Tema 2 - Transcripción Flashcards
La transcripción es el proceso de síntesis de mRNA usando DNA como molde
F
Es el proceso de síntesis de calquier tipo de RNA
Características de las RNAPs
- Enzimas multi-subunitarias.
- DNA dependientes (necesitan DNA como molde)
- No necesitan cebadores (síntesis de novo).
- Usan ribonucleótidos trifosfato como sustrato.
- Síntesis en sentido 5’–>3’
- Discernir nt adecuado según complementariedad Watson-Crick con el nt de la hebra molde)
- Sin capacidad de corrección de pruebas robust
¿Qué quiere decir que las RNAPs discriminan positivamente en favor del nucleótido correcto durante la síntesis de RNA?
que los NTP no complementarios que entran al centro activo es muy poco probable que se incorporen a la cadena naciente, y salen
La catálisis del enlace fosfodiéster solo tiene lugar si se da la complementariedad.
¿Por qué “es tolerable” desde el punto de vista biológico cierta tasa de error en la RNAPs, pero no en las DNA polimerasas replicativas?
- RNA celular tienen una vida media corta, se van renovando durante la vida celular
- existen múltiples copias, no así del DNA
- por lo general no se heredan de geeración en generación celular, mientras que el DNA sí (la replicación debe ser absolutamente fiel)
Podemos comparar la RNAP con un motor, ya que realiza una conversión de E química en E mecánica
V
Hace una conversión de E química en E mecánica: se mueve a lo largo del DNA molde, impulsada por la energía libre liberada en cada reacción de polimerización de nucleótido (reacc exergónica, la reacc per se y la degradación de PPi en Pi + Pi)
La transcripción genera tensiones topológicas que se traducen en superenrollamiento:
- Positivo en el DNA que la RNAP deja atrás (sentido contrario al de la txn)
- Negativo en el DNA hacia el que se mueve la RNAP (sentido de la txn)
F
Al revés (ver diapo 11 del tema 2A)
En las células eucariotas encontramos un total de 3 tipos de RNAPs
F
Hay 3 tipos de RNAPs nucleares, pero las mitocondrias tienen sus propias
La RNAP I es la más sensible a la toxina alfa-amanitina
F
Es insensible. La + sensible es la RNAP II
Indica cuales de las siguientes afirmaciones relativas al proceso de transcripción son verdaderas:
1) Hay transcripción en todas las fases del ciclo celular excepto la fase M (mitosis)
2) La fidelidad del proceso de transcripción se explica porque, en cada ciclo de polimerización, al centro activo de las RNA polimerasas sólo
puede acceder el nucleótido que constituye una pareja Watson-Crick con el nucleótido opuesto en la hebra de DNA molde
3) La fidelidad del proceso de transcripción se explica porque las RNA polimerasas tienen una actividad de corrección de pruebas
(exonucleasa 3’ a 5´) muy robusta.
4) La hebra del DNA que sirve de molde en la transcripción es la misma para todos los genes.
5) Las RNA polimerasas solo transcriben las porciones del genoma correspondientes a genes
Ninguna
Indica cuales de las siguientes afirmaciones relativas a las RNA polimerasas celulares son verdaderas:
1) catalizan la síntesis de RNA empezando por un extremo u otro dependiendo de cual de las dos sea la hebra de DNA molde
2) catalizan una reacción exergónica que impulsa su movimiento sobre el DNA molde
3) pueden empezar la síntesis de RNA de novo, a partir de los dos primeros nucleósidos trifosfato
4) catalizan la incorporación del nucleótido entrante sea cuál sea éste
5) acogen en su centro activo las dos hebras del DNA duplex, desnaturalizado
2,3
Indica cuales de las siguientes afirmaciones sobre la proteína TBP son ciertas:
Trieu-ne una o més:
a. Forma diferentes complejos, con múltiples proteínas
b. Sólo se une a la secuencia consenso de DNA de la caja TATA
c. Puede unirse inespecíficamente a DNA no promotor, de modo que se hace necesario contar con enzimas capaces de disociarla de
estos sitios no específicos
d. Participa en la transcripción por las tres RNAP eucariotas nucleares
e. Puede moverse a lo largo del DNA gracias a su asociación a una proteína con la que forma una especie de “abrazadera deslizante”
f. Hay proteínas relacionadas con la TBP que, en ciertos contextos, pueden reemplazarla en la transcripción
g. Forma un único complejo, TFII D
a, c, d, e, f
Indica cuales de las siguientes afirmaciones sobre promotores de transcripción son verdaderas:
Trieu-ne una o més:
a. La cromatina correspondiente al promotor central de genes activos típicamente es muy sensible al ataque por endonucleasas por estar muy compactada.
