Chapitre 12 Bis : Interaction Proteine-proteine Flashcards
Est ce que les protéines ont plusieurs domaines ?
Oui ce qui leur permet de faire plusieurs interactions avec diff autres proteines
Les 4 modules d’interactions ?
SH2 SH3 PH et PDZ
Quelles sont les 3 forces qui déterminent les interactions ?
Électrostatique
Liaison H
Force hydrophobe
Quelle est la loi qui régie la force électrostatique ?
Loi de Couloumb
U=kq1q2/Dr^2
Dans la catégorie force électrostatique, quels sont les trois types d’interactions ?
Ionique
Dipole-dipole
X-pi
C’est quoi une interaction ionique ?
Entre deux charges opposées reparties de façon radiale
Distance entre 3-4A
Les 6 interactions ioniques d’AA typiques a pH 6-9 ?
Lys-glu
Lys-asp
Arg-glu
Arg-asp
His-glu
His-asp
C’est quoi les interaction dipole dipole ?
Association non covalente de mol neutres qui fait partie des van der Waals entre 3-6 A
Interaction plus faible qui peuvent être induites ou permanentes
Qu’est ce qui affecte facilement les interactions dipole-dipole ?
La distance
1/r^3 = forte interaction
1/r^6 = faible interaction
Quels sont les 4 types d’interactions x-pi dans les forces électrostatiques ?
Cation-pi
Anion-pi
Soufre-pi
Amine-pi
Avec quoi se forme les interactions interaction X-pi ?
Les noyaux atomes des AA
Un exemple d’interaction
Cation-pi
Anion-pi
Soufre-pi
Amine-pi
Cation-pi
Lys/Arg - Phe/tyr/trp
Anion-pi
Glu/Asp - Phe/tyr/trp
Soufre-pi
Met/Cys - Phe/tyr/trp
Amine-pi
Gln/Asn - Phe/tyr/trp
Cest quoi les liaisons hydrogène ?
Atome H lie a atome electroneg avec un autre atome electron negatif accepteur d’electron
Plus fort que dipole dipole
Distance 2,7-3,5A
Pourqui les liaisons H ont tendance a etre lineaire ?
Ça fait des liaisons plus fortes si les 2 atomes electro neg et le H sont alignés
C’est quoi l’effet hydrophobe ? C’est du a quoi ? Thermiquement parlant ?
Minimisation du contact avec l’eau par les AA non polaire
Constante diélectrique élevée de l’eau
Endothermique pour aa non polaire
Atermique pour aa aromatiques
Entropie negative
quels sont les deux types de liaison entre l’ADN et les proteines ?
Les proteines qui agissent avec des séquences d’ADN spécifique
Les proteines qui agissent avec ADN sans specificite
Exemple d’interaction prot-adn ?
Nucleosome
Zip leucine
Doigt de zinc
3 spécificités des interactions prot ADN
Prot souvent sous forme de dimere
Interaction au niv du sillon majeur avec helice alpha
Regulateur transcpriton = sequence adn specifique
Pourquoi generalement les prot dans une interaction prot-adn sont dimerees ? 3
Augmentation affinite de liaison
Diversification des sites de liaison
Diversification regulation transcriptionnelle
Pourquoi souvent dans les interactions prot-Adn c’est une helice alpha et le sillon majeur qui interagissent ?
Pck ils ont la mm largeur (diamètre)
Quels sont les types d’interactions dans les complexes proteine ADN specifique et non specifique ?
Non specifique :
Electrostatique ;
Ion
Dipole-dipole
Ponts H ;
Simple
specifique :
Electrostatique ;
Ion
Dipole-dipole
Ponts H ;
Simple
BIDENTÉS
COMPLEXES
Comment se passe les interactions electrostatique dans les prot-ADN
2 types :
Ions - P de ADN et AA basique de la prot
Dipole - dipole : sucre ADN et AA de la prot
Ça represente 2/3 des interactions
Autres interactions entre CH3 de T dans ADN avec AA prot
cela augmente affinité et interaction
Comment de passe les liaisons H dans les complexes prot-ADN ?
2/3 sont bidente ou complexes d’ou la spécificite de sequence ADN
Les H simples stabilisent et augmentent l’affinité
C’est quoi une liaison H bidentee ?
Minimum de liaison H entre prot et ADN
Particulirites des liaisons H complexes
Implique les chaines laterales
Plus une base d’ADN
Possibilité que les bases se trouvent sur le mm brin
2 exemples de liaison H complexe ?
Paire de GG consecutive
TG en position diagonale
Spécificite de la liaison H bidente ? Complexe ?
H bidente
Reconnaissance des bases simples à position spécifique par arginine
H complexe
Reconnait petite sequence = spécificité universelle
Est ce que y’a juste 20 acides amines ?
Oui mais en réalité plus de 2000 versions dans la cellule car modification post traductionnel
Quels sont les acides amines qui ont des modifs post trad ? Et que sont t elles ? 7 pas trop importantes
Cys : oxydation (pont S-S)
Met : oxydation (sulfoxyde)
Asp : O-glycosylée
Glu : O-glycosylée
Asn : N-glycosylée
Gln : N-glycosylée
Arg : Ch3 N-glycosylee
Quels sont les acides amines qui ont des modifs post trad ? Et que sont t elles ? 4 importantes
Ser : phosphorylation, O-glycosylé
Thr : phosphorylation, o-glycosyle
Tyr : phosphorylation, o-glycosyle
Lys : acetylation
