Variabilité génétique

Question 1

Comment sommes-nous différents?

Answer 1

Apparence, préférence, réponse è l’environnement et susceptibilité à la maladie

Question 2

Comment peut être la variabilité génétique?

Answer 2

bénéfique, neutre ou néfaste

Question 3

% génome identique entre 2 individus

nb pb différentes?

Answer 3

99,8%

6 millions (1pb pour chaque 1000 pb)

Question 4

Types de différence dans le génome

Answer 4

SNP: 1 à tous les quelques 100pb
Petites indels: 1 toutes les kb
Répétition simple de type microsatellite (STR): 1 toutes les quelques kb
minisatellites: 1 toutes les quelques kb
gènes répétés: rRNA, histones
Grandes inversions ou délétions: CNV

Question 5

Synonyme de CNV

Answer 5

CNP: Copy number polymorphisms

Question 6

CNA

Answer 6

Copy number aberrations ou alterations

Question 7

Fréquence des SNP

Answer 7

1 sur 300 bp

1 000 000 SNP communs chez l’humain

Question 8

Que sont généralement les allèles triples de SNP?

Answer 8

Erreur de génotypage

Question 9

La probabilité d’une mutation récurrente affectant le même locus est…

Answer 9

faible

Question 10

Qu’est-ce qu’un haplotype?

Answer 10

Groupe de SNP lié sur le même segment chromosomique

Question 11

Types de SNP

Answer 11

rSNP: régulateur
iSNP: intronique
cSNP: codant
gSNP: génomique

Question 12

Types d’impact d’un SNP

Answer 12

Quantitatif (région non-codante)

Qualitatif: plus difficile à traiter

Question 13

Cycle de vie d’un SNP

Answer 13

Apparition d’un nouveau variant
Survie d’un allèle rare è cause d’un effet bottleneck
Élévation de la fréquence allélique
Nouveau SNP

Question 14

Progression du VIH

Answer 14

Infection virale qui nécessite des récepteurs cellulaire

Hétérozygotes d’une délétion pour le gène d’un récepteur: 10% des Européens possèdent une protection naturelle (ralentit son évolution)
Homozygote: 1% des caucasiens résistent à l’infection

Les porteurs de del(CCR5) étaient résistant è la peste et la variole

Question 15

Cartes du projet génome humain

Answer 15

Génétique (1996): marqueur de polymorphisme qui sont suivis sur les chromosomes à travers les méioses

Physique (1998): On ordonne les chromosomes

Question 16

% de répétition du génome et de protéines

Answer 16

50%

3% protéines et la moitié d’exons

Question 17

Types de maladie

Answer 17

Mendélienne ou gène causal

Complexe ou gène de susecptiblité

Question 18

Caractéristiques des maladies mendéliennes

Answer 18

1 gène mène à la maladie
mode de transmission identifiable
Un gène par famille
Maladie rare: 6000, 50 représentent 80% des cas (myopathie, thalassémie)

Question 19

Caractéristiques des maladies complexes

Answer 19

Gène modifie le risque
Pas de mode de transmission clairement identifiable
Implique plusieurs gènes
Maladies communes dans la population: cancer, troubles cardio-vasculaires

Question 20

Férquence de la DMD

Answer 20

1 garçon par 3500 naissances mâles

1985

Question 21

Fréquence de la fibrose kystique

Answer 21

1 enfant sur 2000

1989

Question 22

Fréquence du cancer du sein héréditaire (BRCA1)

Answer 22

1 femme sur 9 développera un cancer du sein
5% héréditaire

1994

Question 23

Pour quoi fonctionne bien l’analyse de liaison (linkage)?

Answer 23

Maladies mendéliennes

Utilisation de familles pour suivre la co-ségrégation de la maladie
fonctionne mieux pour les grandes familles

Question 24

Analyse pour les maladies complexes

Answer 24

Études d’association

Design cas-contrôle, de cohorte, familial (TDT, trio parental)

Question 25

Types d’étude d’association

Answer 25

Pangénomique (GWAS)

Gène candidat

Question 26

Faux positif et cibles manquées pour les études d’association

Answer 26

Pangénomique: plusieurs faux positifs et peu de cibles manquées
Candidat: plus de cibles manquées, moins de faux positifs

Question 27

Stratégie pour étude pangénomique

Answer 27

Échantillon (100-1000)
Génotypage avec des chips commerciales
Analyse statistique de chaque SNP
Calcul de la valeur p de chaque SNP

Question 28

Que faut-il faire pour valider les résultats d’un GWAS?

Answer 28

Faire des études avec des cohortes indépendantes

+ de degrés de liberté et + de faux positifs

Question 29

Rôle de la pharmacogénétique

Answer 29

Détecter les individus qui auront es effets non-désirés
Déterminer la dose appropriée
Détecter les individus dont le médicament n’aidera pas

Question 30

Potentiel de la génétique

Answer 30

Maintenant: médecine personnalisée avec des tests génétiques

• pharmacogénétique
• diagnostic moléculaire et médecine prédictive

Bientôt: traitement plus éclairé selon la classification génétique de la maladie

Futur: médecine préventive
Prédisposition génétiques aux maladies complexes