COURS 9: INFECTIONS ENTÉRIQUES VIRALES Flashcards
nommer des agents de gastroentérites virales
-caliciviridae: virus Norwalk, calicivirus, sapovirus
-rotavirus
-astrovirus
-adénovirus entériques
-coronavirus
-entérovirus, parvovirus (IMMUNOSUPPRIMÉS)
1) quels est le type de virus le plus impliqué (important) dans les gastroentérites virales?
2) à quoi sont associés les adénovirus?
3) pourquoi on retrouve moins de rotavirus?
1) caliciviridae
2) éclosion base militaires et centres hospitaliers
3) parce que les enfants sont vaccinés
décrie la structure des caliciviridae norovirus et sapovirus
norovirus: petits et ronds
sapovirus: étoile de david
quels sont les deux genres de caliciviridae (sur 5) qui affecte l’humain?
genre norovirus: virus Norwalk et/ou SRSV
genre sapovirus: calicivirus classiques
combien de génogroupes de norovirus/sapovirus causent des infections chez l’humain? lesquels?
3: G1, G2, G4 (anecdotique dans un papier)
structure norovirus
1) quelle caractéristique des norovirus font qu’ils mutent vraiment rapidement?
2) un de ses succès =?
3) taille génome
4) nombre de génogroupe et génotypes
1) virus ARN monocaténaire positif
2) non enveloppé
3) 7.5-7.7 kb
4) 5, plus de 40 génotypes
PIÈGE: quel est le réservoir des caliciviridae humain?
PAS DE RÉSERVOIR ANIMAL CONNU POUR LES CALICIVIRIDAE HUMAINS
nommer une possibilité de propagation et d’acquisition de nouveaux déterminant antigéniques ( i guess possible réservoir des caliciviridae)
***LE PROF N’Y CROIT PAS TROP
bétail
comme les caliciviridae humains ne sont pas cultivables en labo que fait-on? désavantage?
FCV (caliciviridae félins qui eux sont cultivables) sont utilisés comme substituts dans les études de désinfection
désavantage est que ce virus cause que un rhume, pas comme chez l’humain
VRAI OU FAUX
pour l’étude des caliciviridae un modele murin cultivable à également été établi? si oui pour étudier quoi (2)?
VRAI
réponse immunitaire de l’hôte et biologie du virus
comment se transmettent les calicivirus (3)?
-voie fécale-orale (et vomissures)
-véhicules alimentaires et hydriques (eau de puits, aqueduc et récréatives)
-propagation de personne à personne (mains/surface contaminées, aérienne dans milieu clos comme avion, hôpitaux)
le taux d’attaque secondaire est … dans la transmission des calicivirus?
ÉLEVÉ
nommer 4 caractéristiques des norovirus qui leur permettent d’être infectieux
et le aussi ***
1) résistants à cuisson (60 degrés), congélation, désinfection (haute concentration chlore)
2) réceptivité: générale; pourrait impliquer des facteurs génétiques ABO mais importance mal définie
3) immunité de courte durée (4-6 mois) dont le mécanisme est mal connu
4) dose infectieuse faible! (10-100 particules)
*** aussi il y a tellement de génotypes que du coup t’es infecté par un, puis plus tard par un autre
nommer des symptômes/signes dune infection par norovirus (étude Rochx et al)
population hollandaise
diarrhée (jour 1 à 4-6) et vomissement (jour 1 et après pas vraiment)
VRAI OU FAUX
il existe une corrélation entre la sévérité/durée maladie et la longueur de la période d’excrétion de particules virale? expliquer
FAUX, on peut trouver du virus par PCR 1 mois après l’infection
montre que l’infection à norovirus ne dure pas 2-3 jours et hop on est 🥳🌟
les norovirus cause des ravages dans des milieux qui sont…? nommer des exemples
MILIEUX CLOS
bateaux de croisières, écoles, campus, base militaires, hôpitaux, centre d’hébergements, camps de vacances, refuges, etc
décrire vite fait le cas du virus Norwalk transmis dans un hôtel/resto (étude Marks et al 2000)
pendant un souper une personne a vomis et donc aérosols + ventilation = le virus s’est retrouvé dans la nourriture, verres, sols, bref la CATA
plus on s’éloigne du «vomisseur», plus le taux d’attaque baisse
quelles sont les 2 méthodes d’investigation d’éclosions de gastroentérites utilisées en labo? laquelle est utilisée en actuellement?
