Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

Proteinkemititis molbo edition 2k20 > F10 - Proteinfoldning og stabilitet > Flashcards

F10 - Proteinfoldning og stabilitet Flashcards

1
Q

Hvad siger Anfinsens dogme?

A

Sekvensen koder for strukturen.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Hvad er denaturering?

A

Et tab af 3D-strukturen, og fald af funktion.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Hvad kan få et protein til at denaturere? (5 punkter)

A
  1. Varme. 2. Ekstreme pHer(under 5, over 10). 3. Solventer fx. alkohol. 4. Detergenter(sæbe-ish) 5. Chaotroper(Urea og Guanidinium chlorid) (Bonus: SDS er også en denaturant)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Hvordan fungerer Urea som denaturant/chaotrop?

A

Ødelægger den hydrofobe aggregering af ikke-polære aa der laver den stabile kerne samt ødelægge hydrogenbindinger.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Hvordan adskiller Urea og Guanidinium Chlorid sig fra hindanen? Og hvad er der ens ved dem=

A

Urea er uladet, mere svag. Guanidinium Chlorid er ladet, mere stærk. De udfolder proteiner forskelligt. Har forskellige D50(Cm)-værdier, men SAMME hældning af deltaG plottet(m-værdi) dvs. ens stabilitet af det udfoldede protein. rne

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Hvorfor vil vi gerne denaturere proteiner?

A

Kan studere proteinstabilitet ved at destabilisere proteinet. Udfolder proteinet for at studere dets stabilitet.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Hvad er chaotropers funktioner?

A

Destabilisere proteiner ved at udfolde det. Interferer med proteinet vekselvirkninger. Dvs. gøre det stabilt i den udfoldede tilstand.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Ved ligevægten Foldet Udfoldet hvad siger deltaGu og Keq så noget om for proteinet uden denaturant?

A

Ligevægt forskudt mod venstre. Keq er mindre end 1. DeltaGu er større end 0.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Ved ligevægten Foldet Udfoldet hvad siger deltaGu og Keq så noget om for proteinet med denaturant?

A

Ligevægten forskudt mod højre. Keq er større end 1. DeltaGu er mindre end 0(LAV DELTA G ER GODT).

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Hvad er formlen for deltaGunfolded?

A

DeltaGu = -RTln(Keq), Kep = U/F

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Ved ligevægten udfoldet Foldet er deltaG negativ med 10mm denaturant. Er proteinet foldet eller ikke?

A

Foldet. (Ligevægten er alt)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Ved ligevægten Foldet Udfoldet er deltaG negativ med 10mm denaturant. Er proteinet foldet eller ikke?

A

Udfoldet. (Ligevægten er alt)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Hvad er givet når deltaG med 0 for proteines foldning?

A

Der er lige meget foldet og udfoldet protein.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Hvad er deltaG når Kep = 1?

A

DeltaG = 0. Der er lige meget foldet og udfoldet protein.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Hvad er formlen for fraction folded?

A

(F) / ((F) + (U)) (Ofte y-aksen på grafen)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Hvilken kurve er ved fraction udfoldet over Denaturant-koncentration?

A

S-kurve

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Hvilken kurve er ved fraction foldet over Denaturant-koncentration?

A

Omvendt s-kurve.

18
Q

Hvad er D50 eller Cm?

A

Når deltaG=0. Fraction 0,5. 50% af hver foldning.

19
Q

Hvad er sammenhængen mellem hældning(m) og Cm på grafen for deltaG over Denaturant koncentration?

A

Hældning og Vm kan være forskellige. Begge er afgørende for stabiliteten.

20
Q

Hvad er givet når Denaturenatkoncentration = 0?

A

Det er “normal-tilstanden” for proteinet. Der hvor det er foldet uden denaturant.

21
Q

Ved lav denaturantkoncentration hvad så?

A

Høj deltaG = foldet = normal tilstanden for proteinet uden denaturant. Ikke favorabelt når denaturanten først er tilsat.

22
Q

Ved høj denaturantkoncentration hvad så?

A

Lav deltaG = Udfoldet = godt med denaturant.

23
Q

Hvad er deltaGunfolded givet ved når man siger deltaG vs. denaturantkoncentration?

A

deltaGu = DeltaG(H20)-m*molær koncentration af denaturant.

24
Q

Hvad kan tryptrofan fluorescens bruges til ved proteinstabilitet?

