F1 - Primærstruktur. Peptidkæden og pKa. Flashcards
I hvilken slags reaktion dannes en peptidbinding?
Dannes i en kondenseringsreaktion
Tegn reaktionen for dannelse af en peptidbinding. Altså danne en aminosyrekæde. Hvad er nukleofilen?
TEGN. alfa-Aminogruppen fungerer som nukleofil, og udplacerer OH-gruppen fra en anden rest. Vand udskilles
I en primærstruktur kæde hvilke rækkefølge kommer grupperne i? (R-gruppen, Carboxylsyregruppen, aminogruppen)
Rækkfølgen er: Aminogruppen - c-alfa - Carboxylsyregruppen - aminogruppe - c-alfa(med rgruppe) - Carboxylsyren - NH - Ca(r-gruppe) - C(med dobbeltbundet O).
Nævn de fem vigtige egenskaber ved en peptidbinding.
- Den kan lave resonans fra det dobbeltbunde O ned i kæden. Ca 40% af kæden er dobbeltbundet.
- Er plan. Fire atomer i samme plan.
- Foretrækker trans-konfiguration. Kan dog være cis ved 180 grader rotation.
- Kan lave rotation omkring enkeltbindinger på hver side af Ca.
- Stabiliteten er så favoriseres hydrolysen hvilket egentlig gør den ustabil. Men ved fysiologisk pH er hastigheden af hydrolysen så langsom, at peptidbindingen er fysologisk stabil. Kinetikken bestemmer over termodynamikken.
Hvor sidder phi og psi vinklen på peptidkæden?
Phi mellem N og Ca
Psi mellem Ca og C(med dobbeltbundet O)
Hvad er pKa?
Syrestyrkekonstant. Hvornår dissocierer aminosyren med vand, altså ved hvilken pH afgiver/modtages en proton.
Hvad beskriver en høj pKa-værdi? Hvad beskriver en lav pKa-værdi?
Høj = Mindre tendens til at afgive H+ Lav = Større tendens til at afgive H+
Har aminosyre en buffereffekt?
Ja
Hvad er ladningen af et protein når pI er større end pH?
Overskud af positiv ladning
Hvad er ladningen af et protein når pI er lavere end pH?
Overskud af negativ ladning
Hvilke to slags miljøer påvirker proteiners pka-værdier?
Det omgivende miljø(fx. pH, temperatur) og det kemiske miljø(Proteiners interaktion med hinanden = intermolekylære reaktioner)
Hvordan påvirker vand carboxylgruppen og aminogruppens pKa?
Ingen ændring
Hvordan påvirker negative ladet miljø/molekyler carboxylgruppen og aminogruppens pKa?
Stiger i pKa værdi
Hvordan påvirker postive ladet miljø/molekyler carboxylgruppen og aminogruppens pKa?
Fald i pKa værdi
Hvordan påvirker hydrofobe molekyler/miljø carboxylgruppen og aminogruppens pKa?
for carboxylsyren er det en stigning i pKa.
For aminogruppen er det et fald i pKa.
Hvad er et oligopeptid? Og et polygopeptid?
Oligopeptid = få aminosyre Polygopeptid = mange aminosyrer
Hvad er en primærstruktur?
Aminosyrer i én lang kæde. Danner backbone i proteiner.
I glutamat hvilken proton afgives så først?
Gamma-carboxylgruppen. Har også en lavere pKa-værdi end alfa-carboxylgrupppen.
Ifht aminogruppen: Jo højere pK2 værdi jo… (ifht til protonisering)
Mere villig til at beholde sine protoner.
Ifht carboxylgruppen: Jo højere pK1 værdi jo… (ifht til protonisering)
Mere villig til at afgive sine protoner.
Hvilke aminosyrerester kan bidrage til hydrofobe interaktioner i proteinkernen?
Dem med hydrofobe-sidekæder. De alifatiske og aromatiske aminosyre-rester.
Kan methionin fungere på samme måde som cystein?
Nej, fordi methylgruppen sidder i vejen. Cystein kan afprotoniseres og komme på den konjugerede baseform.
Hvad er den omtrentlige masse for et protein, der består at 305 aminosyrerester?
110 dalton er aminosyreresten gennemsnitsvægt.
110 x 305 = 33.550 dalton
Hvad gør SDS i SDS-page? Hvad gør DTT?
SDS er en anion (negativ) og binder til proteinet, som får en net negativ ladning. SDS denaturerer også proteinet og bryder kovalente bindinger. DTT og (Beta-mercaptoethanol) indgår også i buffer og bryder disulfidbroer, S-S --> SH SH