TBL 5- Interpretação resultados genômicos Flashcards
Qual a importância da nomenclatura? O que significam os prefixos “g.”, “c.”, “p.”, “m.”?
Comunicação inequívoca (vocabulário próprio)
*Sequencias Referencias (utilizada como padrão normal para sequenciamento trecho DNA)
g- 1º nucleotide da sequencia referencia (DNA genômico)
c- 1º nucleotídeo códon inicio tradução (DNA codificante/ complementar)
p- primeiro aminoacido sequencia proteína
m- 1º nucleotídeo mitocondrial (DNA mitocondrial)
Como é feita a numeração da sequencia codificadora? E da intrônica? Como é feita a nomenclatura de variantes em relação a sua alteração no DNA genômico, no DNA complementar e na proteína?
Começa a numerar a partir primeiro códon- ATG (começa no 1- refere-se ao A do ATG inicial) até o último nucleotídeo stopcodon
Nucleotídeos intrônicos não são numerados- referenciados como +1 (ultimo exon) ou -1 (próximo exon)
mesma lógica pra sequencia 5 (-) e 3 (+) linha nao traduzidas
> (substituição); del (deleção); ins (inserção); con (conversão); delis/indel (deleção- inserção); dup (duplicação)
*mesma anotação em DNA genômico e complementar
NG- DNA genomico
NM- região codificante (RNA)
NP- proteina
Na proteína:
*/ Ter- troca aminoácido por um de termino de leitura (lembrar missense)
- duplicação/ deleção (lembrar in frame/ frame shift)
Quais são os principais critérios observados para se avaliar se uma variante é patogênica?
Segregação familiar (variante coerdada c/ doença ou não acompanha doença- patogênica)
Frequência da variante (ser rara não significa que é necessariamente patogênica)
Impacto funcional (varia se é sinônima, missense, nonsense, frameshift c/ término prematuro ou em sítio de splicing)
Predição in sílico (ferramenta para avaliação)
Estudos funcionais (não afeta ativ bioquímica in vitro, função em células de cultura, ou a saúde de um org modelo mas é patogênica)
Conservação evolutiva (pLI- variante LoF- recessivos e penetrância incompleta tem baixo; Z- score- depleção missense)
Função do gene X fenótipo
Ocorrência anterior
Implicações clinicas
Qual a cautela que deve se ter c/ testes diagnósticos? Qual a relevância de bancos de dados de informações genéticas para a avaliação de patogenicidade de variantes e que tipo de informação cada um desses bancos de dados trazem?
Consulente for probando acometido = apropriado
Consulentenão acometido - melhor testar parente acometido (teste pode dar negativo não informativo- gene pode nao ter sido coberto no teste ou variante não foi herdada)
Centralizam e permitem o acesso a informações geradas nas pesquisas e podem ser utilizados para comparar dados (repositórios online de informações genéticas a nível de DNA, RNA ou proteína.)
Genome Aggregation Database (freq alelos, scores de predição de conservação evolutiva genes e níveis de expressão por exon)
Arquivo Brasileiro Online de Mutações (variantes genômicas de brasileiros e suas frequências)
Clinical Genome Resource (compartilhar relatórios de interpretações de variantes e relacioná-las a fenótipos humanos)
Cosmic- Catalogue Of Somatic Mutations In Cancer (mutações somáticas de câncer e da frequência de ocorrência em cada subtipo de câncer)
Online Mendelian Inheritance in Man
(genes humanos e fenótipos associados, informações sobre todos os distúrbios mendelianos conhecidos e mais de 16.000 genes.
Qual a importância de se ter um banco de dados de variantes genéticas populacionais para a interpretação de patogenicidade de uma variante encontrada em um indivíduo?
No que consiste o banco gnomAD?
Por que é importante que o banco gnomad agregue apenas dados de sequenciamento de indivíduos oriundos de estudos caso-controle de doenças de início adulto?
Permite distinguir variantes raras patogênicas de variantes comuns
Exibe estatísticas resumidas e dados de variantes que foram agregados a partir de dados de exoma e genoma desidentificados
Garante variantes associadas a doenças genéticas raras e sujeitas a alta pressão seletiva negativa sejam praticamente ausentes no banco
Qual a importância de não se colocar dados de sequência de mais de um indivíduo com parentesco no banco?
Qual a diferença entre o gnomAD v2 e v3?
Para evitar um número inflado de frequências alélicas para variantes raras,
gnomAD v2 é preferível a v3 para interpretar variantes codificantes- possui dados de muito mais indivíduos para a parte codificante do genoma.
A versão v3 fornece mais dados para regiões não codificantes ou regiões codificantes não cobertas de forma adequada em exomas,
Como as variantes podem ser classificadas e quais 4 áreas determinam sua classificação? Como pode se definir uma frequência alélica máxima de maior credibilidade?
O que são as métricas de restrição e o que elas nos informam?
benigno, provavelmente benigno, sigificado incerto, provavelmente patogênico e patogênico.
dados populacionais, computacionais, funcionais e de segregação.
prevalência, modo de herança, penetrância e arquitetura genética
São baseadas em um número observado vs. esperado de SNVs muito raros (frequência alélica < 0,1%) em um gene
*score alto = menos variantes que esperado ao acaso-> está sobre maior grau de seleção que score baixos
*divididas por classe de mutação: sinônima, sentido trocado (Z-score) e perda de função predita (pLoF).
Como são medidos os graus de restrição de variantes sinonimas/ missense e de perda de função?
S/M: Z-score (+ dominates)
-Zs + = menos variantes que esperado; + restrição
-Zs - = maior variantes que esperado;
*sinonimas tem Z- score Proxima a 0 (s/ pressão evolutiva)
*Zs alto; muitos missense reportado= patogênica
*Zs baixo; missense s/ evidencia restrição= benigna
Lof- probabilidade de o gene ser intolerante a variantes LoF (pLI)- ex. haploinsuficiência tem alta pontuação
*variantes LoF que ocorrem dentro de genes com pLoF alto são de alto interesse
Quais as principais limitações a se considerar sobre bancos de dados de freq. Alélica populacional?
Individuos c/ doencas mendelianas podem estar inclusos
nem toda variação genética está inclusa
necessidade de melhorar representatividade populacional (+ europeu)
alelo pode ter baixo sequenciamento em algumas regiões
