Chap 5 Flashcards
Qui a decouvert la RNase P ? Les ribozymes des introns 1 ?
Sydney Altman
Thomas R Cech
Les LncRNA ont combien de bases ?
Plus de 200
ARN ou proteine avant ?
ARN precurseur de la vie
De quoi est composé un nucléosides ?
Une base azotee liee a un pentose
4 caractéristiques sur les nucleosides ?
Base liee par une liaison glycosidique
Carbone de la liaison anomerique
Conformation anti ou syn
Pentose permet une plus grande solubilité dans l’eau
Comment c’est la nomenclature du nucleoside ?
Purine : osine
Pyrimidine : idine
Diff nucléoside et nucléotide ?
Nucleotide = phosphorylé
Connaitre les structures d’ACTGU
Notes
Les pka des bases N ?
5AMP 3,8 N1
5GMP 9,4 N1
2,4 N7
5CMP 4,5 N3
5UMP 9,5 N3
Qui a une plus grande diversité de conformation ? ARN ou ADN ?
ARN par son 2OH
Par quoi est determiné la capacité d’un ARN a exercer sa fonction ?
Structure 3D / conformation
Donnez les 3 types d’angles de torsions des acides nucléiques ?
Ceux qui définissent le trajet de la chaine (6) : alpha beta….
La conformation du ribose torsion endocyclique (5) : v0….
L’angle de glycosidique (X) donne l’orientation de la base par rapport au ribose
Quelles sont les conformations privilégiées ?
Décalées
Quelles sont les deux conformations possibles du ribose ?
Enveloppe E
Tordue T
Quelle est la conformation ideale de ARN de type A ?
C3’-endo (Nord)
Quelle est la conformation ideale de ADN de type B ?
C2’-endo (Sud)
Par quoi son stabilisee la formation de paires de bases ?
Ponts H (empilement de base dans les structures hélicoidales)
Que sont les paires non canoniques ?
Paires non watson crick ou GU wobble
C’est quoi la compilation geometrique de leontis et westhof ?
Classification des paires de bases selon la geometrie d’interaction des bases tel qu’observe dans les structures d’ARN (emphase isosterifite)
A quoi est utile la geometrie de leontis et westhof ? 2
Decrire precisement et sans ambiguïté les structures d’ARN
Pour l’identification des motifs basee sur les sequences d’ARN
Quels sont les paramètres essentiels pour specifier la geometrie dans leontis westhof ??
seulement 2 NECESSAIRES
les faces d’interactions des deux bases
L’orientation relative des liaisons glycosidique entre elles (cis trans)
Y’a ils d’autres paramètres accesoires ?? Pour Leontis West
Syn anti des liaisons glycosidiques
Orientation locale relative
Un exemple de paire canonique
Paire cis watson crick/watson crick
Dans l’ADN et l’ARN ou se trouvent les paires de bases ? Et les ribo-phosphates ?
Au centre
A l’extérieur
Qui a un sillon majeur plus large ? ADN B ou ARN A
ADN B
Qui a un sillon majeur plus profond ? ADN B ou ARN A
ARN A
Propriété phare des sillons majeur ?
Possède un grand potentiel pour la reconnaissance specifique de la sequence de l’acide nucléique (face hoogsten)
Quelle est la conséquence due au fait que le sillon majeur de l’ARN soit moins large que celui de l’Adn
Il peut pas permettre la penetration de l’helice alpha et feuillet beta pour reconnaissance ADN
Comment peut on remedier a l’etroitesse du sillon majeur de l’ARN A
paire de bases non canoniques
Bulge
= elargissement du sillon
3 facons de representer la structure 2nd de l’ARN
Graphe planaire
Diagramme en forme d’arc
Chaines de caractères
Qu’est ce qui definit la structure 3d face a la 2nd ?
Arrangement 3D avec double helice et motifs
Interactions tertiaires qui se forment si deux lignes se croisent sur le diagramme en forme d’arc
A quoi servent les regions non appariées dans 2nd ?
Contiennent des motifs structuraux qui servent a la formation de la 3D
