Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

Medical Genomics > Quiz 2 > Flashcards

Quiz 2 Flashcards

You may prefer our related Brainscape-certified flashcards:
USMLE® Step 1 flashcards
1
Q

Wat is het voornaamste doel van kloneren?

A

Het amplificeren van DNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Welke sequentie is het meest waarschijnlijk om te worden herkend door een restrictie-enzym?

  • CACGGCTC
  • GAAGAGAG
  • AAGGCCTT
  • TCATGACA
A

AAGGCCTT, de meeste restrictie-enzymen hebben een palindroom als herkennings-sequentie

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Bij de hierarchische strategie voor het bepalen van de humane genoom-sequentie vonden een aantal stappen plaats. Zet deze in de juiste volgorde:

Het genereren van een BAC library
Sequence assembly
Het kloneren van kleine fragmenten
Het bepalen van het 'minimum tiling path'
Sequentie-analyse
A

1-4-3-5-2

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Next-generation sequencing. Zet de stappen in de juiste volgorde:

Cluster amplificatie
DNA isolatie en fragmentatie
Sequencing
Data-analyse
Ligatie van adapters
A

2-5-1-3-4

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Het restrictie-enzym SmaI knipt de herkenningssequentie …GGGCCC… precies in het midden, zodat aan de rechterzijde …GGG-3’ ontstaat en aan de linkerzijde 5’-CCC… Hoe worden deze uiteinden genoemd?

A

Blunt ends

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Welke functie hebben restrictie-enzymen van nature?

A

Een beschermingsmechanisme tegen bacteriofagen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Welke belangrijke eigenschappen verwacht je in een plasmide dat gebruikt kan worden als kloneringsvector? Vink alle juiste opties aan.

A
  • Een ORI (Origin of Replication)
  • Een MCS (multiple cloning site)
  • Een selecteerbare marker
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q 
Welke sequentie is een palindroom?
  5'-GAGTGC-3' 
  5'-ATG-3' 
  5'-ACGCGT-3' 
  5'-CCATT-3'
A

5’-ACGCGT-3’

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Wat is een genomische library?

A

Een verzameling kloons, waarvan elke kloon een fragment genomisch DNA bevat

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Welke termen horen bij elkaar?

  1. Solexa sequencing
  2. Pyrosequencing
  3. Ion torrent sequencing

A. light detection
B. proton detection
C. fluorescence detection

A

1C, 2A en 3B

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Welke techniek genereert de meeste data per sample?

A

Next-generation sequencing

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Wat was het doel van het ‘1000 genomes’ project?

A

Om inzicht te krijgen in genetische variatie binnen de menselijke populatie

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Welk bestandsformaat is hieronder gebruikt voor de aminozuursequentie van ferredoxin oxidoreductase?

> gi|186681228|ref|YP_001864424.1| phycoerythrobilin:ferredoxin oxidoreductase
MNSERSDVTLYQPFLDYAIAYMRSRLDLEPYPIPTGFESNSAVVGKGKNQEEVVTTSYAFQTAKLRQIRA
AHVQGGNSLQVLNFVIFPHLNYDLPFFGADLVTLPGGHLIALDMQPLFRDDSAYQAKYTEPILPIFHAHQ
QHLSWGGDFPEEAQPFFSPAFLWTRPQETAVVETQVFAAFKDYLKAYLDFVEQAEAVTDSQNLVAIKQAQ
LRYLRYRAEKDPARGMFKRFYGAEWTEEYIHGFLFDLERKLTVVK

A

Het FASTA formaat

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Welke collectie sequenties heeft een uitvoerig kwaliteitsonderzoek doorstaan en bevat weinig of geen redundantie?

A

De RefSeq collectie

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Wat zijn genoombrowsers?

A

Ensembl, NCBI Genome Data Viewer, UCSC genome browser

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Hoe heet de meest recente versie van het humane genoom?

A

GRCh38

17
Q

Waar wordt de BED (Browser Extensible Data) notatie vaak voor gebruikt?

A

Chromosoom-coordinaten

18
Q

Onderzoekers hebben een DNA-sequentie bepaald en willen weten tot welke soort deze behoort. Welke methode is daarvoor het meest geschikt?

A

BLAST

19
Q

Een onderzoeker wil meer informatie over een bepaald gen, zoals de genfunctie, chromosomale locatie, aantal exons en de sequentie van mRNA-transcripten. Welke webtool kan hij/zij het best gebruiken?

A

Ensembl

20
Q

Een onderzoeker wil de 3D structuur van een eiwit achterhalen. Welke database kan hij/zij het best gebruiken?

A

De Protein Data Bank (PDB)

21
Q

Waarvoor bestaat geen goede analysemethode?

A

Het voorspellen van de functie van niet-coderende RNA genen

22
Q 
Welke twee BLAST-varianten bestaan niet?   
  TBLASTP 
  BLASTX 
  BLASTR 
  TBLASTX 
  BLASTP 
  BLASTN 
  TBLASTN
A

TBLASTP en BLASTR

23
Q

Waarvan is RFLP de afkorting?

A

restriction fragment length polymorphisms

24
Q

Wat is het ‘minimal tiling path’?

A

De kleinst mogelijke verzameling kloons die nodig is om de sequentie van het genoom te bepalen

25
Q

Welke methoden zijn geschikt om betrouwbaar genen te kunnen annoteren?

A

ESTs en RNA-sequencing

26
Q

cDNA synthese: zet de stappen in de juiste volgorde.

  1. Het degraderen van RNA met RNase H
  2. Opzuiveren van RNA uit een weefsel
  3. Hybridizatie met een oligo-dT primer
  4. Reverse transcriptase toevoegen
A

2-3-4-1

27
Q

Welke vier technieken zijn het meest geschikt voor whole genome sequencing?

A

Ion torrent sequencing, Next generation sequencing, Massivaly paralell sequencing en Shotgun sequencing

Medical Genomics (16 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions