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🔮Genome et son expression Flashcards

1
Q

Def nucléotide

A

Base azote + ose + phosphate

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Q

Quelles sont les 2 liaisons des nucleotides

A

Base azote / oses : N glycosilation sur le c1 de l’ose

Oses / phosphate : Liaison phosphoester

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Q

Def nucléoside

A

Base azotée + oses

Thymine : ADN
Uridine : ARN

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4
Q

Oses de l’ADN (les deux formes d’écritures)

A

2’ desoxyribose
B-D 2’ desoxyribose

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5
Q

Oses de L’ARN

A

Ribose
B-D ribofuranose

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6
Q

Liaison oses phosphate consiste en quoi ? et rappelle moi le type de liaison ?

A

liaison phosphoester
EstĂ©rification de la fonction alcool en 5’ de l’ose par un acide phosphorique

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7
Q

2 types de nucleotide phosphate

A

Nucleotide Triphosphate :GTP ( guanosine 5 triphosphate )
Nucleotide monophosphate : GMP ( guanosine 5 monophosphate )

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8
Q

2 types de base azotée et quelles nucleosides leurs appartiennent ?

A

Base purique : adénine guanine
ps: base purique c’est des molĂ©cules avec deux cycles Ă  cĂŽtĂ© l’un de l’autre

Base pyrimidique : thymine uracile cytosine

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9
Q

Structure de l’ADN caractĂ©ristique ?

A

Structure bicatenaire :
Orientation inverse —> antiparallùle (5’ 3’ ) (3’ 5’)
Extrémité 5Ž P libre
ExtrĂ©mitĂ© 3’ OH libre

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10
Q

au sein de la structure de l’ADN il y’a une partie hydrophobe et une partie hydrophile. De quoi est constituĂ© la partie hydrophile ?

A

Phosphate et sucre Ă  l’extĂ©rieur

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11
Q

combien y’a t’il de molĂ©cule d’ADN dans un chromosomes ?

A

1 seul molĂ©cule d’ADN dans un chromosome !!

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12
Q

Combien de liaison hydrogĂšne entre A/T et G/C

A

A/T = 2 liaisons ( axelle teubé 2 neurones )

G/C 3 liaisons (grand prix exploreur il y’a eu que 3 grand prix )

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13
Q

Différence de structure entre ARN et ADN ?

A

ADN = bicatenaire
ARN = monocatenaire ( 1 seul brin )

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14
Q

5 types d’ARN

A

ARN r
ARN t
ARN m
ARN sn (small nucléaire)
ARN mi

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15
Q

ARN r

A

participe Ă  la formation du ribosome !
un ribosome = Protéine + ARN
-dans le REG
-synthÚse des protéines via ARN messager

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16
Q

ARNt

A

realise le transport des AA vers les ribosomes

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17
Q

ARN m

A

rĂ©alise le transfert de la partie informative de l’information gĂ©nĂ©tique de l’ADN dans le noyau jusqu’au ribosome dans la cytoplasme cytoplasme
⚠⚠nĂ©cessite une maturation en ajoutant une queue poly A sauf pour les ARNm codant pour les histones

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18
Q

ARN sn

A

Intervient dans la maturation des ARNm

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19
Q

GĂ©nome humaine ( chiffres )

A

26000 gÚnes nucléaire
37 mitochondriaux

10-14 bactéries
10-13 cellules
3x10-9 paires de base soit (9 milliard )

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20
Q

GĂ©nome mitochondrial Ă  quel type d’ADN ? et transmissible par qui ?

A

-37 gĂšnes mitochondriaux
-ADN circulaire
-transmission uniquement par la mĂšre +++

rappel:
ADN: bicatenaire
ARN : monocatéaire
gĂšne mitochondriaux :ADN CIRCULAIRE

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21
Q

GĂšnes codĂ©e d’un gĂ©nome mitochondrial (37 gĂšnes)

A

13 gĂšnes
22 ARN t
2 ARN r
Pas d’intron

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22
Q

Taille génome nucléaire

A

3.10(9) paire de base
2 mùtre d’ADN par cellule

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23
Q

3 Ă©tapes de la compaction de la chromatine ?

