Bakteriegenetik och mobila element Flashcards
Vad innebär det att DNA-replikationen är bidirektionell?
Att den sker på båda strängarna samtidigt. Den sker även i flera replikationsbubblor samtidigt.
Beskriv skillnaden mellan var arvsmassan finns i cellen hos eukaryota celler jmf med bakterieceller
I eukaryota celler ligger den i cellkärnan, medan i bakterierna ligger den i en diffus, ej membranomsluten, region kallad nukleotid
Varför tar det ungefär lika lång tid för en bakterie att kopiera hela sitt genom som en människocell, trots att bakteriernas genom är mycket kortare?
För att bakterierna börjar sin replikation på ett ställe och fortsätter sedan tills den är klar medan human replikation påbörjas på många ställen samtidigt.
Nämn tre skillnader mellan prokaryot och eukaryot transkription
Prokaryoterna har:
1: ingen processning av mRNA, inga intron som ska klippas bort
2: polycistroniska mRNA (ett mRNA kodar för flera proteiner samtidigt efter varandra)
3: kopplad transkription-translation: translationen påbörjas innan mRNA:t är färdigt
Beskriv det bakteriella genomet (3 egenskaper)
- en enda, cirkulär, kromosom
- storlek mellan 0,5Mbp-14Mbp
- hög gendensitet (inga intron, kodande gener sitter tätt ihop)
Definiera pangenom
Det är alla gener som hittats inom en och samma bakterieart
Definiera coregenom
Det är de gemensamma generna som alla bakterier inom samma art delar
Definiera operon
En grupp med gener som avläses från en gemensam startpunkt på DNA (promoter) och regleras gemensamt. Är ofta länkade till samma funktion
Vad ingår i ett bakteriegenom?
kromosom(er) + plasmid(er), dvs det totala DNA-innehållet hos en bakterie
Vilka sorters gener kan man hitta på plasmider?
Gener som kodar för olika funktioner som INTE är livsnödvändiga för bakterien, tex resistens, virulensgener
Har alla bakterier plasmider?
Nej, men vissa kan ha många olika plasmider
Definera en transposon
ett mobilt genelement som kan förflytta sig inom DNA:t. Både inom kromosomen och mellan kromosomen och plasmiden.
Vad ingår i ett insertion sequence (IS)?
En kort sekvens kallad IR (inverted repeat) som transposaset känner igen och vet var den ska klippa, följt av transposasgenen, och sist ett IR igen, i omvänd sekvens till den första
Hur är en enkel transposon uppbyggd?
Inverted repeat (IR)
Transposas
Gen X
Gen Y
Inverted repeat
Hur är en composite transposon uppbyggd?
Insertion sequence (IR + transposas + IR)
Gen X
Gen Y
Gen Z
Insertion sequence
Definiera integroner
Genetiska strukturer som kan ansamla gener, som ett ”parkeringshus för gener”, som alla replikeras samtidigt
Sitter ofta i ett transposon eller plasmid så att många gener kan flyttas samtidigt
Vad är syftet med enzymet integras?
Det sätter in genkassetter i integronet
Definiera promotor
En genstruktur i integronet som när den aktiveras startar replikationen av alla integronets genkassetter
Vad är mutation strains?
Det är specifika bakterie-strains som fått fel i sin replikation vilket orsakar många fler mutationer. Lite som cancer
Vilka är de tre huvudsakliga mekanismerna för horisontell genöverföring?
Konjugation, transduktion, transformation
Vad är syftet med restriktionsenzymer och hur fungerar de (kortfattat)?
De är bakterieförsvar mot främmande DNA. De känner igen och klyver en specifik DNA-sekvens så att den inte kan påverka bakterien. Ofta skydd mot virus
Förklara kortfattat konjugation
Överföring av DNA mellan två bakterier via en kanal (mating pair formation), kräver närkontakt
Definiera en konjugerbar plasmid
En plasmid som bär på alla komponenter för att kunna överföras till en annan bakterie
Definiera en mobiliserbar plasmid
En plasmid som innehar några av de komponenter som krävs för överföring, men behöver ta hjälp av en konjugerbar plasmid för att överföras
