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DÉTECTION ÉPIDÉMIOLOGIQUE D'AGENTS INFECTIEUX > COURS 2: SURVEILLANCE PAR GÉNOMIQUE DES BACTÉRIES ENTÉRIQUES PATHOGÈNES DE GROUPE DE GROUPE DE RISQUE 3 > Flashcards

COURS 2: SURVEILLANCE PAR GÉNOMIQUE DES BACTÉRIES ENTÉRIQUES PATHOGÈNES DE GROUPE DE GROUPE DE RISQUE 3 Flashcards

1
Q

définir la surveillance exhaustive

A

TOUS les laboratoires hospitaliers ou privés y participent (doivent envoyer leurs souches)

ex: pour salmonella, listeria, e.coli, shigella, etc

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2
Q

définir la surveillance sentinelle

A

elle est restreinte à un espace, on choisit des hôpitaux ou régions particulières y participent

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3
Q

Définir la surveillance sous vigie

A

C’est une cueillette, on ne regarde pas tous les cas de la province, on en regarde quelques uns

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4
Q

Nommer les 3 étapes d’analyse des souches qui permettent de générer des données

A

1) identification moléculaire (genre, espèce)

2) identification par sérotype

3) typage moléculaire

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5
Q

Nommer les 4 objectifs de la surveillance

A

Détecter, investiguer, informer et partager

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6
Q

Nommer les différents « participants» de la structure de la surveillance et vigie des menaces infectieuses entériques (provincial, national & international)

A

Surveillance provincial: LSPQ, INSPQ
Surveillance nationale : pulse net Canada
Surveillance internationale : pulse net USA qui envoie à l’international

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7
Q

Nommer les principaux intervenants de la surveillance provinciale (5)

A

Laboratoires médicaux
LSPQ provincial
DRSP: direction régionale santé publique
MSSS: ministère de la santé et des services sociaux
MAPAQ l pathologies animales (zoonoses), inspection des aliments

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8
Q

Quel est le but de la surveillance nationale? (Pulse net Canada)

A

Échanger via internet les séquences génomiques des principaux pathogènes humains ou alimentaires impliqués dans les maladies entériques

Détection rapide d’agrégats observés dans plus d’une province ou ailleurs qu’au Canada

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9
Q

Nomme 4 membres de pulse net Canada

A

1) des laboratoires provinciaux
2) agence de santé publique du Canada (ASPC/PHAC: agence de santé publique du Canada)
3) agence canadienne d’inspection des aliments (ACIA)
4) santé Canada

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10
Q

Quel est le rôle du LNM dans la surveillance internationale? (laboratoire national de microbiologie)

A

Compare les génomes des souches canadiennes dans la banque de données américaines

Avise les provinces si un agrégat est détecté

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11
Q

Quel est le rôle des USA dans la surveillance internationale?

A

Assurent la comparaison internationale des empruntes génétiques à travers le réseau mondial

Bref assure la comparaison avec l’international

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12
Q

Nommer 3 pathogènes surveillés au Québec

A

Salmonella spp
Listeria monocytogenes
E. coli producteur de shigatoxines

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13
Q

E. Coli a une nomenclature de type?

A

Antigénique

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14
Q

Qu’est ce qu’un pathotype?

A

Ensemble de souches qui appartiennent à la même espèce et causent la même maladie et qui utilisent le même set de facteurs de virulence

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15
Q

Vrai ou faux

40% du génome de E.coli est commun à toutes les espèces?

A

Vrai

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16
Q

Sous quelle forme est acquis le reste du génome de E. coli?

A

Sous la forme de gènes de virulence

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17
Q

Comment se fait l’acquisition de gènes de virulence chez E. coli?

A

Via des éléments mobiles comme les transposons, bactériophages et plasmides

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18
Q

Quelles sont les 2 catégories de pathotypes de E.coli et comment sont classés les pathotypes?

