F11 - Protein-ligand interaktioner Flashcards
Hvad er en ligand?
Et molekyle der binder til enzymets aktive site og danner kompleks.
Hvad kan en ligand gøre ved enzymet?
Give konformationelle ændringer = induced fit.
Opskriv ligevægten på protein-ligand interaktioner.
P + L PL Ka= PL/P*L (Liganden omdannes ikke)
Hvad er Jakobs dogme omkring proteiner?
Alle proteiner binder funktionelt til et eller andet ellers er de jo ligegyldige og overflødige.
Hvad er ofte en ligand og hvad er ofte ikke en ligand?
Vand + salt er ofte ikke ligand. Små molekyler og metalioner er ofte ligander. Gerne His og Cys.
Hvad kendetegnet bindingssites for små ligander?(5 punkter)
- Bindingssite er ofte en lille lomme i proteinet. 2. Delvist hydrofobe 3. Ligner ofte enzymet. 4.Hydrofobe, elektrostratiske og hydrogenbindinger binder liganden. 5. gode mål for lægemidler.
Hvad kendetegnet bindingssites for store ligander?(8 punkter)
- Protein-protein interaktion. 2. Flade, svære at kende. 3. Mange flere hydrofobe AA i overfladen. 4. Konkurerer med vand 5. deles i homo- og hetrodimer. 6. Mange svage bindinger i overfalden. 7. skal passe præcist sammen 8. Ikke gode mål for lægemidler.
Kan et substrat være en ligand?
Ja, et substrat kan også være ligand indtil det bliver omdannet! En inhibitor er praktisk talt en ligand.
Hvad er myoglobin og hæmoglobins overordnede funktion? Hvordan binder de X?
Transport af ilt. Binder ilt via jernkomples.
Hvordan adskiller myoglobin sig fra hæmoglobin strukturmæssigt?
Myoglobin er én enkelt subunit(dimer). Hæmoglobin består af to dimer(en alfa og en beta) der ligner myoglobins ene subunit. Sidder sammen som to dimer + to dimer = én tetramer.
Hvad er His funktion i myo- og hæmoglobin?
Koordinerer Hem-gruppen(Jernkomplekset). Kan donere og acceptere hydrogener til hydrogenbinding. Vigtig for strukturen.
Hvad bestemmer hvilken konstant(Ka og Kd) vi skal bruge for bindingen?
Hvilken vej reaktionen går.
Hvad er givet ved konstanten Ka? Og hvad er dens dimension?
ASSOCIATIONSKONSTANTEN. Danner kompleks.
L+P PL. Dimensionen er koncentration^-1.
Hvad er givet ved konstanten Kd? Og hvad er dens dimension?
DISSOCIATIONSKONSTANTEN. Bryder kompleks
PL L + P. Dimensionen er koncentration (M).
Hvordan hænger Ka og Kd sammen?
Ka = 1/Kd
Hvad betyder Y?
Antal ligand bundet pr. mol protein.
Hvordan er bindingsprofilen for hhv Myoglobin og hæmoglobin? Og hvorfor er den sådan?
Myoglob danner hyperbel. Hæm danner s-kurve.
S-kurven er fordi Hæm udviser kooperativtet pga 4 bindingssites.
Hvad betyder s-kurven for hæmoglobin?
Betyder kooperativitet. Betyder at ilt kan afleveres lang mere effektivt i vævet.
Hvordan kan et protein udvise kopperativbinding?
Pga flere bindingsites. Hvor mangle ligander kan bindes.
Hvad er givet ved postiv og negativ kooperativitet?
Postiv = Jo flere bindinger med ligand, jo lettere binder med den næste. Negativ = Jo færre bindinger med ligand, jo sværer binder med den næste.
Hvorfor dannes en s-kruve for hæmoglobin?
Er et dynamiske molekyle med T- og R-state.
Hvad betyder T- og R-state for hæmoglobin?
T-state = lav ilitaffinitet. Ved ligevægten mellem de to tilstande vil der uden ilt være mest t-state.
R-state = høj iltaffinitet. Med ilt vil der være mere r-state.
Altså: Mere ilt = r-state. Hæm binder ilt strækt.
Lidt ilt = t-state. Hæm binder ilt svagt.
Hvad kan Hill plot beskrive?
En måde at beskrive den kooperative ligandbinding kvantitativt.
Hvad er ligevægten for et protein med n-antal bindingssites?
P + nL PLn
Hvad er Hill equationen? Hvad skal plottes i et Hill plot?
Log (y/1-Y) = n * (log(L)-log(Kd)), hvor Kd = (L)^n0,5
Log (y/1-Y) = Y-aksen
log(L) = x-aksen
Hvad viser hældningen i et Hill plot?
Graden af interaktioner mellem bindingsites = nH.
Og IKKE antalbindingssites, n
Hvad er Hill Koefficienten givet ved? Hvad betyder når den er lig med 1, negativ og positiv?
Hældningen af Hill plottet. Graden af interaktioner mellem bindingsites = nH.
nH = 1 er liganden ikke kooperativ
nH>1 = Positiv kooperativitet
nH<1 = Negativ kopperativitet.
Hvad er begrænsningen for nH?
Begrænset af antal bindingssites i proteinet. Når nH = n.
Hvordan kan vi studere protein-ligand interaktioner?
Via FRET og SPR/Biacore.
Hvilke formler bruges ved SPR/Biacpre?
Hastighedskonstanter ved at måle på effekt vs. ingen effekt.
Association,for binding: Ka = Kon/Koff
dissiociation, stopper binding: Kd = Koff/kon
Koff = Dissioationshastighed
Kon = Asssociationshastighed
