Chap 3 Flashcards
C’est quoi les trois techniques pour voir proteines
Cristallographie de rayon x
Rmn
Cryomicroscopie
Quel technique utilisée si les proteines sont dynamiques en solution
RMN
Quel technique de vision pour les GROSSE prot
CryoMicroscope
La plus importante banque de structure 3D de molécules ?
PDB Protein Data Bank
Formule de variation enthalpie delta G
Delta G = Delta H - T x delta S
Que font les prot pour avoir un bas niv d’energie ? Un exemple de prot globulaire ?
Elles se replient = etat natif
Ribonuclease A
Quel est le principe 2 des prot globulaires ?
Bcp de structures 2nd 75% et compact entre eux
Principe 3 d’une prot de globulaire ?
Coeur hydrophobe et tour hydrophile
Pourquoi le coeur hydrophobe des prot globulaire a bcp d’helices alpha et de feuillets beta ?
Neutraliser les groupes polaires nh et co dans le coeur hydrophobe
Principe 4 d’une prot globulaire ? Structure ?
Si t’es pas une helice alpha ou un feuillet beta t’es une boucle (aléatoire) stable mais difficile a décrire
Participe au site actif enzyme
Principe 5 prot globulaire ? Pb embaquetage
Assemble serré, densité 0,72-0,77
Soit 25% vide sous forme de cavité qui contribue a la dynamique de prot
Principe 6 des prot globulaires ? Dynamique
Structure dynamique, flexible et désordonnée avec mouvement
Principe 7 contrainte chirale
Aa L tourne vers la droite
Classification des prot globulaires par couche de segment ? 4points
Helice et feuillet dans une couche
Residus non polaires entre les couches
Couches externes = polaires
1/2 des prot ont 2 couches et 1/3 ont 3 couches
Classification de Richardson, quels sont les 4 types ?
Prot helice alpha antiparallèle
Prot feuillet beta paralleles ou mixte
Prot feuillet beta antiparallelle
Prot a metal riche ou s-s
C’est quoi les caractéristiques des prot helice alpha antiparalleles ? 3
Empaqueter helice alpha antiparallèles (simple)
Torsion a gauche 15 degrés 4 helices
Groupe des globines 2 couches perpendiculaires
C’est quoi les caractéristiques des prot feuillet beta parallele mixte ? 3
Hydrophobe, au coeur de la prote et pas exhibe au solvant
Tonneau parallèle a 8 brins alpha/beta
Feuille bêta parallèle Double enroulement
Explication d’un tonneau alpha beta
8brins et 8 hélices parallèles = grande structure régulière des domaines
Servent a la fonction enzymatique
Separation résidus stabilité et activité
C’est quoi les caractéristiques des prot feuillet beta antiparalleles ?
Résidu hydrophobe sont sur 1 SEULE des 2 faces (1 protégée du milieu aqueux)
Au moins 2 couches
Plusieurs possibilités de structures : TONNEAU beta antiparelle
C’est quoi les caractéristiques des prot riche en metal ou s-s ?
Petit prot Influence par teneur en metaux et s-s si y’a pas = instable
Quel est la classification de prot utilisé auj ?
Par structure
Bases de donnes de classification de structure ?
SCOP ; CATH ; PFAM ; INTERPRO
Quels sont les 5 criteres de classification scop
Classes : 7 classes
Repliement
Superfamille
Famille
Espece
Peut on predire la structure 2nd ?
Pas en toute confiance parfois sequence cameleon
Un exemple de séquence cameleon ?
Alpha 2 cis ou trans
Peut on predire sequence 3iaire ?
Pas exactement mais un peu
C’est quoi prot homologue et exemple ?
Ancêtre commun similarité structure et fonction
Myoglobine et hemeglobine
25 a 35% de séquences identiques
Des faits logiques sur la prédiction de structure de prot homologues ?
Plus identité de séquence plus le modele sera precis
Ce sont les boucles qui posent problèmes les structures 2nd c’est ok
Utile pour hypothese
Commente predire des structures sans homologues ?
Couplage co evolutif ( residus proche dans l’espace)
Prédiction des interfaces moléculaires
Quels sont les programmes de prédiction de structure prot ?
Alpha fold et EMSfold
Les differences entre alpha fold et ems fold ?
Ems plus rapide mais moins precis
Ems plus efficace mutation 1 n
Alpha fold plus efficace pour complexe
Le meilleur site entre alphafold et ems fold ?
Alpha fold
