F12: Membranproteiner Flashcards
Hvad er et membranprotein?
Et protein der sidder i en membran.
Hvordan er lipid-protein sammensætning i membraner? Og hvad afhænger den af?
Afhænger af funktion + hvor de findes.
Plasmamembran (50/50% Protein/lipid)
Axon (20/80)
Mitokondriemembran(75/25)
Hvilke tre slags lipider findes der? Hvilke lipider findes der altid meget af i membraner?
Phosforlipider - Glycolipider - Steroler.
Phosphattidylcholin.
Hvad viser fluid mosaic membranmodel?
Der er flydende hydrofobe regioner/lag i en membran.
Proteiner bevæger sig mellem lagene. Bevæger sig frit i dobbeltlagets plan. Begrænset bevægeligehed mellem lagene.
Hvad gør lipider med proteiner i membranerne?
Forankrer(fastgør) dem. Lipider kan målrette sig til bestemte proteiner til bestemte membraner.
Hvad er et periferalt membranprotein? Hvordan sidder det fast? Hvordan kan det frigives?
Sidder fast via elektrostattiske kræfter + hydrogenbindinder. Kan frigives nemt ved ændring i pH eller ionstyrke, ved at fjerne Ca2+ eller tilsætning af denaturant.
Hvad er et integralt membranprotein? Hvordan sidder det fast? Hvordan kan det frigives?
Sidder i lipid bilaget enten monotopic(Et bilag) eller polytopic(to bilag). Svære at fjerne. Bruger detergenter der danner micelle struktur. Kan frigøres ved phosphlipase C.
Hvordan kan man forudsige transmembrane segmenter?
Hydropatisk plot.
Beskriv funktionen af et hydropatisk plot.
Forudsiges ved at beregne hydropathy index for segmenter (vindue) af en bestemt størrelse, fra 7 til 20 aminosyrerester (index afbildes for den midterste rest i hvert vindue, fx. rest 4 for et vindue bestående af rest 1-7). Ligger de syv værdier sammen og dividerer med 7 for at få det i midten. Fx rest 4.
Hvad kan det hydropatiske plot kombineres med?
Kemisk modificere.
Kløvning med trypsin.
Ville ikke trænge igennem. Kun få kløvet det på ydersiden af membranen(Kombineret)
Hvilke aminosyrer er der meget af i interfacen mellem lipid og vand? Og hvorfor det?
Meget Tyr og Trp i grænsefladen.
Eksponere deres hydrofile del i overfladen. Gemme deres hydrofobe del væk.
Det er mest favorablet at have aromatiske aminosyrer i grænsefladen.
Hvad er længden(antal aa) på en transmembran alfahelix? Hvilke aminosyrer skal sidde i den?
Skal have en vis længde på 20 aa der er hydrofobe.
Mest normale transmembraneprotein sturktur.
Hvad kunne være en transmembran beta-foldeblad? Hvad er strenglængden(antal aa)? Hvor har man sådan en struktur?
Meget måske om de kan lade sig gøre.
Men dem man ser er det beta-barrel. Strenglængde på ca. 8-10 aa.
Beta-barrel findes kun i ydre membraner i bakterier, hvor de danner porer.
Hvad beskriver postive-inside reglen?
Hvorfor postive ladninger bliver i cytoplasma(inden i)
Hvad alm diffusion? Og hvad bliver koncentrationen af stof X inde i cellen vs udenfor cellen?
Passiv transport hvor et stof X diffunderer mod ligevægt. Det samme.
Hvad er faciliteret diffusion? Og hvad bliver koncentrationen af stof X inde i cellen vs udenfor cellen?
Passiv transport hvor et stof X diffunderer mod ligevægt, men ved hjælp at fx et membranprotein hvilket øger diffusionshastigheden. Det samme.
Hvad er primær aktiv transport? Og hvad bliver koncentrationen af stof X inde i cellen vs udenfor cellen?
Aktiv transport hvor der anvendes ATP hydrolyse til at opkoncentrere X inde i cellen. Mere stof inden i cellen end udenfor.
Hvad er sekundær aktiv transport? Og hvad bliver koncentrationen af stof X inde i cellen vs udenfor cellen?
Aktiv transport hvor der anvendes cotransport af et andet stof Y som går ned af en koncentrationsgradient til at opkoncentrere X inde i cellen. Mere stof inden i cellen end udenfor.
Hvad er en ionophor?
Med elektrokemiskgradient. En ionophore er en kemisk molekyle, der reversibelt binder ioner. Mange ionoforer er lipidopløselige enheder, der transporterer ioner over en cellemembran.
Hvordan fungerer transportproteinerne når man kigger på deltaG?
Transportproteinerne reducerer deltaG.
Det gør at hastigheden stiger.
Normalt er det ufarvorabelt at afgive vandmolekylerne.
Hvad er en carrier? Fordele/ulemper (4 punkter)
- Tranporter stoffer over membranen via protein.
- Stor stereospecificitet i substratbinding
- Høj hastighed, men under fri diffusion. Øger hastigheden på den faciliterede diffusion.
- Udviser mætning Gates åbne på forskellig tidspunkter
Hvad er en kanal? Fordele/ulemer (7 punkter)
- Transporterer stoffer over membranen via en membranprotein som danner en “sluse”.
- Højere hastigheder end carrier, nærmer sig diffusionshastigheder
- Mindre stereospecifikke
- Udviser ikke mætning
- Ofte mange (ens) sub units
- Med gradient
- Ofte en gate
Hvad benytter antiport og symportere sig af?
Cotransportere.
Tegn GLUT4-figuren
Box 11-2, figur 1.
Tegn Na+/K+ATPasen.
Figur 11-38 + slide 34, F12.
Hvad er en ABC-transporter? Hvordan ser alle ABC-transportere ud?
ATP-afhængige transporters, der pumper aminosyrer, peptider, proteiner, metalioner, lipider, galdesalte og mange hydrofobe stoffer fx lægemidler ud af celler mod en koncentrationsgradient.
Alle ABC transporters har
2 subunits
2 nukleotidbindingsdomæner
2 transmembrane domæner (6 eller 10 alfa-helix)
Hvilke transportere ligner CFTR og hvordan adskiller de sig?
Ligner andre ABC transporters, men er ionkanal ikke pumpe
Hvad er en ionkanal og hvorfor er den bedre end en ionophor?
Adskiller sig fra IONTRANSPORTERE(ionophor).
Kanaler er hurtigere end carrierproteiner.
Ionkanaler udviser ikke mætning
Ligand-gated ionkanal: binding af ligand giver allosterisk ændring, der åbner og lukker kanalen
Kalium-kanalen fx
Hvad er en membranreceptor?
Modtager et ekstracellulært signal og omsætter det til et intracellulært respons. Fx. ved signaltransduktion.
