SARS COVID

Question 1

decouverte
type virus
reservoir ou

Answer 1

• Les Coronavirus ont été découverts dans les années 60.
• Ce sont des virus enveloppés à ARN (+), faisant partie du groupe IV.
• Le réservoir naturel de la quasi totalité des Coronavirus que l’on connaît est la chauve-souris, où ces
  virus se reproduisent le mieux.

Question 2

souches

Answer 2

• 7 souches sont connues chez l’Homme dont :
  o 4 souches bénignes (rhume, désordres gastro-intestinaux)
  o 3 souches potentiellement dangereuses :
• SARS CoV en 2002
• MERS CoV en 2012
• SARS COV2 en 2019

Question 3

chiffre monde : nb cas et nb deces
france : cas et deces

Answer 3

➢ Monde : 660 millions de cas recensés ; 6,7 millions de décès
➢ France : 38 millions de cas, 160000 décès (40000 décès en 2022)

Question 4

Transmission

Answer 4

Ce virus se transmet :
- par des gouttelettes contaminées qui sont inhalées par la personne saine (bâillement, éternuement, toux…) - par contact direct physique (poignée de main, accolade, bise…) entre une personne porteuse et une personne saine (mode de transmission principal)
- par contact indirect, via des objets ou surfaces contaminées par une personne porteuse (mode de contamination mineur)

Question 5

Organisation génomique et structurelle

Answer 5

Le SARS-CoV-2 est un virus enveloppé, avec une enveloppe d’origine cellulaire, dans laquelle sont enchâssées différentes protéines de membrane.
Dans ces protéines, la glycoprotéine S (Spike) permet l’entrée du virus dans la cellule. D’autres protéines membranaires sont présentes pour maintenir une certaine structure.
A l’intérieur de cette enveloppe membranaire, l’ARN génomique est protégé par une nucléocapside

Question 6

Cet ARN est composé de toute une série de gènes :

Answer 6

• 2 protéines précoces virales du complexe réplicase-transcriptase (elles permettent la réplication du
  matériel génétique et sa transcription)
• un gène qui code pour la protéine Spike
• d’autres gènes qui codent pour ses protéines accessoires…

Question 7

Cycle de réplication
5 premiere etape

Answer 7

• Reconnaissance et fixation au récepteur ACE2 = récepteur angiotensine (récepteur impliqué dans la régulation de la pression artérielle) grâce à Spike
• Ancrage du virus à la surface de la cellule
• Endocytose, le virus est enfermé dans une vésicule d’endocytose
• Fusion entre la membrane cellulaire de la vésicule et l’enveloppe du virus
• Relargage du matériel génétique ARN +

Question 8

cycle de replication
etape 6/7

Answer 8

• Traduction des protéines précoces : ORF1A et B et forment un polypeptide à activité protéase. Le polypeptide possède des sites clivages.
• Autoclivage du polypeptide en pleins de petites protéines qui se réassemblent

Question 9

cycle de replication
fin

Answer 9

Ce complexe permet la :
- Réplication de l’ARN+ en ARN- (= matrice pour la réplication) → Transcription de ARN pour former de l’ARN génomique
- Transcription d’ARN subgénomique ARNsg = petits fragments d’ARN qui codent pour les protéines de structure (N, M, E, S )
* Assemblage des protéines de structure avec l’ARNm génomique pour former des particules virales
* Exocytose : sortie des virus sorte

Question 10

Traitement
plusieurs méthode

Answer 10

o Bloquer l’entrée du virus :
o Bloquer la fusion :
o Bloquer l’autoclivage / réassemblage :
o Bloquer la réplication/ Transcription :
o Bloquer l’assemblage

Question 11

comment bloquer l’entrée virus

Answer 11

• Utilisation de plasma de personnes en rémission du covid. Le plasma contient des anticorps anticovid. On transfuse ce sang chez des patients. Les résultats sont mitigés, on estime un gain de 15 à 20%.
• Losartan : on utilise une molécule antagoniste du récepteur ACE2 pour bloquer l’entrée du virus
• Camostat, mesylate, nafamostat : cible La protéase TMPRSS2 pour empêcher l’endocytose du virus (normalement la protéase clive spike ce qui permet la fusion du virus)

Question 12

comment bloquer la fusion

Answer 12

• Hydroxychloroquine est censée modifier le ph de la vésicule et empêche la fusion.

