intra bio mol Flashcards
Dawin
évolution, sélection naturelle
Pasteur
invalide génération spontannée
Mendel
Principe de l’héridité
lien entre 2 brins ADN sur meme chaine
phosphodiester
lien entre deux brins complémentaires
H
lien entre les sucre, base, gr. phosphate
covalente (osidique entre base et sucre)et phosphoester entre gr phosphate et sucre)
se retrouve en 5’
gr. phosphate
se retrouve en 3’
gr. OH
Pk désoxyribose
manque un O en position 2” du sucre ribose
liaisons chimiques du plus fort au plus faible
Covalente (non-polaire, polaire), ionique, H, Van der Waals
carbones des sucres lier par la liaison phosphodiester
3’ et 5’
est ce que les liaisons phosphodiesters sont difficiles à défaire
oui, très
carbone du sucre impliqué dans la liaison osidique
1’
carbone du sucre impliqué dans la liaison phosphoester
5’
combien de liaisons H entre A et T
2
combien de liaisons H entre C et G
3
entre quoi se forme les liens H
entre les brins complémentaires
quels sont les pyrimidines
C et T (sucre plus simple)
Vrai ou faux, le % de C et G varient entre les espèces (celui-ci est-il cst dans une même espèce)
Vrai, oui
Bris du gr. phosphate entre quoi et quoi
alpha et beta
bris du lien phosphate résulte a quoi
libération beta gamma (pyrophosphate)
charge de l’ADN
négative (don de proton= un acide)
Autres fonctions monomères ADN (3)
- source É (ATP)
- coenzymes (CoA)
- molécule de signalisation intracellulaire (AMPc)
les brins complémentaires sont orientés dans quel sens
anti-parallèle
3 caractéristiques de l’ADN
- hélicoidale
- antiparallèle
- complémentarité des brins
Vrai ou faux, peut importe la liaison C-G ou A-T, la chaine ne change pas
Vrai, les enzymes ne reconnaissent pas la structure, mais bien les bases
Vrai ou faux, s’il y a une conformation anomale c’est qu’il y a une erreur dans l’ADN
Vrai
quels sont les deux façons d’avoir accès aux bases
dénaturation (ouvrir ADN)
laisser ADN tel quel et repérer les sillons majeurs et mineurs/ réguler la compaction
pk sillons majeures et mineures
à cause de l’angle entre les 2 liens glycosidiques (240/120)
pk plus simple de lire majeure vs mineure
plus de possibilités de liaison
que permet de distinguer le sillon majeur
le sens des paires AT ou TA
sillon mineur permet de distinguer quoi
les paires donc soit AT ou CG
Les 3 formes de l’ADN
A, B, Z
forme de l’ADN classique
B
forme de l’ARN
A
que veut dire dénaturation
séparation des liens H liant les bases complémentaires
que veut dire hybridation
réassocier ADN
comment on dénature
température et pH (plus alcalin)
qu’est ce qui fait augmenter T dénaturation
les liens C-G, plus difficiles à défaire
si la molécule est plus longue
explique comment la température de dénaturation est liée à la spécificité de l’hybride
plus la température est élevée, plus les liens se dénaturent (si l’hybride est spécifique, elle conservera certaines liaisons malgré la T)
que veut dire Tm (T dénaturation)
50% des liaisons sont dénaturées
SNOW DROP
southern= ADN
nothern= ARN
Western= prots
l’augmentation de la taille du génome est elle liée à l’augmentation du nombre de gènes
non (plus de séquences non-codantes)
Vrai ou faux, les tailles de génomes sont identiques dans une même espèce
Faux, varie énormément
Vrai ou faux, la maj de l’ADN est codante
faux, non codante (intergénique)
Les plasmides sont ils indépendants du génome bactérien
Oui
exemples (2) d’ADN extrachromosomique
Mitochondries et chloroplastes
type de trancrits pour les procaryotes
polycistroniques (plusieurs gènes transcrit en meme temps)
type de transcrits humain
monocistroniques (pcq les gènes sont très espacés) 1 ARN par gène
Vrai ou faux, la densité génique des humains est plus grandes que celles des bactéries
Faux, inverse bactéries plus que humains (pas bcp de gènes par Mb)
explique la corrélation entre la densité génique et la complexité de l’organisme
plus org est complexe, moins il a une grande densité génique (car plusieurs séquences régulatrices de l’expression génique qui ne codent pas)
nom des séquences non-codantes dans les gènes
