F13: Nativt uordnede proteiner (IDPer) Flashcards
Hvad er en IDP?
Natitvt udfoldede proteiner. Uden fast 3D-struktur, men dynamiske.
Hvorfor er det vigtigt vi kender til disse?
Det er ny forskning. Over 30% af alle eukaryote celler har disse områder.
Hvad er IDPer ofte associeret med?
Sygdomme
Hvad var det overaskende ved IDPer?
Udfoldede proteiner der havede en reel funktion. Strukturen kunne ikke løses ved at kigge på den klassiske måde. Gav et paradigmeskifte der lød: 3D bestemmer IKKE funktionen. Funktionen kan varetages af mange native tilstande.
Hvad kendetegner en IDP ifht entropi?
Hele proteiner, eller dele af det, er i uorden(Høj entropi=.
Hvad prøver aa ikke på i en IDP?
Prøver ikke på at interagerer med hinanden.
Hvad kan en IDP ikke ifht Gibbs fri energi?
Kan ikke folde sig til en lav energi konfirmation.
Hvad kendetegner en IDP ifht ladning?
Negativt ladet. Ingen hydrofobisk kerne. Ekstreme pI-værdier.
Hvilke aminosyer ser man meget i IDPer?
Polære/ negativt ladede aa som fx. Lysin, Arginin og Glutamat. Prolin ses også, da den sørger for ikke at lave ordnede strukturer.
Hvilken primær funktion har IDPer?
Regulering af cellecyklus ved signaltransduktion.
Hvilke tre andre funktioner har IDPer udover primær funktionen?
- Wrapping around their protein tags. Vekselvirker af foldning.
- Bestemmer struktur eller hugger/cutter andre proteiner(Garbage dumps)
- Interagerer med andre proteinpartnere. Fx. inhibitore. Kan have mange proteinpartnere.
Hvordan genkender vi en IDP i CD-analyser?
Som random coil. Stærk negativ absorbans.
Hvordan genkender vi en IDP i SDS-page?
Binder SDS dårligt pga. det lave indhold af hydrofobe aminosyrerester man ser hos hos IDP (SDS binder normalt hydrofobe rester). Giver abnormal migration:
IDP’er migrerer anderledes, og altså vil ‘løbe større’ end de rigtigt er. Hvis man fx ved at ID proteinet er 20 kDa, vil det ligne på en SDS page at det er 30 kDa, og dermed vil IDP løbe kortere.
Hvordan genkender vi en IDP i NMR?
Kigger på methylgrupperne. De er væk i IDPer. Vil være små og ens toppe . Vil også i peaks at de vil være i et meget afgrænset lodret område ved prikker-peaks.
NOE målinger giver positive værdier for ordnede rester og negative værdier for uordnede rester
Hvordan genkender vi en IDP i Röngten?
Kan ikke bruges. Manglende elektrondensitet pga. manglende koherent x-ray spredning pga. variation i atom positioner.