Chap 10 : RMN Flashcards
C’est quoi les 3 types de noyaux en RMN ?
I = 0 donc inactif
I = 1/2 actifs parfait
I > 1/2 moment quadrupolaire qui rend l’etude difficile
Def de delta, J et effet NOE
Delta = deplacement chimique : reflete l’environnement électronique des noyaux
j = couplage scalaire : effet des noyaux proches dans la structure
EFFET NOE : noyaux proche dans dans l’espace soit < 5A
V correspond a quoi ?
Fréquence de résonance specifique a chaque noyaux tres utile mais depend du champ B
De quoi depend le déplacement chimique ? 2
Nature des groupements chimiques auquel le H est associé
Du repliement de la protéine
C’est quoi le couplage scalaire homonucleaire J
Effet de protons proche dans une structure qui sont séparés par moins de 3 liens chimiques
Donne des contraintes d’angle de torsion
Qu’est ce qu’on peut faire pour simplifier un spectre ?
On change les H20 en D20
C’est quoi les deux principales expériences utilisées en RMN ?
COSY
TOCSY
C’est quoi le spectre COSY
Couplage J si protons sont séparés par 2 ou 3 liens chimiques
2 transformees de fourier
C’est quoi le spectre TOCSY ?
Un couplage scalaire J ou chaque H d’un système est corrélé a tous les autres H de ce système
Chaque AA represenre un ou plusieurs systèmes de spins indépendants
Quels sont les acides amines qui ont des systemes de spin identiques et donc des patrons identiques (5) ? On les différencie a quoi du coup ?
Asp ; cys ; met ; Glu et Gln
A leur déplacement chimique
3 limites de la RMN homonucleaires COSY et TOCSY ?
Pas efficace pour des petites valeurs de J
Pas efficace pour les grosses protéines
Les signaux se recouvrent dans les spectres
Les 3 avantages d’un marquage heteronucleaire ?
Transfert de magnetisation par J plus efficace
Meilleure resolution des signaux (décomposition en plan de plusieurs dimensions)
De plus grosses prot peuvent etre etudier
Qu’est ce qui est necessaire dans des etudes heteronucleaires ?
Des proteines marquées
Comment on marque les protéines ?
Expression bact de prot recombinante dans des milieux qui contiennent que les protéines marquees
2 flex de la RMN heteronucleaires ?
Spectres a plusieurs dimensions corrélant plusieurs noyaux
En absence de structure les déplacements chimiques peuvent permettre de determiner la structure secondaire de la protéine
C’est quoi les spectres NOESY ?
Bah Etude des correlations de NOE ou deux protons sont proches moins de 5 A
Est ce que les interactions NOE restreignent bcp la conformation de la chaine peptidique en reliant les H eloignes dans la structure primaire ?
Ouiiiii
Combien y’a de classes de contraintes chez les NOES
4
1.8-2.7 : tres intense
1.8-3.3 : moyen
1.8-5 : faible
3-6 : tres faible
Quels sont les correlations entre l’angle de torsion phi et la valeur de couplage J pour feuillet B et helice alpha ?
Feuillet beta : phi = -125 et J = 9,8 Hz
Helice alpha : phi = -55 et J = 4 Hz
Quelles sont les contraintes que doivent suivre les structures ?
Donnees RMN
structure covalente
Force d’interaction
Dans les calculs de structures quels sont les critères d’acceptabilité (2) ? Et leur représentation ?
Énergie basse et petits nb de violations des contraintes
Representees comme une superposition qui minimise la RMSD (definit la précision)
Qu’est ce qui permet de valider les structures en RMN?
Commenen cristallographie c’est le diagramme de Ramachandran
4 avantages de la RMN
Methode a l’etat liquide
Bien pour les petites prot par cristalisable
Top pout etudier le repliement et les sites de liaison d’un prot
Bcp d’info sur la dynamique
3 limites de la RMN
Petite prot seulement
bcp de purification
Pas d’infos sur les ions metaliques et les mol d’eau
