F8 - Ezymmekanismer og - reaktioner Flashcards
Hvad er der reciprokke plot genialt til?
At kigge på enzymhæmning
Hvilke to type af hæmmere findes der?
Reversibel (ikke-kovalent) og Irreversibel(Kovalent, selvmordshæmmer) enzymhæmning.
Hvad sker der med Vmax, Km og hældning for en kompetitiv hæmmer?
Vmax ændres ikke. Km ændres(Uden hæmmer er den højest). Hældningen er mere stjel.
Hvad sker der med Vmax, Km og hældning for en unkompetitiv hæmmer?
Vmax og km reduceres. Uændret hældning
Hvad sker der med Vmax, Km og hældning for en mixed hæmmer?
Vmax og km ændres. Stejlere hældning.
Hvad sker der med Vmax, Km og hældning for en nonkompetitiv hæmmer?
Vmax falder. Km uændret. Hældningen ændres.
Hvordan integrer hæmmeren med enzymet for en kompetitiv hæmmer?
Konkurrer med substratet om enzymets aktive site.
Hvad betyder Ki-værdien for en kompetitiv hæmmer?
Jo mindre Ki-værdi, jo bedre virker hæmmeren.
Hvordan integrer hæmmeren med enzymet for en unkompetitiv hæmmer?
Bindet til andet site end det substrat aktive site. Binder kun til ES-komplekset.
Hvordan integrer hæmmeren med enzymet for en mixed hæmmer?
Binder andet sted end det substrat aktive site, men kan både binde til E eller ES.
Hvad kendetegner en irriversibel hæmmer?
Kovalent binding. Binder stærkt til enzymet. Danner stabilt kompleks = selvmordshæmmer.
Hvad er en protease?
Enzymer som hydrolytiske kløver peptidbindinger.
Hvilke fire hovedgrupper er aktive en i en protease?
Serin, thioler, Aspartet og metallo.
Hvad er fælles for alle de fire hovedgrupper der er aktive i en serinprotease?
Benytter polære grupper i katalysen. Laver et tetrahedralt intermediat intermediat efter det nukleofile angreb.
Nævn tre vigtige proteaser for kurset.
- Aspartatprotease(Hiv-protease). 2. Serinprotease(Chymotrypsin). 3. Lysozym.
Hvad er en katalytisk triade?
En samling af rester der arbejder sammen til at lave en hydrolyse(kløvning) af peptidbindingen.
Forklar den katalytiske triade i chymotrypsin.
Serin skal være til stede. Dens roller er, at blive en god nukleofil ved at His hiver H+ væk fra Ser. Asp stabiliserer His i den anden side, så den kan bære deprotoniseringen. His fungerer som generel base. (Isoleucin stabiliserer Asp).
Hvordan er formen i en pH-profil for en serinprotease med Vo over pH? Hvilke to aminosyrer laver formen?
Klokkeformet. Histidin(stiger ved pH 6, som er His pKr-værdi, fordi his bliver afprotoniseret) og isoleucin(falder ved pH 9, som er Ile pK2-værdi, fordi Ile bliver afprotoniseret).
Hvordan er formen i en pH-profil for en serinprotease med Kcat over pH? Hvilken aminosyre laver formen?
Hyperbel(Viser opgangen af klokkeformen). Histidin er den hastighedsbegrænsende. Fra pH 8 kan der omdannes flest S–>P
Hvordan er formen i en pH-profil for en serinprotease med 1/Km over pH? Hvilken aminosyre laver formen?
Omvendt hyperbel(Viser nedgangen af klokkeformen). Isoleucin alfa-aminogruppe bestemmer. Ved pH 9 brydes saltbroen, og der er dårlig affinitet ved, at der laves en konformationel ændring, hvor den hydrofobelomme lukkes, hvor den aromatiske aminosyrer indsættes(substratet).
Hvordan kan reaktionshastigheden for serinproteasen øges?
Ved at indsætte en positiv ladning i transition state.
Hvad er Kcat/km et udtryk for?
Specificitets konstant. Alstå den katalytiske effektivitet.
Hvad er fraktion af Vmax når substratkoncentrationen er 1/2 Km?
0,33
Hvordan fungerer et lysozym?
Kløver specifik substratbinding i peptidglykokan(Kulhydrat der findes i mange bakterier). Altså kløver polysakkaridkæde.
1. ES-dannes. 2. E’s aktive site kan indeholde 6 sukker-residues af polysakkarider. 3. Hyderolyse sker mellem residues.
Hvilken pH aktiveringsprofil har et lysozym for Kcat over pH?
Klokkeformet(samme ved Vo). Asp deprotoniseres ved 3,6 for at blive nukleofil. Topper ved pH 4 –> Både Asp(COO-) og Glu(COOH) er på deres aktiveform. Ved 4,25 deprotoniseres Glu = klokkeformen falder.
Tegn meknismen for lysozym.
Se Lises noter ;)
Hvad er chymotrypsin? Og hvad gør den?
En serinprotease. Spalter en peptidbinding ved et nukleofilt angreb + tilføjelse af H2O.
Hvad er chymotrypsinogen?
En zymogen. Inaktivt form af chymotrypsin.
