COURS 4: MYCOLOGIE 🍄 Flashcards

1
Q

avec quel organisme les eucaryotes ont longtemps été classifiés?

A

les plantes

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2
Q

qu’est-ce qui distingue les eucaryotes (règne fungi) et les plantes? (2)

A

PAROI (sucres spéciaux genre chitine, manants, glucans) et MEMBRANE (ergostérol)

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3
Q

nommer les 3 grands groupes taxonomiques du règne fungi

A

ascomycètes, mucormycètes et basidiomycètes

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4
Q

type de classification du règne fungi

A

morphologique/taxonomique

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5
Q

quel est sont les 2 groupes taxonomiques des levures?

A

ascocymètes et basidiomycètes

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6
Q

3 caractéristiques de levures

A

unicellulaires (bourgeonnent)
lisses
crémeux

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7
Q

quel est sont les 3 groupes taxonomiques des champignons filamenteux?

A

ascocymètes et basidiomycètes

ET mucormycètes

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8
Q

3 caractéristiques des champignons filamenteux

A

multicellulaires

filamenteux (croissance hyphes)

poudreux et colorés (production de spores + conidies)

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9
Q

quel sont les 2 groupes taxonomiques des champignons macroscopiques?

A

ascocymètes et basidiomycètes

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10
Q

3 caractéristiques des champignons macroscopiques

A

croissance dans le sol

gros organes de fructification (visibles)

pas pathogènes en général

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11
Q

VRAI OU FAUX

les Fungi sont présents dans toutes les niches écologiques?

A

VRAI, surtout dans le sol

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12
Q

VRAI OU FAUX

les Fungi ne sont pas des grands recycleurs?

A

FAUX, ils digèrent n’importe quelle matière organique

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13
Q

décrire la caractéristique « saprophyte » des Fungi

A

décompose matière organique morte (surtout végétale) avec plein d’enzymes spécialisées et composés chimiques

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14
Q

nommer des utilisations des Fungi

A

production alimentaire, chimique et pharmaceutique (antibiotiques/médicaments)

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15
Q

nommer les 3 étapes du cycle vital des champignons filamenteux

A

germination (=thalle végétatif, mycélium + hyphes)

maturation ( différenciation de mycélium et hyphes = organes de fructification reproduction)

dispersion des spores et conidies (vents, éclaboussures)

cycle 🔄

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16
Q

comment s’effectue le cycle des levures?

A

bourgeonnement et fission

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17
Q

VRAI OU FAUX

certaines levures font partie de notre microbiote?

A

VRAI

intestin, peau, muqueuses
ex: candida, malassezia (acide gras, sébum, peau)

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18
Q

VRAI OU FAUX

la majorité des champignons sont pathogènes chez humain/animaux?

A

FAUX

moins de 0,5% sur 150 000 sp

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19
Q

pourquoi les champignons ne sont pas aussi pathogènes que les bactéries/virus?

décrire leur pathogénicité

A

obstacles à l’invasion des tissus:

croissance lente, température élevée du corps, humain ont bons mécanismes de défenses cellulaires

rarement contagieux: humain➡️humain

plupart sont opportunistes!

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20
Q

nommer des cas où une éclosion causée par des champignons pourrait avoir lieu

A

exposition à de fortes concentrations de spores (vrais champignons pathogènes du GR3)

équipement médical ou médicaments injectables contaminés, patient immunité réduite

catastrophes naturelles

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21
Q

qu’est-ce que CAM?

A

COVID associated mucormycosis

une infection pulmonaire ou sino-orbital nécrosante

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22
Q

quels sont les facteurs de risque associés à CAM?

A

diabète (mucormycose)

inflammation

corticostéroïdes

ventilation assistée

immunosupression

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23
Q

VRAI OU FAUX

les infections fongiques invasives (IFI) causent beaucoup de mort, même plus que celles associées au VIH + Tuberculose?

A

VRAI!

mortalité très élevée quand invasif

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24
Q

pourquoi il y a beaucoup de décès par les infections fongiques invasives?

A

diagnostic et traitements prennent du temps dans les pays en voie de développement

ces deux facteurs sont critiques dans les infections invasives!

