F3 - Proteinevolution, Proteomanalyser (Massespektrometri)

Question 1

Hvad er proteinevolution?

Answer 1

En undren over hvorfor organismer har udviklet sig over tid. Evolution er en måde at forklare ændringer i genomet på for forskellige genomer. Ønsker at forklare ændringsmønstreret. Evolution kan bestemmes fra molekulære data.

Question 2

Hvad er proteomics(eller bare omics)?

Answer 2

Et storskala studie af proteiner eller proteomanalyse. Proteiner har en vital del af alle levende organimser. Bestemmer proteinniveau og funktion.

Question 3

Hvad kan proteomics sige noget om?

Answer 3

Evolutionære sammenhænge og benyttes til at forudsige et proteins funktion.

Question 4

Hvilke metoder benyttes til at undersøge funktionelle genomics? og hvilke datasæt kommer ud?

Answer 4

fx. DNA-microarrays, DNA i syntetisk genetik –> Datasæt: fx. Celluær fænotypisk ekspression.

Question 5

Hvad bestemmer genomics?

Answer 5

bestemmer hele DNA-sekvensen. Bestemmer funktion af proteomet.

Question 6

Hvad er et proteom?

Answer 6

Proteom = protein + genom.

Question 7

Hvilke analytiske metoder bruges til at undersøge proteomics? og hvilke datasæt kommer ud?

Answer 7

fx. Massespektroskopi, Proteinarrays og GFP + FRET. —> Datasæt fx: Absorbans, fluorescens.

Question 8

Hvad kan datasættene for de analytiske metoder sige noget om?

Answer 8

Et organisk system i fx. mennesket eller i en banaflue.

Question 9

Ved at analysere primærstrukturer i proteiner hvilke fem ting kan vi sige noget om?

Answer 9

1. Proteinfamilier. 2. Cellulær lokalisering, 3. modifikationer, 4. interaktioner, 5. teritærstruktur
   = Ved lav grad af simmilaritet på disse parametre viser det noget om den evolutionære sammenhæng.

Question 10

Hvis vi kigger/regulerer på atom-niveau hvad kan der så ske? (fire punkter)

Answer 10

1. Ændring i gensekvens. 2. Ændring i aminosyresekvens eller genekspression. 3. Ændring i proteinfunktion eller -struktur. 4. Ændring i selektiv fordel eller ulempe.

Question 11

Hvordan kan vi afkode en DNA-sekvens?

Answer 11

Ved at kigge på DNAets nukleotider. Tre nukleotider i DNA koder for én specifik aminosyre.
Fx CAG = Glutamin. TAT = Tyrosin.

Question 12

Hvad betyder det at sekvenser/proteiner er homologe?

Answer 12

HELT samme oprindelse. (Proteiner og sekvenser udviser ofte similaritet, men er ofte IKKE homologe)

Question 13

Hvad betyder det at sekvenser/proteiner er ortologe?

Answer 13

Homologer i forskellige arter der er afledt fra samme stamprotein(gen)

Question 14

Hvad betyder det at sekvenser/proteiner er paraloge?

Answer 14

Homologer i samme art der er afledt ved genduplikation.

Question 15

Kan sekvenser kun være enten homologe, ortologe eller paraloge?

Answer 15

Nej, kan både være paraloge + homologe eller ortologe + homologe.

Question 16

Hvad er et fylogenetisk træ?

Answer 16

Viser den molekylære afstand mellem bestemt gener/sekvener.

Question 17

Hvilke analysemetoder bruger vi ved proteomanalyser?

Answer 17

2D gelelektroforese, SDS-page(molekylevægt), Isoelektrisk fokusering, massepektroskopi(MALDI-TOF, ESI-MS og Tandem MS)

Question 18

Hvad er massespektroskopi begrænset til?

Answer 18

Begrænset til at måle massen/molekylevægt af små prøver via lys.

Question 19

Hvad viser MALDI TOF? Og hvilken formel bruges til masseudregning?

Answer 19

Masse/ladnings-forholdet.
m/z=(M+nX)/nX, hvor n er antallet af påsat ladning (hermed antal protoner) og X er massen er den påsatte ladning (for protoner altid 1).

Question 20

Hvad kan omics bruges til? (Hvad er det blevet brugt til at fortælle noget om evolutionen)

Answer 20

Identificerer ubiquitineringsites (Via ubiquitinylering) og fosforyleringsubstrater i insulinssignalvej.