Chap 6 Flashcards

1
Q

Quelles sont les forces qui stabilisent la structure de l’ARN ? (4)

A

-Liaison H / Empilement des bases
-Formation de structure tertiaire : régions non pairées ; empilement coaxial
-charges negatives des P
-Mg2+ neutralisant les repulsions

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Q

Qu’est ce qui est plus stable entre 2nd et 3D ?

A

Structure 2nd plus stables

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3
Q

Dans les regions simple brin : qu’est ce qui favorise l’empilement des bases et la formation C3’Endo et la forme helicoidale a droite ?

A

Basse température et haute concentration en sels

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4
Q

Dans les regions simple brin : c’est quoi la tendance d’empilement ?

A

A&G>C>U

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5
Q

Quels sont les prolongements thermodynamiques les plus stables ? 3´ ou 5’ ?

A

3’

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6
Q

Qu’est ce qui stabilise plus ? Purine ? Pyrimidine ?

A

Purine

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7
Q

Quel est le premier motif de boucle identifie ?

A

U-Turn (pas le + stable)

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8
Q

La sequence consensus du U-Turn ? Caractéristiques structurales ? (3)

A

UNR (R=purine)
Pont H U1 H3 et R3 3’PO4
Pont H U1 2’OH et R3 N7
Angles entre U1 et N2

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9
Q

Les trois sequences des tetraboucles dans les ARNr ? Qu’est ce qu’elles forment ?

A

GNRA ; UNCG ; CUYG
Structure compact RELATIVEMENT rigides et stables

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10
Q

Les types d’interactions dans GNRA ?

A

Trans G sillon mineur / A Hoogsteen
Des ponts H
Comme motif U-turn

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11
Q

Role de la boucle GNRA ?

A

Reconnaissance ARN et proteines

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12
Q

2 caractéristiques des boucles CUYG

A

C2 endo
Paire GC ferme la boucle

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13
Q

3 facts sur les boucles UNCG

A

Tres stables (C-G)
Peut remplacer GNRA Mm si caractéristiques differentes
C2 endo

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14
Q

C’est quoi une boucle interne ? Qu’est ce que fait la base non appariee ?

A

1 N non apparie sur un des 2 brins
Se retourne vers l’exterieur

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15
Q

Donnez les deux types de paires de bases non canoniques ?

A

Boucle interne symetrique a 2 N
Boucle interne symetrique a 4N

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16
Q

Ça fair quoi les boucles internes symetrique a 2 N ?

A

Déstabilise les helices ARN
Creer des distorsions qui deviennent des sites potentiels de ligands

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17
Q

Ça fair quoi les boucles internes symetrique a 4 N ? Les plus stables ?

A

Stabilisent ou déstabilisent les helices ARN
Purine inter-brins

18
Q

Quel est le role des jonctions ?

A

Positionnement des domaines helicaux
Détermine la conformation global ARN

19
Q

Pk on retrouve des sites de liaison des metaux divalents sur les jonctions ?

A

densite des phosphates

20
Q

Qu’est ce qui stabilise les jonctions ?

A

Empilement coaxial ?

21
Q

Quelles sont les trois methodes de base pour la prediction de structure 2nd

A

Calculs thermodynamique
Analyse comparative de sequences bioinfo
Connaissances (méthode biochimique)

22
Q

Sur la base d’un modele a deux etats on peut deduire quoi ?

A

Tf et Delta G H et S

23
Q

Quelles sont les 4 energies considerees dans les calculs thermodynamiques ?

A

Empilement
Boucles terminales
Boucles internes
Jonctions

24
Q

Savoir lire un tableau d’energie d’empilement

25
Quelle est l’énergie libre d’initiation ajoutée pour les helices intramoleculaires ?
+4.10 kcal/mol
26
Le modele du plus proche voisin de Tinoco fonctionne bien pour qui ?
Paires de bases Watson-Crick et G-U Isoles
27
La presence de boucles internes et terminales est elle favorable au repliement ?
Non augmente delta G
28
Une methode bioinfo de prédiction ?
Analyse de séquences apparentees car structure 2nd ARN et sequences tres liees
29
D’ou viennent les séquences en bioinfo ? (2) et 3 points importants ?
Selection naturelles Mutants in vitro Quantité Diversité Fonctionnalité
30
2 faits sur l’arbre phylogénétique universel ?
Soutient charpente evolutionnaire Definit nv domaine vivant = archees
31
Role d’une nuclease ?
Coupe le squelette ribose phosphate de l’ARN
32
Quelle est LA ribonuclease qui demontre l’existence d’une structure double brin helicoidale
RNase VI venin cobra
33
Comment sont les extremites d’un produit d’une ribonuclease ?
3P et 5OH
34
Description processus séquençage ARN avec nuclease
ARN marquee P32 Incube avec nuclease conditions denaturantes Electrophoreses SDS PAGE
35
Avantages des nucleases : 2
Actives en conditions denaturantes (utile pour sequencage) Et semi-denaturantes
36
L’inconvénient des nucleases
Grosse taille = encombrement sterique chez gros Arn
37
Dans les composés chimiques : a quoi servent les réactifs de bases ?
Distinguer les faces watson crick ou Hoogsteen
38
Dans les composés chimiques : a quoi servent les réactifs du squelette ribose phosphate ?
Cartographier les sites accessibles du squelette
39
Dans les composés chimiques : a quoi servent les agents de pontage ?
Identification interactions 3D
40
Les 2 méthodes de detection chimique ?
Detection du clivage ribose phosphate ARN au P32 Detection d’une modif chimique qui ne cause pas le clivage et se fait par extension d’une amorce marque au P32
41
Méthode biochimique pour sonder la structure : moderne
SHAPE qui a fait ARN genomique VIH1
42
On peut faire des etudes in vivo et in vitro ?
Oui