A

Vi bruger fluorescensintensitet ved en bestemt bølgelængde til at måle graden af udfoldning. Jo mere udfoldet, jo mere blottet tryptofan, jo højere fluorecens ved bølgelænge på 320 nm.

25
Q

Hvad siger Levinthals paradox?

A

Alle proteiner kan ikke nå at afsøge alle foldningsmuligheder. Det vil tage 10^27 år. Der er for mange muligheder. Konklusion: Proteinfoldningen er dirigeret af bestemte foldningsveje.

26
Q

Hvad er en foldningstragt?

A

En termodynamisk og komprimeret måde at se foldningsmulighederne på.

27
Q

Følger proteiner altid den samme rute i foldningstragten?

A

Nej. Den udfoldede tilstand er aldrig ens. Tænk på en golfspiller –> Kan lande forskellige steder i foldningstragten, men ender altid i bunden af tragten —> ender i samme foldede tilstand.

28
Q

Hvad betyder de små toppe i foldningstragten?

A

Forhindringer, hvor aktiveringsenergien hæves, som nedsætter foldningshastigheden.

29
Q

Hvad er aggregering? Hvilke områder eksponeres og hvorfor er det skod? Ved hvilke koncentrationer sker aggregering?

A

Samling/ophobning af molekyler. Hydrofobe områder eksponeres ved foldning, som skaber aggregering og det er bare dead-end. Sker især ved høje koncentration.

30
Q

Man kan sætte spørgsmålstegn ved Anfinsens dogme, da han lavede hans forsøg in vitro. Hvorfor kan man det?

A

In vitro er i reagensglas. Det er ved lave koncentrationer = der er masser af plads for proteinerne.
In vivo er i cellen. Der er lidt plads/mast, så koncentrationen føles høj. Dette skaber aggregering :(

31
Q

Hvad modvirker aggregering?

A

Chaperoner

32
Q

Hvad er chaperoner? Hvordan virker de?

A

Proteiner der integerer med foldede og udfoldede polypeptider, så de folder korrekt. Binder hydrofobe dele af proteinet. Men kan også genkende proteiner der skal dø.

33
Q

Hvad kendetegner HSP70? (7 punkter).

A
  1. Chaperon(Forhindrer præmatur foldning). 2. Binder v. hydrofob eksponering. 3. Når substratet binder så folder det ikke. 4. ATP-afhængig via hydrolyse. 5. Åben form = høj affinitet, lukket form = lav affinitet. 6. Fanger intemediater, som får chance for mere korrekt foldning. 7. Til stede når celler er stressede af høj temperatur.
34
Q

Hvad kendetegner GroE? (8 punkter)

A
  1. Chaperonin(Hjælper til korrekt foldning). 2. Binder v. hydrofob eksponering. 3. Folder i lukket rum/kammer, så aggregering undgås. 4. ATP-afhængig via hydrolyse. 5. Stammer fra bakterier. 6. Kammeret er hydrofobt = substratet binder. 7. Ved åbent kammer kommer s ind. Lukket kammer s-folder korrekt. 8. Kan påvirke foldetragten.
35
Q

Hvad kan chaperoner ikke? Og hvad kan de kun?

A

Kan ikke ændre på den endelige struktur. Kan kun folde proteiner der er stabile i den foldede tilstand.

36
Q

Hvad er amyloider?

A

Aggreater af proteiner. Misfoldede. Disfunktion af chaperoner giver amyloider. Ofte sygdomsrelateret. Kendetegnet ved amyloid fibriler, som er fibre af beta-strukturer.

37
Q

Hvad betyder det når Hillkoeffienten fx er 3,6?

A

Postiv kooperativtivt. Der er minimum 4 bindingsites.

38
Q

Hvis vi tænker på et hill plot for et enzym med flere bindingssites. Hvad viser s-grafen så før, på og efter knækket af grafen?

A 
Før = Affinitet for bindingsite
På = Ændring i affinitet
Efter = Ny affinitet efter ændring
39
Q

Hvordan kan vi finde amyloider?

A

Ved fluorescens. Thioflavin binder til amyloider. Ved amyloider binder thioflavnin = fluorescerer . Ingen binding, ingen fluoresces.

40
Q

Hvad er random coil?

A

Fuldstændig tilfældig udfoldet kæde.

41
Q

Hvad er molten glubole?

A

Et intermediat i foldningsprocessen.

Udfoldet(Denatureret) –> I (Molten glubole) –> Nativ form

Proteinkemititis molbo edition 2k20 (14 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions