Variabilité Génome (Sablo) Flashcards
Différence entre mutation et polymorphisme?
- Les mutations: la variation est responsable d’une maladie
- Polymorphisme: variations abondamment réparties dans la population du génome
Quelles sont les variations les plus fréquentes du génome?
Les SNP
Comment différenciait-on autrefois mutation de polymorphisme?
On disait autrefois que mutation = <1%, et si >1% polymorphisme, mais maintenant ce n’est plus d’actualité.
Combien (en %) peut-on observer au maximum de différence entre le génome de deux êtres humains?
1%
Combien y a-t-il de différence entre le génome de l’homme et celui du chimpanzé? De la souris?
Chimpanzé: 4%
Souris: 20%
Combien existe-t-il environ de maladies génétiques?
environ 6000
Les maladies génétiques sont-elles des phénomènes fréquents?
Non, elles sont rares
Quelle est la maladie génétique la plus fréquente en France?
La mucoviscidose (1 sur 2000)
Un exemple de maladie génétique très rare?
la progeria: les enfants qui ont l’air de vieillards (60 familles dans le monde entier)
Quelle est la différence entre mutation et facteur de risque?
Mutation = nécessaire et suffisant à l’apparition de la maladie génétique
Facteur de risque = polymorphisme augmentant la prédisposition à telle ou telle maladie
Un exemple de polymorphisme facteur de risque?
le cancer du sein, avec les gènes BRCA1 et BRCA2, que l’on retrouve chez 6% des cancers du sein
A quelle taille de variation parle-t-on de variation à échelle moléculaire? Sub-microscopique? Microscopique?
- A l’échelle moléculaire: <1000 nt
- Variations intermédiaires, ou sub-microscopiques: entre 1 et 3000 kilobases
- Les variations microscopiques: cytogénétiques ou chromosomiques >3 M bases
Liste des variations observables à l’échelle moléculaire?
- SNP
- Mutations
- Indels
- Variations de séquences répétées (micro-satellites)
- Variation Nombre de Copis (CNV)
Quel est le type de mutation le plus fréquent?
Mutations ponctuelles, 1 base transformée en une autre
Qu’est-ce qu’une mutation synonyme? Une mutation non-synonyme?
- synonymes: aucun AA n’est modifié
* Non synonymes: modification des AA
Les deux types de mutations non-synonymes?
- Les non-sens: mutation va entraîner un codon stop, et la protéine va s’arrêter prématurément et être détruite
- Les faux-sens: pas le bon AA synthétisé
Quels sont les deux types de mutations en faux-sens? Lequel est le plus grave?
◦ Conservatives un AA de la même classe d’AA → C’est OK
◦ Non conservative: On change un type d’AA par un autre qui a une fonction différente → + grave
Des variations au niveau du nombre de micro-satellites sont-elles inquiétantes?
Non, très fréquentes et rarement des mutations
Un exemple de CNV?
l’AMY1, qui permet de digérer l’amidon, le nombre de copies a bien augmenté depuis que l’homme mange des céréales
Quelles sont les variations intermédiaires, ou sub-microscopiques?
CNV: la majorité <10 kilobases, et la plupart sont des duplications en tandem
Comment observe-t-on les variations microscopiques?
On arrive à colorer le chromosome en bandes claires et foncées, ce qui permet de repérer les anomalies
proportion des variations microscopiques par rapport à la taille des chromosomes?
Le + petit chromosome fait à peu près 45 M bases, et 3M bases (taille des variations microscopiques) c’est 1% du chr 1. Il peut y avoir des cassures, des micro-délétions…
D’où les mutations peuvent-elles provenir?
– Il existe des facteurs pouvant encourager les mutations: ex: exposition répétée au soleil→ cancer de la peau
– Il y a aussi des mutations naturelles, dues à des erreurs de réplication d’ADN.
Comment sont formés les micro-satellites?
Dans la double-hélice: l’ARN dérape et recopie deux fois une paire de nucléotides, et ça donne les micro-satellites → dérapage de recopiage
Un mécanisme pouvant entraîner une variation de séquences répétées?
mécanismes de recombinaison à la méiose: crossing-overs inégaux qui peuvent entraîner une variation des séquences répétées.
Deux exemples ou les micro-satellites peuvent être à l’origine d’une maladie?
- beaucoup de répétitions sur le FMR1 peuvent engendrer la maladie du X fragile.
- La chorée de Huntington: très rare, on a chez eux un saut brusque du nombre de répétitions. La cellule s’aperçoit que la protéine est trop longue, alors elle la dégrade.
MNEMO: éphémère 1
Trois exemples de conséquences médicales des CNV?
– syndrome de Williams-Bfuren, délétion d’1,5 mégabase
– Parkinson: duplication du gène de la synucléine, protéine toxique pour le cerveau
– Alzheimer: duplication de l’APP, qui fabrique un déchet qui, s’il est mal éliminé, provoquera Alzheimer.
