Transkriptionell genreglering Flashcards
För vad är kärnporen genomsläpplig för?
Vatten och partiklar som är mindre än 50 kD
Till vad är yttre och inre kärnmembranet anslutet till?
Yttre - direkt anslutet till ER
Inre - anslutet till laminer som stabiliserar membranet.
Vad består kärnporen av?
Ekrar, centraltransportör, nukleoporiner, cytosoliska fibrillare, kärnkorg.
Vad är NLS?
Nuclear localization signal - en signal som framträder på protein som ska in i kärnan.
Förklara översiktligt hur ett protein tar sig in i kärnan:
- Proteinet har en NLS-signal
- Importin binder in till proteinet.
- Komplexet “hoppar” genom nukleoporinerna
- G-proteinet Ran-GTP sätter sig på importinet så att proteinet frigörs
- Importinet och Ran-GTP hoppar ut till cytoplasman.
- RAN-GAP kliver in och spjälkar RAN-GTP till Ran-GDP + Pi, vi får fritt importin som kan återanvändas.
Obs! Ran-GDP kan även det hoppa in i kärnan igen så att ett Ran-GEF kan göra det till ett Ran-GTP igen.
Förklara översiktligt hur ett protein tar sig ut ur kärnan:
- Proteinet uppvisar en “nuclear export signal”.
- Proteinet tillsammans med Ran-GTP binder in till exportin.
- Exportinet åker ut ur kärnan genom nukleoporinerna.
- Ett Ran-GAP spjälkar Ran-GTP till Ran-GDP + Pi så att proteinet lossnar och exportinet frigörs.
- Exportinet kan ta sig in i kärnan igen för att återanvändas.
Vad är cargo?
Ett protein med en “export-signal”.
Vad är en aktivator?
Transkriptionsfaktorn som binder till enhancern.
Vad är en repressor?
Transkriptionsfaktorn som binder till en silencer
Vad har mediatorn för funktion?
Mediatorn reglerar transkriptionsfrekvensen av olika gener genom att föra ihop de aktiverande transkriptionsfaktorer som är bundna till enhancersekvenser nära genen. Det rekryterar även funktionella komponenter för transkription, såsom RNA-polymeraser, som behövs för att genomföra transkriptionen
Vad finns det för typer av transkriptionsfaktorer? Ge fem exempel.
Leucine-zippers, helix-loop-helix, helix-böj-helix, homeodomänproteiner och Zn-finger.
Hur kan kromatinremodellering ske?
Det kan ske genom att ett kromatik remodeleringskomplex rekryteras till nukleosomerna som då öppnar upp sig.
Hur kan reader-writer-effekten stanna av?
Genom en barriär.
Ge fyra exempel på histonmodifieringar.
- Acetyleringar/deacetyleringar
- Metyleringar
- Fosforyleringar
- Ubiquitineringar
Vad leder acetylering av lycin till?
Lycin tappar sin positiva laddningen vilket gör att histonerna inte kan agera med andra histoner. Vi får alltså eukromatin.
Leder metylering av H3K4, H3K9 och H3K27 till eukromatin eller heterokromatin?
H3K4 - eukromatin
H3K9, H3K27 - heterokromatin
Hur går aktivering av genuttryck till?
- Aktivator binder till enhancer
- Aktivatorn rekryterar kromatinremodellerande och histonmodifierande enzymer
- Heterokromatin övergår till eukromatin
- Fler aktivatorer binder in
- Mediatorn binder in
- Generella transkriptionsfaktorerna rekryteras och aktiveras
Vilka tre sätt kan repressorn verka?
- Kompititiv bindning genom att ta aktivatorns bindningsställe
- Maskering av aktivatorns aktiva yta
- Direkt interaktion till de generella transkriptionsfaktorerna
Nämn tre promotorer för generell transkriptionsinitiering.
- TATA
- Initiatorer
- CG-element
Nämn olika typer av reglering för transkription.
Syntes, dimerisering, fosforylering/defosforylering, ligandbindning, proteolys, inhibitor, kärntransport.
Vilka delar består steroidreceptorn av?
Aktiverande domän (AD), DNA-bildande domän (DBD) samt ligandbindande domän (LBD). I inaktivt tillstånd finns även en inhibitor bunden.
Hur aktiveras steroidreceptorn?
En ligand binder in vilket gör att inhibitorn släpper, receptorn går sedan in i kärnan där den dimeriseras och binder till DNA:t. Detta ger förändrad transkription.
Vad är NF-kB?
SVARA PÅ DENNA SEN
Vad är AP-1?
Det är en dimer av fos och jun som går in i kärnan och startar transkription av gener.
Vad är STAT?
Det är en transkriptionsfaktor som fosforyleras och dimeriseras för att gå in i kärnan och öka transkription.
