Regulación Génica

Question 1

Factores de transcripción, tipos, unión al ADN

Answer 1

Tienen la capacidad de unirse específicamente a secuencias específicas reguladoras en los genes codificantes de proteínas, y pueden ser activadores o represores. Tienen hélices de reconocimiento que se unen a secuencias específicas del ADN por el surco mayor con alta cooperatividad, alta especificidad, y alta afinidad

Question 2

Activadores genicos en células eucariontes, dominios

Answer 2

Un único dominio de unión al ADN, y puede contener uno o más dominios de activación que les permiten unirse a proteínas coactivadoras

Question 3

Represores genicos en células eucariontes, dominios

Answer 3

Tienen un dominio de unión al ADN y uno o más dominios de represión que les permiten unirse a corepresoras

Question 4

Motivos estructueales en el dominio de unión al ADN

Answer 4

Homoedominio: da función de dimero, da posibilidades combinatorias amplias a los factores de transc.
Dedos de zinc: permite una mayor eficiencia de unión al ADN
Cremallera de leucina

Question 5

Caja TATA

Answer 5

Es una secuencia promotora conservada rica en AT que se encuentra principalmente en sitios con alta actividad transcripcional

Question 6

Iniciador

Answer 6

Es una secuencia promotora corta que se encuentra en genes de transcripción rápida

Question 7

Isla CG

Answer 7

Es una secuencia rica en CG de 20 a 50 nucleotidos y se encuentra en genes con velocidad de transcripción lenta, codifican proteinas relacionadas a procesos celulares básicos

Question 8

Operon en procariontes, cómo está constituido

Answer 8

Es una estructura donde se coordinan las proteínas que intervienen en una misma vía, y están regulados por proteínas activadoras o represoras.
Está constituido por: un promotor, un operador donde se unen prot represoeas, genes del proceso metabólico, genes que codifican proteínas reguladoras y en algunas, el elemento del control activador donde se unen prot activadoras.

Question 9

Operon triptofano, reacción ante cambios de concentración

Answer 9

Codifica enzimas involucradas en la biosintesis de triptofano.
Baja cc de triptofano: la proteína represora está inactiva, los genes están activos
Alta cc: la molécula se une a la proteina represora para que actúe en el sitio operador

Question 10

Control positivo y control negativo

Answer 10

Control positivo: una proteína activadora favorece la unión al sitio regulador del ADN para permitir la transcripción de genes. Funciona porque aumenta la superficie de contacto de la ARN polimerasa o porque modifica la conformación de la polimerasa para facilitar su transición

Control negativo: la proteina represora activa no permite que se una al sitio regulador del ADN y los genes están inactivos

Question 11

Operon lactosa

Answer 11

Tiene un control de activador y de represor. Controla las enzimas que intervienen en la degradación de lactosa

Question 12

Operon lactosa cuando cc de glucosa=cc de lactosa

Answer 12

El operon está inactivo, la proteina activadora no está unida y está regulada por la molécula cAMP que está en baja concentración

Question 13

Presencia de glucosa y ausencia de lactosa

Answer 13

Operon inactivo, aparece proteína represora en conformación activa, inhibe la transcripción del gen porque no hay hidrolisis de beta-galactosidasa en ausencia de lactosa, que inactivaria al represor

Question 14

Ausencia de glucosa y lactosa

Answer 14

Aumenta la concentracion de cAMP y la proteína activadora se activa, el represor también se activa y ambos se unen a la secuencia. El operon está inactivo

Question 15

Lactosa pero no glucosa

Answer 15

El operon está activo. La proteina represora está inactiva por la hidrolisis de beta galactosa y la proteina activadora favorece la transcripción

Question 16

Estrategias de bacterias para la transcripción

Answer 16

Formación de bucles para favorecer la activación genica a distancia
Usar subunidades intercambiables de ARN polimerasa como el factor sigma para desactivar un gen y activar otro. Sirve para virus
Interruptores ribosomicos, son secuencias de ARNm que al unirse a metabolitos pequeños permite que continue ls transcripción de genes en niveles bajos de guanina

Question 17

Región de control de un gen

Answer 17

Está conformado por el promotor unido a la ARN polimerasa II y a factores generales de transcripción, y por secuencias reguladoras.

Question 18

Mediador

Answer 18

Permite la interacción entre los factores de transcripción y los sitios de transcripción al remodelar la cromatina uniendo complejos remodeladores de la cromatina con enzimas modificadoras de histonas.

