Chap 9 : Cristallographie Flashcards
C’est quoi la cristallographie ?
Envoie de rayon X sur cristal et analyse de la diffraction
La premiere etape de cristalo ?
Purification des prot agregees par filtration sur gel
Unite elementaire du cristal ?
Maille
2em etape de la cristalo ?
Obtenir un cristal bien organisé mais c’est compliqué
2 methodes pour obtenir un cristal organise ?
Cristallisation par Batch
Ou
Par diffusion vapeur
Savoir expliquer vite fait methode de batch et de vapeur
Oui
Pour bien cristalliser une protéine quels sont les 8 conditions modifiables ?
Tampon utilisé
Agent précipitant
Présence Dion
Nature du solvant
Présence de ligand
Température
Concentration de la protéine
La protéine
Unite de mesure du rayon X ?
1 A soit 10^-10 m
C’est quoi les rayons X et comment produits en lab ?
Radiation électromagnétique courte longueur d’onde emise quand e- perd de l’energie
Bombarde une anode de e- accéléré dans un tube a haute tension
On peut produire des rayon X a diff échelles ?
Oui
Petite : generateur de rayons X
Grande : synchrotron
Les infos sur un patron de diffraction ?
Espace entre les taches = taille de l’unité élémentaire
Intensite des taches = structure des protéines
Est ce qu’un atome plus lourd (avec plus d’electrons) deviera plus un rayon X qu’un atome leger ?
Ouii
Que se passe t il si des atomes sont regulierement espacés ?
Ils vont diffracter les rayons X de maniere constructive dans certaines directions et donner naissance au patron
Quel loi définît l’apparition d’une interférence constructive ?
Loi de Bragg
N•lambda = 2•d•sinø
Condition pour obtenir diffraction ?
Que la distance parcourue par les rayons réfléchis soit egale a un multiple de la longueur d’onde du rayonnement
Grace a quoi a partir d’un partron de diffraction on obtient une carte de densité electronique ?
La transformée de Fourier
C’est quoi les 3 paramètres qui definissent les ondes des faisceaux diffractés ?
Amplitude : intensite de la tache
Longeur d’onde
Phase : qui est perdu
Quel est le paramètre le plus difficile à déterminer ?
La phase
4 methodes de solutions de phases et leur explication ?
Methode directe : calcul theorique (juste petite mol)
Replacement isomorphe : trempe les cristaux atomes lourds qui se lient a Cys et His ce qui va provoquer une plus grande dispersion et on va faire la soustraction des partons trempes et non trempe et ensuite calcul
Dispersion anormale : remplacement d’un atome de AA (methionine) par un atome lourd (selenomethionine) et utilisation du synchrotron pour faire de la resonnance ensuite calcul
Replacement moléculaire : on utilise un homologue de la prot sur PDB on se sert des phases calculees pour celui-ci et de l’intensité observee sur l’inconnu
C’est quoi une carte de densité electronique
Probabilité pour un electron a chaque position x/y/z dans l’unité élémentaire
Une fois le modèle construit on fait quOi ?
On le valide et on l’affine ensuite on le recalcule avec des phases améliorées
C’est quoi une bonne résolution ?
<2,5A
Comment se passe l’affinement du modele preliminaire ?
Logiciel diminue facteur R (definie la qualité de la structure)
Si r = 0 c’est parfait r = 0,59 c’est nul et entre 0,15-0,20 c’est oklm
La variation de r est du à plein de petits trucs (solvants,conformation..)
Quels sont les 4 niveaux de résolution dans l’analyse de la structure ?
Basse resolution 5A : forme helice
Moyenne resolution 3A : trajet chaine peptidique
Haute resolution 1,5A : chaines laterales H20 et ions metalliques
Tres haute resolution 1A : on distingue les atomes et les ponts H les H+ les H20 et leur dynamique
Quel est l’outil de validation de structure ?
Diagramme de Ramachandran ou 90% des AA doit se trouver dans les bonnes zones
Les avantages de la cristallographie ?
Analyse tres rapide grace a la technologie
Structure tres précises avec H20 et ions metal
Toutes les tailles de mol seules ou complexees
Résolution de structure complexe
Les limites de la cristallographie ?
Bcp de purification necessaire
Production de cristaux ordonnés
On voit pas les régions flexibles
On voit pas les H
Parfois artefacts a cause cristaux
Pas bonne résolution pour Prot dynamique