A

Infections extra-intestinales et infections intestinales (diarrhéiques)

Classés selon les sites de colonisation

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19
Q

Décrire le pathotype STEC de E.coli

A

E. Coli qui produisent des toxines similaires à celles de shigella dysenteriae type 1

Les shiga-like toxine (SLT)

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20
Q

STEC est un pathogène qui cause des infections extra-intestinales ou intestinales?

A

Infections intestinales

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21
Q

Vrai ou faux

Les STEC ne sont pas toutes associées à des infections chez l’homme?

A

Vrai

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22
Q

Vrai ou faux

Les STEC ne sont pas à déclaration obligatoire au Québec?

A

Faux, obligatoire de déclarer!

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23
Q

Qui sont les EHEC?

A

Des STEC capables de causer des colites hémorragiques chez l’homme

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24
Q

Vrai au faux

Les EHEC possèdent la combinaison stx des STEC et le locus LEE d’attachement/effacement des EPEC?

A

Vrai

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25
Q

Quel gène est porté par le locus LEE et pour quoi il code?

A

Gène eae qui code pour l’intimine, facteur de virulence aggravant

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26
Q

Nombre de types de shigatoxines(stx) chez E.coli

A

2

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27
Q

Stx 1 est similaire génétiquement à celle de?

A

S. Dysenteriae

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28
Q

Stx2 est génétiquement différente de Stx1 et est beaucoup plus … que Stx1

A

Virulente

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29
Q

Qui porte les gènes stx? Et donc?

A

Les bactériophages, donc les gènes stx peuvent être transférés à d’autres bactéries ou être perdus par la bactérie porteuse

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30
Q

Décrire le mode d’action principal des shigatoxines des EHEC

A

1) dose infectieuse faible (<100 bactéries)
2) bactéries adhérent à la membrane de la cellule hôte et colonisent le gros intestin
3) adhésion étroite grâce à l’intimine (eae)
4) destruction microvillosités
5) produisent 1 ou 2 shigatoxines (Stx1 ou Stx2) qui diffusent dans l’organisme

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31
Q

Nommer des caractéristiques cliniques de O157

A

Douleurs abdominales, diarrhée aqueuse et sanglante (si ça se complique), fièvre absente ou légère

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32
Q

Est-ce que les STEC qui ne sont pas O157 sont différentiables des O157 en clinique?

A

Non, indifférenciables

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33
Q

Quel milieu permet de distinguer O157 vs non O157?

A

Gélose MacConkey Sorbitol

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34
Q

Sur gélose à quoi ressemble O157 H7 vs STEC non O157?

A

O157 H7= colonies incolores, translucides (fermentent pas le sorbitol en 24h)

non O157 = colonies roses

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35
Q

Quelles sont les 3 méthodes qui permettent de diagnostiquer des STEC incluant les non O157

A

1) trousses immunologiques (eia) = détecte toxines (protéines) sensibilité moins bonne que TAAN mais meilleure que culture

2) gélose chromogénique = permet d’isoler vite la colonie qui produit Stx (bouillon positif)

3) TAAN test d’amplification l’ADN = meilleure sensibilité, détecte gènes Stx

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36
Q

Vrai ou faux il peut y avoir des disparités entre le test TAAN et la culture?

A

Vrai

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37
Q

La gélose COLOREX permet de?

A

Isoler les colonies qui produisent des shigatoxines

STEC non O157

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38
Q

Quand on isole des STEC non 0157 au LSPQ :

Gélose utilisée =
Confirmation par?
Méthode de typage par… au …
Sérotypage au?

A

COLOREX
Génomique en temps réel
SGE au LSPQ
LNM

39
Q

Nommer des inconvénients du test TAAN dans la recherche sur les STEC

A

La disparité :

Délais réception selles au LSPQ

Gélose COLOREX est sensible à 60%-85%

Le test peut être positif même si la bactérie est morte ou non cultivable car ce test détecte la présence d’ADN

40
Q

Shigella est plus virulente que la salmonelle?

A

Oui! Dose infectieuse près le 10!

41
Q

Shigella était une toxi-infection alimentaire qui est devenue ITSS ?