Question 19

Acetilacion y desacetilacion de histonas

Answer 19

Las prot activadoras se unen al ADN y a proteínas coactivadoras generando que una histona acetilasa acetile residuos de lisina en las colas. Favorece la relajación
Las prot represoras pueden desacetilar al unirse a corepresoras con funcion histona desacetilasa. Favorece la compactación

Question 20

Mecanismo de proteínas represoras (6)

Answer 20

Unión competitiva entre el represor y activador al sitio de ADN
Ocultación de la superficie de activación para inhibir su unión a coactivadoras
Interacción con factores de transcripción por su dominio de represión
Reclutamiento de complejos de remodelacion para favorecer la compactación de la cromatina
Reclutamiento de histona desacetilasa
Reclutamiento de histona metiltransferasa para atraer proteínas y favorecer la compactación

Question 21

Mecanismos proteínas activadoras (7)

Answer 21

Se activa al ser sintetizada
Se activa por unión a un ligando
Se activa por una modificación covalente
Se activa por adición de una subunidad
Se activa al separarse de una proteina inhibidora
Se activa al translocar a otro compartimiento
Se activan por proteolisis

Question 22

Impronta genomica

Answer 22

Es un proceso biológico donde un gen de encuentra marcado bioquímicamente indicando el origen parental. La metilacion puede silenciar o activar estos genes imprintados, ya que están protegidos de la desmetilacion. Se da en el desarrollo fetal

Question 23

Inactivación del cromosoma X, xist ARN

Answer 23

Se inactiva por la condensación de un cromosoma X al azar, y el patrón se hereda en las células hijas. Se forma un tipo especial de heterocromatina alrededor del centro de inactivación de X en el cromosoma, donde de codifica xist ARN que recubre al cromosoma y lo inactiva

Question 24

Unidades de transcripción complejas

Answer 24

Son ARNm con diferentes patrones de corte y empalme que permiten procesar de diversas maneras y dar más de una proteína. es un mecanismo de regulación genica a nivel del procesamiento del ARNm.

Question 25

Regulación del corte y empalme

Answer 25

Proteínas silenciadoras (no son fact de trans) de la maduración evitan que la maquinaria de maduración acceda al sitio de maduración del ARNm
Proteínas de maduración regulan de forma positiva favoreciendo la unión de la maquinaria.

Question 26

Edición del ARN, ediciones más comunes en mamíferos

Answer 26

Es un mecanismo de regulación transcripcional, se altera la secuencia nucleotidos del ARN al insertar nucleotidos uracilo con ayuda de un ARN guía. En mamíferos los principales son las desaminacion de adenina (común en humanos) y la desaminacion de citosina

Question 27

Localización del ARNm, por qué mecanismos puede darse, código de direccionamiento

Answer 27

Algunos ARNm pueden tener una localización específica en la célula. Puede darse por transporte dirigido por citoesqueleto, difusión aleatoria de moléculas y atrapamiento en ciertas zonas, o degradación de una zona del citosol y protección en otra. El código de direccionamiento debe estar en el extremo 3’

Question 28

Degradación del ARNm, determinación de su velocidad

Answer 28

La velocidad de degradación depende de secuencias en el extremo 3’UTR, aumenta o disminuye la velocidad de acortamiento de la cola poliA. Cuando el acortamiento gradual de la cola por desasenilasa llega a 25-30 adeninas, una enzima elimina la caperuza y una exonucleasa degrada al ARNm en sentido 5’->3’

Question 29

Adición citoplasmática de poli A

Answer 29

Se da en ovogenesis y embriogenesis. Se alarga la cola poli A para acumular más ARNm en el citosol. La cola sin alargar está cerca de una secuencia rica en U que une una proteína CEPB, que se une a una proteina maskin, que a su vez se une al factor de inicio de la traducción y la bloquea. En la fecundación, quinasas fosforilan CEPB y se une el factor de especificidad de corte y poliadenilacion, atrayendo una polimerasa A citoplasmática.

Question 30

Silenciamiento de genes por ARN de interferencia

Answer 30

Es un mecanismo postraduccional donde los ARN de int clivan a los ARNm y los destruyen para que ya no se sintetice esa proteína. Se puede dar por miARN o siARN

Question 31

miARN

Answer 31

Son sintetizados como pri-miARN en el núcleo con capuchón y cola poli A. Luego una ARNasa corta sus extremos, sale al citosol, un complejo CIDER lo corta de una pequeña longitud y el complejo RISC selecciona una de sus hebras para actuar sobre el ARN.