Post-transkriptionell genreglering Flashcards
Vad menas med post-transkriptionell reglering?
Det som regleras efter transkriptionen innan translationen
Vad händer vid höga guanin-halter i genen?
RNA-polymeras slutar arbeta
Varför är 5’ cap så viktigt?
- Förhindrar mRNA degredering
- Hjälper till vid mRNA-splicing
- Reglerar mRNA export
- Viktig för translationen
Vilka två signaler behövs för polyadenylering?
- AAUAAA (polyA-signal)
2. CA (polyA-site) där mRNA:t klyvs och adenin adderas.
Vad är CPSF och CstF?
Cleavage and polyadenylation specificity factor som binder till AAUAAA och Cleavage Stimulatory factor som binder till GU-rika området inför polyadenylering.
Vad är PAP?
PolyA-polymeras som adderar ca 200-250 avenyn till 3’-änden.
Vad är PBP?
PolyA-binding protein som binder till PolyA för att stabilisera mRNA:t.
Vad är alternativ polyadenylation?
Det är när det väljs mellan ett starkt polyAsite och ett svagt polyA-site. Detta kan ge olika protein.
Vad har polyadenylering för funktion?
- Förhindrar mRNA degredering
- Hjälper mRNA splicing
- Viktigt för mRNA translationen
Vad är det för skillnad på konstitutiv splicing och alternativ splicing?
I konstitutiv splicing är alla eoner inkorporerade till mRNA:t medan i alternativ splicing är det ett selektivt urval av exone.
Hur många introner och exoner innehåller en typisk mänsklig gen?
9 exoner (ca 145 baser långa) 8 introner (ca 3400 baser långa)
Vad behövs för en korrekt splicing?
Pre-mRNA, spliceosom (snRNPs + proteiner), trans-splicing factors (splicing activator/repressor proteins)
Vad är 5’ och 3’ splice site?
Det är mellan exon-intron samt intron-exon där intronen ska spliceas bort.
Vad består snRNP:s av?
snRNA, 7 st Sm-proteiner, ett specifikt protein
Vart binder U1 och U2 in i splicingprocessen?
U1 binder in till 5’ splice site och U2 binder in till branch point. Dessa två proteiner kommunicerar med varandra.
Hur kontrolleras splicing?
Bland annat med hjälp av aktivatorer och repressorer som binder till exonerna eller intronerna.
Vad är Spinal muscular atrophy (SMA)?
Det är en neurodegenerativ sjukdom som påverkas av genvarianten SMN2. Denna har en frigjord aktivator på grund av en C/U-mutation. Detta gör att splicosomen klipper bort för mycket av genen.
Vad är AONs och vad kan man använda dem till?
Synthetic antisens olgionucleotides - Små syntetiska RNA eller DNA-molekyler som kan hybridiseras till RNA. Dessa kan användas till att behandla SMA-patienter.
Vad menas med RNA-editing?
Med det menas att sekvensen kan modifieras så att det ger ett nytt protein. Det vanligaste är A till G och C till U.
Vad är ADAR?
Adenosin deaminas som är ett enzym som tarbort en kvävegrupp och sätter på en syre och gör A till I (G).
Vad är APOBEC?
Ett enzym som deltar i C till U-editing. Detta leder till ett kortare protein.
Vilken typ av G-protein kontrollerar den nukleära transporten?
Ran
Hur går exporten av mRNA till? (förenklat)
- 5’cap, splicing och polyadenylering behövs för utträde.
- En adaptor fäster till mRNA:t (Aly/ref)
- En export-receptor binder till adaptorn (TAP/p15) så att mRNA:t kan åka ut genom poren.
Förklara översiktligt hur det fungerar med retrovirus.
ORKAR INTE SVARA ÄN
Hur lokaliserar mRNA:t rätt i cytoplasman?
Oftast används mRNA:ts 3’ UTR sekvens som en “zip code” och guidar mRNA:t rätt.
Hur startar degrederingen av mRNA?
Med förkortning av polyA-svansen. Sedan kommer mRNA:t börja brytas ned antingen genom exonnukleas från 5´änden eller från 3´änden.
Hur kan mRNA brytas ned från mitten?
Med hjälp av endonukleaser.
Vad är P-bodies?
Det finns i cytoplasman och innehåller enzymer och exonuclease.
Vad menas med RNAi (RNA interference)?
Att små RNA inhiberar genuttryck eller translation av mRNA:t.
Vad är miRNA?
Det är en liten regulatorisk icke-kodande RNA-molekyl. Det finns tre former: pri-miRNA, pre-miRNA och mature-miRNA. Processen kräver Drosha, dicer och argonaute.
Vad är ett RISC-komplex? (miRNA)
Det är ett multiprotein som består av miRNA och argonaute.
Hur kan miRNA reglera genuttryck?
Antningen degradera (perfekt matchning) eller stoppa translationen (delvis matchning)
Vad är seed region?
Det är viktigt för att miRNA ska kunna binda till mRNA.
Hur genereras vanligtvis siRNA?
Från virusinfektioner.
Hur fungerar siRNA?
siRNA jobbar som en effektiv antiinfektion. siRNA:t klyvs med hjälp av dicer, detta sätts sedan in i ett RISC-komplexet. Detta kan sedan gå in i RNA och fungera som en antivirus mekanism.
Vad är ett RITS-komplex?
Det består av siRNA som bundit till argonaute. RITS attackerar RNA som fortfarande håller på att transkriberas och inducerar histonmetylering.
Vad är IncRNA?
Det är långt RNA som inte kodar för protein. Man tror att det är skräp, men det kan ha några funktioner såsom att hålla ihop olika proteiner och guida dem till RNA eller DNA. Det kan också påverka transkriptionen av gener på samma kromosom eller på andra kromosomer.