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25
nommer 3 types d'infection et les mycoses qui y sont associées
superficielles, cutanées: dermathophytose sous- cutannées: sporotrichose, chromoblastomycose profondes ou invasives: GR3 pathogènes (ex: histoplasmose) ET GR3 opportunistes (ex: candidose et aspergillose)
26
nommer les étapes de la procédure de diagnostic en laboratoire clinique (lorsqu'une mycose est suspectée)
1) prélèvement spécimen: liquide ou biopsie OPTION 1: si on voit des champignons, levures, hyphes on fait examen direct )KOH-Calcofluor) OPTION 2: sinon mise en culture permet identification, typage, test de sensibilité (résistance) OPTION 3: autres techniques, sérodiagnostic, histopathologie, PCR de détection
27
quel est le rôle du KOH dans les examens direct? rôle du Calcofluor?
KOH: digère les cellules humaines = on voit mieux les champignons Calcofluor: agent de blanchiment
28
VRAI OU FAUX il existe beaucoup de classes d'antifongiques?
FAUX que 3 classes principales pour IFI 😮
29
sachant que les levures appartiennent aux ascomycètes et aux basidiomycètes (taxons), qu'est-ce qui différencie ces 2 taxons?
ascomycètes (levures classique) = fermentation MAIS uréase - basidiomycètes = pas de fermentation MAIS sont uréase +
30
nommer 2 façons d'identifier les champignons filamenteux qui sont vraiment utilisées
microscopie (bleu de coton) aspect de la culture sur un milieu (sporulation, conidies, identifier selon struct reproduction quoi)
31
manière d'identifier les champignons filamenteux qui est peu utilisée
MALDI-TOF
32
VRAI OU FAUX travailler avec des champignons filamenteux ne nécessite pas toujours l'ESB?
FAUX, toujours sous ESB
33
la confirmation du champignon filamenteux se fait par le ?
LSPQ, séquençage
34
quelles sont les deux types de couleurs de colonies pour les champignons filamenteux?
champignons dématiés: produisent mélanine = brun-noir hyphes et conidies champignons hyalins: non pigmenté, incolore
35
décrire vite fait les 3 techniques de détection de champignons filamenteux
- examen microscopique de fragment de colonies: montage d'un fragment de colonie avec lame+lamelle et après coloration ex:bleu de coton - ruban gommé: culture en pétri et après on «prélève» avec scotch et colore - culture sur lame: pétri, innoculum grandi et touche lamelle au dessus, retirer lamelle et bleu de coton
36
nommer avantages (2) et un inconvénient de l'examen microscopique
rapide, sécuritaire (GR3) vu que pas d'aérosol résolution faible
37
nommer avantages (2) et inconvénients (2) de la technique du ruban gommé
rapide, bonne résolution de certaines structures requiert culture en pétri, artefacts du ruban gommé
38
nommer un avantage et inconvénients (2) de la technique de culture sur lame
meilleure résolution possible, idéal pour photos demande plus de temps et de dextérité, moins sécuritaire pour GR3
39
MÉTHODE IDENTIFICATION MOLÉCULAIRE 1: décrire le principe de spectrométrie de masse par MALDI-TOF
plaque maldi à mélange échantillon + matrice matrice absorbe UV du laser vaporisation/ionisation échantillon
40
nommer 2 raisons pour lesquelles on aime MALDI
rapide fonctionne bien avec mélange brut de protéine, pas besoin de purifier!
41
4 phases de MALDI
ionisation par pulsation, accélérateur, champ électrostatique, détecteur de charges
42
VRAI OU FAUX la charge des ions est proportionnelle à leur temps de vol?
FAUX, la masse est proportionnelle au temps de vol ions légers voyagent vite
43
MALDI permet d'obtenir quoi?
profil (masse/charge) spectre de masse des protéines!
44
VRAI OU FAUX chaque MO produit un spectre de masse distinct?
VRAI, ce qui permet l'identification
45
MALDI avec quoi on compare les spectres obtenus?
banque de données de spectres connus
46
MALDI permet d'identifier des levures, décrire le principe
