes appartiennent à quel groupe de risque?

A

3

88
Q

champignon dimorphe le plus virulent, À TRÈS HAUT RISQUE?

A

coccidioide sp.

89
Q

coccidiose est classé comme?

A

agent de bioterrorisme

90
Q

blastomyces dermatitidis est un champignon dimorphe à … risque?

A

haut risque

vs coccidioides (très au risque)

91
Q

coccidioidomycose est associée à quelle infection fongique?

A

valley fever

endémique aux régions désertiques, sol, inhalation d’arthroconidies, infection pulmonaire (forte grippe) infection sévère = - de 1%

150000 cas/an USA
1-2 cas/an au QC

92
Q

décrire brièvement le cycle d’infection de la coccidioidomycose

A

arthroconidies se logent dans poumons et deviennent des sphérules (contiennent des endoconidies)

93
Q

pourquoi il y a beaucoup de cas de coccidioidomycose aux USA?

A

pcq effort de diagnostique

aussi catastrophes naturelles = conidies dans l’air

94
Q

VRAI OU FAUX
blastomycose est l’infection dimorphe la plus fréquente?

A

VRAI

95
Q

comment s’attrape une infection à blastomycose?

A

inhalation de conidies dans l’enviro

96
Q

type d’infection de la blastomycose

A

infection primaire pulmonaire/pneumonie aigue

mortalité si non traitée: se disséminent dans organes/détresse respiratoire

97
Q

décrire brièvement le cycle de blastomycose

A

inhaler conidies et elles se transforment en levures

levures se dispersent

98
Q

zone endémique touchée par blastomycose

A

EST de l’Amérique du NORD, sol humide (près des cours d’eau) contenu élevé en matière organique

99
Q

VRAI OU FAUX

au QC il y a une augmentation de cas de blastomycose depuis 2005?

A

VRAI

100
Q

nommer les causes de l’augmentation des cas de blastomycoses au QC (2)

A

réchauffement climatique et population à risque augmente

101
Q

région du QC où l’incidence par blastomycose est la plus élevée

A

Estrie (0.76)

102
Q

dans la population qui sont les plus touchés par blastomycose (77%) et histoplasmose (81%)?

A

hommes, 40-60 ans (se roulent dans la boue? mdr 😂)

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