Hoorcollege 14: Mendelian Genetics

Question 1

Op welk platform wordt informatie over genetische fenotypen verzameld?

Answer 1

OMIM

Question 2

Waarom is het belangrijk om mutagenen te vinden? (illustratief)

Answer 2

• Een goede klinische diagnose voor veel ziektes is niet eenvoudig vanwege fenotypische variabiliteit. Genetisch testen kan clinici helpen in deze taak, zodat clinici hu behandeling kunnen aanpassen op de behoeften van de patiënt.
• Genetisch testen kan de classificatie van ziektes versterken en kan helpen in het weten welke ziektes soortgelijke oorzaken hebben en welke niet. Zo kan de focus van onderzoek meer gaan liggen op een homogene groep patiënten.
• Het identificeren van een mutantgen is belangrijk als tool in toekomstig onderzoek om het pathogenische mechanisme van de ziekte te kunnen vinden.
• Genetisch testen kan ziekte voorkomen, als bijvoorbeeld het veranderen in leefstijl het risico op ziekteontwikkeling verminderd.
• Genetisch testen geeft ons meer kennis over het mechanisme dat de ziekte veroorzaakt en kan zo ervoor zorgen dat er een nieuw medicijn ontwikkelt kan worden.

Question 3

T.g.v. welke drie processen is er genetische variatie?

Answer 3

mutatie, segregatie (haploïde overerving) en recombinatie

Question 4

Wat is de meest gebruikte genetische marker?

Answer 4

SNPs

Question 5

Wat voor analyse wordt gemaakt a.d.h.v. genetische SNP markers?

Answer 5

Linkage map analyse

Question 6

Markers die meer informatie geven zijn Variable Number of Tandem Repeats (VNTRs). Hoe worden deze markers gebruikt

Answer 6

Er is detectie op grootte via southern blotting / PCR

Question 7

Wat zijn de voor- en nadelen van Variable Number of Tandem Repeats (VNTRs). ?

Answer 7

Het voordeel van deze markers is dat er veel meer varianten van zijn, het nadeel is dat ze minder geschikt zijn voor het vinden van een gen.

Question 8

Waar of niet waar: Microsatellieten/Simple Tandem Repeats (STRs)/Simple Sequence Repeats (SSR) zijn hoog polymorf

Answer 8

Waar

Question 9

Een genetische map is afhankelijke van de recombinatie afstanden. Hoe worden deze weergeven?

Answer 9

CentiMorgans (1 cM = recombinatiekans van 1%)

Question 10

Beschrijf linkage analyse

Answer 10

Deze analyse is een handige techniek om ziektegenen te isoleren, het is minder duur en tijdrovend. Het gebruik van SNP markers is hierbij erg belangrijk, hiervan zijn miljoenen al in ons genoom gevonden die een variatie in sequentie representeren. Hierdoor kunnen markers gevonden worden die dicht verbonden zijn met ziektegenen, waardoor het aantal kandidaatgenen ook verminderd wordt. Het gebruik van computers en hun algoritmes faciliteert ons de analyse, hierdoor kunnen we o.a. uitvinden dat een kandidaatgen alleen actief is in de ionkanalen van de hersenen. Hierdoor wordt de zoektocht naar een mogelijk target beperkt tot de hersenen.

Question 11

Wat zijn de stappen van linkage analyse?

Answer 11

1. Het verzamelen van DNA samples van stambomen met zowel zieke als gezonde familieleden.
   Hierbij wordt er eerst informatie verzamelt over de ziekte om zo de beste sampling strategie te bedenken. OMIM kan hierbij handig zijn, omdat het een crosslinked database is die je ook meteen vertelt wat het overervingspatroon is, klinische symptomen, variatie enz.
2. Genotypering van elk familielid met willekeurige spaced polymorfe DNA markers.
   Hierna moeten de markers dus getest op de familie en wordt er linkage analyse uitgevoerd (stap 3).
3. Voor elke marker wordt de recombinatiefrequentie tussen de ziekte en de marker locus bepaalt.
   Hierbij wordt er gekeken naar de recombinatiefractie tussen de twee loci (ene locus is de ziektelocus (onbekend, maar we weten wel dat iemand een mutatie bij zich draagt omdat die ziek is) de andere locus is de marker waarvan de locatie bekend is). Als de marker dicht in de buurt zit van de ziektelocus, zal de marker co-segregeren met de ziekte.
   Dit wordt herhaald voor de andere markers.
4. De statistische kans uitdrukken van linkage in LOD-score.