COURS 9: INFECTIONS ENTÉRIQUES VIRALES

Question 1

nommer des agents de gastroentérites virales

Answer 1

-caliciviridae: virus Norwalk, calicivirus, sapovirus
-rotavirus
-astrovirus
-adénovirus entériques
-coronavirus
-entérovirus, parvovirus (IMMUNOSUPPRIMÉS)

Question 2

1) quels est le type de virus le plus impliqué (important) dans les gastroentérites virales?

2) à quoi sont associés les adénovirus?

3) pourquoi on retrouve moins de rotavirus?

Answer 2

1) caliciviridae

2) éclosion base militaires et centres hospitaliers

3) parce que les enfants sont vaccinés

Question 3

décrie la structure des caliciviridae norovirus et sapovirus

Answer 3

norovirus: petits et ronds

sapovirus: étoile de david

Question 3

quels sont les deux genres de caliciviridae (sur 5) qui affecte l’humain?

Answer 3

genre norovirus: virus Norwalk et/ou SRSV

genre sapovirus: calicivirus classiques

Question 4

combien de génogroupes de norovirus/sapovirus causent des infections chez l’humain? lesquels?

Answer 4

3: G1, G2, G4 (anecdotique dans un papier)

Question 5

structure norovirus

1) quelle caractéristique des norovirus font qu’ils mutent vraiment rapidement?

2) un de ses succès =?

3) taille génome

4) nombre de génogroupe et génotypes

Answer 5

1) virus ARN monocaténaire positif

2) non enveloppé

3) 7.5-7.7 kb

4) 5, plus de 40 génotypes

Question 6

PIÈGE: quel est le réservoir des caliciviridae humain?

Answer 6

PAS DE RÉSERVOIR ANIMAL CONNU POUR LES CALICIVIRIDAE HUMAINS

Question 7

nommer une possibilité de propagation et d’acquisition de nouveaux déterminant antigéniques ( i guess possible réservoir des caliciviridae)

***LE PROF N’Y CROIT PAS TROP

Answer 7

bétail

Question 8

comme les caliciviridae humains ne sont pas cultivables en labo que fait-on? désavantage?

Answer 8

FCV (caliciviridae félins qui eux sont cultivables) sont utilisés comme substituts dans les études de désinfection

désavantage est que ce virus cause que un rhume, pas comme chez l’humain

Question 9

VRAI OU FAUX

pour l’étude des caliciviridae un modele murin cultivable à également été établi? si oui pour étudier quoi (2)?

Answer 9

VRAI
réponse immunitaire de l’hôte et biologie du virus

Question 10

comment se transmettent les calicivirus (3)?

Answer 10

-voie fécale-orale (et vomissures)

-véhicules alimentaires et hydriques (eau de puits, aqueduc et récréatives)

-propagation de personne à personne (mains/surface contaminées, aérienne dans milieu clos comme avion, hôpitaux)

Question 11

le taux d’attaque secondaire est … dans la transmission des calicivirus?

Answer 11

ÉLEVÉ

Question 12

nommer 4 caractéristiques des norovirus qui leur permettent d’être infectieux

et le aussi ***

Answer 12

1) résistants à cuisson (60 degrés), congélation, désinfection (haute concentration chlore)

2) réceptivité: générale; pourrait impliquer des facteurs génétiques ABO mais importance mal définie

3) immunité de courte durée (4-6 mois) dont le mécanisme est mal connu

4) dose infectieuse faible! (10-100 particules)

*** aussi il y a tellement de génotypes que du coup t’es infecté par un, puis plus tard par un autre

Question 13

nommer des symptômes/signes dune infection par norovirus (étude Rochx et al)

Answer 13

population hollandaise

diarrhée (jour 1 à 4-6) et vomissement (jour 1 et après pas vraiment)

Question 14

VRAI OU FAUX

il existe une corrélation entre la sévérité/durée maladie et la longueur de la période d’excrétion de particules virale? expliquer

Answer 14

FAUX, on peut trouver du virus par PCR 1 mois après l’infection

montre que l’infection à norovirus ne dure pas 2-3 jours et hop on est 🥳🌟

Question 15

les norovirus cause des ravages dans des milieux qui sont…? nommer des exemples

Answer 15

MILIEUX CLOS

bateaux de croisières, écoles, campus, base militaires, hôpitaux, centre d’hébergements, camps de vacances, refuges, etc

Question 16

décrire vite fait le cas du virus Norwalk transmis dans un hôtel/resto (étude Marks et al 2000)

Answer 16

pendant un souper une personne a vomis et donc aérosols + ventilation = le virus s’est retrouvé dans la nourriture, verres, sols, bref la CATA

plus on s’éloigne du «vomisseur», plus le taux d’attaque baisse

Question 17

quelles sont les 2 méthodes d’investigation d’éclosions de gastroentérites utilisées en labo? laquelle est utilisée en actuellement?
nommer leur avantage/inconvénient

Answer 17

ME (détecte plusieurs virus MAIS peu sensible; charge virale minimal de 1 million )

RT-PCR (actuelle, TRÈS sensible, MAIS détecte que les norovirus, sinon moins cher aussi)

Question 18

nommer les 4 agents viraux (du plus au moins) retrouvés dans les échantillon reçus au LSPQ

Answer 18

ON TOP, LE PLUS

norovirus G2 (90-97% RT-PCR!)
norovirus G1
rotavirus
astrovirus
sapovirus

LE MOINS

Question 19

quels critères sont utilisés pour investiguer des éclosions de gastroentérites?

