Chap 3 Flashcards

1
Q

C’est quoi les trois techniques pour voir proteines

A

Cristallographie de rayon x
Rmn
Cryomicroscopie

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Q

Quel technique utilisée si les proteines sont dynamiques en solution

A

RMN

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3
Q

Quel technique de vision pour les GROSSE prot

A

CryoMicroscope

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4
Q

La plus importante banque de structure 3D de molécules ?

A

PDB Protein Data Bank

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5
Q

Formule de variation enthalpie delta G

A

Delta G = Delta H - T x delta S

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6
Q

Que font les prot pour avoir un bas niv d’energie ? Un exemple de prot globulaire ?

A

Elles se replient = etat natif
Ribonuclease A

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7
Q

Quel est le principe 2 des prot globulaires ?

A

Bcp de structures 2nd 75% et compact entre eux

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8
Q

Principe 3 d’une prot de globulaire ?

A

Coeur hydrophobe et tour hydrophile

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9
Q

Pourquoi le coeur hydrophobe des prot globulaire a bcp d’helices alpha et de feuillets beta ?

A

Neutraliser les groupes polaires nh et co dans le coeur hydrophobe

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10
Q

Principe 4 d’une prot globulaire ? Structure ?

A

Si t’es pas une helice alpha ou un feuillet beta t’es une boucle (aléatoire) stable mais difficile a décrire
Participe au site actif enzyme

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11
Q

Principe 5 prot globulaire ? Pb embaquetage

A

Assemble serré, densité 0,72-0,77
Soit 25% vide sous forme de cavité qui contribue a la dynamique de prot

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12
Q

Principe 6 des prot globulaires ? Dynamique

A

Structure dynamique, flexible et désordonnée avec mouvement

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13
Q

Principe 7 contrainte chirale

A

Aa L tourne vers la droite

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14
Q

Classification des prot globulaires par couche de segment ? 4points

A

Helice et feuillet dans une couche
Residus non polaires entre les couches
Couches externes = polaires
1/2 des prot ont 2 couches et 1/3 ont 3 couches

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15
Q

Classification de Richardson, quels sont les 4 types ?

A

Prot helice alpha antiparallèle
Prot feuillet beta paralleles ou mixte
Prot feuillet beta antiparallelle
Prot a metal riche ou s-s

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16
Q

C’est quoi les caractéristiques des prot helice alpha antiparalleles ? 3

A

Empaqueter helice alpha antiparallèles (simple)
Torsion a gauche 15 degrés 4 helices
Groupe des globines 2 couches perpendiculaires

17
Q

C’est quoi les caractéristiques des prot feuillet beta parallele mixte ? 3

A

Hydrophobe, au coeur de la prote et pas exhibe au solvant
Tonneau parallèle a 8 brins alpha/beta
Feuille bêta parallèle Double enroulement

18
Q

Explication d’un tonneau alpha beta

A

8brins et 8 hélices parallèles = grande structure régulière des domaines
Servent a la fonction enzymatique
Separation résidus stabilité et activité

19
Q

C’est quoi les caractéristiques des prot feuillet beta antiparalleles ?

A

Résidu hydrophobe sont sur 1 SEULE des 2 faces (1 protégée du milieu aqueux)
Au moins 2 couches
Plusieurs possibilités de structures : TONNEAU beta antiparelle

20
Q

C’est quoi les caractéristiques des prot riche en metal ou s-s ?

A

Petit prot Influence par teneur en metaux et s-s si y’a pas = instable

21
Q

Quel est la classification de prot utilisé auj ?

A

Par structure

22
Q

Bases de donnes de classification de structure ?

A

SCOP ; CATH ; PFAM ; INTERPRO

23
Q

Quels sont les 5 criteres de classification scop

A

Classes : 7 classes
Repliement
Superfamille
Famille
Espece

24
Q

Peut on predire la structure 2nd ?

A

Pas en toute confiance parfois sequence cameleon

25
Un exemple de séquence cameleon ?
Alpha 2 cis ou trans
26
Peut on predire sequence 3iaire ?
Pas exactement mais un peu
27
C’est quoi prot homologue et exemple ?
Ancêtre commun similarité structure et fonction Myoglobine et hemeglobine 25 a 35% de séquences identiques
28
Des faits logiques sur la prédiction de structure de prot homologues ?
Plus identité de séquence plus le modele sera precis Ce sont les boucles qui posent problèmes les structures 2nd c’est ok Utile pour hypothese
29
Commente predire des structures sans homologues ?
Couplage co evolutif ( residus proche dans l’espace) Prédiction des interfaces moléculaires
30
Quels sont les programmes de prédiction de structure prot ?
Alpha fold et EMSfold
31
Les differences entre alpha fold et ems fold ?
Ems plus rapide mais moins precis Ems plus efficace mutation 1 n Alpha fold plus efficace pour complexe
32
Le meilleur site entre alphafold et ems fold ?
Alpha fold