Tema 6F - Sesgo en el uso de codones Flashcards
Define eficacia de traducción
Nº de copias de proteína sintetizadas a partir de la msima copia de mRNA por unidad de tiempo
Combinando el sesgo en el uso de codones con un tRNAoma variable se consigue controlar la expresión génica
V
¿Cómo puede el usoo de codones no óptimos reducir la eficacia de traducción?
Al avanzar más lentos los tribosomas (tardan más en unir un aa-tRNA poco abundante) se van acumulando y pueden llegar a generar una “cola” de ribosomas “atascados” que bloquean la unión de nuevos ribosomas
El término “optimalidad de un codón” hace referencia a qué tan bien se ajusta el codón en cuestión a la disponibilidad en la célula de tRNAs capaces de decodificarlo de manera eficiente.
V
El emparejamiento Watson-Crick (si hay o no balanceo) es lo que determina la velocidad de elongación
F
La velocidad de traducción no está determinada unifactorialmente. Le afectas:
- Modificaciones en los tRNAs
- El balaceo
- La optimalidad de codones –> abundancia de tRNAs que reconocen los codones del mRNA en cuestón
Propón formas de ralentizar la traducción en relación al uso de codones
- Usar codones no óptimos para los cuales hay pocos tRNAs “cognate”
- Usar codones que solo son reconocidos por tRNAs con los que haya wobble pairing
- Disponer estos codones secuencialemente (efectos sinérgicos)
Aumentar la [tRNAs poco abundantes] es positivo para la traducción de proteínas cuyos mRNAs tienen muchos codones subóptimos
F
Una velocidad lenta de traducción como consecuencia de un uso de codones subóptimos puede permitir:
- Plegamiento co-traduccional
- Traslocación co-traduccional a través de membranas. Da tiempo a interaccionar con proteínas necesarias.
- Ayudar a distribuir adecuadamente los ribosomas en traducción sobre el mRNA. Por ejemplo: en genes que se expresan mucho, inmediatamente tras el AUG de inicio suele haber 30-50 codones no óptimos. Esta “rampa de traducción” evita aglomeraciones / colisiones de ribosomas en el resto del transcrito.
AA en posiciones conservadas suelen ser codificados por codones óptimos
V
Optimal codons are less prone to reading errors because they correspond to tRNA species with a high cognate:near-cognate tRNA ratio, ensuring high translation fidelity
Las mutaciones que generan codones sinónimos son neutras
F
Aunque codifique para el mismo aa, si requiere de un tRNA distinto puede tener consecuencias sobre el nivel de expresión de la proteína, o su plegamiento o localización en la célula, por afectar la optimalidad del codón.
Las proteínas que se expresan a alto nivel (en un sistema biológico dado) generalmente están codificadas por genes que contienen una alta proporción de codones óptimos, reconocidos por tRNAs abundantes (en el sistema en cuestión), y con emparejamiento codón-anticodón cinéticamente eficiente.
V
Ante unas codiciones dadas, el tRNAoma es igual en todas nuestras células
F
DIFERENCIAS TISULARES
Genes relacionados funcionalmente pueden ser co-regulados sobre la base de un mismo sesgo en el uso de codones, vía cambios en el tRNAoma
V
Genes de proteínas necesarias para mantener la
homeostasis proteica en condiciones de ayuno de aminoácidos presentan codones especialmente óptimos
F
ricos en codones sinónimos no óptimos, decodificados por tRNAs poco abundantes pero que permanecen mayoritariamente cargados con AA durante el ayuno de AA, a diferencia de otros tRNAs isoaceptores (que se descargan) → permiten mantener niveles incluso en condiciones en que bajan los niveles de otras proteínas.
Genes relacionados con la proliferación celular y la diferenciación celular hacen un uso diferente de codones sinónimos.
V
pool de tRNAs cambia en distintos momentos del desarrollo parra adaptarse al uso de codones de ese momento específico
Una forma de regular la tasa de transcripción de un mRNA es mediante la modificación de tRNAs
V
MoTTs = tRNA Modification Tunable Transcripts = transcritos tuneables por modificación de tRNAs