A

Oui!

42
Q

Quel pathogène sous vigie cause le plus d’infection?

A

Campylobacter spp.

43
Q

Le choléra est classé sous surveillance extrême

Quels sérogroupes sont classés comme agents du choléra? Et donc à déclaration obligatoire au Québec?

A

O1 et O139

44
Q

Comment identifier les serogroupes du choléra?

A

Sérogroupage et via sérotypage antisérums (agglutination avec O1 et O139)

45
Q

Définir l’acronyme qui permet de désigner divers risque (CBRNE)

A

CBRNE

Chimique, biologique (bioterrorisme), radioactif, nucléaire, explosif

46
Q

Nommer les points importants de la définition du bioterrorisme

A

Utilisation intentionnelle ou menace de l’utilisation de MO

Ou de substances dérivées: toxines

Dans le but de provoquer maladie ou mort de humains, animaux et plantes

47
Q

Complexités du bioterrorisme

A

Indolore, incolore, effets visibles après incubation du pathogène difficilement contrôlable quand pathogène contagieux

48
Q

Nommer les 3 modes de transmission par des agents de bioterrorisme

A

Aérosols, voie cutanée, eaux/aliments

49
Q

2 options de nature de la menace de bioterrorisme, soit

A

Annoncée = identifications intervention rapide de policiers, pompiers, ambulances, hazmat

Non annoncée = identifications intervention retardée + premiers répondants = professionnels santé et de laboratoire

50
Q

Un acte intentionnel de bioterrorisme peut être comparé à quel phénomène naturel?

A

Éclosion ou épidémie naturelle

51
Q

Vrai ou faux

Il faut envisager un acte terroriste lors d’investigation par la santé publique?

A

Vrai!!!

52
Q

Nommer des situations où il faudrait pencher vers un acte terroriste plutôt que vers une épidémie

A

Épidémie d’une maladie rare
Épidémie dans région non habituelle
Apparition d’une maladie saisonnière hors saison
Distribution d’âge inhabituelle
Symptômes inhabituels
Caractéristiques épidémiologiques atypiques de l’épidémie

53
Q

Décrire la catégorie A des agents de bioterrorisme

A

Facilement disséminés ou transmis de personne à personne

Mortalité élevée

Impact potentiel majeur sur santé publique

Panique et perturbations sociales

Nécessitent actions spécifiques et capacité de réaction adaptée

54
Q

Nommer des MO de la catégorie A et les maladies qu’ils causent (les 3 qu’on cherche dans des colis suspect)

A

Bacillus anthracis = anthrax

Yersinia pestis = peste

Frasncisella tularensis = tularémie

55
Q

Décrire la catégorie B des agents de bioterrorisme

A

Modérément faciles à disséminer

Morbidité modérée et mortalité faible

Nécessitent amélioration des capacités de diagnostiques et de surveillance

56
Q

Nommer des MO de la catégorie B et les maladies qu’ils causent (les 3 qu’on cherche dans des colis suspect)

A

Brucella sp = Brucellose

Burkholderia mallei = Morve

Burkholderia pseudomallei = Mélioïdose

57
Q

Décrire la catégorie C des agents de bioterrorisme

A

Pathogènes émergents qui dans le futur pourraient faire objet d’une dissémination de masse par leur :

Disponibilité
Absence d’immunité dans la population
Facilité de production et dissémination
Morbidité et mortalité potentiellement élevées

58
Q

Nommer des pathogènes du groupe C

A

Hantavirus, SRAS, Nipah

59
Q

Nommer 3 voies de transmissions de l’anthrax

A

Voie cutanée, gastro-intestinale, respiratoire (spores)

60
Q

Vrai ou faux

Dans l’anthrax, les spores sont hautement résistantes aux agents chimiques ou physiques

A

Vrai

61
Q

Vrai ou faux

10 spores d’anthrax suffisent par une infection?

A

Vrai!! Dinguerie!

62
Q

Quel est le mode de transmission de l’anthrax le plus probable dans un acte de bioterrorisme?

A

L’inhalation

63
Q

Vrai ou faux

L’anthrax peut se transmettre de personne à personne?

A

Faux

64
Q

Quelle est la durée de la période d’incubation de l’anthrax?

A

Varie entre 1 et 6 jours (jusqu’à 60 jours)

65
Q

Synonyme de l’anthrax

A

Charbon respiratoire

66
Q

Quel est le nom du pathogène qui cause la tularémie?

A

Francisela tularrensis

67
Q

Francisela tularrencis est un agent de zoonose porté par?

A

Animaux sauvages

68
Q

Nommer 3 manières de contracter le pathogène associé à la tularémie

A

Activité extérieure comme la chasse → dépeçage

Ingestion de viande contaminée

Piqures de tiques

69
Q

Le pathogène de la tularémie se transmet de personne→ personne?

A

Faux

70
Q

Période d’incubation de l’agent de la tularémie

A

2-10 jours

71
Q

Quel agent pathogène cause la brucellose?

A

Brucella sp.

72
Q

Brucella sp. se transmet à?

A

L’humain

73
Q

Comment on est infecté par l’agent de la brucellose?

A

Ingestion de produits fait de lait cru

74
Q

Mode de transmission de l’agent causant la brucellose

A

Peau, sexuellement

75
Q

Période d’incubation de l’agent de la brucellose

A

5-60 jours

76
Q

Quel agent pathogène cause la peste?

A

Yersinia pestis

77
Q

Comment se transmet l’agent pathogène de la peste?

A

Par contact direct avec animaux et tissus infectés

78
Q

Qui sont les personnes à risque de contracter la peste?

A

Régions endémiques et personnel de laboratoire

79
Q

Période d’incubation de la peste

A

1-6 jours

80
Q

Quel agent pathogène cause la mélioïdose?

A

Burkholderia pseudomallei

81
Q

Où est présent le pathogène causant la melioïdose?

A

Sol et eau

82
Q

Comment on contracte le pathogène associé à la mélioïdose? (3)

A

Ingestion, inhalation, contact des lésions ou brûlures cutannées avec tissus, eau ou sol contaminés

83
Q

Qui sont les personnes à risque de contracter la mélioïdose?

A

Régions endémiques (tropicales et subtropicales) et personnel de labo

84
Q

Quelle est la période d’incubation de la mélioïdose?

A

2 jours (voire mois ou années)

85
Q

La mélioïdose se transmet de personne → personne

A

Rarement

86
Q

Quel agent pathogène cause la maladie MORVE?

A

Burkholderia mallei

87
Q

Nommer les hôtes du pathogène de MORVE

A

Cheval, mulet, âne, sol et eau

88
Q

Comment on se fait infecter par le pathogène de MORVE?

A

Sécrétions nasales d’équidés, inhalation d’aérosols

89
Q

Personnes à risque de contracter MORVE

A

Humain = hôte accidentel, équidés et exposition en laboratoire

90
Q

Période d’incubation de MORVE

A

1-14 jours

91
Q

Quel est le réseau international d’intervention?

A

LRN = laboratory response network

92
Q

Rôle du LRN

A

répondre rapidement aux actes de terrorisme chimique et biologique, aux maladies infectieuses
émergentes et à d’autres menaces envers la santé publique

93
Q

Décrire les 4 composantes de la structure du LRN

A

En bas → haut

Colis suspect = laboratoires médicaux hospitaliers et privés (SPVM ET SQ)

Identification, maintient de la réponse, déclaration au CLRN= laboratoires provinciaux (LSPQ)

Coordination, certification, formation = laboratoire national (LNM)

Coordination, validation, formation, réactifs et procédures = CDCs

94
Q

La coloration de gram est un test préliminaire tout comme la PCR? L’isolation permet ensuite d’identifier

A

Vrai

DÉTECTION ÉPIDÉMIOLOGIQUE D'AGENTS INFECTIEUX (7 decks)

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