A

-2 mĂštres de chromatine pour un noyau de 5 Ă  8 micron

1)filaments 30nm : formation boucle

2)enroulement en hélice des boucle = formation des deux chromatides du chromosomes +++

3)augmentation de la compaction d’un facteur 10 000

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24
Q

Def Nucleosome

A

-8 histones qui donnent 1 octamĂšre
- ADN enroulĂ© autour de l’octamĂšre facteur 6
-10 nm de diamĂštre 6 nm d’épaisseur

150 à 200 pb d’ADN enrouler
20 Ă  60 pb entre les nucleosomes

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25
Q

Histones protéines riche en quoi?

A

Protéine riche en AA BASIQUE

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26
Q

Quelle particularitĂ© a la partie N-terminal de l’histone ?et quelle sont les consĂ©quences ?

A

Accessible Ă  des modifications post-traductionelle :
Acethylation
Methylation
Phosphorylation

consĂ©quence : ça agit sur la compaction de l’ADN donc sur l’accessibilitĂ© des facteurs de transcriptions

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27
Q

À quoi sert l’histoire H1 ?

A

Une compaction supplémentaire de 40 fois

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28
Q

Histone se trouvant dans les nucleosomes ?

A

2x( H2A +H2B + H3 + H4)

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29
Q

Caractéristique de la chromatine fermée ?

A

Transcriptionellement inactive :
Partie N terminal des histones —>
Méthylée
Diacethylée
Déphosphorylée

30
Q

Caractéristique chromatine ouverte ?

A

Transcriptionellement active :
Partie N terminal des histones :

-démethylee
-acétylée
-phosphorylée

31
Q

Taille chromatine ouverte / fermé ( soit compacté)

A

Ouverte 10 nm en chapelet
Fermé 30 nm

32
Q

À quoi sert les enzymes dans la rĂ©gulation de la chromatine

A

Ils sont responsables des modifications post traductionelle soit des modification sur la partie N-terminal des histones plus prĂ©cisĂ©ment le phĂ©nomĂšne d’acethylation

33
Q

Qu’engendre l’acethylation des histones ?

A

On neutralise les charges positives des histones ce qui diminue les interactions avec l’ADN donc decompaction et ouverture de la chromatine

34
Q

Pourcentage génome nucléaire en heterochromatine et euchromatine

A

7% heterochromatine
93% euro chromatine
30% ADN génique moins de 1 tiers du génome
70 % ADN intergenique

35
Q

Quelles sont les ADN répété non codant ?

A

ADN: satellite /microsattelite /mini satellite /rétrotransposons /transposons

36
Q

quelles sont les ADN non codant répété en tandem ou dispersé ?

A

Tandem : ADN satellite microsattelite minisatelitte

Disperse : retrotransposons / transposons

37
Q

Étape RÉPLICATION de l’ADN ( 3) ? quelles est l’objectifs de cette rĂ©plication/ caractĂ©ristiques ?

A

Initiation , Ă©longation , terminaison

objectifs : dupliquer l’information gĂ©nĂ©tiques en vue d’une division cellulaire .
obtention de DEUX ADN double brin avec pour chacun un brin parentale et un brin neo-synthetisé.
C’est pour ça qu’on appelle ça une synthùse semi- conservative car elle garde toujours un brin parentale .

38
Q

REPLIACTION PROCARYOTE
Étapes initiation ?

A

Ouverture de la double via la fixation d’une protĂ©ine(hĂ©licases) :
-helicases: ADN rendu monocatenaire
- protĂ©ine SSB ( single strand binding ) : stabilise l’ADN monocatenaire
Formation fourche réplication réplication des deux cÎtés

39
Q

REPLIACTION PROCARYOTE
Ă©tape d’élongation ?

A

par l’ADN polymĂ©rase Ă  partir :
-brin matrice
-dNTP
-une amorce d’ARN (primase= ARN polymerase) qui va se dĂ©tacher lorsque l’ADN polymerase va se fixer

40
Q

REPLIACTION PROCARYOTE RĂ©action Ă©lĂ©mentaire de l’élongation ?

