F13: Nativt uordnede proteiner (IDPer) Flashcards

1
Q

Hvad er en IDP?

A

Natitvt udfoldede proteiner. Uden fast 3D-struktur, men dynamiske.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Hvorfor er det vigtigt vi kender til disse?

A

Det er ny forskning. Over 30% af alle eukaryote celler har disse områder.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Hvad er IDPer ofte associeret med?

A

Sygdomme

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Hvad var det overaskende ved IDPer?

A

Udfoldede proteiner der havede en reel funktion. Strukturen kunne ikke løses ved at kigge på den klassiske måde. Gav et paradigmeskifte der lød: 3D bestemmer IKKE funktionen. Funktionen kan varetages af mange native tilstande.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Hvad kendetegner en IDP ifht entropi?

A

Hele proteiner, eller dele af det, er i uorden(Høj entropi=.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Hvad prøver aa ikke på i en IDP?

A

Prøver ikke på at interagerer med hinanden.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Hvad kan en IDP ikke ifht Gibbs fri energi?

A

Kan ikke folde sig til en lav energi konfirmation.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Hvad kendetegner en IDP ifht ladning?

A

Negativt ladet. Ingen hydrofobisk kerne. Ekstreme pI-værdier.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Hvilke aminosyer ser man meget i IDPer?

A

Polære/ negativt ladede aa som fx. Lysin, Arginin og Glutamat. Prolin ses også, da den sørger for ikke at lave ordnede strukturer.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Hvilken primær funktion har IDPer?

A

Regulering af cellecyklus ved signaltransduktion.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Hvilke tre andre funktioner har IDPer udover primær funktionen?

A
  1. Wrapping around their protein tags. Vekselvirker af foldning.
  2. Bestemmer struktur eller hugger/cutter andre proteiner(Garbage dumps)
  3. Interagerer med andre proteinpartnere. Fx. inhibitore. Kan have mange proteinpartnere.
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Hvordan genkender vi en IDP i CD-analyser?

A

Som random coil. Stærk negativ absorbans.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Hvordan genkender vi en IDP i SDS-page?

A

Binder SDS dårligt pga. det lave indhold af hydrofobe aminosyrerester man ser hos hos IDP (SDS binder normalt hydrofobe rester). Giver abnormal migration:
IDP’er migrerer anderledes, og altså vil ‘løbe større’ end de rigtigt er. Hvis man fx ved at ID proteinet er 20 kDa, vil det ligne på en SDS page at det er 30 kDa, og dermed vil IDP løbe kortere.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Hvordan genkender vi en IDP i NMR?

A

Kigger på methylgrupperne. De er væk i IDPer. Vil være små og ens toppe . Vil også i peaks at de vil være i et meget afgrænset lodret område ved prikker-peaks.
NOE målinger giver positive værdier for ordnede rester og negative værdier for uordnede rester

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Hvordan genkender vi en IDP i Röngten?

A

Kan ikke bruges. Manglende elektrondensitet pga. manglende koherent x-ray spredning pga. variation i atom positioner.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Hvad giver evidens for at en IDP er fleksibel?

A

Protease sensitvitet.

17
Q

Hvad kan gives af oplysninger af IDPer ved gelfiltrering?•

A

Stoke’s radius: Uorden bestemt ud fra Stoke’s Radius.

18
Q

Hvad fortæller PONDR-score os?

A

Værdi over 0,5 på PONDR-score = Nativt uordnet protein

Værdi under 0,5 = Nativt foldet protein.

19
Q

Hvad er særligt ved IDPen P53?

A

En centrum for mange netværk. Kæmpe stort netværk

20
Q

Hvad er særligt ved IDPen P27?

A

Binder til mange kinaser. Når det binder, så blokerer den.

Tumorceller har lave niveauer af p27.

21
Q

Hvad er en funktionel fordel ved IDPer ifht energi?

A

ID regioner kan binde deres partnere med høj specificitet og lav affinitet (enthalpi-entropi).

22
Q

Hvad betyder det at IDPer udviser heteroginitet i bindingerne?

A

Forskellige ID-proteiner kan have forskellige strukturer selvom de er bundet til den samme partner, fx transkriptionsfaktorer.