Chap 6

Question 1

Quelles sont les forces qui stabilisent la structure de l’ARN ? (4)

Answer 1

-Liaison H / Empilement des bases
-Formation de structure tertiaire : régions non pairées ; empilement coaxial
-charges negatives des P
-Mg2+ neutralisant les repulsions

Question 2

Qu’est ce qui est plus stable entre 2nd et 3D ?

Answer 2

Structure 2nd plus stables

Question 3

Dans les regions simple brin : qu’est ce qui favorise l’empilement des bases et la formation C3’Endo et la forme helicoidale a droite ?

Answer 3

Basse température et haute concentration en sels

Question 4

Dans les regions simple brin : c’est quoi la tendance d’empilement ?

Answer 4

A&G>C>U

Question 5

Quels sont les prolongements thermodynamiques les plus stables ? 3´ ou 5’ ?

Answer 5

3’

Question 6

Qu’est ce qui stabilise plus ? Purine ? Pyrimidine ?

Answer 6

Purine

Question 7

Quel est le premier motif de boucle identifie ?

Answer 7

U-Turn (pas le + stable)

Question 8

La sequence consensus du U-Turn ? Caractéristiques structurales ? (3)

Answer 8

UNR (R=purine)
Pont H U1 H3 et R3 3’PO4
Pont H U1 2’OH et R3 N7
Angles entre U1 et N2

Question 9

Les trois sequences des tetraboucles dans les ARNr ? Qu’est ce qu’elles forment ?

Answer 9

GNRA ; UNCG ; CUYG
Structure compact RELATIVEMENT rigides et stables

Question 10

Les types d’interactions dans GNRA ?

Answer 10

Trans G sillon mineur / A Hoogsteen
Des ponts H
Comme motif U-turn

Question 11

Role de la boucle GNRA ?

Answer 11

Reconnaissance ARN et proteines

Question 12

2 caractéristiques des boucles CUYG

Answer 12

C2 endo
Paire GC ferme la boucle

Question 13

3 facts sur les boucles UNCG

Answer 13

Tres stables (C-G)
Peut remplacer GNRA Mm si caractéristiques differentes
C2 endo

Question 14

C’est quoi une boucle interne ? Qu’est ce que fait la base non appariee ?

Answer 14

1 N non apparie sur un des 2 brins
Se retourne vers l’exterieur

Question 15

Donnez les deux types de paires de bases non canoniques ?

Answer 15

Boucle interne symetrique a 2 N
Boucle interne symetrique a 4N

Question 16

Ça fair quoi les boucles internes symetrique a 2 N ?

Answer 16

Déstabilise les helices ARN
Creer des distorsions qui deviennent des sites potentiels de ligands

Question 17

Ça fair quoi les boucles internes symetrique a 4 N ? Les plus stables ?

Answer 17

Stabilisent ou déstabilisent les helices ARN
Purine inter-brins

Question 18

Quel est le role des jonctions ?

Answer 18

Positionnement des domaines helicaux
Détermine la conformation global ARN

Question 19

Pk on retrouve des sites de liaison des metaux divalents sur les jonctions ?

Answer 19

densite des phosphates

Question 20

Qu’est ce qui stabilise les jonctions ?

Answer 20

Empilement coaxial ?

Question 21

Quelles sont les trois methodes de base pour la prediction de structure 2nd

Answer 21

Calculs thermodynamique
Analyse comparative de sequences bioinfo
Connaissances (méthode biochimique)

Question 22

Sur la base d’un modele a deux etats on peut deduire quoi ?

Answer 22

Tf et Delta G H et S

Question 23

Quelles sont les 4 energies considerees dans les calculs thermodynamiques ?

Answer 23

Empilement
Boucles terminales
Boucles internes
Jonctions

Question 24

Savoir lire un tableau d’energie d’empilement

Answer 24

Note

Question 25

Quelle est l’énergie libre d’initiation ajoutée pour les helices intramoleculaires ?

Answer 25

+4.10 kcal/mol

Question 26

Le modele du plus proche voisin de Tinoco fonctionne bien pour qui ?

Answer 26

Paires de bases Watson-Crick et G-U Isoles

Question 27

La presence de boucles internes et terminales est elle favorable au repliement ?

Answer 27

Non augmente delta G

Question 28

Une methode bioinfo de prédiction ?

Answer 28

Analyse de séquences apparentees car structure 2nd ARN et sequences tres liees

Question 29

D’ou viennent les séquences en bioinfo ? (2) et 3 points importants ?

Answer 29

Selection naturelles
Mutants in vitro
Quantité
Diversité
Fonctionnalité

Question 30

2 faits sur l’arbre phylogénétique universel ?

Answer 30

Soutient charpente evolutionnaire
Definit nv domaine vivant = archees

Question 31

Role d’une nuclease ?

Answer 31

Coupe le squelette ribose phosphate de l’ARN

Question 32

Quelle est LA ribonuclease qui demontre l’existence d’une structure double brin helicoidale

Answer 32

RNase VI venin cobra

Question 33

Comment sont les extremites d’un produit d’une ribonuclease ?

Answer 33

3P et 5OH

Question 34

Description processus séquençage ARN avec nuclease

Answer 34

ARN marquee P32
Incube avec nuclease conditions denaturantes
Electrophoreses SDS PAGE

Question 35

Avantages des nucleases : 2

Answer 35

Actives en conditions denaturantes (utile pour sequencage)
Et semi-denaturantes

Question 36

L’inconvénient des nucleases

Answer 36

Grosse taille = encombrement sterique chez gros Arn

Question 37

Dans les composés chimiques : a quoi servent les réactifs de bases ?

Answer 37

Distinguer les faces watson crick ou Hoogsteen

Question 38

Dans les composés chimiques : a quoi servent les réactifs du squelette ribose phosphate ?

Answer 38

Cartographier les sites accessibles du squelette

Question 39

Dans les composés chimiques : a quoi servent les agents de pontage ?

Answer 39

Identification interactions 3D

Question 40

Les 2 méthodes de detection chimique ?

Answer 40

Detection du clivage ribose phosphate ARN au P32
Detection d’une modif chimique qui ne cause pas le clivage et se fait par extension d’une amorce marque au P32

Question 41

Méthode biochimique pour sonder la structure : moderne

Answer 41

SHAPE qui a fait ARN genomique VIH1

Question 42

On peut faire des etudes in vivo et in vitro ?

Answer 42

Oui