Answer 19

critères de Kaplan

Question 20

nommer les cinq critères de Kaplan qui indiquent fortement une éclosion par des caliciviridae, norovirus

Answer 20

1) incubation 15-20h

2) symptômes cliniques associés à une infection aigue tels que vomissement dans plus de 50% des cas et/ou diarrhée

3) durée moyenne des symptômes = 12-60h

4) taux d’attaque élevé

5) échantillons fécaux négatifs pour la présence de bactéries pathogènes

Question 21

les norovirus sont retrouvés durant quelle saison?

Answer 21

HIVER ❄️

PAS ÉTÉ

Question 22

quel facteur joue beaucoup sur le nombre de cas de GE associés à des norovirus retrouvés selon l’année?

Answer 22

température, hiver tout ça

Question 23

meme si les critères de Kaplan indique une infection à norovirus, il faut confirmer l’échantillon?

Answer 23

VRAI

Question 24

VRAI OU FAUX: phylogénie G2 éclosion de GE au QC

chaque virus = une éclosion avec mois et année?

Answer 24

VRAI, placé dans un arbre phylogénétique

Question 25

que permet de voir l’arbre phylogénétique?

l’éclosion majeure de GE au QC (LSPQ) en 2007 a été causée par quel génogroupe? MAJORITÉ LSPQ = quel génogroupe?

Answer 25

voir que y’a des génogroupes vraiment différents

GII4 (génogroupe 2, génotype 4)

Question 26

en quelle année il y a eu beaucoup de GE au QC? que retenir de 2007?

Answer 26

2006-2007

2007= 2 cluster différents avec 2 antigénicité différentes

Question 27

en résumé

-les norovirus on un profil de type…?
-le génogroupe prédominant au QC=?
-les autres génogroupes détectés=?
-dispersion … des nouveaux génogroupes
-apparition soudaine des sous groupe?

Answer 27

-saisonnier
-GII 4
-GI ET II
-RAPIDE
-GII 4

Question 28

toutes les tranches d’âge présentent des GE associées è des norovirus et pas à des sapovirus sauf une, laquelle?

Answer 28

0-0.5 ans majorité de sapovirus

entre 0.5 ans et 65 ans et plus, majorité de norovirus

12-64 ans = que des norovirus

Question 29

décrire ce qui se passe avec les sapovirus au canada

Answer 29

dans toutes les éclosions où cause n’est pas les norovirus, on voyait sapovirus

on a changé ME pour PCR car on manquait des sapovirus vu que ME pas sépecif/sensible

Question 30

décrire l’algorithme d’investigation des éclosions de GE

Answer 30

RT-PCR: norovirus GII et sapovirus si positif sur 2 échantillons min = validation finale

si non on fait validation préliminaire et donc RT-PCR rotavirus + noro GI pool ARN = si - on fait validation finale

si positif on fair RT-PCR rotavirus ou norovirus Gi de chaque échantillon du pool positif

Question 31

VRAI OU FAUX
la proportion de GE associées au sapovirus et au norovirus varie d’année en année?

Answer 31

VRAI, un année tu peux avoir + de GII, par exemple

mais je crois que quand même une majorité de norovirus par rapport au sapovirus

Question 32

TAAN multiplex pour détecter principaux agents étiologiques de GE virale, décrire

Answer 32

patients immunosupprimés, MII, prématurés avec NEC et éclosion

remplacement des épreuves de détection antigénique des rotavirus et des adénovirus entériques

développement d’épreuves RT-PCR maison (moins $)

cibles: norovirus, sapovirus, rotavirus, adenovirus et astrovirus

Question 33

décrire les amorces et sondes (EMPLACEMENT) pour amplifier norovirus GII par TAAN, RT-PCR

Answer 33

fin transcriptase et début capside

parce la région la plus conservée pour PCR

nul d’utiliser primer mix sinon augmente la non-spécificité

Question 34

nombre d’amorces et de sondes utilisée pour le TAAN/RT-PCR, pourquoi c’est bof?

Answer 34

5 amorces et 2 sondes
bof parce que c’est assez compliqué

Question 35

DÉCRIRE LE NOUVEL ALGORITHME D’INVESTIGATION D’ÉCLOSION DE GE (2009)
nombre échantillon, cibles (6) et étape finale

Answer 35

1) 5-10 échantillons fécaux par éclosion

2) multiplex qui cible:

norovirus GI-II, astrovirus entériques, sapovirus, rotavirus, adenovirus (pan), adénovirus F40/41

3) validation finale