Chap 6 Flashcards
Quelles sont les forces qui stabilisent la structure de l’ARN ? (4)
-Liaison H / Empilement des bases
-Formation de structure tertiaire : régions non pairées ; empilement coaxial
-charges negatives des P
-Mg2+ neutralisant les repulsions
Qu’est ce qui est plus stable entre 2nd et 3D ?
Structure 2nd plus stables
Dans les regions simple brin : qu’est ce qui favorise l’empilement des bases et la formation C3’Endo et la forme helicoidale a droite ?
Basse température et haute concentration en sels
Dans les regions simple brin : c’est quoi la tendance d’empilement ?
A&G>C>U
Quels sont les prolongements thermodynamiques les plus stables ? 3´ ou 5’ ?
3’
Qu’est ce qui stabilise plus ? Purine ? Pyrimidine ?
Purine
Quel est le premier motif de boucle identifie ?
U-Turn (pas le + stable)
La sequence consensus du U-Turn ? Caractéristiques structurales ? (3)
UNR (R=purine)
Pont H U1 H3 et R3 3’PO4
Pont H U1 2’OH et R3 N7
Angles entre U1 et N2
Les trois sequences des tetraboucles dans les ARNr ? Qu’est ce qu’elles forment ?
GNRA ; UNCG ; CUYG
Structure compact RELATIVEMENT rigides et stables
Les types d’interactions dans GNRA ?
Trans G sillon mineur / A Hoogsteen
Des ponts H
Comme motif U-turn
Role de la boucle GNRA ?
Reconnaissance ARN et proteines
2 caractéristiques des boucles CUYG
C2 endo
Paire GC ferme la boucle
3 facts sur les boucles UNCG
Tres stables (C-G)
Peut remplacer GNRA Mm si caractéristiques differentes
C2 endo
C’est quoi une boucle interne ? Qu’est ce que fait la base non appariee ?
1 N non apparie sur un des 2 brins
Se retourne vers l’exterieur
Donnez les deux types de paires de bases non canoniques ?
Boucle interne symetrique a 2 N
Boucle interne symetrique a 4N
Ça fair quoi les boucles internes symetrique a 2 N ?
Déstabilise les helices ARN
Creer des distorsions qui deviennent des sites potentiels de ligands
Ça fair quoi les boucles internes symetrique a 4 N ? Les plus stables ?
Stabilisent ou déstabilisent les helices ARN
Purine inter-brins
Quel est le role des jonctions ?
Positionnement des domaines helicaux
Détermine la conformation global ARN
Pk on retrouve des sites de liaison des metaux divalents sur les jonctions ?
densite des phosphates
Qu’est ce qui stabilise les jonctions ?
Empilement coaxial ?
Quelles sont les trois methodes de base pour la prediction de structure 2nd
Calculs thermodynamique
Analyse comparative de sequences bioinfo
Connaissances (méthode biochimique)
Sur la base d’un modele a deux etats on peut deduire quoi ?
Tf et Delta G H et S
Quelles sont les 4 energies considerees dans les calculs thermodynamiques ?
Empilement
Boucles terminales
Boucles internes
Jonctions
Savoir lire un tableau d’energie d’empilement
Note
Quelle est l’énergie libre d’initiation ajoutée pour les helices intramoleculaires ?
+4.10 kcal/mol
Le modele du plus proche voisin de Tinoco fonctionne bien pour qui ?
Paires de bases Watson-Crick et G-U Isoles
La presence de boucles internes et terminales est elle favorable au repliement ?
Non augmente delta G
Une methode bioinfo de prédiction ?
Analyse de séquences apparentees car structure 2nd ARN et sequences tres liees
D’ou viennent les séquences en bioinfo ? (2) et 3 points importants ?
Selection naturelles
Mutants in vitro
Quantité
Diversité
Fonctionnalité
2 faits sur l’arbre phylogénétique universel ?
Soutient charpente evolutionnaire
Definit nv domaine vivant = archees
Role d’une nuclease ?
Coupe le squelette ribose phosphate de l’ARN
Quelle est LA ribonuclease qui demontre l’existence d’une structure double brin helicoidale
RNase VI venin cobra
Comment sont les extremites d’un produit d’une ribonuclease ?
3P et 5OH
Description processus séquençage ARN avec nuclease
ARN marquee P32
Incube avec nuclease conditions denaturantes
Electrophoreses SDS PAGE
Avantages des nucleases : 2
Actives en conditions denaturantes (utile pour sequencage)
Et semi-denaturantes
L’inconvénient des nucleases
Grosse taille = encombrement sterique chez gros Arn
Dans les composés chimiques : a quoi servent les réactifs de bases ?
Distinguer les faces watson crick ou Hoogsteen
Dans les composés chimiques : a quoi servent les réactifs du squelette ribose phosphate ?
Cartographier les sites accessibles du squelette
Dans les composés chimiques : a quoi servent les agents de pontage ?
Identification interactions 3D
Les 2 méthodes de detection chimique ?
Detection du clivage ribose phosphate ARN au P32
Detection d’une modif chimique qui ne cause pas le clivage et se fait par extension d’une amorce marque au P32
Méthode biochimique pour sonder la structure : moderne
SHAPE qui a fait ARN genomique VIH1
On peut faire des etudes in vivo et in vitro ?
Oui
