Chap 10 : RMN

Question 1

C’est quoi les 3 types de noyaux en RMN ?

Answer 1

I = 0 donc inactif

I = 1/2 actifs parfait

I > 1/2 moment quadrupolaire qui rend l’etude difficile

Question 2

Def de delta, J et effet NOE

Answer 2

Delta = deplacement chimique : reflete l’environnement électronique des noyaux

j = couplage scalaire : effet des noyaux proches dans la structure

EFFET NOE : noyaux proche dans dans l’espace soit < 5A

Question 3

V correspond a quoi ?

Answer 3

Fréquence de résonance specifique a chaque noyaux tres utile mais depend du champ B

Question 4

De quoi depend le déplacement chimique ? 2

Answer 4

Nature des groupements chimiques auquel le H est associé

Du repliement de la protéine

Question 5

C’est quoi le couplage scalaire homonucleaire J

Answer 5

Effet de protons proche dans une structure qui sont séparés par moins de 3 liens chimiques
Donne des contraintes d’angle de torsion

Question 6

Qu’est ce qu’on peut faire pour simplifier un spectre ?

Answer 6

On change les H20 en D20

Question 7

C’est quoi les deux principales expériences utilisées en RMN ?

Answer 7

COSY
TOCSY

Question 8

C’est quoi le spectre COSY

Answer 8

Couplage J si protons sont séparés par 2 ou 3 liens chimiques
2 transformees de fourier

Question 9

C’est quoi le spectre TOCSY ?

Answer 9

Un couplage scalaire J ou chaque H d’un système est corrélé a tous les autres H de ce système
Chaque AA represenre un ou plusieurs systèmes de spins indépendants

Question 10

Quels sont les acides amines qui ont des systemes de spin identiques et donc des patrons identiques (5) ? On les différencie a quoi du coup ?

Answer 10

Asp ; cys ; met ; Glu et Gln
A leur déplacement chimique

Question 11

3 limites de la RMN homonucleaires COSY et TOCSY ?

Answer 11

Pas efficace pour des petites valeurs de J

Pas efficace pour les grosses protéines

Les signaux se recouvrent dans les spectres

Question 12

Les 3 avantages d’un marquage heteronucleaire ?

Answer 12

Transfert de magnetisation par J plus efficace

Meilleure resolution des signaux (décomposition en plan de plusieurs dimensions)

De plus grosses prot peuvent etre etudier

Question 13

Qu’est ce qui est necessaire dans des etudes heteronucleaires ?

Answer 13

Des proteines marquées

Question 14

Comment on marque les protéines ?

Answer 14

Expression bact de prot recombinante dans des milieux qui contiennent que les protéines marquees

Question 15

2 flex de la RMN heteronucleaires ?

Answer 15

Spectres a plusieurs dimensions corrélant plusieurs noyaux

En absence de structure les déplacements chimiques peuvent permettre de determiner la structure secondaire de la protéine

Question 16

C’est quoi les spectres NOESY ?

Answer 16

Bah Etude des correlations de NOE ou deux protons sont proches moins de 5 A

Question 17

Est ce que les interactions NOE restreignent bcp la conformation de la chaine peptidique en reliant les H eloignes dans la structure primaire ?

Answer 17

Ouiiiii

Question 18

Combien y’a de classes de contraintes chez les NOES

Answer 18

4
1.8-2.7 : tres intense
1.8-3.3 : moyen
1.8-5 : faible
3-6 : tres faible

Question 19

Quels sont les correlations entre l’angle de torsion phi et la valeur de couplage J pour feuillet B et helice alpha ?

Answer 19

Feuillet beta : phi = -125 et J = 9,8 Hz
Helice alpha : phi = -55 et J = 4 Hz

Question 20

Quelles sont les contraintes que doivent suivre les structures ?

Answer 20

Donnees RMN
structure covalente
Force d’interaction

Question 21

Dans les calculs de structures quels sont les critères d’acceptabilité (2) ? Et leur représentation ?

Answer 21

Énergie basse et petits nb de violations des contraintes

Representees comme une superposition qui minimise la RMSD (definit la précision)

Question 22

Qu’est ce qui permet de valider les structures en RMN?

Answer 22

Commenen cristallographie c’est le diagramme de Ramachandran

Question 23

4 avantages de la RMN

Answer 23

Methode a l’etat liquide

Bien pour les petites prot par cristalisable

Top pout etudier le repliement et les sites de liaison d’un prot

Bcp d’info sur la dynamique

Question 24

3 limites de la RMN

Answer 24

Petite prot seulement

bcp de purification

Pas d’infos sur les ions metaliques et les mol d’eau

Question 25

C’est quoi RMN HSQC

Answer 25

pour voir la correlation entre le proton amide et l’azote du mm groupe NH quoi

Question 26

A quoi sert RMN HSQC ?

Answer 26

Etude du repliement proteines
Site de liaisons chez les proteines