COURS 2: SURVEILLANCE PAR GÉNOMIQUE DES BACTÉRIES ENTÉRIQUES PATHOGÈNES DE GROUPE DE GROUPE DE RISQUE 3 Flashcards
définir la surveillance exhaustive
TOUS les laboratoires hospitaliers ou privés y participent (doivent envoyer leurs souches)
ex: pour salmonella, listeria, e.coli, shigella, etc
définir la surveillance sentinelle
elle est restreinte à un espace, on choisit des hôpitaux ou régions particulières y participent
Définir la surveillance sous vigie
C’est une cueillette, on ne regarde pas tous les cas de la province, on en regarde quelques uns
Nommer les 3 étapes d’analyse des souches qui permettent de générer des données
1) identification moléculaire (genre, espèce)
2) identification par sérotype
3) typage moléculaire
Nommer les 4 objectifs de la surveillance
Détecter, investiguer, informer et partager
Nommer les différents « participants» de la structure de la surveillance et vigie des menaces infectieuses entériques (provincial, national & international)
Surveillance provincial: LSPQ, INSPQ
Surveillance nationale : pulse net Canada
Surveillance internationale : pulse net USA qui envoie à l’international
Nommer les principaux intervenants de la surveillance provinciale (5)
Laboratoires médicaux
LSPQ provincial
DRSP: direction régionale santé publique
MSSS: ministère de la santé et des services sociaux
MAPAQ l pathologies animales (zoonoses), inspection des aliments
Quel est le but de la surveillance nationale? (Pulse net Canada)
Échanger via internet les séquences génomiques des principaux pathogènes humains ou alimentaires impliqués dans les maladies entériques
Détection rapide d’agrégats observés dans plus d’une province ou ailleurs qu’au Canada
Nomme 4 membres de pulse net Canada
1) des laboratoires provinciaux
2) agence de santé publique du Canada (ASPC/PHAC: agence de santé publique du Canada)
3) agence canadienne d’inspection des aliments (ACIA)
4) santé Canada
Quel est le rôle du LNM dans la surveillance internationale? (laboratoire national de microbiologie)
Compare les génomes des souches canadiennes dans la banque de données américaines
Avise les provinces si un agrégat est détecté
Quel est le rôle des USA dans la surveillance internationale?
Assurent la comparaison internationale des empruntes génétiques à travers le réseau mondial
Bref assure la comparaison avec l’international
Nommer 3 pathogènes surveillés au Québec
Salmonella spp
Listeria monocytogenes
E. coli producteur de shigatoxines
E. Coli a une nomenclature de type?
Antigénique
Qu’est ce qu’un pathotype?
Ensemble de souches qui appartiennent à la même espèce et causent la même maladie et qui utilisent le même set de facteurs de virulence
Vrai ou faux
40% du génome de E.coli est commun à toutes les espèces?
Vrai
Sous quelle forme est acquis le reste du génome de E. coli?
Sous la forme de gènes de virulence
Comment se fait l’acquisition de gènes de virulence chez E. coli?
Via des éléments mobiles comme les transposons, bactériophages et plasmides
Quelles sont les 2 catégories de pathotypes de E.coli et comment sont classés les pathotypes?
Infections extra-intestinales et infections intestinales (diarrhéiques)
Classés selon les sites de colonisation
Décrire le pathotype STEC de E.coli
E. Coli qui produisent des toxines similaires à celles de shigella dysenteriae type 1
Les shiga-like toxine (SLT)
STEC est un pathogène qui cause des infections extra-intestinales ou intestinales?
Infections intestinales
Vrai ou faux
Les STEC ne sont pas toutes associées à des infections chez l’homme?
Vrai
Vrai ou faux
Les STEC ne sont pas à déclaration obligatoire au Québec?
Faux, obligatoire de déclarer!
Qui sont les EHEC?
Des STEC capables de causer des colites hémorragiques chez l’homme
Vrai au faux
Les EHEC possèdent la combinaison stx des STEC et le locus LEE d’attachement/effacement des EPEC?
Vrai
Quel gène est porté par le locus LEE et pour quoi il code?
Gène eae qui code pour l’intimine, facteur de virulence aggravant
Nombre de types de shigatoxines(stx) chez E.coli
2
Stx 1 est similaire génétiquement à celle de?
S. Dysenteriae
Stx2 est génétiquement différente de Stx1 et est beaucoup plus … que Stx1
Virulente
Qui porte les gènes stx? Et donc?
Les bactériophages, donc les gènes stx peuvent être transférés à d’autres bactéries ou être perdus par la bactérie porteuse
Décrire le mode d’action principal des shigatoxines des EHEC
1) dose infectieuse faible (<100 bactéries)
2) bactéries adhérent à la membrane de la cellule hôte et colonisent le gros intestin
3) adhésion étroite grâce à l’intimine (eae)
4) destruction microvillosités
5) produisent 1 ou 2 shigatoxines (Stx1 ou Stx2) qui diffusent dans l’organisme
Nommer des caractéristiques cliniques de O157
Douleurs abdominales, diarrhée aqueuse et sanglante (si ça se complique), fièvre absente ou légère
Est-ce que les STEC qui ne sont pas O157 sont différentiables des O157 en clinique?
Non, indifférenciables
Quel milieu permet de distinguer O157 vs non O157?
Gélose MacConkey Sorbitol
Sur gélose à quoi ressemble O157 H7 vs STEC non O157?
O157 H7= colonies incolores, translucides (fermentent pas le sorbitol en 24h)
non O157 = colonies roses
Quelles sont les 3 méthodes qui permettent de diagnostiquer des STEC incluant les non O157
1) trousses immunologiques (eia) = détecte toxines (protéines) sensibilité moins bonne que TAAN mais meilleure que culture
2) gélose chromogénique = permet d’isoler vite la colonie qui produit Stx (bouillon positif)
3) TAAN test d’amplification l’ADN = meilleure sensibilité, détecte gènes Stx
Vrai ou faux il peut y avoir des disparités entre le test TAAN et la culture?
Vrai
La gélose COLOREX permet de?
Isoler les colonies qui produisent des shigatoxines
STEC non O157
Quand on isole des STEC non 0157 au LSPQ :
Gélose utilisée =
Confirmation par?
Méthode de typage par… au …
Sérotypage au?
COLOREX
Génomique en temps réel
SGE au LSPQ
LNM
Nommer des inconvénients du test TAAN dans la recherche sur les STEC
La disparité :
Délais réception selles au LSPQ
Gélose COLOREX est sensible à 60%-85%
Le test peut être positif même si la bactérie est morte ou non cultivable car ce test détecte la présence d’ADN
Shigella est plus virulente que la salmonelle?
Oui! Dose infectieuse près le 10!
Shigella était une toxi-infection alimentaire qui est devenue ITSS ?
Oui!
Quel pathogène sous vigie cause le plus d’infection?
Campylobacter spp.
Le choléra est classé sous surveillance extrême
Quels sérogroupes sont classés comme agents du choléra? Et donc à déclaration obligatoire au Québec?
O1 et O139
Comment identifier les serogroupes du choléra?
Sérogroupage et via sérotypage antisérums (agglutination avec O1 et O139)
Définir l’acronyme qui permet de désigner divers risque (CBRNE)
CBRNE
Chimique, biologique (bioterrorisme), radioactif, nucléaire, explosif
Nommer les points importants de la définition du bioterrorisme
Utilisation intentionnelle ou menace de l’utilisation de MO
Ou de substances dérivées: toxines
Dans le but de provoquer maladie ou mort de humains, animaux et plantes
Complexités du bioterrorisme
Indolore, incolore, effets visibles après incubation du pathogène difficilement contrôlable quand pathogène contagieux
Nommer les 3 modes de transmission par des agents de bioterrorisme
Aérosols, voie cutanée, eaux/aliments
2 options de nature de la menace de bioterrorisme, soit
Annoncée = identifications intervention rapide de policiers, pompiers, ambulances, hazmat
Non annoncée = identifications intervention retardée + premiers répondants = professionnels santé et de laboratoire
Un acte intentionnel de bioterrorisme peut être comparé à quel phénomène naturel?
Éclosion ou épidémie naturelle
Vrai ou faux
Il faut envisager un acte terroriste lors d’investigation par la santé publique?
Vrai!!!
