Chap 2 Flashcards
Qu’est ce qui permet a une prot d’exercer sa fonction physiologique ?
Sa confirmation (structure 3D)
Ou se trouve les angles phi et psi et a combien de degrés ?
Phi entre le Calpha et le Nh3+
Psi entre le Calpha et le COO-
180 degrés
Qu’implique la planéité du lien peptidique ?
La chaîne peptidique a seulement 2 possibilités de rotation si on connaît psi et phi on connait tout
Certaines valeurs de psi et phi sont pas permises pk ? 3 raisons
Difference énergie conformation décalée et éclipsée
Encombrement stérique
Interaction non covalent des chaînes R
A quoi sert diagramme de ramachandran ?
Regrouper les valeurs de psi et phi pour voir lesquelles sont possibles en fonction de l’encombrent sterique
Quel est le residu qui n’est pas soumis a la regle de ramachandran et pk ?
Glycine car plus de rotation possible
Globalement quelles sont les angles favorisés pour les helice alpha et feuillet Beta ?
Helice alpha : phi de -50 a -60 et psi de -45
Feuillet beta : phi de -135 et psi de 135
Par quoi sont stabilisés les structures 2nd ?
Pont H
Helice alpha : nb de residus par tours ? Angles precis ? Longueur de 1 residu ? Pas de l’helice ? Ou sont les co et nh ? Comment sont ils orientés entre eux ? Ponts h avec qui ?
3,6 ; phi -60 et psi -45~-50 ; 1,5 A ; 0,54 nm ; a l’interieur ; de manière opposée ; co de i avec nh de i+4
C’est quoi le moment dipolaire de l’helice alpha ?
Charge partielle sue le Nt et negative sur le Ct
C’est quoi n d et p ?
N: nb unite par tour
P: pas helice
D = p/n : translation de l’helice par unité
Helice 3,10 : pas ? Angles ? Liaison H ? Pb ?
6 A ; phi -50 psi -30 ; entre co et nh de I+3 ; parfois chaine r font encombrement sterique
Quel acide aminé est un pb pour l’helice alpha et pk ?
La proline pck nh ne peut pas participer a la liaison cela créé un encombrement sterique et une déviation
Quels acides aminés n’aide pas a la formatin de helice alpha ?
Proline glycine tyrosine er serineb
Quels acides aminés aident a la formation de l’helice alpha
Alanine, leucine, metionine et acide glutamique
Roue helicoidale les Aa tous les combien de degrés ?
100 degrés
Quand c’est hydrophobe et hydrophile ?
Amphiphile
Extrémité N et C de helice alpha que pasa ?
Les 4 premiers nh et 4 derniers co ne participent pas au pont H
Que se passe t il au niveau des liaisons de la coiffe ?
Les nh du debut forment des ponts h avec les R
Les co de la fin forment des ponts h avec les nh suivants
Supplement interaction hydrophobe et non polaire
A quoi sert la coiffe ?
Stabiliser les hélices (structure 2nd) et donc la protéine
C’est quoi le motif d’une capping box et ses préférences ?
N’-Ncap-n1-n2-n3-n4
Ou ser-x-x-glu
Car ncap est thr ser ou asn
N3 est glu ou gln
Ils font des ponts h ncap-n3
N’-n4 = liaison hydrophobe
Motifs de schellman ??
C4-c3-c2-c1-cap-c’-c’’
Ou c’’-c3 font ponts h et c2-c’ aussi
(Hydrophobe)
C’ est une GLYCINE confirmation de gauche
A quoi peut servir la coiffe a part stabiliser ?
Relier des éléments de structure 2nd —> structure 3d
Grâce aux interactions hydrophobes
C’est quoi un modif super helicoidale et ses caractéristiques ?
Plusieurs helice alpha par liaison hydrophobe
Forme une super helice gauche
Motif repete de 7 aa abcdefg ou a et d non polaire et e et g ions
Le nb de residu d’une superhelice ?
3,5
Un exemple de superhelice ?
Leucine zipper ou d = leucine
Super helice a 4 faisceau ?
Four helix bundle
Différentes topologies du four bundle ?
Parallèle ou antiparallèle
Feuille beta 2 caractéristiques ?
Ponts H entre les brins
Chaine latéral R perpendiculaire au feuillet en haut et en bas
Caractéristiques feuillet bêta parallèles ? Et anti parelleles ?
Ponts h decales
Ponts h alignes
Les feuillets beta paralleles sont…
Plus regulier
Plus grand
Avec des angles plus petits
Torsion beta ?
Torsion de 0 a 30 degres du feuillet entre chaque brin
Courbure beta ?
Feuillet beta antiparalle courbe a cause d’un residu en + dans 1 chaine
3 types de connexion d’un brin beta ?
Epingle a cheveux
Enjambement à droite
Enjambement a gauche (rare)
Les boucles bêta facilitent quel genre de feuillet beta ?
Antiparallèle
Donnez les caractéristiques des 2 types de boucles beta
Liason entre c=o 1 et nh n+3
Type 1 : phi 2 -60 psi 2 -30 phi 3 -90 psi 3 0
Type 2 : phi 2 -60 psi 2 120 phi 3 90 psi 3 0
Quels sont les AA retrouves pour le residus 2 et 3 des boucles beta
2 proline
3 glycine
C’est quoi la clef grecque ?
C’est juste un motif de 4 brins antiparallèles (mode de repliement)
Les acides aminés préférés pour un feuillet beta ?
Aromatique et beta branche
Les aa les moins préférées dans tous les systèmes ?
Proline et glycine
Quels sont les types de pairs de residus dans les feuillets beta antiparallèles ?
Rapproché: entre les ponts H proches
Éloigné: entre les ponts h éloignés
Dans un feuillet beta antiparallèles quels sont les résidus favoris et leur torsion ? Site rapproché
Torsion x1 non favorable
Des pairs +/-
Des gly/aromatique
Des val/aromatique
Des aromatique/aromtique
Dans un feuillet beta antiparallèles quels sont les résidus favoris et leur torsion ? Site éloigné
Torsion x1 favorable
Des pairs +/-
Des cys/cys
Des val/val
Des thr/thr
Des pro/aromatique