A

Attaque Nucleoside :
-de l’oxygĂšne du C3 du dernier nucleotide fixĂ©
-sur le phosphore du phosphate alpha du nouveau Nucleotide

41
Q

REPLICATION PROCARYOTE
Étape terminaison ?

A

-signal de terminaison
-digestion amorce ARN
-complément lacune ADN
-ligation des fragments par une lignée

=>Obtention de 2 brins circulaires

42
Q

Étapes pour passer de l’ADN Ă  la protĂ©ine ?

A

Transcription (transcrit primaire )
Maturation (transcrit mature ) =>Ă©pissage
Transport ( noyau vers cytoplasme )
Traduction = Ă  partir du transcrit mature dans le cytoplasmes
Modification ciblage = production d’une protĂ©ine fonctionnelle

43
Q

TRANSCRIPTION CHEZ LES EUCARYOTES
quelle est le rîle de la transcription soit de l’ARN polymerase?

A

recopier une partie de l’ADN du gĂ©nome en ARNm

44
Q

TRANSCRIPTION CHEZ LES EUCARYOTES
Réaction élémentaire de la transcription ( ARN POLYMERASE )

A

Attaque Nucleophile de l’OH en 3’ sur le phosphate alpha
+++ réaction irréversible

45
Q

TRANSCRIPTION CHEZ LES PROCARYOTES
fonctionnement ?

A

5 sous unité:
- deux alpha
- deux bĂȘta (bĂȘta et bĂȘta’ prime )
- une sigma
c’est la sigma qui reconnaĂźt la sĂ©quence promoteur proximal

46
Q

quelle type de liaison entre les nucleotides

A

liaison phosphodiester

47
Q

entre les ARNr les ARNt et les ARNm quelle est le lien qu’ils ont tous les trois avec le ribosomes

A

ARNr : participe Ă  la formation du ribosome

ARNt: transport les acide aminĂ©e jusqu’au ribosome

ARNm : rĂ©alise le transfert de l’information gĂ©nĂ©tique du noyau au ribosome dans le cytoplasme

48
Q

tous les ARNm necessite l’ajout d’une queu poly À?vrai ou faux

A

faux pour tous sauf pour les ARNm codant pour les histones

49
Q

qu’est ce qui permet la rĂ©gulation de l’assemblage de la chromatine ?

A

la rĂ©gulation de l’assemblage de la chromatine se fait par des enzymes !! en rĂ©alisant une acethylation des histones

  • neutralisations des charges positives des histones
  • alors diminution des interactions avec l’ADN
  • decompaction et ouverture de la chromatine
50
Q

quelle est la différence entre la synthÚse du brin direct et la synthÚse du brin complémentaire ?

A

la synthÚse du brin direct et complémentaire se fait de 5-3 mais celle du brin direct dans le sens de propagation de la fourche et celle du brin indirect dans le sens inverse de la propagation de la fourche

51
Q

quelles sont les nombre de base synthĂ©tise lors de l’élongation sur les procaryotes ou eucaryote ?

A

procaryote 500 base par seconde
eucaryote 50 base par seconde

52
Q

qu’est ce qu’on obtient Ă  la fin de rĂ©plication des procaryotes?

A

sĂ©paration des deux copies d’ADN et obtention de 2 brins circulaire

53
Q

diffĂ©rence entre l’ADN polymĂ©rase et l’ARN polymerase ?

A

ADN polymerase = pour la rĂ©plication des procaryotes au niveau de l’élongation et Ă  besoins d’une amorce d’ARN

ARN polymerase = pour la TRANSCRIPTION +++
pas besoin d’amorce d’ARN

54
Q

TRANSCRIPTION CHEZ LES EUCARYOTES
quelle est le sens de dĂ©placement et de synthĂšse de l’ARN polymerase ?

A

déplacement de 5 à 3 sur le brin codant et une synthÚse sur le brin matrice de 3 à 5

55
Q

TRANSCRIPTION CHEZ LES EUCARYOTES
combien de types d’ARN polymerase et lesquelles ? et à quoi il correspondent ?

A

ARN I —> ARNr
ARN II —> ARNm ARNsn ARNmi
ARN III —> ARNt ARN5s

56
Q

INITIATION CHEZ LES EUCARYOTES
fonctionnement ?

