Post-transkriptionell genreglering

Question 1

Vad menas med post-transkriptionell reglering?

Answer 1

Det som regleras efter transkriptionen innan translationen

Question 2

Vad händer vid höga guanin-halter i genen?

Answer 2

RNA-polymeras slutar arbeta

Question 3

Varför är 5’ cap så viktigt?

Answer 3

1. Förhindrar mRNA degredering
2. Hjälper till vid mRNA-splicing
3. Reglerar mRNA export
4. Viktig för translationen

Question 4

Vilka två signaler behövs för polyadenylering?

Answer 4

1. AAUAAA (polyA-signal)

2. CA (polyA-site) där mRNA:t klyvs och adenin adderas.

Question 5

Vad är CPSF och CstF?

Answer 5

Cleavage and polyadenylation specificity factor som binder till AAUAAA och Cleavage Stimulatory factor som binder till GU-rika området inför polyadenylering.

Question 6

Vad är PAP?

Answer 6

PolyA-polymeras som adderar ca 200-250 avenyn till 3’-änden.

Question 7

Vad är PBP?

Answer 7

PolyA-binding protein som binder till PolyA för att stabilisera mRNA:t.

Question 8

Vad är alternativ polyadenylation?

Answer 8

Det är när det väljs mellan ett starkt polyAsite och ett svagt polyA-site. Detta kan ge olika protein.

Question 9

Vad har polyadenylering för funktion?

Answer 9

1. Förhindrar mRNA degredering
2. Hjälper mRNA splicing
3. Viktigt för mRNA translationen

Question 10

Vad är det för skillnad på konstitutiv splicing och alternativ splicing?

Answer 10

I konstitutiv splicing är alla eoner inkorporerade till mRNA:t medan i alternativ splicing är det ett selektivt urval av exone.

Question 11

Hur många introner och exoner innehåller en typisk mänsklig gen?

Answer 11

9 exoner (ca 145 baser långa)
8 introner (ca 3400 baser långa)

Question 12

Vad behövs för en korrekt splicing?

Answer 12

Pre-mRNA, spliceosom (snRNPs + proteiner), trans-splicing factors (splicing activator/repressor proteins)

Question 13

Vad är 5’ och 3’ splice site?

Answer 13

Det är mellan exon-intron samt intron-exon där intronen ska spliceas bort.

Question 14

Vad består snRNP:s av?

Answer 14

snRNA, 7 st Sm-proteiner, ett specifikt protein

Question 15

Vart binder U1 och U2 in i splicingprocessen?

Answer 15

U1 binder in till 5’ splice site och U2 binder in till branch point. Dessa två proteiner kommunicerar med varandra.

Question 16

Hur kontrolleras splicing?

Answer 16

Bland annat med hjälp av aktivatorer och repressorer som binder till exonerna eller intronerna.

Question 17

Vad är Spinal muscular atrophy (SMA)?

Answer 17

Det är en neurodegenerativ sjukdom som påverkas av genvarianten SMN2. Denna har en frigjord aktivator på grund av en C/U-mutation. Detta gör att splicosomen klipper bort för mycket av genen.

Question 18

Vad är AONs och vad kan man använda dem till?

Answer 18

Synthetic antisens olgionucleotides - Små syntetiska RNA eller DNA-molekyler som kan hybridiseras till RNA. Dessa kan användas till att behandla SMA-patienter.

Question 19

Vad menas med RNA-editing?

Answer 19

Med det menas att sekvensen kan modifieras så att det ger ett nytt protein. Det vanligaste är A till G och C till U.

Question 20

Vad är ADAR?

Answer 20

Adenosin deaminas som är ett enzym som tarbort en kvävegrupp och sätter på en syre och gör A till I (G).

Question 21

Vad är APOBEC?

Answer 21

Ett enzym som deltar i C till U-editing. Detta leder till ett kortare protein.

Question 22

Vilken typ av G-protein kontrollerar den nukleära transporten?

Answer 22

Ran

Question 23

Hur går exporten av mRNA till? (förenklat)

Answer 23

1. 5’cap, splicing och polyadenylering behövs för utträde.
2. En adaptor fäster till mRNA:t (Aly/ref)
3. En export-receptor binder till adaptorn (TAP/p15) så att mRNA:t kan åka ut genom poren.

Question 24

Förklara översiktligt hur det fungerar med retrovirus.

Answer 24

ORKAR INTE SVARA ÄN

Question 25

Hur lokaliserar mRNA:t rätt i cytoplasman?

Answer 25

Oftast används mRNA:ts 3’ UTR sekvens som en “zip code” och guidar mRNA:t rätt.

Question 26

Hur startar degrederingen av mRNA?

Answer 26

Med förkortning av polyA-svansen. Sedan kommer mRNA:t börja brytas ned antingen genom exonnukleas från 5´änden eller från 3´änden.

Question 27

Hur kan mRNA brytas ned från mitten?

Answer 27

Med hjälp av endonukleaser.

Question 28

Vad är P-bodies?

Answer 28

Det finns i cytoplasman och innehåller enzymer och exonuclease.

Question 29

Vad menas med RNAi (RNA interference)?

Answer 29

Att små RNA inhiberar genuttryck eller translation av mRNA:t.

Question 30

Vad är miRNA?

Answer 30

Det är en liten regulatorisk icke-kodande RNA-molekyl. Det finns tre former: pri-miRNA, pre-miRNA och mature-miRNA. Processen kräver Drosha, dicer och argonaute.

Question 31

Vad är ett RISC-komplex? (miRNA)

Answer 31

Det är ett multiprotein som består av miRNA och argonaute.

Question 32

Hur kan miRNA reglera genuttryck?

Answer 32

Antningen degradera (perfekt matchning) eller stoppa translationen (delvis matchning)

Question 33

Vad är seed region?

Answer 33

Det är viktigt för att miRNA ska kunna binda till mRNA.

Question 34

Hur genereras vanligtvis siRNA?

Answer 34

Från virusinfektioner.

Question 35

Hur fungerar siRNA?

Answer 35

siRNA jobbar som en effektiv antiinfektion. siRNA:t klyvs med hjälp av dicer, detta sätts sedan in i ett RISC-komplexet. Detta kan sedan gå in i RNA och fungera som en antivirus mekanism.

Question 36

Vad är ett RITS-komplex?

Answer 36

Det består av siRNA som bundit till argonaute. RITS attackerar RNA som fortfarande håller på att transkriberas och inducerar histonmetylering.

Question 37

Vad är IncRNA?

Answer 37

Det är långt RNA som inte kodar för protein. Man tror att det är skräp, men det kan ha några funktioner såsom att hålla ihop olika proteiner och guida dem till RNA eller DNA. Det kan också påverka transkriptionen av gener på samma kromosom eller på andra kromosomer.