Transkriptionell genreglering

Question 1

För vad är kärnporen genomsläpplig för?

Answer 1

Vatten och partiklar som är mindre än 50 kD

Question 2

Till vad är yttre och inre kärnmembranet anslutet till?

Answer 2

Yttre - direkt anslutet till ER

Inre - anslutet till laminer som stabiliserar membranet.

Question 3

Vad består kärnporen av?

Answer 3

Ekrar, centraltransportör, nukleoporiner, cytosoliska fibrillare, kärnkorg.

Question 4

Vad är NLS?

Answer 4

Nuclear localization signal - en signal som framträder på protein som ska in i kärnan.

Question 5

Förklara översiktligt hur ett protein tar sig in i kärnan:

Answer 5

1. Proteinet har en NLS-signal
2. Importin binder in till proteinet.
3. Komplexet “hoppar” genom nukleoporinerna
4. G-proteinet Ran-GTP sätter sig på importinet så att proteinet frigörs
5. Importinet och Ran-GTP hoppar ut till cytoplasman.
6. RAN-GAP kliver in och spjälkar RAN-GTP till Ran-GDP + Pi, vi får fritt importin som kan återanvändas.

Obs! Ran-GDP kan även det hoppa in i kärnan igen så att ett Ran-GEF kan göra det till ett Ran-GTP igen.

Question 6

Förklara översiktligt hur ett protein tar sig ut ur kärnan:

Answer 6

1. Proteinet uppvisar en “nuclear export signal”.
2. Proteinet tillsammans med Ran-GTP binder in till exportin.
3. Exportinet åker ut ur kärnan genom nukleoporinerna.
4. Ett Ran-GAP spjälkar Ran-GTP till Ran-GDP + Pi så att proteinet lossnar och exportinet frigörs.
5. Exportinet kan ta sig in i kärnan igen för att återanvändas.

Question 7

Vad är cargo?

Answer 7

Ett protein med en “export-signal”.

Question 8

Vad är en aktivator?

Answer 8

Transkriptionsfaktorn som binder till enhancern.

Question 9

Vad är en repressor?

Answer 9

Transkriptionsfaktorn som binder till en silencer

Question 10

Vad har mediatorn för funktion?

Answer 10

Mediatorn reglerar transkriptionsfrekvensen av olika gener genom att föra ihop de aktiverande transkriptionsfaktorer som är bundna till enhancersekvenser nära genen. Det rekryterar även funktionella komponenter för transkription, såsom RNA-polymeraser, som behövs för att genomföra transkriptionen

Question 11

Vad finns det för typer av transkriptionsfaktorer? Ge fem exempel.

Answer 11

Leucine-zippers, helix-loop-helix, helix-böj-helix, homeodomänproteiner och Zn-finger.

Question 12

Hur kan kromatinremodellering ske?

Answer 12

Det kan ske genom att ett kromatik remodeleringskomplex rekryteras till nukleosomerna som då öppnar upp sig.

Question 13

Hur kan reader-writer-effekten stanna av?

Answer 13

Genom en barriär.

Question 14

Ge fyra exempel på histonmodifieringar.

Answer 14

1. Acetyleringar/deacetyleringar
2. Metyleringar
3. Fosforyleringar
4. Ubiquitineringar

Question 15

Vad leder acetylering av lycin till?

Answer 15

Lycin tappar sin positiva laddningen vilket gör att histonerna inte kan agera med andra histoner. Vi får alltså eukromatin.

Question 16

Leder metylering av H3K4, H3K9 och H3K27 till eukromatin eller heterokromatin?

Answer 16

H3K4 - eukromatin

H3K9, H3K27 - heterokromatin

Question 17

Hur går aktivering av genuttryck till?

Answer 17

1. Aktivator binder till enhancer
2. Aktivatorn rekryterar kromatinremodellerande och histonmodifierande enzymer
3. Heterokromatin övergår till eukromatin
4. Fler aktivatorer binder in
5. Mediatorn binder in
6. Generella transkriptionsfaktorerna rekryteras och aktiveras

Question 18

Vilka tre sätt kan repressorn verka?

Answer 18

1. Kompititiv bindning genom att ta aktivatorns bindningsställe
2. Maskering av aktivatorns aktiva yta
3. Direkt interaktion till de generella transkriptionsfaktorerna

Question 19

Nämn tre promotorer för generell transkriptionsinitiering.

Answer 19

1. TATA
2. Initiatorer
3. CG-element

Question 20

Nämn olika typer av reglering för transkription.

Answer 20

Syntes, dimerisering, fosforylering/defosforylering, ligandbindning, proteolys, inhibitor, kärntransport.

Question 21

Vilka delar består steroidreceptorn av?

Answer 21

Aktiverande domän (AD), DNA-bildande domän (DBD) samt ligandbindande domän (LBD). I inaktivt tillstånd finns även en inhibitor bunden.

Question 22

Hur aktiveras steroidreceptorn?

Answer 22

En ligand binder in vilket gör att inhibitorn släpper, receptorn går sedan in i kärnan där den dimeriseras och binder till DNA:t. Detta ger förändrad transkription.

Question 23

Vad är NF-kB?

Answer 23

SVARA PÅ DENNA SEN

Question 24

Vad är AP-1?

Answer 24

Det är en dimer av fos och jun som går in i kärnan och startar transkription av gener.

Question 25

Vad är STAT?

Answer 25

Det är en transkriptionsfaktor som fosforyleras och dimeriseras för att gå in i kärnan och öka transkription.