A

tu vas avoir un promoteurs avec des GTF (facteurs généraux de transcription) et ton ARN polymerase va se fixer sur ces GTF

fixation sur le promoteur de TFIIA TFIIB TFIID(TBD TATA)
TFIIE TFIIF TFIIH et un complexe protéique le médiateur

57
Q

ELONGATION CHEZ LES EUCARYOTES

A

ma machine transcriptionelle se déplace de 5 à 3 et attention rehybridation des deux brins aprÚs son passage !

58
Q

def tropoisomérase

A

enzyme qui Ă©vite les torsions trop importante de l’ADN

59
Q

ELONGATION CHEZ LES EUCARYOTES
comment fonction la correction d’erreur de la machine transcriptionelle ?

A

elle clive (séparé le derniÚre nucleotide ) si celui ci est mauvais alors elle clive la liaison phosphodiester !

60
Q

TERMINAISON CHEZ LES EUCARYOTES
c’est quoi le signal de terminaison ?

A

GC puis une région riche en U

61
Q

ÉTAPE MATURATION (ARN prĂ© messager )
quelles sont les 3 Ă©tapes ?

A

l’étape de maturation est prĂ©sente uniquement chez les eucaryotes !!!

1) formation de la coiffe
2) addition de la queu poly À
3 ) epissage

62
Q

ÉTAPE MATURATION (ARN prĂ© messager )
rĂŽle la coiffe et fonctionnement ?

A

rĂŽle : protĂ©ger l’ARN contre l’action des ribonuclĂ©ases
reconnaissance de l’ARNm par les ribosomes
transport de l’ARNm par les pores nuclĂ©aires

structure de la coiffe : ajout en 5’ d’une guanine methylee par une liaison 5’-5’

63
Q

ÉTAPE MATURATION (ARN prĂ© messager )
rîle et fonctionnement de l’ajout de la queu poly A ?

A

rîle : stabilisation de l’ARNm

fonctionnement : clivage de l’ARNm par une endonuclĂ©ase 20 nucleotide aprĂšs la sĂ©quence signal
puis ajout de la queu poly A sur l’extrĂ©mitĂ© 3’

64
Q

ÉTAPE MATURATION (ARN prĂ© messager )
epissage ou excision des introns fonctionnement ?

A

rĂ©alisĂ© par le spliceosome composĂ© par de l’ARNsn et des protĂ©ines. Il rĂ©alise l’émissaire dans le noyau

fonctionnement : deux transesterifications :
-attaque du groupement 2 OH libre du A = formation d’un lasso
-attaque de l’OH de l’extrĂ©mitĂ© 3’ de l’éxon 1

65
Q

mécanismes qui permettent la diversité des protéines et qui ne permettent pas la diversité des protéines ?

A

permette la diversité : ajout queu poly A + traduction + epissage

ne permet pas la diversité : initiation à la transcription

66
Q

combien y’a t’ils en pourventage de gĂȘne exprimĂ©e par cellule ?

67
Q

l’expression des gĂšnes dĂ©pend du type cellulaire ?

A

oui
l’expression dĂ©pend aussi des signaux du mĂ©tabolismes du cycle et des Ă©tats

68
Q

la phosphorylation et la dephosphorylation se fait en post transcriptionelle ?

A

faux en post traductionnel!!
il a aussi la methylation ou l’acetylation ect 


69
Q

dans la régulation transcriptionelle à quoi sert le facteur cis et le facteur trans ?

A

facteur cis (au niveau du promoteur disal): site de fixation
facteur trans : combinaison de protéine qui se fixe sur le facteur cis

70
Q

def séquence enhancer ?

A

augmentation de l’activitĂ© transcriptionelle

ps silencer : diminution de l’activitĂ© transcriptionelle

71
Q

quelles sont les liaisons et leur interactions entre facteurs trans et ADN ?

A

liaison h liaison hydrophobe lisaion ionique via une interaction faible

liaison forte et spécifique via une interaction faible mais multiples entre AND acide aminée et protéine

72
Q

quelles est l’expression du gĂšne si il est hyper mĂ©thyle et hypo mĂ©thylĂ©

A

hyper methylé: faible expression
hypo methylé : forte expression

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