Quiz 2 Flashcards
Wat is het voornaamste doel van kloneren?
Het amplificeren van DNA
Welke sequentie is het meest waarschijnlijk om te worden herkend door een restrictie-enzym?
- CACGGCTC
- GAAGAGAG
- AAGGCCTT
- TCATGACA
AAGGCCTT, de meeste restrictie-enzymen hebben een palindroom als herkennings-sequentie
Bij de hierarchische strategie voor het bepalen van de humane genoom-sequentie vonden een aantal stappen plaats. Zet deze in de juiste volgorde:
Het genereren van een BAC library Sequence assembly Het kloneren van kleine fragmenten Het bepalen van het 'minimum tiling path' Sequentie-analyse
1-4-3-5-2
Next-generation sequencing. Zet de stappen in de juiste volgorde:
Cluster amplificatie DNA isolatie en fragmentatie Sequencing Data-analyse Ligatie van adapters
2-5-1-3-4
Het restrictie-enzym SmaI knipt de herkenningssequentie …GGGCCC… precies in het midden, zodat aan de rechterzijde …GGG-3’ ontstaat en aan de linkerzijde 5’-CCC… Hoe worden deze uiteinden genoemd?
Blunt ends
Welke functie hebben restrictie-enzymen van nature?
Een beschermingsmechanisme tegen bacteriofagen
Welke belangrijke eigenschappen verwacht je in een plasmide dat gebruikt kan worden als kloneringsvector? Vink alle juiste opties aan.
- Een ORI (Origin of Replication)
- Een MCS (multiple cloning site)
- Een selecteerbare marker
Welke sequentie is een palindroom? 5'-GAGTGC-3' 5'-ATG-3' 5'-ACGCGT-3' 5'-CCATT-3'
5’-ACGCGT-3’
Wat is een genomische library?
Een verzameling kloons, waarvan elke kloon een fragment genomisch DNA bevat
Welke termen horen bij elkaar?
- Solexa sequencing
- Pyrosequencing
- Ion torrent sequencing
A. light detection
B. proton detection
C. fluorescence detection
1C, 2A en 3B
Welke techniek genereert de meeste data per sample?
Next-generation sequencing
Wat was het doel van het ‘1000 genomes’ project?
Om inzicht te krijgen in genetische variatie binnen de menselijke populatie
Welk bestandsformaat is hieronder gebruikt voor de aminozuursequentie van ferredoxin oxidoreductase?
> gi|186681228|ref|YP_001864424.1| phycoerythrobilin:ferredoxin oxidoreductase
MNSERSDVTLYQPFLDYAIAYMRSRLDLEPYPIPTGFESNSAVVGKGKNQEEVVTTSYAFQTAKLRQIRA
AHVQGGNSLQVLNFVIFPHLNYDLPFFGADLVTLPGGHLIALDMQPLFRDDSAYQAKYTEPILPIFHAHQ
QHLSWGGDFPEEAQPFFSPAFLWTRPQETAVVETQVFAAFKDYLKAYLDFVEQAEAVTDSQNLVAIKQAQ
LRYLRYRAEKDPARGMFKRFYGAEWTEEYIHGFLFDLERKLTVVK
Het FASTA formaat
Welke collectie sequenties heeft een uitvoerig kwaliteitsonderzoek doorstaan en bevat weinig of geen redundantie?
De RefSeq collectie
Wat zijn genoombrowsers?
Ensembl, NCBI Genome Data Viewer, UCSC genome browser
Hoe heet de meest recente versie van het humane genoom?
GRCh38
Waar wordt de BED (Browser Extensible Data) notatie vaak voor gebruikt?
Chromosoom-coordinaten
Onderzoekers hebben een DNA-sequentie bepaald en willen weten tot welke soort deze behoort. Welke methode is daarvoor het meest geschikt?
BLAST
Een onderzoeker wil meer informatie over een bepaald gen, zoals de genfunctie, chromosomale locatie, aantal exons en de sequentie van mRNA-transcripten. Welke webtool kan hij/zij het best gebruiken?
Ensembl
Een onderzoeker wil de 3D structuur van een eiwit achterhalen. Welke database kan hij/zij het best gebruiken?
De Protein Data Bank (PDB)
Waarvoor bestaat geen goede analysemethode?
Het voorspellen van de functie van niet-coderende RNA genen
Welke twee BLAST-varianten bestaan niet? TBLASTP BLASTX BLASTR TBLASTX BLASTP BLASTN TBLASTN
TBLASTP en BLASTR
Waarvan is RFLP de afkorting?
restriction fragment length polymorphisms
Wat is het ‘minimal tiling path’?
De kleinst mogelijke verzameling kloons die nodig is om de sequentie van het genoom te bepalen
Welke methoden zijn geschikt om betrouwbaar genen te kunnen annoteren?
ESTs en RNA-sequencing
cDNA synthese: zet de stappen in de juiste volgorde.
- Het degraderen van RNA met RNase H
- Opzuiveren van RNA uit een weefsel
- Hybridizatie met een oligo-dT primer
- Reverse transcriptase toevoegen
2-3-4-1
Welke vier technieken zijn het meest geschikt voor whole genome sequencing?
Ion torrent sequencing, Next generation sequencing, Massivaly paralell sequencing en Shotgun sequencing
