cours 9 mcb2399 Flashcards
quels sont les différents types d’analyse pour quantifier expression génique
par gène:
- gène rapporteur
- northern, RT, RT-PCR, qRT-PCR
par analyse gloable
- biopuce (microarray)
- durant infection: SCOTS
- RNA-seq
à partir de quoi mesure-t-on l’expression génique
- niveau ARN
- protéines
pourquoi utiliser un gène rapporteur
pcq facilement détectable par colorimétrie, luminescence, fluorescence
quelles sont les deux manières d’utiliser un gène rapporteur
- expression du gène et amplification de la région promotrice pour ensuite l’insérer dans plasmide contenant gène rapporteur
- à partir ADN génomique: digestion et insertion: chaque plasmide aura un fragment ADN permettant identifier gènes exprimés en même temps
(+/- compris la partie ADN génomique)
comment mesurer le gène lacZ
par beta-galactosidase qui dégrade substrats (ONPG, X-Gal)
1. prend DO WT
2. lyse cellules
3. ajoujt substrat
4. incubation
5. arrêt quand devient coloré (ONPG jaune)
6. prend DO
7. calculs unités Miller
qu’est-ce qui est utilisé comme gène rapporteur pour la luminescence
luciférase
- aucune perturbation de la cellule
quel est l’utilité du gène rapporteur
- déterminer niveau expression
- déterminer condition qui permettent expression maximale
- déterminer localisation
qu’est-ce que la transcriptome
ensemble de ARN
analyses transcriptomiques: pour caractériser, comparer, quantifier transcription
quelles sont les méhtodes d’analyse du transcriptome
mesure niveau de tous ARN résultant de transcription
- biopuce
- RNA-seq
quels sont les avantages/désavantages des biopuces
+ : mesure simultanément expression tous les gènes
- : ARN courte vie, dégrade vite, besoin bcp matériel, interprétation
type de biopuces: ORF et oligonucléotides
comment fonctionne la biopuce ORF
comment fonctionne la biopuce d’oligonucléotides