1) CULTURE FRAICHE PURE (24H-72H), si pas pure=spectre mélangés 2) étalement sur lame, pas trop étaler sinon bruit de fond? 3) spectre de masse
47
avec MALDI, quelle type de molécules on voit le plus?
protéines ribosomales pcq les plus présentes dans la cellule
48
avec MALDI on utilise un contrôle qui est?
E. coli, comme ça on s'assure que tout fonctionne
49
pourquoi l'utilisation de MALDI-TOF pour extraire les champignons filamenteux est complexe?
paroi rigide et profil de spectre de masse différents selon l'âge et le milieu de culture (sporulation)
50
MALDI-TOF pour extraire les champignons filamenteux nécessite l'extraction complète des protéines en tube avec?
EtOH et acide formique
51
MALDI-TOF levures vs MALDI-TOF filamenteux
levures= très performante comme méthode, couts moindres, superbe identification filamenteux= prometteuse, protocole d'extraction en tube est complexe, moins implantées, identification correcte
52
MÉTHODE IDENTIFICATION MOLÉCULAIRE 2: séquençage de l'ADN, nommer des avantages de l'identification des mycètes/séquençage de régions cibles (méthode de référence gold standard)
efficace, accessible amorces universelles identification précise de l'agent pathogène
53
nommer d'autres approches d'amplification d'ADN
PCR de détection sur culture (amorces spécifiques) PCR de détection sur spécimen clinique (pas besoin de culture!!) typage moléculaire séquençage génome complet donne le plus d'infos possible!
54
nommer une région (entre gènes sous-u ribosomales grande et petite) vraiment utilisée en séquençage (CODE BARRE UNIVERSEL DES CHAMPIGNONS)
ITS: internal transcribed spacer ITS 1 ET ITS2
55
quel est le problème de la taxonomie en mycologie?
taxonomie double! exemple une même espèce qui se reproduit de façon sexuée ou asexuée aura 2 noms différents!
56
quelle candida est la plus prévalente en laboratoire au QC, Canada et dans le monde??
Candida albicans
57
qu'est-ce qui distingue c. albicans et glabrata des autres types de candida?
ces deux là sont des saprophytes obligatoires des animaux! colonisent peau, muqueuses, tube digestif les autres candida sont saprophyte facultatives et donc plus présentes dans l'environnement
58
VRAI OU FAUX C. albicans fait partie du microbiote d'une personne en santé?
VRAI elle est opportuniste
59
nommer des facteurs de risque de c. albicans
neutropénie (immunodéficit) antibio. large spectre chirurgie abdominale soins intensif cathéters
60
VRAI OU FAUX c. albicans (candidémie) est une cause d'infection nosocomiale et d'infection du sang?
VRAI
61
VRAI OU FAUX Candida résiste aux antifongiques?
VRAI! - suite à explosion avec antifongique -résistance aux azoles = plus fréquente -résistance aux fluconazole -résistance croisée -multirésistance
62
expliquer comment c. auris est responsable de grandes éclosions en milieu de soins
patients fortement colonisés (tropisme cutané, vrm excrétée sur la peau) excrétion = patients et enviro
63
VRAI OU FAUX c. auris concerne la population générale?
FAUX touche que les personnes vraiment malades et ces dernières se la transmette entre elles
64
à retenir pour c. auris vs c. classiques
contrairement aux candida classiques auris= acquisition en milieu nosocomial, transmission fréquente entre patients, résistance à désinfection élevée, dev résistance rapide, multirésistance = fréquente fort tropisme CUTANNÉ
65
qui sont cryptococcus neoformans et gattii?
levures basidiomycètes (mucoide)
66
la capsule de cryptococcus neoformans et gattii est...?
épaisse de sucre
67
que cause cryptococcus neoformans et gattii?
infection pulmonaire et du SNC (méningite)
68
distribution de cryptococcus neoformans
mondiale surtout sol, souvent sol contaminé par fiente d'oiseaux
69
cryptococcus neoformans infecte quelles personnes?
immunocompromise (VIH)
70
distribution de cryptococcus gattii
zones endémie, surtout régions tropicales/sous-tropicales