Nommer des situations où il faudrait pencher vers un acte terroriste plutôt que vers une épidémie
Épidémie d’une maladie rare
Épidémie dans région non habituelle
Apparition d’une maladie saisonnière hors saison
Distribution d’âge inhabituelle
Symptômes inhabituels
Caractéristiques épidémiologiques atypiques de l’épidémie
Décrire la catégorie A des agents de bioterrorisme
Facilement disséminés ou transmis de personne à personne
Mortalité élevée
Impact potentiel majeur sur santé publique
Panique et perturbations sociales
Nécessitent actions spécifiques et capacité de réaction adaptée
Nommer des MO de la catégorie A et les maladies qu’ils causent (les 3 qu’on cherche dans des colis suspect)
Bacillus anthracis = anthrax
Yersinia pestis = peste
Frasncisella tularensis = tularémie
Décrire la catégorie B des agents de bioterrorisme
Modérément faciles à disséminer
Morbidité modérée et mortalité faible
Nécessitent amélioration des capacités de diagnostiques et de surveillance
Nommer des MO de la catégorie B et les maladies qu’ils causent (les 3 qu’on cherche dans des colis suspect)
Brucella sp = Brucellose
Burkholderia mallei = Morve
Burkholderia pseudomallei = Mélioïdose
Décrire la catégorie C des agents de bioterrorisme
Pathogènes émergents qui dans le futur pourraient faire objet d’une dissémination de masse par leur :
Disponibilité
Absence d’immunité dans la population
Facilité de production et dissémination
Morbidité et mortalité potentiellement élevées
Nommer des pathogènes du groupe C
Hantavirus, SRAS, Nipah
Nommer 3 voies de transmissions de l’anthrax
Voie cutanée, gastro-intestinale, respiratoire (spores)
Vrai ou faux
Dans l’anthrax, les spores sont hautement résistantes aux agents chimiques ou physiques
Vrai
Vrai ou faux
10 spores d’anthrax suffisent par une infection?
Vrai!! Dinguerie!
Quel est le mode de transmission de l’anthrax le plus probable dans un acte de bioterrorisme?
L’inhalation
Vrai ou faux
L’anthrax peut se transmettre de personne à personne?
Faux
Quelle est la durée de la période d’incubation de l’anthrax?
Varie entre 1 et 6 jours (jusqu’à 60 jours)
Synonyme de l’anthrax
Charbon respiratoire
Quel est le nom du pathogène qui cause la tularémie?
Francisela tularrensis
Francisela tularrencis est un agent de zoonose porté par?
Animaux sauvages
Nommer 3 manières de contracter le pathogène associé à la tularémie
Activité extérieure comme la chasse → dépeçage
Ingestion de viande contaminée
Piqures de tiques
Le pathogène de la tularémie se transmet de personne→ personne?
Faux
Période d’incubation de l’agent de la tularémie
2-10 jours
Quel agent pathogène cause la brucellose?
Brucella sp.
Brucella sp. se transmet à?
L’humain
Comment on est infecté par l’agent de la brucellose?
Ingestion de produits fait de lait cru
Mode de transmission de l’agent causant la brucellose
Peau, sexuellement
Période d’incubation de l’agent de la brucellose
5-60 jours
Quel agent pathogène cause la peste?
Yersinia pestis
Comment se transmet l’agent pathogène de la peste?
Par contact direct avec animaux et tissus infectés
Qui sont les personnes à risque de contracter la peste?
Régions endémiques et personnel de laboratoire
Période d’incubation de la peste
1-6 jours
Quel agent pathogène cause la mélioïdose?
Burkholderia pseudomallei
Où est présent le pathogène causant la melioïdose?
Sol et eau
Comment on contracte le pathogène associé à la mélioïdose? (3)
Ingestion, inhalation, contact des lésions ou brûlures cutannées avec tissus, eau ou sol contaminés
Qui sont les personnes à risque de contracter la mélioïdose?
Régions endémiques (tropicales et subtropicales) et personnel de labo
Quelle est la période d’incubation de la mélioïdose?
2 jours (voire mois ou années)
La mélioïdose se transmet de personne → personne
Rarement
Quel agent pathogène cause la maladie MORVE?
Burkholderia mallei
Nommer les hôtes du pathogène de MORVE
Cheval, mulet, âne, sol et eau
Comment on se fait infecter par le pathogène de MORVE?
Sécrétions nasales d’équidés, inhalation d’aérosols
Personnes à risque de contracter MORVE
Humain = hôte accidentel, équidés et exposition en laboratoire
Période d’incubation de MORVE
1-14 jours
Quel est le réseau international d’intervention?
LRN = laboratory response network
Rôle du LRN
répondre rapidement aux actes de terrorisme chimique et biologique, aux maladies infectieuses
émergentes et à d’autres menaces envers la santé publique
Décrire les 4 composantes de la structure du LRN
En bas → haut
Colis suspect = laboratoires médicaux hospitaliers et privés (SPVM ET SQ)
Identification, maintient de la réponse, déclaration au CLRN= laboratoires provinciaux (LSPQ)
Coordination, certification, formation = laboratoire national (LNM)
Coordination, validation, formation, réactifs et procédures = CDCs
La coloration de gram est un test préliminaire tout comme la PCR? L’isolation permet ensuite d’identifier
Vrai
