Chap 2

Question 1

Qu’est ce qui permet a une prot d’exercer sa fonction physiologique ?

Answer 1

Sa confirmation (structure 3D)

Question 2

Ou se trouve les angles phi et psi et a combien de degrés ?

Answer 2

Phi entre le Calpha et le Nh3+
Psi entre le Calpha et le COO-
180 degrés

Question 3

Qu’implique la planéité du lien peptidique ?

Answer 3

La chaîne peptidique a seulement 2 possibilités de rotation si on connaît psi et phi on connait tout

Question 4

Certaines valeurs de psi et phi sont pas permises pk ? 3 raisons

Answer 4

Difference énergie conformation décalée et éclipsée
Encombrement stérique
Interaction non covalent des chaînes R

Question 5

A quoi sert diagramme de ramachandran ?

Answer 5

Regrouper les valeurs de psi et phi pour voir lesquelles sont possibles en fonction de l’encombrent sterique

Question 6

Quel est le residu qui n’est pas soumis a la regle de ramachandran et pk ?

Answer 6

Glycine car plus de rotation possible

Question 7

Globalement quelles sont les angles favorisés pour les helice alpha et feuillet Beta ?

Answer 7

Helice alpha : phi de -50 a -60 et psi de -45
Feuillet beta : phi de -135 et psi de 135

Question 8

Par quoi sont stabilisés les structures 2nd ?

Answer 8

Pont H

Question 9

Helice alpha : nb de residus par tours ? Angles precis ? Longueur de 1 residu ? Pas de l’helice ? Ou sont les co et nh ? Comment sont ils orientés entre eux ? Ponts h avec qui ?

Answer 9

3,6 ; phi -60 et psi -45~-50 ; 1,5 A ; 0,54 nm ; a l’interieur ; de manière opposée ; co de i avec nh de i+4

Question 10

C’est quoi le moment dipolaire de l’helice alpha ?

Answer 10

Charge partielle sue le Nt et negative sur le Ct

Question 11

C’est quoi n d et p ?

Answer 11

N: nb unite par tour
P: pas helice
D = p/n : translation de l’helice par unité

Question 12

Helice 3,10 : pas ? Angles ? Liaison H ? Pb ?

Answer 12

6 A ; phi -50 psi -30 ; entre co et nh de I+3 ; parfois chaine r font encombrement sterique

Question 13

Quel acide aminé est un pb pour l’helice alpha et pk ?

Answer 13

La proline pck nh ne peut pas participer a la liaison cela créé un encombrement sterique et une déviation

Question 14

Quels acides aminés n’aide pas a la formatin de helice alpha ?

Answer 14

Proline glycine tyrosine er serineb

Question 15

Quels acides aminés aident a la formation de l’helice alpha

Answer 15

Alanine, leucine, metionine et acide glutamique

Question 16

Roue helicoidale les Aa tous les combien de degrés ?

Answer 16

100 degrés

Question 17

Quand c’est hydrophobe et hydrophile ?

Answer 17

Amphiphile

Question 18

Extrémité N et C de helice alpha que pasa ?

Answer 18

Les 4 premiers nh et 4 derniers co ne participent pas au pont H

Question 19

Que se passe t il au niveau des liaisons de la coiffe ?

Answer 19

Les nh du debut forment des ponts h avec les R
Les co de la fin forment des ponts h avec les nh suivants
Supplement interaction hydrophobe et non polaire

Question 20

A quoi sert la coiffe ?

Answer 20

Stabiliser les hélices (structure 2nd) et donc la protéine

Question 21

C’est quoi le motif d’une capping box et ses préférences ?

Answer 21

N’-Ncap-n1-n2-n3-n4
Ou ser-x-x-glu
Car ncap est thr ser ou asn
N3 est glu ou gln
Ils font des ponts h ncap-n3
N’-n4 = liaison hydrophobe

Question 22

Motifs de schellman ??

Answer 22

C4-c3-c2-c1-cap-c’-c’’
Ou c’’-c3 font ponts h et c2-c’ aussi
(Hydrophobe)
C’ est une GLYCINE confirmation de gauche

Question 23

A quoi peut servir la coiffe a part stabiliser ?

Answer 23

Relier des éléments de structure 2nd —> structure 3d
Grâce aux interactions hydrophobes

Question 24

C’est quoi un modif super helicoidale et ses caractéristiques ?

Answer 24

Plusieurs helice alpha par liaison hydrophobe
Forme une super helice gauche
Motif repete de 7 aa abcdefg ou a et d non polaire et e et g ions

Question 25

Le nb de residu d’une superhelice ?

Answer 25

3,5

Question 26

Un exemple de superhelice ?

Answer 26

Leucine zipper ou d = leucine

Question 27

Super helice a 4 faisceau ?

Answer 27

Four helix bundle

Question 28

Différentes topologies du four bundle ?

Answer 28

Parallèle ou antiparallèle

Question 29

Feuille beta 2 caractéristiques ?

Answer 29

Ponts H entre les brins
Chaine latéral R perpendiculaire au feuillet en haut et en bas

Question 30

Caractéristiques feuillet bêta parallèles ? Et anti parelleles ?

Answer 30

Ponts h decales
Ponts h alignes

Question 31

Les feuillets beta paralleles sont…

Answer 31

Plus regulier
Plus grand
Avec des angles plus petits

Question 32

Torsion beta ?

Answer 32

Torsion de 0 a 30 degres du feuillet entre chaque brin

Question 33

Courbure beta ?

Answer 33

Feuillet beta antiparalle courbe a cause d’un residu en + dans 1 chaine

Question 34

3 types de connexion d’un brin beta ?

Answer 34

Epingle a cheveux
Enjambement à droite
Enjambement a gauche (rare)

Question 35

Les boucles bêta facilitent quel genre de feuillet beta ?

Answer 35

Antiparallèle

Question 36

Donnez les caractéristiques des 2 types de boucles beta

Answer 36

Liason entre c=o 1 et nh n+3
Type 1 : phi 2 -60 psi 2 -30 phi 3 -90 psi 3 0
Type 2 : phi 2 -60 psi 2 120 phi 3 90 psi 3 0

Question 37

Quels sont les AA retrouves pour le residus 2 et 3 des boucles beta

Answer 37

2 proline
3 glycine

Question 38

C’est quoi la clef grecque ?

Answer 38

C’est juste un motif de 4 brins antiparallèles (mode de repliement)

Question 39

Les acides aminés préférés pour un feuillet beta ?

Answer 39

Aromatique et beta branche

Question 40

Les aa les moins préférées dans tous les systèmes ?

Answer 40

Proline et glycine

Question 41

Quels sont les types de pairs de residus dans les feuillets beta antiparallèles ?

Answer 41

Rapproché: entre les ponts H proches
Éloigné: entre les ponts h éloignés

Question 42

Dans un feuillet beta antiparallèles quels sont les résidus favoris et leur torsion ? Site rapproché

Answer 42

Torsion x1 non favorable
Des pairs +/-
Des gly/aromatique
Des val/aromatique
Des aromatique/aromtique

Question 43

Dans un feuillet beta antiparallèles quels sont les résidus favoris et leur torsion ? Site éloigné

Answer 43

Torsion x1 favorable
Des pairs +/-
Des cys/cys
Des val/val
Des thr/thr
Des pro/aromatique