Proyecto encode

Question 1

generalidades

Answer 1

• Creado en 2003
• Cataloga elementos funcionales del genoma humano
• Investiga la regulación de la expresión génica y la salud

Question 2

Objetivo del proyecto ENCODE

Answer 2

Busca identificar regiones:
* Genes codificantes para proteínas y no codificantes
* Elementos reguladores de la transcripción
* Secuencias que median la estructura y dinámica cromosómica

Question 3

Fase 1 (piloto): 2003-2007

Answer 3

• Evaluar estrategias para identificar regiones del genoma
• Fase de desarrollo tecnológico
• Se eligieron 44 regiones para estudiar (30 Mb, 1% del genoma)
• Identificar regiones de DNA que transcriban RNA

Question 4

Metodología por hibridación chip-chip

Answer 4

Técnica que permite identificar los sitios de unión de las proteínas que se unen al DNA

• Por medio de la inmunoprecipitacion de cromatina
  — Diseño de Ac específicos que se van a unir a la proteína que quiero identificar

Question 5

Cómo rompemos el DNA?

Answer 5

por sonicazión

Question 6

pasos

Answer 6

Rompemos el DNA por sonicazion
hibridas DNA
Aíslas solo los fragmentos que contienen la secuencia complementaria que buscas.
Le pones el Ac.
Lo purificas para quitarle el Ac y la proteína

Question 7

En qué consistía la fase 2: 2008-2012 (publicada en 2019 en Nature)

Answer 7

Caracterización de RNAs no codificantes

Question 8

Qué porcentaje del genoma tiene regiones de DNA con union a proteínas?

Answer 8

8.1%

Question 9

Qué es el factorbook?

Answer 9

base de datos de sitios de unión a factores de transcripción

Question 10

Qué hacían los sitios de unión a factores de transcripción?

Answer 10

ayudan a explorar propiedades de la cromatina
Evalúan unión de H3K27me3
modifican epigenetica de histona H3
trimetilacion de lisina 27

Question 11

dónde hay interacción entre histonas y promotores?

Answer 11

donde debe haber regiones que se hipo o hipermetilen para su transcripción

Question 12

Qué le pasa a las histonas metiladas?

Answer 12

son silenciadas

Question 13

Para qué sirve la técnica Cage-seq?

Answer 13

para identificar sitios de inicio de transcripción (TSSs)
En esas regiones se identificaba CAP para saber si era un transcrito

Question 14

Cuántos nt tienen los RNAs que no se traducen a proteínas?

Answer 14

menos de 200nt

Question 15

qué hacemos para conocer la secuencia de RNAm que no codifican proteínas?

Answer 15

Identificar TSSs