71
cryptococcus gattii est associé aux...?
arbres
72
quels sont les deux génotypes de cryptococcus gattii les plus virulents?
VGI ET VGII
73
cryptococcus gattii est retrouvé fréquemment chez quel type de patient?
immunocompétents
74
nommer la particularité de cryptococcus gattii
pathogène primaire, peut infecter des hôtes en bonne santé!
75
VRAI OU FAUX même s'il est rare en Amérique du Nord, cryptococcus gattii s'est adapté au climat nordique et a causé une éclosion aux USA à un moment?
VRAI
76
quel est l'agent principal de l'aspergillose?
aspergillus fumigatus
77
nommer 3 caractéristiques d'aspergillus fumigatus
espèce la plus opportuniste/la plus pathogène commune dans l'environnement thermotolérante
78
caractéristique de la tête de aspergillus fumigatus microscopie/stéréoscope
microscopie: tête aspergillaire et conidies stéréoscope: tête aspergillaire
79
nommer les 3 grands types d'aspergillose
allergique chronique (cavitaire, aspergillome) invasive (multi-organes-mortalité 30-70%)
80
VRAI OU FAUX l'aspergillose est l'infection fongique invasive la plus fréquente chez les gravement immunocompromis?
VRAI
81
comment traiter l'aspergillose?
traitements avec azoles
82
d'où provient la résistance à aspergillus fumigatus
utilisation de fongicides azolés en agriculture résistance, car mutation ne sont pas les mêmes que patients sous traitements prolongés
83
trichophyton indotineae est une ...?
dermatophyte (champignons qui se nourrissent de la kératine)
84
trichophyton indotineae cause quoi?
teigne étendue récalcitrante au traitement en Inde et ailleurs dans le monde
85
d'où provient la résistance de trichophyton indotineae?
usage abusif de cocktails antifongiques et mutation dans le gène squalene epoxidase
86
particularité des champignons dimorphes?
dimorphisme thermique donc peuvent être soit des filamenteux (30 deg), soit des levures (si on les fait pousser à 37 deg)
87
les champignons dimorphes appartiennent à quel groupe de risque?
3
88
champignon dimorphe le plus virulent, À TRÈS HAUT RISQUE?
coccidioide sp.
89
coccidiose est classé comme?
agent de bioterrorisme
90
blastomyces dermatitidis est un champignon dimorphe à ... risque?
haut risque vs coccidioides (très au risque)
91
coccidioidomycose est associée à quelle infection fongique?
valley fever endémique aux régions désertiques, sol, inhalation d'arthroconidies, infection pulmonaire (forte grippe) infection sévère = - de 1% 150000 cas/an USA 1-2 cas/an au QC
92
décrire brièvement le cycle d'infection de la coccidioidomycose
arthroconidies se logent dans poumons et deviennent des sphérules (contiennent des endoconidies)
93
pourquoi il y a beaucoup de cas de coccidioidomycose aux USA?
pcq effort de diagnostique aussi catastrophes naturelles = conidies dans l'air
94
VRAI OU FAUX blastomycose est l'infection dimorphe la plus fréquente?
VRAI
95
comment s'attrape une infection à blastomycose?
inhalation de conidies dans l'enviro
96
type d'infection de la blastomycose
infection primaire pulmonaire/pneumonie aigue mortalité si non traitée: se disséminent dans organes/détresse respiratoire
97
décrire brièvement le cycle de blastomycose
inhaler conidies et elles se transforment en levures levures se dispersent
98
zone endémique touchée par blastomycose
EST de l'Amérique du NORD, sol humide (près des cours d'eau) contenu élevé en matière organique
99
VRAI OU FAUX au QC il y a une augmentation de cas de blastomycose depuis 2005?
VRAI
100
nommer les causes de l'augmentation des cas de blastomycoses au QC (2)
réchauffement climatique et population à risque augmente
101
région du QC où l'incidence par blastomycose est la plus élevée
Estrie (0.76)
102
dans la population qui sont les plus touchés par blastomycose (77%) et histoplasmose (81%)?
hommes, 40-60 ans (se roulent dans la boue? mdr 😂)