Chap 3

Question 1

C’est quoi les trois techniques pour voir proteines

Answer 1

Cristallographie de rayon x
Rmn
Cryomicroscopie

Question 2

Quel technique utilisée si les proteines sont dynamiques en solution

Answer 2

RMN

Question 3

Quel technique de vision pour les GROSSE prot

Answer 3

CryoMicroscope

Question 4

La plus importante banque de structure 3D de molécules ?

Answer 4

PDB Protein Data Bank

Question 5

Formule de variation enthalpie delta G

Answer 5

Delta G = Delta H - T x delta S

Question 6

Que font les prot pour avoir un bas niv d’energie ? Un exemple de prot globulaire ?

Answer 6

Elles se replient = etat natif
Ribonuclease A

Question 7

Quel est le principe 2 des prot globulaires ?

Answer 7

Bcp de structures 2nd 75% et compact entre eux

Question 8

Principe 3 d’une prot de globulaire ?

Answer 8

Coeur hydrophobe et tour hydrophile

Question 9

Pourquoi le coeur hydrophobe des prot globulaire a bcp d’helices alpha et de feuillets beta ?

Answer 9

Neutraliser les groupes polaires nh et co dans le coeur hydrophobe

Question 10

Principe 4 d’une prot globulaire ? Structure ?

Answer 10

Si t’es pas une helice alpha ou un feuillet beta t’es une boucle (aléatoire) stable mais difficile a décrire
Participe au site actif enzyme

Question 11

Principe 5 prot globulaire ? Pb embaquetage

Answer 11

Assemble serré, densité 0,72-0,77
Soit 25% vide sous forme de cavité qui contribue a la dynamique de prot

Question 12

Principe 6 des prot globulaires ? Dynamique

Answer 12

Structure dynamique, flexible et désordonnée avec mouvement

Question 13

Principe 7 contrainte chirale

Answer 13

Aa L tourne vers la droite

Question 14

Classification des prot globulaires par couche de segment ? 4points

Answer 14

Helice et feuillet dans une couche
Residus non polaires entre les couches
Couches externes = polaires
1/2 des prot ont 2 couches et 1/3 ont 3 couches

Question 15

Classification de Richardson, quels sont les 4 types ?

Answer 15

Prot helice alpha antiparallèle
Prot feuillet beta paralleles ou mixte
Prot feuillet beta antiparallelle
Prot a metal riche ou s-s

Question 16

C’est quoi les caractéristiques des prot helice alpha antiparalleles ? 3

Answer 16

Empaqueter helice alpha antiparallèles (simple)
Torsion a gauche 15 degrés 4 helices
Groupe des globines 2 couches perpendiculaires

Question 17

C’est quoi les caractéristiques des prot feuillet beta parallele mixte ? 3

Answer 17

Hydrophobe, au coeur de la prote et pas exhibe au solvant
Tonneau parallèle a 8 brins alpha/beta
Feuille bêta parallèle Double enroulement

Question 18

Explication d’un tonneau alpha beta

Answer 18

8brins et 8 hélices parallèles = grande structure régulière des domaines
Servent a la fonction enzymatique
Separation résidus stabilité et activité

Question 19

C’est quoi les caractéristiques des prot feuillet beta antiparalleles ?

Answer 19

Résidu hydrophobe sont sur 1 SEULE des 2 faces (1 protégée du milieu aqueux)
Au moins 2 couches
Plusieurs possibilités de structures : TONNEAU beta antiparelle

Question 20

C’est quoi les caractéristiques des prot riche en metal ou s-s ?

Answer 20

Petit prot Influence par teneur en metaux et s-s si y’a pas = instable

Question 21

Quel est la classification de prot utilisé auj ?

Answer 21

Par structure

Question 22

Bases de donnes de classification de structure ?

Answer 22

SCOP ; CATH ; PFAM ; INTERPRO

Question 23

Quels sont les 5 criteres de classification scop

Answer 23

Classes : 7 classes
Repliement
Superfamille
Famille
Espece

Question 24

Peut on predire la structure 2nd ?

Answer 24

Pas en toute confiance parfois sequence cameleon

Question 25

Un exemple de séquence cameleon ?

Answer 25

Alpha 2 cis ou trans

Question 26

Peut on predire sequence 3iaire ?

Answer 26

Pas exactement mais un peu

Question 27

C’est quoi prot homologue et exemple ?

Answer 27

Ancêtre commun similarité structure et fonction
Myoglobine et hemeglobine
25 a 35% de séquences identiques

Question 28

Des faits logiques sur la prédiction de structure de prot homologues ?

Answer 28

Plus identité de séquence plus le modele sera precis
Ce sont les boucles qui posent problèmes les structures 2nd c’est ok
Utile pour hypothese

Question 29

Commente predire des structures sans homologues ?

Answer 29

Couplage co evolutif ( residus proche dans l’espace)
Prédiction des interfaces moléculaires

Question 30

Quels sont les programmes de prédiction de structure prot ?

Answer 30

Alpha fold et EMSfold

Question 31

Les differences entre alpha fold et ems fold ?

Answer 31

Ems plus rapide mais moins precis
Ems plus efficace mutation 1 n
Alpha fold plus efficace pour complexe

Question 32

Le meilleur site entre alphafold et ems fold ?

Answer 32

Alpha fold