introns
nom des séquences non-codantes à l’extérieur des gènes
ADN intergénique
les introns sont éliminés par quoi
épissage
exemple ARN intergénique
séquences uniques
- séquences régulatrices
- ARN régulateurs
- origines de réplications
- pseudogènes
séquences hautement répétitives
- transposons
- centromères, télomères, microsat
le nucléoide est t’il entouré d’une membrane
non
décrits l’état du nucléoide
dynamique
phase moins condensée chromatine
lors de l’interphase
lors de la mitose sous quelle forme est l’ADN
chromosome
avantage du chromosme (3)
- stable
- compacte
- protection
deux formes de chromatine
- euchromatine
- hétérochromatine
lequel est moins condensé entre euchromatine et hétérochromatine
euchromatine
unité de base de l’euchromatine
nucléosome
de quoi est composée l’histone
8 histone (2x H2a-H2b) 2 dimères et 2x H3 et 2x H4 un tétramère
combien de points de compaction entre histone et ADN
13 points d’ancrage
comment se nomme l’ADN entre deux nucléosomes
ADN intercalaire
quelle est la charge globale de l’histone et pk
+, a cause des arginines et lysines
la liaison de l’histone est-elle spécifique
non, permet le réarrangement/ dynamisme de la compaction
ou se trouve la queue N-ter et a quoi sert elle
extérieur du nuclésome, maintient ADN enroulée
quel complexe de l’histone se lie en premier
le H3-H4 et l’autre vient stabiliser
combien de lien hydrogènes environ entre ADN et histone
environ 40
3 façons de modifier la compaction de l’ADN
- méthylation (stabilise) sur arginine/ lysine
- acétylation (déstabilise)
- phosphorylation (déstabilise) sur sérine
qui permet la liaison des prots modificatrices
les queues Nter
explique l’inhibition de positionnement
compétition entre prot non-histone et nucléosome= inhibe formation prochain nucléosome
explique l’assemblage préférentiel
interactions entre prots non-histone et nucléosome= stabilise nucléosome et permet prochain assemblage de nucléosome
ou se positionnent les nucléosomes
séquences riches en A-T (pour sillon mineur)
que fait l’histone H1
interagit avec ADN intercalaire et ressert les nucléosomes
qu’arrive til sil y a une mutation au niveau de l’histone H1
impossible de compacter davantage que la chromatine avec ses nuclésomes
niveau de compaction après l’euchromatine
hétérochromatine
deux types d’hétérochromatine (structure en hélice) médiée par quoi
- solénoide (un nucléosome a cote de l’autre; voisin immédiat)
- zig zag (un devant l’autre; 2e voisin)
queue Nter
définie l’échafaudage nucléaire
unité de base de la boucle formée d’agrégats protéiques
protéines impliquées dans l’échafaudage nucléaire
- topoisomérase II
- SMC
(maintiennent; défont les noeuds)
explique le remodelage de la chromatine
assemblage et déassemblage de des nucléosmes
deux classes de complexes protéiques
- complexe remodelage de la chromatine
- complexe modifications post-traductionnelle des queues d’histones
lequel des complexes de remodelage nécessite de l’ATP
le complexe remodelant de la chromatine
qui recrute les complexes de remodelage
- facteurs de transcription
- queues Nter
de quoi ont besoin les complexes remodelants
ATP
les 4 familles de remodelants
- SW1/ SNF
- ISW1
- CHD
- INO80
fonctions des prots de remodelage
- glissement
- SW1/ SNF : transfert/ éjection nucléosomes
- INO80: échange histones
effets ajout CH3
arret transcription (stabilise ADN sous sa forme compacte)= hétérochromatine
effet acétylation/ phospho
déstabilise; favorise transcription= euchromatine
comment l’acétylation/ phospho déstabilise
neutralise charge + de l’histone= ADN moins lié
mutations CBP
acétylation impossible, pas de décompactage, donc aucune transcription de gènes= aucun apprentissage de la souris
Vrai ou faux, il existe des variants d’histones
Vrai, varie de qq a.a
en lab les variants d’histones
retirer H2a et H2b par déstabilisation du nuclésome pour insérer un variant
les variants d’histones et la plante insensible a T
le changement d’histone de H2A à H2AZ= permet détection T
sans arp6; plante ne détecte pas T