Question 13

comment bloquer l’autoclivage et le reassemblage

Answer 13

• Inhibiteur de protéase = ne marche pas

Question 14

comment bloquer la réplication et transcription

Answer 14

• Inhibiteur de la réplication = des analogues de nucléotides et nucléosides pour cibler réplication et la transcription.

Question 15

comment bloquer l’assemblage

Answer 15

La molécule se fixe sur l’ARN génomique pour bloquer le réassemblage.

Question 16

mutation

Answer 16

La capacité de mutation du SARS-CoV-2 est faible par rapport à d’autres virus (VIH, Grippe).
La plupart des mutations sont silencieuses ou sans avantage, mais les mutations préoccupantes génèrent des avantages réplicatifs pour le virus
-> zone particulièrement propice aux mutations, appelée zone d’hypermutation, qui est au niveau de la protéine S.
-> dans le domaine de fixation à l’ACE2 ou de fusion entre la membrane cellulaire et l’enveloppe du virus.

Question 17

Certaines mutations dans le domaine RDB augmentent :

Answer 17

• l’affinité de la protéine S pour le récepteur ACE2, qui augmente donc le recrutement des virus
  sur les cellules, et donc l’infection virale.
• l’échappement immunitaire : la protéine Spike est moins immunogène (elle va moins provoquer
  des réactions immunitaires).

Question 18

test virologique
antyigénique

Answer 18

ne bande de cellulose sur laquelle sont posées 2 lignes : 1 ligne avec des anticorps qui ciblent une protéine virale (protéine Spike ou une des protéines d’enveloppe) et 1 ligne contrôle avec des anticorps qui ciblent une protéine fluorescente ou colorée.
-> outtelette migre le long de la bande de papier et reconnaît dans un premier temps des anticorps couplés à des molécules fluorescentes ou colorées (généralement rouges). S’il y a des protéines virales, elles seront prises en charge par ces anticorps.
-> La migration se poursuit, et la protéine virale se fixe au niveau des anticorps rouges fixés sur la bande de test.

Question 19

RTPCR:ARNviral

Answer 19

protéines mais également le matériel génétique. Le détergent (tampon de lyse) a permis la libération du matériel génétique à ARN. Pour le détecter, une étape de transcription inverse est utilisée. La RT (Retro Transcriptase) d’un rétrovirus va utiliser l‘ARN viral pour produire un ADN, qui sera par la suite amplifié par PCR quantitatif. Amplification du matériel viral s’il est présent et des fluorochromes permettent de détecter le matériel viral amplifié si le virus est présent et de quantifier la quantité de virus au sein de chaque patient.

Question 20

o
Test sérologiques :

Answer 20

permettent de savoir si on a déjà été contaminé, si on a des anticorps qui répondent contre le virus, si on a eu une réponse immunitaire. Il est beaucoup moins utilisé.
- Tests automatisables quantitatifs (prise de sang en laboratoire, résultat en quelques heures)
- Tests unitaires non quantitatifs (goutte de sang, résultat immédiat)

Question 21

Vaccination
nb vaccins

Answer 21

63 vaccins sont en cours d’essai de phase III (>10000 participants) dont 31 ont été approuvés dans le Monde.
En France, seulement 4 vaccins sont autorisés (Vaccins à ARN et vaccins vectorisés).
Objectif : protection à 60%

Question 22

type vaccin

Answer 22

• Vaccins à ARNm. Objectif : faire produire les protéines immunogènes par le patient. (Moderna, Pfizer, BioNTech)
• Vaccins vectorisés. Objectif : utiliser un vecteur adénoviral recombiné pour exprimer la protéine S de SARS-CoV-2 (AstraZeneca, Johnson and Johnson, Sputnik)
• Vaccin recombinant protéique : protéine synthétisée puis injectée (multimère de protéines S) (Novavax)
• Vaccins inactivés (SinoVac, Sinopharm (2))
• BCG : Bacille de Calmette et Guerin (Murdoch Children’s Research Institute) : vaccin qui a très peu de
  spécificité dont le rôle est d’induire une réponse immunitaire très forte.