nommer leur avantage/inconvénient
ME (détecte plusieurs virus MAIS peu sensible; charge virale minimal de 1 million )
RT-PCR (actuelle, TRÈS sensible, MAIS détecte que les norovirus, sinon moins cher aussi)
nommer les 4 agents viraux (du plus au moins) retrouvés dans les échantillon reçus au LSPQ
ON TOP, LE PLUS
norovirus G2 (90-97% RT-PCR!)
norovirus G1
rotavirus
astrovirus
sapovirus
LE MOINS
quels critères sont utilisés pour investiguer des éclosions de gastroentérites?
critères de Kaplan
nommer les cinq critères de Kaplan qui indiquent fortement une éclosion par des caliciviridae, norovirus
1) incubation 15-20h
2) symptômes cliniques associés à une infection aigue tels que vomissement dans plus de 50% des cas et/ou diarrhée
3) durée moyenne des symptômes = 12-60h
4) taux d’attaque élevé
5) échantillons fécaux négatifs pour la présence de bactéries pathogènes
les norovirus sont retrouvés durant quelle saison?
HIVER ❄️
PAS ÉTÉ
quel facteur joue beaucoup sur le nombre de cas de GE associés à des norovirus retrouvés selon l’année?
température, hiver tout ça
meme si les critères de Kaplan indique une infection à norovirus, il faut confirmer l’échantillon?
VRAI
VRAI OU FAUX: phylogénie G2 éclosion de GE au QC
chaque virus = une éclosion avec mois et année?
VRAI, placé dans un arbre phylogénétique
que permet de voir l’arbre phylogénétique?
l’éclosion majeure de GE au QC (LSPQ) en 2007 a été causée par quel génogroupe? MAJORITÉ LSPQ = quel génogroupe?
voir que y’a des génogroupes vraiment différents
GII4 (génogroupe 2, génotype 4)
en quelle année il y a eu beaucoup de GE au QC? que retenir de 2007?
2006-2007
2007= 2 cluster différents avec 2 antigénicité différentes
en résumé
-les norovirus on un profil de type…?
-le génogroupe prédominant au QC=?
-les autres génogroupes détectés=?
-dispersion … des nouveaux génogroupes
-apparition soudaine des sous groupe?
-saisonnier
-GII 4
-GI ET II
-RAPIDE
-GII 4
toutes les tranches d’âge présentent des GE associées è des norovirus et pas à des sapovirus sauf une, laquelle?
0-0.5 ans majorité de sapovirus
entre 0.5 ans et 65 ans et plus, majorité de norovirus
12-64 ans = que des norovirus
décrire ce qui se passe avec les sapovirus au canada
dans toutes les éclosions où cause n’est pas les norovirus, on voyait sapovirus
on a changé ME pour PCR car on manquait des sapovirus vu que ME pas sépecif/sensible
décrire l’algorithme d’investigation des éclosions de GE
RT-PCR: norovirus GII et sapovirus si positif sur 2 échantillons min = validation finale
si non on fait validation préliminaire et donc RT-PCR rotavirus + noro GI pool ARN = si - on fait validation finale
si positif on fair RT-PCR rotavirus ou norovirus Gi de chaque échantillon du pool positif
VRAI OU FAUX
la proportion de GE associées au sapovirus et au norovirus varie d’année en année?
VRAI, un année tu peux avoir + de GII, par exemple
mais je crois que quand même une majorité de norovirus par rapport au sapovirus
TAAN multiplex pour détecter principaux agents étiologiques de GE virale, décrire
patients immunosupprimés, MII, prématurés avec NEC et éclosion
remplacement des épreuves de détection antigénique des rotavirus et des adénovirus entériques
développement d’épreuves RT-PCR maison (moins $)
cibles: norovirus, sapovirus, rotavirus, adenovirus et astrovirus
décrire les amorces et sondes (EMPLACEMENT) pour amplifier norovirus GII par TAAN, RT-PCR
fin transcriptase et début capside
parce la région la plus conservée pour PCR
nul d’utiliser primer mix sinon augmente la non-spécificité
nombre d’amorces et de sondes utilisée pour le TAAN/RT-PCR, pourquoi c’est bof?
5 amorces et 2 sondes
bof parce que c’est assez compliqué
DÉCRIRE LE NOUVEL ALGORITHME D’INVESTIGATION D’ÉCLOSION DE GE (2009)
nombre échantillon, cibles (6) et étape finale
1) 5-10 échantillons fécaux par éclosion
2) multiplex qui cible:
norovirus GI-II, astrovirus entériques, sapovirus, rotavirus, adenovirus (pan), adénovirus F40/41
3) validation finale