b. La transcripción a partir de promotores alternativos puede generar la misma proteína, isoformas proteicas que comparten parte de la secuencia de aa, o proteínas diferentes.
c. En los promotores bidireccionales, la RNA pol II puede catalizar la síntesis de RNA en sentido 5’ a 3’ o 3’ a 5’.
d. Elementos de secuencia como la caja TATA, el elemento BRE (B recognition element) o el elemento DCE (downstream core element) se encuentran típicamente en promotores transcripcionales focalizados de genes regulados.
e. El promotor central de un gen no incluye todas las secuencias de DNA involucradas en el control de su transcripción.
b, d, e
Indica cuales de las siguientes afirmaciones son verdaderas. La RNA pol II eucariota:
1) experimenta modificaciones post-traduccionales características a lo largo de la unidad transcripcional
2) elonga a velocidad constante
3) contiene un dominio específico de unión a la caja TATA llamado TBP que le permite posicionarse específicamente sobre los promotores
4) tiene un centro activo helicasa que cataliza la fusión del DNA promotor durante la iniciación
5) cataliza la síntesis de los RNA mensajeros y los RNA ribosómicos
1
Indica cuales de las afirmaciones relativas al inicio de la transcripción por la RNA pol II son verdaderas:
1) La RNA polimerasa II se une al promotor central por interacción directa con elementos de secuencia específicos característicos de este.
2) El factor general de transcripción (GTF) TFIID interviene en el reconocimiento de promotores centrales con caja TATA y promotores centrales
sin caja TATA.
3) La RNA pol II es fosforilada in situ, en el PIC, por un GTF, y esta modificación favorece el despeje del promotor, porque determina uncambio conformacional de la polimerasa que supone su disociación de muchos GTFs de inicio, para dar paso a la forma elongante de la
enzima.
4) Mediador es un complejo multiproteico que se une a una secuencia específica de DNA contenida en el promotor central de casi todos los genes transcritos por la RNA pol II, favoreciendo el inicio de su transcripción.
5) Durante el inicio de la transcripción por la RNA pol II, la actividad enzimática para el desenrollamiento del DNA promotor la aporta la misma RNA pol II, ya que esta contiene varias ATPasas entre sus 12 subunidades componentes.
2, 3
Indica cuales de las siguientes afirmaciones sobre P-TEFb son correctas:
Trieu-ne una o més:
a. es un factor proteico que promueve la elongación por la RNAP II
b. cataliza la fosforilación de la RNAP II en la Ser 5 de las repeticiones del CTD
c. deja a la RNAP II en un estado de fosforilación en el que puede interaccionar con chaperonas de histonas y factores de elongación positivos, como Spt6 o elongator
d. inactiva factores de elongación negativos, al catalizar su fosforilación
e. interacciona con la RNAP II que tiene el CTD fosforilado en Ser 5
f. es una proteína quinasa dependiente de ciclina
g. puede ser reclutada hacia sus sitios de acción por activadores transcripcionales
h. se activa por interacción con el RNA pequeño 7 SK
a, c, d, e, f, g
