Chap 9 : Cristallographie

Question 1

C’est quoi la cristallographie ?

Answer 1

Envoie de rayon X sur cristal et analyse de la diffraction

Question 2

La premiere etape de cristalo ?

Answer 2

Purification des prot agregees par filtration sur gel

Question 3

Unite elementaire du cristal ?

Answer 3

Maille

Question 4

2em etape de la cristalo ?

Answer 4

Obtenir un cristal bien organisé mais c’est compliqué

Question 5

2 methodes pour obtenir un cristal organise ?

Answer 5

Cristallisation par Batch
Ou
Par diffusion vapeur

Question 6

Savoir expliquer vite fait methode de batch et de vapeur

Answer 6

Oui

Question 7

Pour bien cristalliser une protéine quels sont les 8 conditions modifiables ?

Answer 7

Tampon utilisé
Agent précipitant
Présence Dion
Nature du solvant
Présence de ligand
Température
Concentration de la protéine
La protéine

Question 8

Unite de mesure du rayon X ?

Answer 8

1 A soit 10^-10 m

Question 9

C’est quoi les rayons X et comment produits en lab ?

Answer 9

Radiation électromagnétique courte longueur d’onde emise quand e- perd de l’energie

Bombarde une anode de e- accéléré dans un tube a haute tension

Question 10

On peut produire des rayon X a diff échelles ?

Answer 10

Oui
Petite : generateur de rayons X
Grande : synchrotron

Question 11

Les infos sur un patron de diffraction ?

Answer 11

Espace entre les taches = taille de l’unité élémentaire

Intensite des taches = structure des protéines

Question 12

Est ce qu’un atome plus lourd (avec plus d’electrons) deviera plus un rayon X qu’un atome leger ?

Answer 12

Ouii

Question 13

Que se passe t il si des atomes sont regulierement espacés ?

Answer 13

Ils vont diffracter les rayons X de maniere constructive dans certaines directions et donner naissance au patron

Question 14

Quel loi définît l’apparition d’une interférence constructive ?

Answer 14

Loi de Bragg
N•lambda = 2•d•sinø

Question 15

Condition pour obtenir diffraction ?

Answer 15

Que la distance parcourue par les rayons réfléchis soit egale a un multiple de la longueur d’onde du rayonnement

Question 16

Grace a quoi a partir d’un partron de diffraction on obtient une carte de densité electronique ?

Answer 16

La transformée de Fourier

Question 17

C’est quoi les 3 paramètres qui definissent les ondes des faisceaux diffractés ?

Answer 17

Amplitude : intensite de la tache
Longeur d’onde
Phase : qui est perdu

Question 18

Quel est le paramètre le plus difficile à déterminer ?

Answer 18

La phase

Question 19

4 methodes de solutions de phases et leur explication ?

Answer 19

Methode directe : calcul theorique (juste petite mol)

Replacement isomorphe : trempe les cristaux atomes lourds qui se lient a Cys et His ce qui va provoquer une plus grande dispersion et on va faire la soustraction des partons trempes et non trempe et ensuite calcul

Dispersion anormale : remplacement d’un atome de AA (methionine) par un atome lourd (selenomethionine) et utilisation du synchrotron pour faire de la resonnance ensuite calcul

Replacement moléculaire : on utilise un homologue de la prot sur PDB on se sert des phases calculees pour celui-ci et de l’intensité observee sur l’inconnu

Question 20

C’est quoi une carte de densité electronique

Answer 20

Probabilité pour un electron a chaque position x/y/z dans l’unité élémentaire

Question 21

Une fois le modèle construit on fait quOi ?

Answer 21

On le valide et on l’affine ensuite on le recalcule avec des phases améliorées

Question 22

C’est quoi une bonne résolution ?

Answer 22

<2,5A

Question 23

Comment se passe l’affinement du modele preliminaire ?

Answer 23

Logiciel diminue facteur R (definie la qualité de la structure)
Si r = 0 c’est parfait r = 0,59 c’est nul et entre 0,15-0,20 c’est oklm
La variation de r est du à plein de petits trucs (solvants,conformation..)

Question 24

Quels sont les 4 niveaux de résolution dans l’analyse de la structure ?

Answer 24

Basse resolution 5A : forme helice

Moyenne resolution 3A : trajet chaine peptidique

Haute resolution 1,5A : chaines laterales H20 et ions metalliques

Tres haute resolution 1A : on distingue les atomes et les ponts H les H+ les H20 et leur dynamique

Question 25

Quel est l’outil de validation de structure ?

Answer 25

Diagramme de Ramachandran ou 90% des AA doit se trouver dans les bonnes zones

Question 26

Les avantages de la cristallographie ?

Answer 26

Analyse tres rapide grace a la technologie

Structure tres précises avec H20 et ions metal

Toutes les tailles de mol seules ou complexees

Résolution de structure complexe

Question 27

Les limites de la cristallographie ?

Answer 27

Bcp de purification necessaire

Production de cristaux ordonnés

On voit pas les régions flexibles

On voit pas les H

Parfois artefacts a cause cristaux

Pas bonne résolution pour Prot dynamique