Chapitre 12 Bis : Interaction Proteine-proteine

Question 1

Est ce que les protéines ont plusieurs domaines ?

Answer 1

Oui ce qui leur permet de faire plusieurs interactions avec diff autres proteines

Question 2

Les 4 modules d’interactions ?

Answer 2

SH2 SH3 PH et PDZ

Question 3

Quelles sont les 3 forces qui déterminent les interactions ?

Answer 3

Électrostatique
Liaison H
Force hydrophobe

Question 4

Quelle est la loi qui régie la force électrostatique ?

Answer 4

Loi de Couloumb
U=kq1q2/Dr^2

Question 5

Dans la catégorie force électrostatique, quels sont les trois types d’interactions ?

Answer 5

Ionique
Dipole-dipole
X-pi

Question 6

C’est quoi une interaction ionique ?

Answer 6

Entre deux charges opposées reparties de façon radiale
Distance entre 3-4A

Question 7

Les 6 interactions ioniques d’AA typiques a pH 6-9 ?

Answer 7

Lys-glu
Lys-asp
Arg-glu
Arg-asp
His-glu
His-asp

Question 8

C’est quoi les interaction dipole dipole ?

Answer 8

Association non covalente de mol neutres qui fait partie des van der Waals entre 3-6 A
Interaction plus faible qui peuvent être induites ou permanentes

Question 9

Qu’est ce qui affecte facilement les interactions dipole-dipole ?

Answer 9

La distance
1/r^3 = forte interaction
1/r^6 = faible interaction

Question 10

Quels sont les 4 types d’interactions x-pi dans les forces électrostatiques ?

Answer 10

Cation-pi
Anion-pi
Soufre-pi
Amine-pi

Question 11

Avec quoi se forme les interactions interaction X-pi ?

Answer 11

Les noyaux atomes des AA

Question 12

Un exemple d’interaction
Cation-pi
Anion-pi
Soufre-pi
Amine-pi

Answer 12

Cation-pi
Lys/Arg - Phe/tyr/trp

Anion-pi
Glu/Asp - Phe/tyr/trp

Soufre-pi
Met/Cys - Phe/tyr/trp

Amine-pi
Gln/Asn - Phe/tyr/trp

Question 13

Cest quoi les liaisons hydrogène ?

Answer 13

Atome H lie a atome electroneg avec un autre atome electron negatif accepteur d’electron
Plus fort que dipole dipole
Distance 2,7-3,5A

Question 14

Pourqui les liaisons H ont tendance a etre lineaire ?

Answer 14

Ça fait des liaisons plus fortes si les 2 atomes electro neg et le H sont alignés

Question 15

C’est quoi l’effet hydrophobe ? C’est du a quoi ? Thermiquement parlant ?

Answer 15

Minimisation du contact avec l’eau par les AA non polaire

Constante diélectrique élevée de l’eau

Endothermique pour aa non polaire
Atermique pour aa aromatiques
Entropie negative

Question 16

quels sont les deux types de liaison entre l’ADN et les proteines ?

Answer 16

Les proteines qui agissent avec des séquences d’ADN spécifique

Les proteines qui agissent avec ADN sans specificite

Question 17

Exemple d’interaction prot-adn ?

Answer 17

Nucleosome
Zip leucine
Doigt de zinc

Question 18

3 spécificités des interactions prot ADN

Answer 18

Prot souvent sous forme de dimere

Interaction au niv du sillon majeur avec helice alpha

Regulateur transcpriton = sequence adn specifique

Question 19

Pourquoi generalement les prot dans une interaction prot-adn sont dimerees ? 3

Answer 19

Augmentation affinite de liaison
Diversification des sites de liaison
Diversification regulation transcriptionnelle

Question 20

Pourquoi souvent dans les interactions prot-Adn c’est une helice alpha et le sillon majeur qui interagissent ?

Answer 20

Pck ils ont la mm largeur (diamètre)

Question 21

Quels sont les types d’interactions dans les complexes proteine ADN specifique et non specifique ?

Answer 21

Non specifique :
Electrostatique ;
Ion
Dipole-dipole
Ponts H ;
Simple

specifique :
Electrostatique ;
Ion
Dipole-dipole
Ponts H ;
Simple
BIDENTÉS
COMPLEXES

Question 22

Comment se passe les interactions electrostatique dans les prot-ADN

Answer 22

2 types :
Ions - P de ADN et AA basique de la prot
Dipole - dipole : sucre ADN et AA de la prot
Ça represente 2/3 des interactions

Autres interactions entre CH3 de T dans ADN avec AA prot

cela augmente affinité et interaction

Question 23

Comment de passe les liaisons H dans les complexes prot-ADN ?

Answer 23

2/3 sont bidente ou complexes d’ou la spécificite de sequence ADN

Les H simples stabilisent et augmentent l’affinité

Question 24

C’est quoi une liaison H bidentee ?

Answer 24

Minimum de liaison H entre prot et ADN

Question 25

Particulirites des liaisons H complexes

Answer 25

Implique les chaines laterales
Plus une base d’ADN
Possibilité que les bases se trouvent sur le mm brin

Question 26

2 exemples de liaison H complexe ?

Answer 26

Paire de GG consecutive

TG en position diagonale

Question 27

Spécificite de la liaison H bidente ? Complexe ?

Answer 27

H bidente
Reconnaissance des bases simples à position spécifique par arginine

H complexe
Reconnait petite sequence = spécificité universelle

Question 28

Est ce que y’a juste 20 acides amines ?

Answer 28

Oui mais en réalité plus de 2000 versions dans la cellule car modification post traductionnel

Question 29

Quels sont les acides amines qui ont des modifs post trad ? Et que sont t elles ? 7 pas trop importantes

Answer 29

Cys : oxydation (pont S-S)

Met : oxydation (sulfoxyde)

Asp : O-glycosylée

Glu : O-glycosylée

Asn : N-glycosylée

Gln : N-glycosylée

Arg : Ch3 N-glycosylee

Question 30

Quels sont les acides amines qui ont des modifs post trad ? Et que sont t elles ? 4 importantes

Answer 30

Ser : phosphorylation, O-glycosylé

Thr : phosphorylation, o-glycosyle

Tyr : phosphorylation, o-glycosyle

Lys : acetylation